Metagenomika (NGS)

Metagenomika "shotgun" s Illuminom je popularan alat za proučavanje mikrobioma direktnim sekvenciranjem DNK iz složenih uzoraka, omogućavajući proučavanje i taksonomske i funkcionalne raznolikosti. BMKCloud metagenomski (NGS) cjevovod počinje kontrolom kvalitete i sastavljanjem metagenoma, iz kojeg se geni predviđaju i grupiraju u neredundantne skupove podataka koji su označeni funkcijom i taksonomijom korištenjem više baza podataka. Ove informacije se koriste za analizu taksonomske raznolikosti unutar uzorka (alfa raznolikost) i raznolikosti između uzoraka (beta raznolikost). Diferencijalna analiza između grupa pronalazi OTU-e i biološke funkcije koje se razlikuju između dvije grupe korištenjem i parametarskih i neparametrijskih testova, dok korelacijska analiza povezuje ove razlike s faktorima okoline.