BMKCloud Log in
条形banner-၀၃

ထုတ်ကုန်များ

Metagenomic Sequencing -NGS

မက်တာဂျီနိုမီ ဆိုသည်မှာ သဘာဝပတ်ဝန်းကျင် ဇီဝမျိုးကွဲ၊ လူသား ဇီဝမျိုးကွဲ စသည်တို့ကဲ့သို့ ရောနှောထားသော သက်ရှိများ၏ မျိုးရိုးဗီဇ အစုအဝေးကို ရည်ညွှန်းသည်။ ၎င်းတွင် စိုက်ပျိုးနိုင်သော နှင့် မမွေးမြူနိုင်သော အဏုဇီဝမျိုးရိုးများ နှစ်မျိုးလုံး ပါရှိသည်။Metagenomic sequencing သည် မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှုနှင့် များပြားမှု၊ လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ၊ ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်ဆံရေး၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇများနှင့် ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆက်စပ်မှုကွန်ရက်တို့ရှိ အသေးစိတ်အချက်အလက်များကို ပေးဆောင်သည့် ရောစပ်မျိုးဗီဇပစ္စည်းများကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် အသုံးပြုသည့် မော်လီကျူးကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။

ပလပ်ဖောင်း-Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း


ဝန်ဆောင်မှုအသေးစိတ်

သရုပ်ပြရလဒ်များ

Case Study

ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ

● အဏုဇီဝအသိုက်အဝန်းပရိုဖိုင်အတွက် အထီးကျန်ခြင်းနှင့် စိုက်ပျိုးခြင်းကင်းစင်ခြင်း။

● ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများတွင် ပေါများသောမျိုးစိတ်များကို ရှာဖွေရာတွင် မြင့်မားသော ကြည်လင်ပြတ်သားမှု

● “မက်တာ-” ၏ အယူအဆသည် ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ အင်္ဂါရပ်များအားလုံးကို လုပ်ဆောင်မှုအဆင့်၊ မျိုးစိတ်အဆင့်နှင့် ဗီဇအဆင့်တွင် ပေါင်းစပ်ထားကာ လက်တွေ့နှင့် ပိုမိုနီးစပ်သည့် တက်ကြွသောအမြင်ကို ထင်ဟပ်စေသည်။

● BMK သည် နမူနာအမျိုးအစားပေါင်း 10,000 ကျော်ဖြင့် ကွဲပြားသောနမူနာအမျိုးအစားများတွင် ကြီးမားသောအတွေ့အကြုံကို စုဆောင်းထားသည်။

ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ

 ပလပ်ဖောင်း

Sequencing

အကြံပြုထားသော အချက်အလက်

လှည့်ပတ်ချိန်

Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း

PE150

6 G/10 G/20 G

45 အလုပ်လုပ်ရက်

Bioinformatics ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်များ

● ကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု

● Metagenome စုဝေးမှု

● မလိုအပ်သော ဗီဇအစုံနှင့် မှတ်ချက်

● မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

● မျိုးရိုးဗီဇလုပ်ဆောင်မှု ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

● အုပ်စုအချင်းချင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

● စမ်းသပ်မှုဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆန့်ကျင်ဘက်အသင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

liuchengtu11

နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။

နမူနာလိုအပ်ချက်များ-

ဘို့DNA ထုတ်ယူမှုများ:

နမူနာအမျိုးအစား

ပမာဏ

အာရုံစူးစိုက်မှု

သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။

DNA ထုတ်ယူမှုများ

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများအတွက်-

နမူနာအမျိုးအစား

နမူနာယူခြင်းလုပ်ငန်းစဉ်ကို အကြံပြုထားသည်။

မြေဆီလွှာ

နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ညှိုးနွမ်းနေသော အကြွင်းအကျန်များကို မျက်နှာပြင်မှ ဖယ်ရှားရန် လိုအပ်သည်။ကြီးမားသောအပိုင်းများကိုကြိတ်ပြီး 2 မီလီမီတာ filter ကိုဖြတ်သန်းပါ။ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cyrotube တွင် Aliquot နမူနာများ။

မစင်

နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် နမူနာများကို စုဆောင်းပြီး aliquot လုပ်ပါ။

အူလမ်းကြောင်းအကြောင်းအရာများ

နမူနာများကို ပိုးမွှားအခြေအနေအောက်တွင် လုပ်ဆောင်ရန် လိုအပ်သည်။စုဆောင်းထားသော တစ်ရှူးများကို PBS ဖြင့် ဆေးကြောပါ။PBS ကို ဗဟိုပြုပြီး EP-tubes များတွင် မိုးရေစက်များကို စုဆောင်းပါ။

ပိုလစ်

နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် sludge နမူနာကို စုဆောင်းပြီး aliquot

ရေလောင်း

ပိုက်ရေ၊ ရေတွင်းရေစသည်ဖြင့် အကန့်အသတ်ရှိသော အဏုဇီဝနမူနာအတွက်၊ အနည်းဆုံး ရေ 1 L ကိုစုဆောင်းပြီး အမြှေးပါးပေါ်ရှိ ရောဂါပိုးမွှားများကြွယ်ဝစေရန် 0.22 μm ဇကာဖြင့်ဖြတ်သန်းပါ။အမြှေးပါးကို ပိုးမွှားပြွန်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။

