မက်တာဂျီနိုမစ်စ် (NGS)

Illumina ပါ၀င်သော Shotgun metagenomics သည် ရှုပ်ထွေးသောနမူနာများမှ DNA ကို တိုက်ရိုက်စီစစ်ခြင်းဖြင့် microbiome များကိုလေ့လာရန်အတွက် ရေပန်းစားသောကိရိယာတစ်ခုဖြစ်ပြီး taxonomic နှင့် functional diversity နှစ်မျိုးလုံးကို လေ့လာနိုင်စေပါသည်။ BMKCloud metagenomic (NGS) pipeline သည် quality control နှင့် metagenome assembly ဖြင့်စတင်ပြီး ၎င်းမှ မျိုးဗီဇများကို ခန့်မှန်းပြီး database များစွာကို အသုံးပြု၍ function နှင့် taxonomy အတွက် မှတ်ချက်ပေးထားသော non-redundant datasets များအဖြစ် စုစည်းထားသည်။ ဤအချက်အလက်ကို နမူနာအတွင်း taxonomic diversity (alpha diversity) နှင့် နမူနာအကြား diversity (beta diversity) တို့ကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန်အသုံးပြုသည်။ အုပ်စုများအကြား ကွဲပြားသော analysis သည် parametric နှင့် non-parametric စမ်းသပ်မှုနှစ်မျိုးလုံးကို အသုံးပြု၍ အုပ်စုနှစ်စုအကြား ကွဲပြားသော OTU များနှင့် ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ လုပ်ဆောင်ချက်များကို ရှာဖွေပြီး correlation analysis သည် ဤကွာခြားချက်များကို ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆက်စပ်ပေးသည်။