DNA/RNA စီစစ်ခြင်း -PacBio Sequencer
အင်္ဂါရပ်များ
PacBio sequencer တွင် ဆက်တိုက်မုဒ်နှစ်ခု- ဆက်တိုက်ရှည်လျားစွာဖတ်ခြင်း (CLR) နှင့် Circular Consensus Read (CCS)
| Sequencing မုဒ် | စာကြည့်တိုက်အရွယ်အစား | သီအိုရီအချက်အလက်အထွက်နှုန်း (ဆဲလ်တစ်ခုစီ) | Single-baseတိကျမှု | လျှောက်လွှာများ |
| CLR | 20Kb၊ 30Kb စသဖြင့် | 80 Gb မှ 130 Gb | အနီးစပ်ဆုံး၈၅% | ဒီနိုဗိုSV ခေါ်ဆိုမှု စသည်တို့ |
| CCS | 15-20 Kb | 14 မှ 40 Gb/Cell (Sequel II) 70 မှ 110 Gb/ဆဲလ် (Revio) နမူနာများပေါ်တွင်မူတည်သည်။ | အနီးစပ်ဆုံး99% | ဒီနိုဗို၊ SNP/Indel/SV ခေါ်ဆိုမှု၊ Iso-Seq၊ |
Revio နှင့် Sequel II ၏ စွမ်းဆောင်ရည်နှင့် အင်္ဂါရပ်များ နှိုင်းယှဉ်ခြင်း။
| စည်းမျဥ်း | Sequel II စနစ် | Revio စနစ် | တိုးမြှင့်လာသည် |
| မြင့်မားသောသိပ်သည်းဆ | ZMW ၈ သန်း၊ | ZMW ၂၅ သန်း၊ | 3x |
| လွတ်လပ်သောအဆင့်များ | 1 | 4 | 4x |
| ပြေးချိန်ပိုတိုတယ်။ | 30 နာရီ | 24 နာရီ | 1.25x |
| 30X HiFi လူသားဂျီနိုမ်/နှစ် | 88 | ၁၃၀၀ | 15x စုစုပေါင်း |
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
● မျိုးစိတ်အမျိုးမျိုးဖြင့် ပိတ်ထားသော ပရောဂျက်ပေါင်း ထောင်ပေါင်းများစွာရှိသော PacBio စီစစ်ခြင်းပလပ်ဖောင်းတွင် 8 နှစ်ကျော်အတွေ့အကြုံ။
● လုံလောက်သော sequencing ဖြတ်သန်းမှုကို အာမခံရန် နောက်ဆုံးပေါ် PacBio Sequencing ပလပ်ဖောင်းများ၊ Revio များ အပြည့်အစုံ တပ်ဆင်ထားပါသည်။
● အလှည့်ကျအချိန်ပိုမိုမြန်ဆန်ခြင်း၊ ဒေတာအထွက်နှုန်းမြင့်မားခြင်းနှင့် ပိုမိုတိကျသောဒေတာ။
● သက်ရောက်မှုမြင့်မားသော PacBio အခြေခံ ထုတ်ဝေမှုများ ရာနှင့်ချီတွင် ပံ့ပိုးပေးပါသည်။
နမူနာလိုအပ်ချက်များ
| နမူနာအမျိုးအစား | ပမာဏ | အာရုံစူးစိုက်မှု (Qubit®) | အတွဲ | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ | တခြားသူတွေ |
| မျိုးရိုးဗီဇ DNA | ဒေတာလိုအပ်ချက်အပေါ် မူတည် | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5； 260 nm တွင် ရှင်းလင်းသော တောင်ထွတ်၊ညစ်ညမ်းမှုမရှိပါ။ | အာရုံစူးစိုက်မှုကို Qubit နှင့် Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 ဖြင့် တိုင်းတာရန် လိုအပ်သည်။ |
