-
Analiza asocijacija na nivou genoma
Studija asocijacija na nivou genoma (GWAS) ima za cilj identifikaciju genetskih varijanti (genotipa) koje su povezane sa specifičnim osobinama (fenotipom).GWAS studija istražuje genetske markere koji prelaze cijeli genom velikog broja individua i predviđa povezanost genotip-fenotip statističkom analizom na nivou populacije.Široko se primjenjuje u istraživanju ljudskih bolesti i funkcionalnom rudarenju gena na složenim osobinama životinja ili biljaka.
-
Sekvenciranje RNK sa jednim jezgrom
Napredak u hvatanju jedne ćelije i tehnici izgradnje individualne biblioteke u kombinaciji sa sekvenciranjem visoke propusnosti omogućava studije genske ekspresije na bazi ćelije po ćeliju.Omogućava dublju i potpuniju sistemsku analizu složenih ćelijskih populacija, u kojoj se u velikoj mjeri izbjegava maskiranje njihove heterogenosti uzimanjem prosjeka svih ćelija.
Međutim, neke ćelije nisu prikladne za pretvaranje u jednoćelijsku suspenziju, pa su potrebne druge metode pripreme uzoraka – ekstrakcija jezgra iz tkiva, odnosno, jezgro se direktno ekstrahuje iz tkiva ili ćelije i priprema u jednonukleusnu suspenziju za jednostruke ćelije. sekvenciranje ćelija.
BMK pruža 10× Genomics ChromiumTM uslugu sekvenciranja jednoćelijske RNK.Ova usluga je široko korištena u studijama vezanim za bolesti, kao što su diferencijacija imunoloških stanica, heterogenost tumora, razvoj tkiva itd.
Čip prostornog transkriptoma: 10× Genomika
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Sekvenciranje cijelog genoma biljke/životinje
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma, također poznato kao WGS, omogućava otkrivanje uobičajenih i rijetkih mutacija na cijelom genomu uključujući polimorfizam jednog nukleotida (SNP), brisanje umetanja (InDel), varijaciju strukture (SV) i varijaciju broja kopija (CNV). ).SV čine veći dio baze varijacija od SNP-a i imaju veći utjecaj na genom, što ima značajan utjecaj na žive organizme.Ponovno sekvenciranje dugog čitanja omogućava precizniju identifikaciju velikih fragmenata i komplikovanih varijacija jer duga čitanja znatno olakšavaju kromosomsko ukrštanje preko komplikovanih regija kao što su tandem ponavljanja, regije bogate GC/AT i hiper-varijabilne regije.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 prostorni transkript
Prostorna organizacija ćelija igra vitalnu ulogu u različitim biološkim procesima, kao što su imunološka infiltracija, razvoj embriona, itd. Prostorno sekvenciranje transkriptoma, koje ukazuje na profilisanje genske ekspresije uz zadržavanje informacija o prostornom položaju, pruža sjajan uvid u arhitekturu tkiva na nivou transkriptoma.Sa razvojem tehnologije, ultra-jasnu morfologiju tkiva i stvarnu strukturnu razliku prostorne molekularne ekspresije potrebno je proučavati u većoj rezoluciji.BMKGENE pruža sveobuhvatnu uslugu sekvenciranja prostornih transkriptoma na jednom mjestu od uzoraka do bioloških uvida.
Tehnologije prostorne transkriptomike osnažile su nove perspektive u različitim istraživačkim arenama rješavanjem profila ekspresije gena sa prostornim sadržajem u heterogenim uzorcima.
Čip prostornog transkripta: BMKMANU S1000
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
10x Genomics Visium prostorni transkriptom
Visium Spatial Gene Expression je glavna tehnologija sekvenciranja prostornog transkriptoma za klasifikaciju tkiva na osnovu ukupne mRNA.Mapirajte cijeli transkriptom s morfološkim kontekstom kako biste otkrili nove uvide u normalan razvoj, patologiju bolesti i klinička translacijska istraživanja.BMKGENE pruža sveobuhvatnu uslugu sekvenciranja prostornih transkriptoma na jednom mjestu od uzoraka do bioloških uvida.
Tehnologije prostorne transkriptomije osnažile su nove perspektive u različitim istraživačkim arenama rješavanjem profila ekspresije gena sa prostornim sadržajem u heterogenim uzorcima.
Čip prostornog transkriptoma: 10x Genomics Visium
Platforma:Illumina NovaSeq platforma
-
Pune dužine mRNA sekvenciranja-Nanopore
RNK sekvenciranje je neprocjenjivo sredstvo za sveobuhvatnu analizu transkriptoma.Nesumnjivo je da je tradicionalno sekvenciranje kratkog čitanja ovdje postiglo brojne važne pomake.Ipak, često nailazi na ograničenja u identifikaciji pune dužine izoforme, kvantifikaciji, PCR pristranosti.
