SKRIFTSKIPTI
náttúrunni
SAMSKIPTI
Útskrift í fullri lengd á SF3B1 stökkbreytingu í langvarandi eitilfrumuhvítblæði leiðir í ljós niðurstýringu á varðveittum introns
Afrit í fullri lengd|Nanopore raðgreining |Önnur ísóformagreining
Bakgrunnur
SÓmatic stökkbreytingar í splicing factor SF3B1 hefur víða verið tilkynnt um að tengjast ýmsum krabbameinum, þar á meðal langvarandi eitilfrumuhvítblæði (CLL), sortuæxli í hálsi, brjóstakrabbameini, o.Hins vegar hafa rannsóknir á þessum öðrum skeytingamynstri lengi verið takmarkaðar við atburðastig og skort á þekkingu á ísóformastigi vegna takmarkana á stuttum lesnum samsettum afritum.Hér var nanopore raðgreiningarvettvangur kynntur til að búa til afrit í fullri lengd, sem veitti heimild til að rannsaka AS ísóform.
Tilraunahönnun
Tilraunir
Flokkun:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E stökkbreyting);3. Venjulegar B-frumur
Röðunarstefna:MinION 2D bókasafn raðgreining, PromethION 1D bókasafn raðgreining;stutt lesgögn úr sömu sýnum
Röðunarvettvangur:ONT MinION;ONT PromethION;
Lífupplýsingagreining
Niðurstöður
Aalls voru 257 milljónir lestra mynda úr 6 CLL sýnum og 3 B-frumum.Að meðaltali voru 30,5% þessara lestra skilgreind sem afrit í fullri lengd.
FÓhefðbundin ísóformagreining í fullri lengd á RNA(FLAIR) var þróuð til að búa til sett af ísóformum með mikla öryggi.FLAIR má draga saman sem:
Nanopore les alignment: auðkenna almenna uppskriftarbyggingu byggða á viðmiðunarerfðamengi;
Splice junction leiðrétting: leiðrétta röð villur (rauð) með splice site frá annaðhvort annotated introns, introns frá stutt lesnum gögnum eða bæði;
Collapse: draga saman dæmigerð ísóform byggt á skeytimótakeðjum (fyrsta umferðarsett).Veldu hátrausti isofrom byggt á fjölda stuðningslestra (Þröskuldur: 3).
Mynd 1. FLAIR greining til að bera kennsl á ísóform í fullri lengd sem tengjast SF3B1 stökkbreytingu í CLL
FLAIR benti á 326.699 hátraust splæst ísóform, 90% þeirra eru ný ísóform.Flest þessara ómerktu ísóforma reyndust vera nýjar samsetningar af þekktum skeytamótum (142.971), á meðan hinar nýju ísóformin innihéldu annað hvort haldið intron (21.700) eða nýja exon (3594).
Long-lestrar raðir leyfa auðkenningu á stökkbreyttum SF3B1-K700E-breyttum splæsingarstöðum á isoform-stigi.35 val 3'SSs og 10 val 5'SSs reyndust vera marktækt misjafnt á milli SF3B1-K700E og SF3B1-WT.33 af 35 breytingum voru nýuppgötvuð með langlestri röð.Í Nanopore gögnum er dreifing fjarlægðar milli SF3B1-K700E-breyttra 3'SSs til toppa á kanónískum stöðum um -20 bp, sem er verulega frábrugðið viðmiðunardreifingu, svipað því sem hefur verið greint frá í CLL stuttlestri röð.Ísóform ERGIC3 gena voru greind, þar sem nýtt ísóform sem innihélt nærlæga splæsingarstaðinn fannst meira í SF3B1-K700E.Bæði proximal og distal 3'SS tengdust áberandi AS mynstur sem myndaði margar ísóform.
Mynd 2. Önnur 3′ skeytamynstur auðkennd með nanopore raðgreiningargögnum
Greining á notkun innrauða atburða hefur lengi verið takmörkuð í stuttlestri byggðri greiningu vegna trausts á auðkenningu og magngreiningu innrauða.Tjáning IR ísóforma í SF3B1-K700E og SF3B1-WT voru magngreind út frá nanopore röðum, sem leiddi í ljós alþjóðlega niðurstýringu IR ísóforma í SF3B1-K700E.
Mynd 4. Landbúnaðarstyrkur og nettenging yfir þrjú búskaparkerfi (A og B);Tilviljunarkennd skógargreining (C) og Tengsl milli landbúnaðarstyrks og AMF landnáms (D)
Mynd 3. Innihaldstilvik eru sterkari niðurstýrð í CLL SF3B1-K700E
Tækni
Nanopore Langlestur röð
Nanopore raðgreining er ein sameind í rauntíma rafmerkja raðgreiningartækni.
Dtvístrengað DNA eða RNA mun bindast nanopótuðu próteini sem er fellt inn í líffilmuna og vinda ofan af undir forystu hreyfipróteins.
DNA/RNA þræðir fara í gegnum nanopore rásprótein með ákveðnum hraða undir áhrifum spennumunar.
Mfrumur mynda mismunandi rafboð eftir efnafræðilegri uppbyggingu.
RUppgötvun raða í rauntíma er náð með grunnsímtali.
Frammistaða transcriptome raðgreiningar í fullri lengd
√ Gagnamettun
7-falt færri lestur þarf til að ná sambærilegri gagnamettun.
√ Auðkenning afritsbyggingar
Greining á fjölbreyttum byggingarafbrigðum með samhljóða upplestri í fullri lengd af hverju afriti
√ Mismunagreining á afritsstigi - Sýna breytingar sem eru faldar með stuttum lestri
Tilvísun
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, o.fl.Útskrift í fullri lengd á SF3B1 stökkbreytingu í langvarandi eitilfrumuhvítblæði sýnir niðurstýringu á geymdum introns [J].Náttúrusamskipti.
Tækni og hápunktur miðar að því að deila nýjustu farsælu beitingu mismunandi raðgreiningartækni með mikilli afköstum á ýmsum rannsóknarvettvangi sem og frábærum hugmyndum í tilraunahönnun og gagnavinnslu.
Pósttími: Jan-08-2022