အရေပြား

အရေပြားမျက်နှာပြင်ကို ပိုးသတ်ထားသော ဂွမ်းစ သို့မဟုတ် ခွဲစိတ်ဓားဖြင့် ဂရုတစိုက်ခြစ်ပြီး ပိုးမွှားပြွန်ထဲတွင် ထည့်ပါ။

နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။

နမူနာများကို နိုက်ထရိုဂျင်အရည်တွင် ၃-၄ နာရီကြာ အေးခဲပြီး နိုက်ထရိုဂျင်အရည် သို့မဟုတ် -80 ဒီဂရီမှ ရေရှည်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ရေခဲခြောက်ဖြင့် နမူနာပို့ဆောင်ရန် လိုအပ်ပါသည်။

Service Work Flow

နမူနာပေးပို့ခြင်း။

နမူနာပေးပို့ခြင်း။

စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်ခြင်း။

စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး

Sequencing

Sequencing

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ


  • ယခင်-
  • နောက်တစ်ခု:

  • 1.Histogram- မျိုးစိတ်ဖြန့်ချီရေး

    ၃

    2.KEGG ဇီဝဖြစ်စဉ်လမ်းကြောင်းများတွင် မှတ်သားထားသော လုပ်ဆောင်နိုင်သော ဗီဇများ

    ၄

    3.Heat map- မျိုးရိုးဗီဇကြွယ်ဝမှုအပေါ်အခြေခံ၍ ကွဲပြားသောလုပ်ဆောင်ချက်များ၅4.Circos of CARD ပဋိဇီဝဆေးယဉ်ပါးသော ဗီဇများ

    ၆

    BMK ဖြစ်ရပ်မှန်

    မြေဆီလွှာ-ဒီရေတော အမြစ်သန္တာန်တစ်လျှောက်တွင် ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသော မျိုးဗီဇနှင့် ဘက်တီးရီးယားပိုးမွှားများ အဖြစ်များသည်။

    ထုတ်ဝေသည်-အန္တရာယ်ရှိသောပစ္စည်းများဂျာနယ်၊ 2021

    ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-

    ပစ္စည်းများ- ဒီရေတော အမြစ်ဆက်စပ်နမူနာ အပိုင်းလေးပိုင်း၏ DNA ထုတ်ယူမှုများ- မစိုက်ပျိုးရသေးသော မြေဆီလွှာ၊ rhizosphere၊ episphere နှင့် endosphere အကွက်များ
    ပလပ်ဖောင်း- Illumina HiSeq 2500
    ပစ်မှတ်များ- Metagenome
    16S rRNA ဗီဇ V3-V4 ဒေသ

    အဓိကရလဒ်များ

    မြေဆီလွှာမှ ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသော မျိုးဗီဇ (ARGs) များ ပြန့်ပွားမှုကို လေ့လာရန်အတွက် ဒီရေတောပင်များ၏ မြေဆီလွှာ၏ အမြစ်သန္တာန်တွင် ဇီဝဖြစ်စဉ် ပေါင်းစပ်ခြင်းနှင့် ဇီဝဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်းတို့ကို ဆောင်ရွက်ခဲ့ပါသည်။ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာအချက်အလက်များအရ ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသောမျိုးဗီဇများ၏ 91.4% သည် အထက်ဖော်ပြပါမြေလွှာလေးခုစလုံးတွင် အများအားဖြင့်တွေ့ရှိရပြီး စဉ်ဆက်မပြတ်အသွင်အပြင်ကိုပြသသည့်ဖော်ပြခဲ့သည်။16S rRNA amplicon sequencing သည် 29,285 sequence ကိုထုတ်ပေးပြီး 346 မျိုးစိတ်ကိုကိုယ်စားပြုသည်။amplicon sequencing ဖြင့် မျိုးစိတ်များ၏ ပရိုဖိုင်ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့်၊ ဤဖြန့်ဝေမှုသည် အမြစ်-ဆက်စပ်နေသော microbiota နှင့် အမှီအခိုကင်းကြောင်း တွေ့ရှိခဲ့သော်လည်း၊ ၎င်းကို မျိုးဗီဇဒြပ်စင်များ၏ မိုဘိုင်းဖုန်းဖြင့် ပံ့ပိုးပေးနိုင်သည်။ဤလေ့လာမှုသည် မြေဆီလွှာမှ ARGs နှင့် ရောဂါပိုးမွှားများ အပြန်အလှန်ဆက်စပ်နေသော မြေဆီလွှာ-အမြစ်သန္တာန်မှတဆင့် အပင်များအတွင်းသို့ စီးဆင်းမှုကို ဖော်ထုတ်ခဲ့သည်။

    အကိုးအကား

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(၂၀၂၀)။မြေဆီလွှာ-ဒီရေတော အမြစ်သန္တာန်တစ်လျှောက်တွင် ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသော မျိုးဗီဇနှင့် ဘက်တီးရီးယားပိုးမွှားများအဖြစ်များသည်။အန္တရာယ်ရှိသော ပစ္စည်းများဂျာနယ်၊ ၄၀၈, 124985 ။

    ကိုးကားရယူပါ။

    သင့်စာကို ဤနေရာတွင် ရေးပြီး ကျွန်ုပ်တို့ထံ ပေးပို့ပါ။

    သင့်ထံ မက်ဆေ့ချ်ပို့ပါ-