Sekvenciranje nanopora razlikuje se od drugih platformi za sekvenciranje po tome što se nukleotidi čitaju direktno bez sinteze DNK i generiše dugo čitanje na desetinama kilobaza.Ovo omogućava direktno čitanje ukrštanjem transkripata pune dužine i rješavanje izazova u studijama na nivou izoforme.
Platforma：Nanopore PromethION
biblioteka:cDNA-PCR
-
Sekvenciranje mRNA pune dužine -PacBio
De novosekvenciranje transkriptoma pune dužine, takođe poznato kaoDe novoIso-Seq koristi prednosti PacBio sekvencera u dužini čitanja, što omogućava sekvenciranje cDNK molekula pune dužine bez ikakvih prekida.Ovo u potpunosti izbjegava sve greške nastale u koracima sastavljanja transkripta i konstruira unigene skupove s rezolucijom na nivou izoforme.Ovaj unigenski skup pruža moćne genetske informacije kao „referentni genom“ na nivou transkriptoma.Osim toga, u kombinaciji s podacima sekvenciranja sljedeće generacije, ova usluga omogućava preciznu kvantifikaciju ekspresije na nivou izoforme.
Platforma: PacBio Sequel IIBiblioteka: SMRT biblioteka zvona -
Eukariotska mRNA Sequencing-Illumina
Sekvenciranje mRNA omogućava profilisanje svih mRNK transkribovanih iz ćelija pod specifičnim uslovima.To je moćna tehnologija za otkrivanje profila genske ekspresije, genskih struktura i molekularnih mehanizama određenih bioloških procesa.Do danas se sekvenciranje mRNA široko koristi u fundamentalnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici, razvoju lijekova itd.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Nereferentno bazirano mRNA sekvenciranje-Illumina
Sekvenciranje mRNA usvaja tehniku sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) za hvatanje glasničke RNK (mRNA) iz Eukariota u određenom periodu u kojem se neke posebne funkcije aktiviraju.Najduži spojeni transkript nazvan je 'Unigene' i korišten je kao referentna sekvenca za kasniju analizu, što je efikasno sredstvo za proučavanje molekularnog mehanizma i regulatorne mreže vrste bez reference.
Nakon sastavljanja podataka transkriptoma i unigene funkcionalne anotacije
(1) SSR analiza, CDS predviđanje i struktura gena će se izvršiti.
(2) Kvantifikacija ekspresije unigena u svakom uzorku će se izvršiti.
(3) Diferencijalno izraženi unigeni između uzoraka (ili grupa) biće otkriveni na osnovu unigene ekspresije
(4) Radit će se grupiranje, funkcionalna anotacija i analiza obogaćivanja različito izraženih unigena
-
Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina
Duge nekodirajuće RNK (lncRNA) su vrsta RNA molekula dužine preko 200 nt, koje karakteriše izuzetno nizak potencijal kodiranja.LncRNA, kao ključni član nekodirajućih RNA, uglavnom se nalazi u jezgru i plazmi.Razvoj tehnologije sekvenciranja i bioinformtike omogućava identifikaciju brojnih novih lncRNA i njihovo povezivanje sa biološkim funkcijama.Akumulativni dokazi sugeriraju da je lncRNA široko uključena u epigenetsku regulaciju, regulaciju transkripcije i post-transkripcijsku regulaciju.
-
Mala RNK sekvenciranje-Illumina
Mala RNK se odnosi na klasu nekodirajućih RNA molekula koje su obično manje od 200 nt dužine, uključujući mikro RNK (miRNA), malu interferencijsku RNK (siRNA) i RNK u interakciji s piwi (piRNA).
MikroRNA (miRNA) je klasa endogene male RNK dužine od oko 20-24nt, koja igra niz važnih regulatornih uloga u ćelijama.miRNA uključena u mnoge životne procese koji otkrivaju tkivo – specifično i stadijsko – specifičnu ekspresiju i visoko očuvanu kod različitih vrsta.
-
circRNA sekvenciranje-Illumina
CircRNA (kružne RNA) su jedna klasa nekodirajućih RNA molekula kojima nedostaje 5′ završna kapa i 3′ kraj poli(A) rep.CircRNA imaju kružnu strukturu kovalentnom vezom koja je status protiv digestije RNA egzonukleaze.circRNA igra važnu ulogu u rastu i razvoju organizama i njihovoj otpornosti na vanjsku sredinu.
CircRNA ima mnoge funkcije, koje mogu kompetitivno vezati miRNA, vršiti regulatornu funkciju ceRNA, da regulišu ekspresiju gena.Posljednjih godina se također pokazalo da je usko povezan sa pojavom i razvojem bolesti, te ima velike izglede za primjenu u smjeru dijagnostičkih markera bolesti i sl.
