metagenomic sequencing -ngs
Metagenome ဆိုသည်မှာပတ် 0 န်းကျင်နှင့်လူ့ Metagenomes ကဲ့သို့သောရောနှောနေသောသက်ရှိများ၏မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာအသိုင်းအဝိုင်း၏မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာပစ္စည်းများကိုစုဆောင်းခြင်းဖြစ်သည်။ ၎င်းတွင်စိုက်ပျိုးခြင်းနှင့်မတူသောသေးငယ်သောဇီဝသက်ရှိနှစ်ခုလုံး၏မျိုးစိတ်များပါ 0 င်သည်။ NGS နှင့်အတူသေနတ်များနှင့်အတူ Shargun Metagenomic Sequencing သည် taxonomic procking ထက်ပိုမိုများပြားလာခြင်းဖြင့်သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်ထိပ်ငျကာများ၌ပါ 0 င်သောစိတ်ရှုပ်ထွေးသောလှပသောရှုခင်းများကိုလေ့လာခြင်း, မျိုးစိတ်များမတူကွဲပြားမှုများ, Taxonomic လေ့လာမှုများအပြင်သေနတ်ကိုင်မှုဆိုင်ရာ Metagenomics သည် Genoded မျိုးရိုးဗီဇများကိုရှာဖွေတူးဖော်ခြင်းနှင့်ဂေဟဗေဒလုပ်ငန်းစဉ်များတွင်၎င်းတို့၏ putable မျိုးဆက်များကိုရှာဖွေခြင်းကိုပြုလုပ်နိုင်သည်။ နောက်ဆုံးအနေဖြင့်မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာအချက်များနှင့်ပတ် 0 န်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များအကြားဆက်နွယ်သောကွန်ရက်များတည်ထောင်ခြင်းသည်ပိုးမွှားအသိုင်းအဝိုင်းများနှင့်သူတို့၏ဂေဟစနစ်နောက်ခံအမြင်များအကြားရှုပ်ထွေးသောအပြန်အလှန်ဆက်စပ်မှုကိုအထောက်အကူပြုသည်။ နိဂုံးချုပ်အနေဖြင့် Metagenomic sequencing သည်မတူကွဲပြားသောအဏုဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလူမှုအသိုင်းအဝိုင်းများ၏မျိုးရိုးဗီဇအသိုင်းအဝိုင်းများ၏မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာရှုပ်ထွေးမှုများကိုဖော်ထုတ်ခြင်းအတွက်အဓိကကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။
ပလက်ဖောင်းများ - LIVIDAN Novasq နှင့် DNBSEQ-T7
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
●အထီးကျန်သောအသိုင်းအဝိုင်းအတွက်အထီးကျန်နှင့်စိုက်ပျိုး - အခမဲ့နည်းလမ်း- မျိုးရိုးဗီဇပစ္စည်းများကို untulcable သက်ရှိများမှအစီအစဉ်များကိုဖွင့်ခြင်း။
●ဆုံးဖြတ်ချက်ချ: ပတ် 0 န်းကျင်နမူနာများတွင်အပေါများစွာမျိုးစိတ်များကိုရှာဖွေတွေ့ရှိပါ။
●ဘက်စုံဇီဝလောင်စာဆန်းစစ်ခြင်း -Taxonomic မတူကွဲပြားမှုများသာမကရပ်ရွာ၏အမျိုးမျိုးသောမတူကွဲပြားမှုများအတွက်သာအာရုံစိုက်သည်။
●ကျယ်ပြန့်သောအတွေ့အကြုံ -သုတေသနဒိုမိန်းများ၌ Metagenomicomics စီမံကိန်းမျိုးစုံကိုအောင်မြင်စွာပိတ်ပစ်လိုက်ခြင်းနှင့်နမူနာ 200,000 ကျော်ကိုပြုပြင်ခြင်းနှင့်နမူနာများကိုပြုပြင်ခြင်းနှင့်အတူကျွန်ုပ်တို့၏အဖွဲ့သည်စီမံကိန်းတိုင်းကိုအတွေ့အကြုံများစွာရရှိစေသည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| ပလက်ဖောင်းအစီအစဉ် | မဟာဗျူဟာအစီအစဉ် | အကြံပြုဒေတာအကြံပြုချက် | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| illumina novasq သို့မဟုတ် dnbseq-t7 | Pe150 | 6-20GB | Q30≥85% |
ဝန်ဆောင်မှုလိုအပ်ချက်များ
| အာရုံစူးစိုက်မှု (NG / μl) | စုစုပေါင်းပမာဏ (NG) | Volume (μl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
●မြေဆီလွှာ / ရွှံ့စူခြင်း - 2-3g
●အူလမ်းကြောင်းအကြောင်းအရာ - တိရိစ္ဆာန် - 0.5-2g
●အူလမ်းကြောင်းမာတိကာ - အင်းဆက်ပိုးမွှား: 0.1-0.25G
●စက်ရုံမျက်နှာပြင် (ကြွယ်ဝသောအနည်အနှစ်များ): 0.5-1G
●ကစော်ဖောက်ခြင်းဟင်းရည်ကြွယ်ဝသောအနည်အနှစ်များ): 0.2-0.5g
●မစင် (ကြီးမားသောတိရိစ္ဆာန်များ): 0.5-2g
●မစင် (mouse): 3-5Grains
●အဆုတ် alveolar lavage အရည်: filter paper
●ယောနိ SWAB: 5-6 SWABS
●အရေပြား / Genition SWAB / တံတွေး / ပါးစပ်ပျော့ပျောင်းသောတစ်ရှူး / pharyngeal swab / rectal swab: 2-3 swabs
