Genome-wide အသင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
1.Service အားသာချက်များ
● ပေါများသောပရောဂျက်ကိစ္စများ- BMKGENE သည် ၂၀၀၉ ခုနှစ်တွင် စတင်တည်ထောင်ချိန်မှစ၍ လူဦးရေ GWAS သုတေသနတွင် ရာနှင့်ချီသော မျိုးစိတ်စီမံကိန်းများကို ပြီးမြောက်ခဲ့ပြီး သုတေသီများအား ဆောင်းပါး 100 ကျော်ကို ထုတ်ဝေရန် ကူညီပေးခဲ့ပြီး တိုးပွားလာသော သက်ရောက်မှုအချက် 500 သို့ ရောက်ရှိခဲ့သည်။
● ကျွမ်းကျင်သော လေ့လာသုံးသပ်သူများ။
● တိုတောင်းသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု စက်ဝန်း။
● တိကျသောဒေတာတူးဖော်ခြင်း။
2. ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| ရိုက်ပါ။ | လူဦးရေစကေး | ဗျူဟာနှင့် နက်နဲမှုကို စီစစ်ခြင်း။ |
| SLAF-GWAS | နမူနာနံပါတ် ≥200 | ဂျီနိုမ်အရွယ်အစား < 400M၊ ref-genome၊ WGS ကို အကြံပြုထားသည်။ |
| ဂျီနိုမ်အရွယ်အစား ≤ 1G၊ 100K တဂ်များနှင့် 10X | ||
| 1G ≤ ဂျီနိုမိုအရွယ်အစား ≤ 2G၊ 200K တဂ်များနှင့် 10X | ||
| ဂျီနိုမ် အရွယ်အစား > 2G၊ 300K တဂ်များနှင့် 10X | ||
| WGS-GWAS | နမူနာနံပါတ် ≥200 | နမူနာတစ်ခုစီအတွက် 10X |
3. ပစ္စည်းရွေးချယ်မှု
မတူညီသောမျိုးကွဲများ၊ မျိုးစိတ်ခွဲများ၊ မြေအမျိုးအစားများ/ မျိုးရိုးဗီဇဘဏ်များ/ ရောနှောထားသော မိသားစုများ/ တောရိုင်းအရင်းအမြစ်များ
ကွဲပြားခြားနားသောမျိုးကွဲများ၊ မျိုးစိတ်ခွဲများ၊ ကုန်းမြေများ
ညီအမတစ်ဝက် မိသားစု/ ညီအကို အပြည့် မိသားစု/ တောရိုင်း အရင်းအမြစ်များ
4. ဇီဝအချက်အလက် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● Genome-wide-connection ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● သိသာထင်ရှားသော SNP ကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် စိစစ်ခြင်း။
● ကိုယ်စားလှယ်လောင်း၏ ဗီဇ၏ လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာ မှတ်ချက်
5. Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
RNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
aPhenotype QC
ကြိမ်နှုန်း ဖြန့်ဖြူးရေး ဟစ်စတိုဂရမ်
Phenotype စာရင်းဇယား
ခအသင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း (မော်ဒယ်- GEMMA၊ FaST-LMM၊ EMMAX)
QQ Plot
Manhattan Plot
| တစ်နှစ် | ဂျာနယ် | IF | ခေါင်းစဥ် |
| ၂၀၂၂ | NC | ၁၇.၆၉ | သစ်ပင် peony Paeonia ostii ၏ giga-chromosomes နှင့် Giga-genome တို့၏ မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံ |
| 2015 | NP | ၇.၄၃ | အိမ်တွင်းမှုခြေရာများသည် ပဲပိစပ်တွင် စိုက်ပျိုးရေးဆိုင်ရာ အရေးပါသော မျိုးရိုးဗီဇနယ်မြေများကို ကျောက်ချသည်။ |
| 2018 ခုနှစ် | MP | ၉.၃၂ | ကမ္ဘာတစ်ဝှမ်းရှိ rapeseed ပေါင်းစည်းမှု၏ ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် ၎င်းတို့၏ ecotype ကွဲပြားခြင်း၏ မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံကို ဖော်ပြသည်။ |
| ၂၀၂၂ | HR | ၇.၂၉ | Genome-wide ပေါင်းစည်းမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု သည် ဖရဲသီးအစေ့ အရွယ်အစား၏ သဘာဝ ကွဲလွဲမှုကို မော်လီကျူးဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုကို ပေးသည် |
