Øအဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းပရိုဖိုင်အတွက် အထီးကျန်ခြင်းနှင့် စိုက်ပျိုးခြင်းကင်းစင်ခြင်း။
Øပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများတွင် ပေါများသောမျိုးစိတ်များကို ရှာဖွေရာတွင် မြင့်မားသော ပြတ်သားမှု
Ø“မက်တာ-” ၏ အယူအဆသည် ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ အင်္ဂါရပ်များအားလုံးကို လုပ်ဆောင်နိုင်သော အဆင့်၊ မျိုးစိတ်အဆင့်နှင့် ဗီဇအဆင့်တွင် ပေါင်းစပ်ထားသည်၊ ၎င်းသည် လက်တွေ့နှင့် ပိုမိုနီးစပ်သည့် တက်ကြွသောအမြင်ကို ထင်ဟပ်စေသည်။
ØBMK သည် နမူနာအမျိုးအစားပေါင်း 10,000 ကျော်ဖြင့် ကွဲပြားသောနမူနာအမျိုးအစားများတွင် ကြီးမားသောအတွေ့အကြုံကို စုဆောင်းထားသည်။
Sequencingပလပ်ဖောင်း | စာကြည့်တိုက် | အကြံပြုထားသော ဒေတာအထွက်နှုန်း | အလှည့်ကျ ခန့်မှန်းချိန် |
Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K တဂ်များ | ရက် 30 |
üကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
üMetagenome စုဝေးမှု
üမလိုအပ်သော ဗီဇအစုံနှင့် မှတ်ချက်
üမျိုးစိတ်ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
üမျိုးရိုးဗီဇလုပ်ဆောင်ချက် ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
üအုပ်စုအချင်းချင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
üအသင်းအဖွဲ့ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာစမ်းသပ်မှုအချက်များဆန့်ကျင်
ဘို့DNA ထုတ်ယူမှုများ:
နမူနာအမျိုးအစား | ပမာဏ | အာရုံစူးစိုက်မှု | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ |
DNA ထုတ်ယူမှုများ | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများအတွက်
နမူနာအမျိုးအစား | နမူနာယူခြင်းလုပ်ငန်းစဉ်ကို အကြံပြုထားသည်။ |
မြေဆီလွှာ | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ညှိုးနွမ်းနေသော အကြွင်းအကျန်များကို မျက်နှာပြင်မှ ဖယ်ရှားရန် လိုအပ်သည်။ကြီးမားသောအပိုင်းများကိုကြိတ်ပြီး 2 မီလီမီတာ filter ကိုဖြတ်သန်းပါ။ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cyrotube တွင် Aliquot နမူနာများ။ |
မစင် | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားမှုအတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် နမူနာများကို စုဆောင်းပြီး aliquot လုပ်ပါ။ |
အူလမ်းကြောင်းအကြောင်းအရာများ | နမူနာများကို ပိုးမွှားအခြေအနေအောက်တွင် လုပ်ဆောင်ရန် လိုအပ်သည်။စုဆောင်းထားသော တစ်ရှူးများကို PBS ဖြင့် ဆေးကြောပါ။PBS ကို ဗဟိုပြုပြီး EP-tubes များတွင် မိုးရေစက်များကို စုဆောင်းပါ။ |
ပိုလစ် | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် sludge နမူနာကို စုဆောင်းပါ။ |
ရေလောင်း | ပိုက်ရေ၊ ရေတွင်းရေစသည်ဖြင့် အကန့်အသတ်ရှိသော အဏုဇီဝနမူနာအတွက်၊ အနည်းဆုံး ရေ 1 L ကို စုဆောင်းပြီး အမြှေးပါးပေါ်ရှိ ရောဂါပိုးမွှားများ ကြွယ်ဝစေရန် 0.22 μm ဇကာဖြင့် ဖြတ်သန်းပါ။အမြှေးပါးကို ပိုးသတ်ပြွန်ထဲတွင် သိမ်းဆည်းပါ။ |
