Cijeli genome bisul fi te sekvenciranje (WGBS)
Cijela sekvenciranja genoma (WGBS) stoji kao metodologija zlatne standarde za detaljno istraživanje DNK metilacije, posebno petog položaja u citozinu (5 mc), ključno regulator genskih izražavanja i stanične aktivnosti. Princip temeljni WGBS uključuje tretman bisulfita, izazivajući konverziju nenteliziranih citozina u Uracil (C do u), a ne ostavljajući metilirane citozine nepromijenjene. Ova tehnika nudi jednosnovnu rezoluciju, omogućujući istraživačima da sveobuhvatno istražuju metilome i otkrivaju nenormalne metilizacije povezane s različitim uvjetima, posebno rakom. Upotreba WGBS-a, naučnici mogu steći neusporedive uvide u genski pejzaži širine mitilacije, pružajući nijansiran razumijevanje epigenetskih mehanizama koji podvlače različite biološke procese i bolesti.
Servisne karakteristike
● Zahtijeva referentni genom.
● Lambda DNK se dodaje za nadgledanje efikasnosti konverzije bisulfita.
● Sekviranje na illumini Novaseq.
Prednosti usluge
●Zlatni standard za istraživanje metilacije DNA: Ova zrela tehnologija pretvorbe metilacije ima veliku preciznost i dobru reprodukciju.
●Široka pokrivenost i jedno-baznu rezoluciju:Otkrivanje metilacionih lokacija na nivou genoma.
●Kompletna platforma:Navedite jednokratnu odličnu uslugu od obrade uzorka, bibliotečke konstrukcije, sekvenciranja za analizu bioinformatike.
●Opsežna ekspertiza: Sa projektima WGBS sekvenciranja uspješno su završeni u raznovrsnom rasponu vrsta, BMKGENE donosi više od desetljeća iskustva, visoko kvalificiranog tima za analizu, sveobuhvatan sadržaj i izvrsnu podršku nakon prodaje.
●Mogućnost pridruživanja transkripnkritičkim analizom: omogućava integriranu analizu WGB-a s drugim omičnim podacima poput RNA-SEQ-a.
Specifikacije uzorka
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Preporučeni izlaz podataka | Kontrola kvaliteta |
| Bisulfit tretiran | Illumina PE150 | 30x dubina | Q30 ≥ 85% Konverzija bisulfita> 99% |
Uzorni zahtjevi
| Koncentracija (NG / μl) | Ukupni iznos (μg) | Dodatni zahtjevi | |
| Genomski DNK | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Ograničena degradacija ili kontaminacija |
Servisni protok rada
Dostava uzoraka
Ekstrakcija DNK
Građevinarstvo biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Dostava podataka
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola radne sekvenciranje kvaliteta;
● Mapiranje u referentni genom;
● otkrivanje 5mc metiliranih baza;
● analiza distribucije i napomena metilacije;
● Analiza različitih metiliranih regija (DMRS);
● Funkcionalna napomena gena povezanih sa DMRS-om.
Detekcija metilacije 5mc: Vrste metiliranih web lokacija
Mapa metilacije. 5mc metilacija genoma široko distribucija
Napomena izrazito metiliranih regija
Različito metilirane regije: pridruženi geni
Diferencicilizno metilirane regije: Napomena pridruženih gena (genski ontologija)
Istražite istraživačku napretku omogućena u pružanju sredstava BMKGENE-ove genome bisulfite kroz kustornu kolekciju publikacija.
Ventilator, Y. i sur. (2020) "Analiza DNK metilacijskih profila za vrijeme razvoja mišića skeleta ovaca pomoću cjelo Opseg genoma bisulfita",BMC genomics, 21 (1), str. 1-15. Doi: 10.1186 / s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Novel deoksiribonukleinska kiselina Metilacije uznemiravanja u radnicima izloženim vinil hlorid',Toksikologija i industrijsko zdravlje, 38 (7), str. 377-388. Doi: 10.1177 / 07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Odnosi između metilacije genoma, nivoi ne-kodiranja RNAS, MRNA-a i metabolita u zrećim voćem rajčice',Časopis za biljku, 103 (3), str. 980-994. Doi: 10.1111 / tpj.14778.