●မျက်နှာပြင် microorganism: 5-6 swabs
●ရေဒီယို / Air / BioFilm: Filter Paper
● endophytes: 2-3g
●သွားဘက်ဆိုင်ရာပြား: 0.5-1G
ဝန်ဆောင်မှုအလုပ်စီးဆင်းမှု
နမူနာပေးပို့
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းပြီးနောက် 0 န်ဆောင်မှုများ
အောက်ပါသုံးသပ်ချက်ပါဝင်သည်:
●ဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှုကိုအစီအစဉ်ရေးခြင်း
● Metagenome စည်းဝေးပွဲနှင့်မျိုးရိုးဗီဇခန့်မှန်းချက်
●မျိုးရိုးဗီဇ
● taxonomic alpha မတူကွဲပြားမှု
●အသိုင်းအဝိုင်း၏လုပ်ဆောင်မှုကိုအသုံးပြုခြင်း - ဇီဝ function ကိုဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်မှု, ဇီဝဖြစ်စဉ်, ပ antib ိဇီဝဆေးယဉ်ပါးမှု
●လုပ်ငန်းခွင်နှင့် taxonomic မတူကွဲပြားမှုနှစ်ခုလုံးကိုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း -
beta မတူကွဲပြားမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
အုပ်စုလိုက်အုပ်စုလိုက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ဆက်နွယ်မှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း - သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့်ဖွဲ့စည်းမှုနှင့်မတူကွဲပြားမှုအကြား
အလုပ်လုပ်တဲ့ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု - ကဒ်ပ antib ိဇီဝဆေးယဉ်ပါးမှု
Kegg Metabolic လမ်းကြောင်း၏ကွဲပြားခြားနားသော analysis: သိသာထင်ရှားသောလမ်းကြောင်း၏အပူတော်
taxonomic ဖြန့်ဖြူး၏ Alpha မတူကွဲပြား: Ace အညွှန်းကိန်း
taxonomic ဖြန့်ဖြူး၏ beta မတူကွဲပြားမှု: PCOA
BMKGENE ၏ Metagenome Sequencing Sequencing 0 န်ဆောင်မှုများကိုကုသပေးသည့်စာပေများကို ဖြတ်. ထုတ်ပေးသောစာပေများဖြင့် BMKGENENE ၏ Metagenome Sequencing 0 န်ဆောင်မှုများကိုလေ့လာပါ။
ဟိုင်, မေး။ et al ။ (2023) 'Metagenomic နှင့် Metabolomic Cultivans of Rainbow Trols's Intestinal contents (oncorhynchus mykiss) ကွဲပြားခြားနားသောယဉ်ကျေးမှုရေအပူချိန်တွင်ကူးစက်တတ်သော hecorhynchus mykiss mykissmicrobiology အတွက် frotheriers, 14, စ။ 1275649 ။ DOI: 10.3389 / FMICB.23.1275649 ။
Mao, C. et al ။ (2023) 'Microbial အသိုင်းအဝိုင်းများ, ခံနိုင်ရည်မျိုးဗီဇများနှင့်မတူကွဲပြားသောရုပ်သံလိုင်းများ၏မြို့ပြရေကန်များတွင်တိုက်ဖျက်ရေးအန္တရာယ်များ - ပြည်တွင်းဆက်ဆံရေးနှင့်ပြင်ပလှုပ်ရှားမှုများ -အန္တရာယ်ရှိသောပစ္စည်းများ၏ဂျာနယ်တိုးတက်မှု, 9, စ။ 100233 ။ DOI: 10.1016 / j.hazAv.200233 ။
ဒေါ်, အမ် al ။ (2022) 'Mettenegenomic ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည်အလွန်ဆက်စပ်မှုရှိပြီးအစွန်အဖျားနှင့်ဆက်စပ်သောဇီဝသက်ရှိအသေးငယ်သောဇီဝသက်ရှိများအကြားကွဲပြားခြားနားမှုများနှင့်ကွဲပြားခြားနားမှုများကိုဖော်ပြခဲ့သည်။microbiology အတွက် frotheriers13, 13, စ။ 851567 ။ DOI: 10.3389 / FMICB.22.851567 ။
yin, j. et al ။ (2023) 'အဝလွန် Ningese Ningxiang Ningxiang Ningxiang Ningxiang Ningx- ဆင်းသက်လာ MicroBiota သည် carcitine microbiotism ကိုပိန်ကြုံသောဝက်များကိုမြှင့်တင်ရန်လှုံ့ဆော်ပေးသည်။ဆန်းသစ်တီထွင်မှု4 (5), စ။ 100486 ။ DOI: 10.1016 / j.xinn.20486 ။
ZHAO, X. ET al ။ (2023) 'Metagenomic Bio / Non-Degradable Non-Degradable Non- ပလပ်စတစ်အပျက်အစီးများအတွက်အလားအလာရှိသောထိုးထွင်းသိမြင်မှုသည် Haihe မြစ်ဝှမ်းသို့အနိမ့်ပိုင်းနှင့်အောက်ပိုင်းနှင့်အောက်ပိုင်းသို့ရောက်ရှိခြင်းတို့အကြားစုစုပေါင်းပတ်ဝန်းကျင်သိပ္ပံ, 887, စ။ 164026 ။ DOI: 10.1016 / j.scitotenv.2023.16402026 ။
