-
Metagenomic Sequencing -NGS
မက်တာဂျီနိုမီ ဆိုသည်မှာ သဘာဝပတ်ဝန်းကျင် ဇီဝမျိုးကွဲ၊ လူသား ဇီဝမျိုးကွဲ စသည်တို့ကဲ့သို့ ရောနှောထားသော သက်ရှိများ၏ မျိုးရိုးဗီဇ အစုအဝေးကို ရည်ညွှန်းသည်။ ၎င်းတွင် စိုက်ပျိုးနိုင်သော နှင့် မမွေးမြူနိုင်သော အဏုဇီဝမျိုးရိုးများ နှစ်မျိုးလုံး ပါရှိသည်။Metagenomic sequencing သည် မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှုနှင့် များပြားမှု၊ လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ၊ ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်ဆံရေး၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇများနှင့် ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆက်စပ်မှုကွန်ရက်တို့ရှိ အသေးစိတ်အချက်အလက်များကို ပေးဆောင်သည့် ရောစပ်မျိုးဗီဇပစ္စည်းများကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် အသုံးပြုသည့် မော်လီကျူးကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။
ပလပ်ဖောင်း-Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics သည် မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှုနှင့် ပေါများကြွယ်ဝမှု၊ လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ၊ ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်ဆံရေး၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇများနှင့် ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆက်နွယ်မှုကွန်ရက်စသည်တို့အတွက် အသေးစိတ်အချက်အလက်များကို ပံ့ပိုးပေးသည့် ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများမှ ထုတ်ယူထားသော ရောစပ်မျိုးဗီဇပစ္စည်းများကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် အသုံးပြုသည့် မော်လီကျူးကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။ Nanopore စီစစ်ခြင်းပလပ်ဖောင်းများကို မကြာသေးမီက မိတ်ဆက်ခဲ့သည်။ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလေ့လာမှုများ။ဖတ်ရှုမှုအလျားတွင် ၎င်း၏ထူးခြားသောစွမ်းဆောင်ရည်သည် အထူးသဖြင့် metagenome စည်းဝေးမှုတွင် အဓိကအားဖြင့် စီးဆင်းနေသော ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို မြှင့်တင်ပေးပါသည်။Read-length ၏ အားသာချက်များကိုယူပြီး၊ Nanopore-based metagenomic လေ့လာမှုသည် shot-gun metagenomics နှင့် နှိုင်းယှဉ်လျှင် ပိုမိုစဉ်ဆက်မပြတ် စုဝေးမှုကို ရရှိနိုင်သည်။Nanopore-based metagenomics သည် microbiomes များမှ ပြီးပြည့်စုံသော နှင့် ပိတ်ထားသော ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ်များ (Moss, EL, et. al.သဘာဝဇီဝနည်းပညာ2020)
ပလပ်ဖောင်း-Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S နှင့် 18S rRNA ပေါ်ရှိ subunit သည် အလွန်ထိန်းသိမ်းထားသော နှင့် hyper-variable regions နှစ်ခုလုံးပါရှိသော subunit သည် prokaryotic နှင့် eukaryotic organisms ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းအတွက် ပြီးပြည့်စုံသော မော်လီကျူးလက်ဗွေတစ်ခုဖြစ်သည်။စီစစ်ခြင်း၏ အကျိုးကျေးဇူးကို အသုံးပြု၍ ထိန်းသိမ်းထားသော အစိတ်အပိုင်းများပေါ်တွင် အခြေခံ၍ ဤ amplicons များကို ပစ်မှတ်ထားနိုင်ပြီး အဏုဇီဝမျိုးကွဲများကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း၊ ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း၊ phylogeny စသည်ဖြင့် လေ့လာမှုများအတွက် ပံ့ပိုးပေးသည့် အဏုဇီဝမျိုးကွဲများဆိုင်ရာ ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းအတွက် အပြည့်အ၀ လက္ခဏာရပ်ပြနိုင်သည်။ တစ်ခုတည်း-မော်လီကျူးများ (SMRT ) PacBio ပလပ်ဖောင်းကို စီစစ်ခြင်းဖြင့် အရှည် amplicons (1.5 Kb ခန့်) လွှမ်းခြုံနိုင်သော အလွန်တိကျသော ရှည်လျားသော ဖတ်ရှုနိုင်မှုကို ရရှိစေပါသည်။မျိုးရိုးဗီဇနယ်ပယ်၏ ကျယ်ပြန့်သောအမြင်သည် ဘက်တီးရီးယား သို့မဟုတ် မှိုအသိုင်းအဝိုင်းရှိ မျိုးစိတ်ဖော်ပြချက်တွင် ပြတ်သားမှုကို ပိုမိုကောင်းမွန်စေသည်။
