TRANSCRIPTOMICS
تەبىئەت
COMMUNICATIONS
سوزۇلما خاراكتېرلىك لىمفا ھۈجەيرىلىك ئاق قاندىكى SF3B1 نىڭ ئۆزگىرىشىنىڭ تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى خاتىرىلىنىشى ساقلانغان ئىچكى ئەزالارنىڭ كونترول قىلىنىشىنى ئاشكارىلايدۇ.
تولۇق ئۇزۇنلۇق خاتىرىسى |Nanopore تەرتىپى |Alternative isoform analysis
تەگلىك
SSF3B1 نىڭ كۆپىيىش ئامىلىدىكى ئوماتىك ئۆزگىرىشنىڭ سوزۇلما لىمفا ھۈجەيرىلىك ئاق قان كېسىلى (CLL) ، بالىياتقۇ ئىچكى پەردىسى ئۆسمىسى ، سۈت بېزى راكى قاتارلىق ھەر خىل راكلار بىلەن مۇناسىۋەتلىك ئىكەنلىكى كەڭ تارقالغان.قانداقلا بولمىسۇن ، بۇ قوشۇمچە تاللاش ئەندىزىسىدىكى تەتقىقاتلار ئۇزۇن ئوقۇشلۇق قۇراشتۇرۇلغان خاتىرىلەرنىڭ چەكلىمىسى تۈپەيلىدىن ھادىسە سەۋىيىسى ۋە ئىزفورم سەۋىيىسىدىكى بىلىملەرنىڭ كەملىكى بىلەنلا چەكلىنىپ كەلگەن.بۇ يەردە نانوپورنى تەرتىپكە سېلىش سۇپىسى تولۇق ئۇزۇنلۇق خاتىرىسىنى ھاسىل قىلىش ئۈچۈن تونۇشتۇرۇلدى ، بۇ AS isoforms غا تەتۈر يۆنىلىشلىك ھوقۇق بەردى.
تەجرىبە لايىھىسى
تەجرىبە
گۇرۇپپىلاش:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E نىڭ ئۆزگىرىشى);3. نورمال B ھۈجەيرىلەر
تەرتىپلەش ئىستراتېگىيىسى:MinION 2D كۈتۈپخانىنىڭ تەرتىپى ، PromethION 1D كۈتۈپخانىنىڭ تەرتىپىئوخشاش ئەۋرىشكىلەردىن قىسقا ئوقۇشلۇق سانلىق مەلۇمات
تەرتىپلەش سۇپىسى:ONT MinION;ONT PromethION;
Bioinformatic Analysis
نەتىجە
A.6 CLL ئەۋرىشكىسى ۋە 3 B ھۈجەيرىسىدىن جەمئىي 257 مىليون ئوقۇشلۇق بارلىققا كەلگەن.ئوتتۇرا ھېساب بىلەن بۇ ئوقۇشلارنىڭ% 30.5 ى تولۇق ئۇزۇنلۇق خاتىرىسى دەپ بېكىتىلدى.
FRNA (FLAIR) نىڭ ull ئۇزۇنلۇقىدىكى ئىزفورما ئانالىزى بىر يۈرۈش يۇقىرى ئىشەنچلىك ئىزفورم ھاسىل قىلىش ئۈچۈن ياسالغان.FLAIR نى مۇنداق يىغىنچاقلاشقا بولىدۇ:
Nئانوپور توغرىلاشنى ئوقۇيدۇ: پايدىلىنىش گېنلىرىغا ئاساسەن ئومۇمىي خاتىرىلەش قۇرۇلمىسىنى ئېنىقلاڭ.
Sقىستۇرما ئۇلىنىشنى تۈزىتىش: ئىزاھلانغان ئىچكى قىسىمدىن ، قىسقا ئوقۇلغان سانلىق مەلۇماتتىن كەلگەن ھەرپلەردىن بۆلەكلەر بىلەن رەت تەرتىپىدىكى خاتالىق (قىزىل).
