ရှည်လျားသော coding sequencing-Illumina
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
● ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
● ဆယ်လူလာနှင့် တစ်သျှူးများ တိကျသော
● တိကျသောအဆင့်သည် တက်ကြွသောအသုံးအနှုန်းပြောင်းလဲမှုကို ဖော်ပြပြီး တင်ပြသည်။
● တိကျသောအချိန်နှင့် အာကာသဖော်ပြမှုပုံစံများ
● mRNA ဒေတာနှင့်အတူ ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● BMKCloud အခြေခံရလဒ်ပေးပို့ခြင်း- ပလပ်ဖောင်းပေါ်တွင် စိတ်ကြိုက်ဒေတာတူးဖော်ခြင်း
● ပရောဂျက်ပြီးဆုံးချိန်တွင် အရောင်းအပြီးဝန်ဆောင်မှုများသည် ၃ လ သက်တမ်းရှိသည်။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
| စာကြည့်တိုက် | ပလပ်ဖောင်း | အကြံပြုထားသော အချက်အလက် | ဒေတာ QC |
| rRNA လျော့နည်းခြင်း။ | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | ပမာဏ (μg) | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ | သမာဓိ |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ဂျယ်တွင်ပြသထားသော ပရိုတင်း သို့မဟုတ် DNA ညစ်ညမ်းမှု အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် မရှိပါ။ | အပင်များအတွက် RIN≥6.5; တိရစ္ဆာန်များအတွက် RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် အခြေခံအဆင့်မြင့်ခြင်း |
Nucleotides-
တစ်ရှူး- အလေးချိန် (အခြောက်) ≥1 ဂရမ်
* 5 မီလီဂရမ်ထက်သေးငယ်သောတစ်ရှူးအတွက်၊ ဖလက်ရှ်အေးခဲထားသော (နိုက်ထရိုဂျင်အရည်တွင်) တစ်ရှူးနမူနာကို ပေးပို့ရန် အကြံပြုအပ်ပါသည်။
ဆဲလ်ဆိုင်းငံ့မှု- ဆဲလ်အရေအတွက် = 3×107
* အေးခဲနေသောဆဲလ် lysate ကိုတင်ပို့ရန်ကျွန်ုပ်တို့အကြံပြုပါသည်။ဆဲလ်သည် 5×10 ထက်ငယ်ပါက ရေတွက်ပါ။5နိုက်ထရိုဂျင် အရည်တွင် အေးခဲနေသော flash ကို အကြံပြုထားသည်။
သွေးနမူနာများ
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol နှင့် 2mL သွေး (TRIzol: သွေး = 3:1)
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge tube (Tin foil ကို မထောက်ခံပါ)
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- အုပ်စု+ဥပမာ A1၊ A2၊ A3၊B1၊ B2၊ B3 ......
တင်ပို့မှု-
1.Dry-ice- နမူနာများကို အိတ်များတွင်ထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်ထဲတွင် မြှုပ်ထားရန် လိုအပ်သည်။
2.RNAstable tubes- RNA နမူနာများကို RNA stabilization tube (ဥပမာ RNAstable®) တွင် အခြောက်ခံပြီး အခန်းအပူချိန်တွင် တင်ပို့နိုင်ပါသည်။
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
RNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
ဇီဝအချက်အလက်
1.LncRNA အမျိုးအစားခွဲခြားခြင်း။
အထက်ဖော်ပြပါ ဆော့ဖ်ဝဲလ်လေးခုမှ ခန့်မှန်းထားသော LncRNA ကို အမျိုးအစား 4 ခု ခွဲခြားထားသည်- lincRNA၊ anti-sense-LncRNA၊ intronic-LncRNA;အာရုံခံစားမှု-LncRNA။LncRNA အမျိုးအစား ခွဲခြားခြင်းကို အောက်ပါ histogram တွင် ပြထားသည်။
LncRNA အမျိုးအစားခွဲခြားခြင်း။
2. DE-lncRNA ကြွယ်ဝမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ Cis-ပစ်မှတ်ထားသော မျိုးဗီဇများ