အရေပြား | အရေပြားမျက်နှာပြင်ကို ပိုးသတ်ထားသော ဂွမ်းစ သို့မဟုတ် ခွဲစိတ်ဓားဖြင့် ဂရုတစိုက်ခြစ်ပြီး ပိုးမွှားပြွန်ထဲတွင် ထည့်ပါ။ |
နမူနာများကို နိုက်ထရိုဂျင်အရည်တွင် ၃-၄ နာရီကြာ အေးခဲပြီး နိုက်ထရိုဂျင်အရည် သို့မဟုတ် -80 ဒီဂရီမှ ရေရှည်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ရေခဲခြောက်ဖြင့် နမူနာပို့ဆောင်ရန် လိုအပ်ပါသည်။
1.Histogram- မျိုးစိတ်ဖြန့်ချီရေး
2.KEGG ဇီဝဖြစ်စဉ်လမ်းကြောင်းများတွင် မှတ်သားထားသော လုပ်ဆောင်နိုင်သော ဗီဇများ
3.Heat map- မျိုးရိုးဗီဇကြွယ်ဝမှုအပေါ်အခြေခံ၍ ကွဲပြားသောလုပ်ဆောင်ချက်များ4.Circos of CARD ပဋိဇီဝဆေးယဉ်ပါးသောဗီဇများ
BMK ဖြစ်ရပ်မှန်
မြေဆီလွှာ-ဒီရေတော အမြစ်သန္တာန်တစ်လျှောက်တွင် ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသော မျိုးဗီဇနှင့် ဘက်တီးရီးယားပိုးမွှားများအဖြစ်များသည်။
ထုတ်ဝေသည်-အန္တရာယ်ရှိသောပစ္စည်းများဂျာနယ်၊ 2021
ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-
ပစ္စည်းများ- ဒီရေတော အမြစ်ဆက်စပ်နမူနာ အပိုင်းလေးပိုင်း၏ DNA ထုတ်ယူမှုများ- မစိုက်ပျိုးရသေးသော မြေဆီလွှာ၊ rhizosphere၊ episphere နှင့် endosphere အကွက်များ
ပလပ်ဖောင်း- Illumina HiSeq 2500
ပစ်မှတ်များ- Metagenome
16S rRNA ဗီဇ V3-V4 ဒေသ
အဓိကရလဒ်များ
မြေဆီလွှာမှ ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသော မျိုးဗီဇ (ARGs) များ ပြန့်ပွားမှုကို လေ့လာရန်အတွက် ဒီရေတောပင်များ၏ မြေဆီလွှာ၏ အမြစ်သန္တာန်တွင် ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ပေါင်းစပ်ခြင်းနှင့် ဇီဝဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်းတို့ကို ဆောင်ရွက်ခဲ့ပါသည်။ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာအချက်အလက်များအရ ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသောမျိုးဗီဇများ၏ 91.4% ကို အထက်ဖော်ပြပါ မြေလွှာလေးခုစလုံးတွင် အများအားဖြင့် ဖော်ထုတ်တွေ့ရှိခဲ့ပြီး စဉ်ဆက်မပြတ် ဖက်ရှင်ကိုပြသထားသည်။16S rRNA amplicon sequencing သည် 29,285 sequence ကိုထုတ်ပေးပြီး 346 မျိုးစိတ်များကိုကိုယ်စားပြုသည်။amplicon sequencing ဖြင့် မျိုးစိတ်များ၏ ပရိုဖိုင်ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့်၊ ဤဖြန့်ဝေမှုသည် အမြစ်-ဆက်စပ်နေသော microbiota နှင့် အမှီအခိုကင်းကြောင်း တွေ့ရှိခဲ့သော်လည်း၊ ၎င်းကို မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဒြပ်စင်များ၏ မိုဘိုင်းဖြင့် ပံ့ပိုးပေးနိုင်သည်။ဤလေ့လာမှုသည် မြေဆီလွှာမှ ARGs နှင့် ရောဂါပိုးမွှားများ အပြန်အလှန်ဆက်စပ်နေသော မြေဆီလွှာ-အမြစ်သန္တာန်မှတဆင့် အပင်များအတွင်းသို့ စီးဆင်းမှုကို ဖော်ထုတ်ခဲ့သည်။
အကိုးအကား
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(၂၀၂၀)။မြေဆီလွှာ-ဒီရေတောအမြစ်သန္တာန်တစ်လျှောက်တွင် ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသော မျိုးဗီဇနှင့် ဘက်တီးရီးယားပိုးမွှားများအဖြစ်များသည်။အန္တရာယ်ရှိသော ပစ္စည်းများဂျာနယ်၊ ၄၀၈, 124985 ။