Cئولاپس: بۆلۈش ئۇلىنىش زەنجىرىنى ئاساس قىلغان ۋەكىللىك ئىزفورلارنى خۇلاسىلەش (بىرىنچى ئۆتكەل).قوللايدىغان ئوقۇش سانىغا ئاساسەن يۇقىرى ئىشەنچلىك ئىزفورنى تاللاڭ (Threshold: 3).
رەسىم 1. FLAIR ئانالىزى CLL دىكى SF3B1 نىڭ ئۆزگىرىشى بىلەن مۇناسىۋەتلىك تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى ئىزفورملارنى ئېنىقلايدۇ
FLAIR 326،699 يۇقىرى ئىشەنچكە تولغان ئىفورمورنى ئېنىقلاپ چىقتى ، بۇنىڭ 90% ى رومان ئىزفورمىسى.بۇ ئىزاھلانمىغان ئىزفورلارنىڭ كۆپىنچىسى مەلۇم بۆلۈشۈش ئېغىزى (142،971) نىڭ رومان بىرىكمىسى ئىكەنلىكى بايقالدى ، قالغان رومان ئىزفورملىرىدا ساقلانغان ئىچكى قىسىم (21،700) ياكى رومان exon (3594) بار.
Long-read تەرتىپلىرى ئۆزگىرىشچان SF3B1-K700E ئۆزگەرتىلگەن بۆلەك تور بېكەتلىرىنى ئىزفورما سەۋىيىسىدە پەرقلەندۈرۈشكە ھوقۇق بېرىدۇ.35 تال 3'SS ۋە 10 تال 5'SS لار SF3B1-K700E بىلەن SF3B1-WT ئارىسىدا كۆرۈنەرلىك پەرقلىنىدىغانلىقى بايقالدى.35 قېتىملىق ئۆزگەرتىشنىڭ 33 ى ئۇزۇن ئوقۇلغان تەرتىپلەر ئارقىلىق يېڭىدىن بايقالغان.Nanopore نىڭ سانلىق مەلۇماتىدا ، SF3B1-K700E ئۆزگەرتىلگەن 3'SS نىڭ كانون تور بېكەتلىرىنىڭ چوققىسىغا تارقىلىشىنىڭ ئارىلىقى -20 bp ئەتراپىدا بولۇپ ، كونترول تەقسىماتتىن كۆرۈنەرلىك پەرقلىنىدۇ ، CLL قىسقا ئوقۇش تەرتىپىدە خەۋەر قىلىنغانغا ئوخشاش.ERGIC3 گېنىنىڭ ئىزوفورملىرى ئانالىز قىلىنغان ، بۇ يەردە يېقىن بۆلۈش تور بېتىنى ئۆز ئىچىگە ئالغان رومان ئىزفورم SF3B1-K700E دا تېخىمۇ مول بولغان.يېقىن ۋە يىراقتىكى 3'S ھەر ئىككىسى يىراق مۇساپىلىك AS ئەندىزىسى بىلەن مۇناسىۋەتلىك بولۇپ ، كۆپ خىل ئىزفور ھاسىل قىلىدۇ.
2-رەسىم ، نانوپور تەرتىپلەش سانلىق مەلۇماتلىرى بىلەن پەرقلىنىدىغان 3 ′ تاللاش ئۇسۇلى
IR ھادىسىسىنى ئىشلىتىش ئانالىزى IR پەرقلەندۈرۈش ۋە مىقدارلاشتۇرۇشقا بولغان ئىشەنچ سەۋەبىدىن قىسقا ئوقۇشلۇق ئانالىزدا ئۇزۇن مۇددەت چەكلىنىپ كەلگەن.SF3B1-K700E ۋە SF3B1-WT دىكى IR ئىزفورملىرىنىڭ ئىپادىلىنىشى نانوپور تەرتىپىگە ئاساسەن مىقدارلاشقان بولۇپ ، SF3B1-K700E دىكى IR ئىزفورملىرىنىڭ يەرشارى مىقياسىدا تۆۋەنلەش تەڭشىلىشىنى ئاشكارىلىغان.