ClusterProfiler ကို ဇီဝဖြစ်စဉ်များ၊ မော်လီကျူးလုပ်ဆောင်ချက်များနှင့် ဆဲလ်လူလာအစိတ်အပိုင်းများဆိုင်ရာ ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော lncRNA (DE-lncRNA) ၏ cis ပစ်မှတ်ထားသော မျိုးဗီဇများအပေါ် GO ကြွယ်ဝမှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် အလုပ်ခန့်ထားသည်။GO ကြွယ်ဝမှုကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးနှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက DEG မှ သိသိသာသာ ကြွယ်ဝသော GO ဝေါဟာရများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် လုပ်ငန်းစဉ်တစ်ခုဖြစ်သည်။ဖြည့်စွက်ထားသော ဝေါဟာရများကို အောက်တွင်ဖော်ပြထားသည့်အတိုင်း histogram၊ bubble chart စသည်ဖြင့် ဖော်ပြထားပါသည်။
DE-lncRNA ကြွယ်ဝမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ Cis-ပစ်မှတ်ထားသော မျိုးဗီဇများ-Bubble ဇယား
3. အရှည်၊ exon နံပါတ်၊ ORF နှင့် mRNA နှင့် lncRNA ၏ စကားရပ်ပမာဏတို့ကို နှိုင်းယှဉ်ခြင်းဖြင့်၊ ၎င်းတို့ကြားရှိ ဖွဲ့စည်းပုံ၊ အစီအစဥ်ဆိုင်ရာ ကွဲပြားမှုများကို နားလည်နိုင်ပြီး ကျွန်ုပ်တို့မှ ဟောကိန်းထုတ်ထားသော LncRNA ဝတ္ထုသည် ယေဘူယျလက္ခဏာများနှင့် ကိုက်ညီမှုရှိမရှိကိုလည်း စစ်ဆေးအတည်ပြုနိုင်ပါသည်။
BMK ဖြစ်ရပ်မှန်
KRAS-G12D ပြောင်းလဲမှုနှင့် P53 နောက်ကောက်ကျခြင်းတို့ဖြင့် မောက်စ်အဆုတ် adenocarcinomas ရှိ LncRNA ဖော်ပြချက်ပရိုဖိုင်ကို တားမြစ်ထားသည်
ထုတ်ဝေသည်-Cellular and Molecular Medicine ဂျာနယ်၊2019 ခုနှစ်
Sequence ဗျူဟာ
Illumina
နမူနာစုစည်းမှု
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) ဆဲလ်များနှင့် အနုတ်လက္ခဏာထိန်းချုပ်မှု (sh-Scr) ဆဲလ်များကို သီးခြားဗိုင်းရပ်စ်ကူးစက်မှုတစ်ခု၏ 6 ရက်မြောက်နေ့တွင် ရရှိခဲ့သည်။
အဓိကရလဒ်များ
ဤလေ့လာမှုသည် P53 နောက်ကောက်ကျခြင်းနှင့် KrasG12D ဗီဇပြောင်းလဲမှုတို့နှင့်အတူ မောက်စ်အဆုတ် adenocarcinoma တွင် မှားယွင်းစွာဖော်ပြသော lncRNAs များကို စုံစမ်းသည်။
1.6424 lncRNA များကို ကွဲပြားစွာဖော်ပြခဲ့သည် (≥ 2 ကြိမ်ပြောင်းလဲမှု၊ P < 0.05)။
2. LncRNAs (FC≥8) 210 လုံးတွင်၊ LncRNA 11 လုံး၏အသုံးအနှုန်းကို P53၊ 33 lncRNAs မှ KRAS နှင့် 13 lncRNAs တို့က အသီးသီးထိန်းချုပ်ထားသည်။
3.NONMMUT015812၊ ကြွက်အဆုတ် adenocarcinoma တွင် သိသိသာသာ ထိန်းညှိထားသည့် P53 ပြန်လည်ဖော်ပြခြင်းမှ အနုတ်လက္ခဏာဆောင်သော ထိန်းညှိခြင်းအား ၎င်း၏ ဆယ်လူလာလုပ်ဆောင်ချက်ကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် ရှာဖွေတွေ့ရှိခဲ့သည်။
4. shRNAs မှ NONMMUT015812 ကို ဖျက်သိမ်းခြင်းသည် KP ဆဲလ်များ၏ ကြီးထွားမှုနှင့် ရွှေ့ပြောင်းမှုစွမ်းရည်ကို ကျဆင်းစေသည်။NONMMUT015812 သည် ဖြစ်နိုင်ချေရှိသော oncogene ဖြစ်သည်။
 NONMMUT015812-knockdown KP ဆဲလ်များရှိ ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော မျိုးဗီဇများကို KEGG လမ်းကြောင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း |  NONMMUT015812-knockdown KP ဆဲလ်များရှိ ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော မျိုးဗီဇများကို Gene Ontology ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း |
အကိုးအကား
KRAS-G12D ပြောင်းလဲမှုနှင့် P53 နောက်ကောက်[J] ဖြင့် မောက်စ်အဆုတ် adenocarcinomas ရှိ lncRNA ဖော်ပြချက်ပရိုဖိုင်ကို တားမြစ်ထားသည်။ဆဲလ်လူလာနှင့် မော်လီကျူးဆေးပညာဂျာနယ်၊ 2019၊ 23(10)။DOI: 10.1111/jcmm.14584
