-
Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Metagenom je skup ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što su ekološki i ljudski metagenomi. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu kultivirati i koji se ne mogu kultivirati. Metagenomsko sekvencioniranje puške sa NGS-om omogućava proučavanje ovih zamršenih genomskih pejzaža ugrađenih u uzorke životne sredine pružajući više od taksonomskog profilisanja, dajući takođe granularni uvid u raznolikost vrsta, dinamiku obilja i složene strukture stanovništva. Osim taksonomskih studija, metagenomika sačmarice također nudi funkcionalnu genomičku perspektivu, omogućavajući istraživanje kodiranih gena i njihove pretpostavljene uloge u ekološkim procesima. Konačno, uspostavljanje korelacionih mreža između genetskih elemenata i faktora životne sredine doprinosi holističkom razumevanju zamršene interakcije između mikrobnih zajednica i njihove ekološke pozadine. U zaključku, metagenomsko sekvenciranje predstavlja ključni instrument za otkrivanje genomskih zamršenosti različitih mikrobnih zajednica, rasvjetljavajući višestruke odnose između genetike i ekologije unutar ovih složenih ekosistema.
Platforme: Illumina NovaSeq i DNBSEQ-T7
-
Metagenomsko sekvenciranje-TGS
Metagenom je skup genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što su ekološki i ljudski metagenomi. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu kultivirati i koji se ne mogu kultivirati. Metagenomsko sekvenciranje omogućava proučavanje ovih složenih genomskih pejzaža ugrađenih u ekološke uzorke pružajući više od taksonomskog profiliranja. Takođe nudi funkcionalnu genomičku perspektivu istražujući kodirane gene i njihove pretpostavljene uloge u procesima životne sredine. Dok se tradicionalni pristupi sačmaricama sa Illumina sekvenciranjem široko koriste u metagenomskim studijama, pojava Nanopore i PacBio sekvenciranja dugog čitanja promijenila je polje. Nanopore i PacBio tehnologija poboljšavaju nizvodne bioinformatičke analize, posebno sklapanje metagenoma, osiguravajući kontinuiranije sklopove. Izvještaji pokazuju da su metagenomika zasnovana na Nanopore i PacBio uspješno generirala kompletne i zatvorene bakterijske genome iz složenih mikrobioma (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Integracija Nanopore čitanja sa Illumina očitavanjima pruža strateški pristup za ispravljanje grešaka, ublažavajući inherentnu nisku preciznost Nanoporea. Ova sinergijska kombinacija koristi prednosti svake platforme za sekvenciranje, nudeći robusno rješenje za prevazilaženje potencijalnih ograničenja i unapređivanje preciznosti i pouzdanosti metagenomskih analiza.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia i PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Geni 16S i 18S rRNA, zajedno sa regionom unutrašnjeg transkribovanog razmaka (ITS), služe kao ključni markeri za molekularne otiske prstiju zbog svoje kombinacije visoko konzerviranih i hiper-varijabilnih regiona, što ih čini neprocenjivim alatima za karakterizaciju prokariotskih i eukariotskih organizama. Amplifikacija i sekvenciranje ovih regija nude pristup bez izolacije za istraživanje mikrobnog sastava i raznolikosti u različitim ekosistemima. Dok Illumina sekvenciranje obično cilja na kratke hipervarijabilne regije kao što su V3-V4 od 16S i ITS1, pokazano je da se superiorna taksonomska anotacija može postići sekvenciranjem pune dužine 16S, 18S i ITS. Ovaj sveobuhvatni pristup rezultira većim procentom tačno klasifikovanih sekvenci, postižući nivo rezolucije koji se proteže na identifikaciju vrsta. PacBio-ova platforma za sekvenciranje u realnom vremenu sa jednim molekulom (SMRT) se ističe pružanjem visoko preciznih dugih čitanja (HiFi) koja pokrivaju amplikone pune dužine, što se može takmičiti u preciznosti sekvenciranja Illumina. Ova sposobnost omogućava istraživačima da postignu prednost bez premca - panoramski pogled na genetski pejzaž. Proširena pokrivenost značajno podiže rezoluciju u označavanju vrsta, posebno unutar bakterijskih ili gljivičnih zajednica, omogućavajući dublje razumijevanje zamršenosti mikrobnih populacija.