رەسىم 4. دېھقانچىلىقنىڭ كۈچلۈكلۈك دەرىجىسى ۋە ئۈچ دېھقانچىلىق سىستېمىسى (A ۋە B) دىكى تورنىڭ ئۇلىنىشىئىختىيارى ئورمان ئانالىزى (C) ۋە دېھقانچىلىقنىڭ كۈچلۈكلۈكى بىلەن AMF مۇستەملىكىسىنىڭ مۇناسىۋىتى (D)
رەسىم 3. CLL SF3B1-K700E دا ئۆي ئىجارە ئېلىش ھادىسىلىرى تېخىمۇ قاتتىق كونترول قىلىنغان
تېخنىكا
Nanopore ئۇزۇن ئوقۇلغان تەرتىپ
Nئانوپور تەرتىپى يەككە مولېكۇلا ھەقىقىي ۋاقىتتىكى ئېلېكتر سىگنال رەتلەش تېخنىكىسى.
Double stra DNA DNA DNA DNA DNA DNA DNA RNA DNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA RNA
DNA / RNA سىزىقلىرى توك بېسىمىنىڭ پەرقى ئاستىدا نانوپور قانىلىدىكى ئاقسىلدىن مەلۇم سۈرئەتتە ئۆتىدۇ.
Molecules خىمىيىلىك قۇرۇلمىغا ئاساسەن ئوخشىمىغان ئېلېكتر سىگناللىرىنى ھاسىل قىلىدۇ.
Rتەرتىپنى eal-time بايقاش ئاساسى چاقىرىش ئارقىلىق ئەمەلگە ئاشىدۇ.
پۈتۈن ئۇزۇنلۇقتىكى خاتىرىلەش تەرتىپىنىڭ ئىپادىسى
√ Data Saturation
سېلىشتۇرما سانلىق مەلۇماتنىڭ تويۇنۇشىغا يېتىش ئۈچۈن 7 ھەسسە ئاز ئوقۇش كېرەك.
√ ترانسكرىپسىيە قۇرۇلمىسىنى پەرقلەندۈرۈش
ھەر بىر خاتىرىنى تولۇق ئوقۇپ چىقىش ئارقىلىق كۆپ خىل قۇرۇلما ۋارىيانتلىرىنى پەرقلەندۈرۈش
Cript ترانسكرىپسىيە سەۋىيىسىدىكى پەرقلىق ئانالىز - ئۆزگەرتىشلەرنى قىسقا ئوقۇش ئارقىلىق كېڭەيتىدۇ
پايدىلانما
تاڭ AD ، Soulette CM ، Baren MJV قاتارلىقلار.سوزۇلما لىمفا ھۈجەيرىلىك ئاق قان كېسەللىكىدىكى SF3B1 ئۆزگىرىشىنىڭ تولۇق ئۇزۇنلۇقتىكى خاتىرىلىنىشى ساقلاپ قېلىنغان ئىچكى ئەزالارنىڭ تەڭشىلىشىنى ئاشكارىلايدۇ.تەبىئەت ئالاقىسى.
تېخنىكا ۋە يارقىن نۇقتىلار ئوخشىمىغان يۇقىرى سۈرئەتلىك تەرتىپلەش تېخنىكىسىنىڭ ھەرخىل رېشاتكىلار سەھنىسىدىكى ئەڭ يېڭى مۇۋەپپەقىيەتلىك قوللىنىلىشىنى شۇنداقلا تەجرىبە لايىھىلەش ۋە سانلىق مەلۇمات قېزىشتىكى پارلاق ئىدىيىلەرنى ئورتاقلىشىشنى مەقسەت قىلىدۇ.
يوللانغان ۋاقتى: 1-ئاينىڭ 08-كۈنىدىن 22-كۈنىگىچە