| စုစုပေါင်း RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；ညစ်ညမ်းမှုမရှိပါ။ | RIN တန်ဖိုး ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
ဝန်ဆောင်မှုလုပ်ငန်းအသွားအလာ
နမူနာပြင်ဆင်မှု
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
စီမံကိန်းပေးပို့ခြင်း။
1.In-house Data အထွက်နှုန်း
CCS ဆဲလ် 63 ခု (မျိုးစိတ် 26 မျိုးမှ) မှထုတ်ပေးသောဒေတာ
| ဒေတာ-PacBio-CCS-15 Kb | ပျမ်းမျှ | မက်တယ်။ | မင်း | မီဒီယံ |
| အထွက်နှုန်း - subreads (Gb) | ၄၂၁.၁၂ | ၅၄၄.၂၇ | ၂၂၁.၃၈ | ၄၂၆.၅၈ |
| Yiled - CCS(Gb) | ၂၅.၉၃ | ၃၈.၅၉ | ၁၀.၈၆ | ၂၅.၄၃ |
| Polymerase N50 | ၁၄၅.၆၅၁ | ၁၇၅.၄၃၀ | ၁၁၈၊၁၁၈ | ၁၄၄.၆၈၉ |
| N50 ကို ထပ်ဖတ်သည်။ | ၁၇.၅၀၉ | ၂၃.၉၂၄ | ၁၂,၄၈၅ | ၁၇.၅၈၄ |
| CCS N50 | ၁၄,၄၉၀ | ၁၉,၀၃၄ | ၉.၈၇၆ | ၁၄.၇၄၇ |
| ပျမ်းမျှအရှည်-Polymerase | ၆၇.၉၉၅ | ၈၉.၃၇၉ | ၄၉.၆၆၄ | ၆၆.၄၃၃ |
| ပျမ်းမျှအရှည်- Subreads | ၁၅.၈၆၆ | ၂၁,၀၃၆ | ၁၁.၆၅၇ | ၁၆၊၀၁၂ |
| ပျမ်းမျှအရှည်-CCS | ၁၄.၄၈၉ | ၁၉.၀၇၄ | ၈.၅၇၅ | ၁၄.၆၅၅ |
CLR ဆဲလ် 16 ခု (မျိုးစိတ် 76 ခုမှ) ဒေတာ
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | ပျမ်းမျှ | မက်တယ်။ | မင်း | မီဒီယံ |
| အထွက်နှုန်း - subreads (Gb) | ၁၄၂၊၂၀ | ၂၉၁.၄၀ | ၅၀.၅၅ | ၁၄၂.၄၉ |
| Polymerase N50 | ၃၉.၄၅၆ | ၁၂၁၊၁၉၁ | ၁၅.၃၈၉ | ၃၅.၂၃၁ |
| N50 ကို ထပ်ဖတ်သည်။ | ၂၈.၄၉၀ | ၄၁၊၀၁၂ | ၁၄,၄၃၀ | ၂၉.၀၆၃ |
| ပျမ်းမျှအရှည်-Polymerase | ၂၂.၀၆၃ | ၄၈.၈၈၆ | ၈.၇၄၇ | ၂၁.၅၅၅ |
| ပျမ်းမျှအရှည်- Subreads | ၁၇.၇၂၀ | ၂၇.၂၂၅ | ၈.၂၉၃ | ၁၇.၇၇၉ |
2.Data QC – သရုပ်ပြဒေတာအထွက်နှုန်းဆိုင်ရာ ကိန်းဂဏန်းများ
| နမူနာ | ccs နံပါတ်ကိုဖတ်သည်။ | စုစုပေါင်း ccs အခြေခံများ (bp) | ccs N50 (bp) ကိုဖတ်သည် | ccs ပျမ်းမျှ အရှည် (bp) | ccs အရှည်ဆုံးဖတ်ခြင်း (bp) | subreads Bases (bp) | စီစီနှုန်း(%) |
| PB_BMKxxx | ၃၊၄၄၄၊၁၅၉ | ၅၄၊၁၆၄၊၁၂၂၊၅၈၆ | ၁၅.၇၂၈ | ၁၅.၇၂၆ | ၃၆.၁၁၀ | ၈၆၃၊၃၂၆၊၃၃၀၊၄၆၅ | ၆.၂၇ |