ပလပ်ဖောင်း-PacBio နောက်ဆက်တွဲ II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplicon sequencing သည် အလွန်အသုံးများပြီး ကွဲပြားနိုင်သော အစိတ်အပိုင်းများပါ၀င်သော အိမ်ထိန်းမျိုးရိုးဗီဇအမှတ်အသားများ၏ PCR ထုတ်ကုန်များကို စုံစမ်းစစ်ဆေးခြင်းဖြင့် ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ၊ အမျိုးအစားအလိုက် နှင့် မျိုးစိတ်များ ပေါကြွယ်ဝမှုကို ထုတ်ဖော်ပြသရန် ရည်ရွယ်ပါသည်။Woeses et al,(1977) မှ ပြီးပြည့်စုံသော မော်လီကျူးလက်ဗွေကို မိတ်ဆက်ခြင်းသည် အထီးကျန်ခြင်းကင်းသော မိုက်ခရိုဇီဝပရိုဖိုင်ကို အားကောင်းစေသည်။16S (ဘက်တီးရီးယား)၊ 18S (မှို) နှင့် Internal transcribed spacer (ITS၊ မှို) တို့ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် ပေါများသောမျိုးစိတ်များအပြင် ရှားပါးပြီး အမည်မသိမျိုးစိတ်နှစ်မျိုးလုံးကို ဖော်ထုတ်နိုင်မည်ဖြစ်သည်။ဤနည်းပညာသည် လူ့ပါးစပ်၊ အူလမ်းကြောင်း၊ မစင်စသည့် ပတ်ဝန်းကျင်အမျိုးမျိုးတွင် ကွဲပြားသော အဏုဇီဝဖွဲ့စည်းမှုကို ဖော်ထုတ်ရာတွင် တွင်ကျယ်စွာ အသုံးချပြီး အဓိကကိရိယာတစ်ခု ဖြစ်လာသည်။
ပလပ်ဖောင်း-Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
ဘက်တီးရီးယားနှင့် ဖန်းဂတ်စ် တကိုယ်လုံး ဂျီနိုမ် ပြန်လည် စီစစ်ခြင်း။
ဘက်တီးရီးယားနှင့် ဖန်းဂတ်စ် ဂျီနိုမ် တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည် စီစစ်ခြင်းသည် လူသိများသော ဘက်တီးရီးယားနှင့် မှိုများ၏ ဂျီနိုမ်များကို ပြီးမြောက်အောင် လုပ်ဆောင်ရန်အပြင် များစွာသော ဂျီနိုမ်များကို နှိုင်းယှဉ်ရန် သို့မဟုတ် သက်ရှိအသစ်များ၏ ဂျီနိုမ်များကို မြေပုံဆွဲရန် အရေးကြီးသော ကိရိယာတစ်ခု ဖြစ်သည်။တိကျသောရည်ညွှန်းသည့် ဂျီနိုမ်များထုတ်လုပ်ရန်၊ အဏုဇီဝခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် အခြားနှိုင်းယှဉ်ထားသော ဂျီနိုမ်လေ့လာမှုများပြုလုပ်ရန်အတွက် ဘက်တီးရီးယားနှင့်မှိုများ၏ ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို စီတန်းရန် အရေးကြီးပါသည်။
ပလပ်ဖောင်း-Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
Metatranscriptome Sequencing
Metatranscriptome sequencing သည် သဘာ၀ပတ်ဝန်းကျင်များ (ဥပမာ မြေဆီလွှာ၊ ရေ၊ ပင်လယ်၊ မစင်များနှင့် အစာအိမ်အတွင်း) အဏုဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ပေးပါသည်။ အထူးအားဖြင့်၊ ဤဝန်ဆောင်မှုများသည် ရှုပ်ထွေးသောအဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ ရှုပ်ထွေးသောအဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ ဗီဇဖော်ပြချက်ပရိုဖိုင်းတစ်ခုလုံးကို ရရှိနိုင်စေရန် ခွင့်ပြုပေးပါသည်။ မျိုးစိတ်များ၊ ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော မျိုးဗီဇများ၏ လုပ်ငန်းဆိုင်ရာ ကြွယ်ဝမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် အခြားအရာများ။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
Fungal Genome
Biomarker Technologies သည် တိကျသော သုတေသနပန်းတိုင်ပေါ်မူတည်၍ ဂျီနိုမ်စစ်တမ်း၊ ကောင်းမွန်သော ဂျီနိုမ်နှင့် pene-ပြီးပြည့်စုံသော မှိုမျိုးရိုးဗီဇများကို ပေးဆောင်ပါသည်။အဆင့်မြင့် ဂျီနိုမ်စည်းဝေးပွဲကို ရရှိရန် မျိုးဆက်သစ် စီစီကိန်း + တတိယမျိုးဆက် စီစစ်ခြင်းကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် ဂျီနိုမ် စည်းလုံးမှု၊ စုဝေးမှုနှင့် လုပ်ဆောင်မှုဆိုင်ရာ မှတ်ချက်များကို ရရှိနိုင်သည်။ခရိုမိုဆုန်းအဆင့်တွင် ဂျီနိုမ်စုဝေးမှုကို လွယ်ကူချောမွေ့စေရန် Hi-C နည်းပညာကိုလည်း အသုံးပြုနိုင်သည်။
ပလပ်ဖောင်း-PacBio နောက်ဆက်တွဲ II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
Bacteria Complete Genome
Biomarker Technologies သည် လုံးဝကွာဟမှုမရှိသော ဘက်တီးရီးယားများ၏ မျိုးရိုးဗီဇကို တည်ဆောက်ရာတွင် စီတန်းခြင်းဝန်ဆောင်မှုကို ဆောင်ရွက်ပေးပါသည်။ဘက်တီးရီးယားများ၏ ပင်မလုပ်ငန်းအသွားအလာတွင် တိကျသောသုတေသနပန်းတိုင်များကိုဖြည့်ဆည်းပေးသည့် တတိယမျိုးဆက် sequencing၊ စုဝေးမှု၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မှတ်ချက်များနှင့် အဆင့်မြင့် bioinformatic analysis ပါဝင်သည်။ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ်၏ ပိုမိုပြည့်စုံသော ပရိုဖိုင်းသည် ၎င်းတို့၏ ဇီဝဖြစ်စဉ်များကို အခြေခံသည့် အခြေခံ ယန္တရားများကို ဖော်ထုတ်နိုင်စေသည်၊ ၎င်းသည် မြင့်မားသော eukaryotic မျိုးစိတ်များတွင် မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ သုတေသနများအတွက် တန်ဖိုးရှိသော ကိုးကားချက်ကိုလည်း ပေးစွမ်းနိုင်သည်။
ပလပ်ဖောင်း-Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
PacBio နောက်ဆက်တွဲ II