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Sekvenciranje amplikona sa Illumina tehnologijom, posebno ciljano na genetske markere 16S, 18S i ITS, moćna je metoda za otkrivanje filogenije, taksonomije i obilja vrsta unutar mikrobnih zajednica. Ovaj pristup uključuje sekvenciranje hipervarijabilnih regiona genetskih markera za održavanje. Prvobitno predstavljen kao molekularni otisak prsta od straneWoeses et al1977. godine, ova tehnika je revolucionirala profiliranje mikrobioma omogućavajući analize bez izolacije. Kroz sekvencioniranje 16S (bakterije), 18S (gljive) i internog transkribovanog razmaknice (ITS, gljive), istraživači mogu identificirati ne samo obilne vrste već i rijetke i neidentifikovane. Široko prihvaćeno kao ključno sredstvo, sekvenciranje amplikona postalo je ključno za uočavanje diferencijalnih mikrobnih sastava u različitim okruženjima, uključujući ljudska usta, crijeva, stolicu i dalje.
-
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica
Projekti ponovnog sekvenciranja cijelog genoma bakterija i gljivica ključni su za unapređenje mikrobne genomike omogućavajući dovršavanje i poređenje mikrobnih genoma. Ovo olakšava inženjering fermentacije, optimizaciju industrijskih procesa i istraživanje puteva sekundarnog metabolizma. Nadalje, ponovno sekvenciranje gljivica i bakterija je ključno za razumijevanje prilagođavanja okoliša, optimizaciju sojeva i otkrivanje dinamike genetske evolucije, sa širokim implikacijama u medicini, poljoprivredi i znanosti o okolišu.
-
Prokariotska RNK sekvenciranje
RNK sekvenciranje omogućava sveobuhvatno profilisanje svih RNK transkripata unutar ćelija pod specifičnim uslovima. Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat, otkrivajući zamršene profile ekspresije gena, strukture gena i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima. Široko prihvaćeno u fundamentalnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, sekvenciranje RNK nudi uvid u zamršenost ćelijske dinamike i genetske regulacije. Naša obrada uzoraka prokariotske RNK je skrojena za prokariotske transkriptome, uključujući iscrpljivanje rRNA i usmjerenu pripremu biblioteke.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome Sequencing
Koristeći Illumina tehnologiju sekvenciranja, BMKGENE-ova usluga sekvenciranja metatranskriptoma otkriva dinamičku ekspresiju gena raznolikog niza mikroba, od eukariota do prokariota i virusa, u prirodnom okruženju kao što su tlo, voda, more, stolica i crijeva. Naša sveobuhvatna usluga osnažuje istraživače da uđu u kompletne profile ekspresije gena kompleksnih mikrobnih zajednica. Osim taksonomske analize, naša usluga sekvenciranja metatranskriptoma olakšava istraživanje funkcionalnog obogaćivanja, bacajući svjetlo na različito izražene gene i njihove uloge. Otkrijte mnoštvo bioloških uvida dok se krećete po složenim pejzažima ekspresije gena, taksonomske raznolikosti i funkcionalne dinamike unutar ovih raznolikih ekoloških niša.
-
De novo skupština genoma gljivica
BMKGENE nudi raznovrsna rješenja za genome gljiva, zadovoljavajući različite potrebe istraživanja i željenu potpunost genoma. Samo korištenje Illumina sekvenciranja kratkog čitanja omogućava stvaranje nacrta genoma. Sekvencioniranje kratkog i dugog čitanja pomoću Nanopore ili Pacbio kombinovano je za rafiniraniji genom gljivica sa dužim kontigovima. Štaviše, integracija Hi-C sekvenciranja dodatno poboljšava mogućnosti, omogućavajući postizanje kompletnog genoma na nivou hromozoma.
-
De novo sklop bakterijskog genoma
Pružamo kompletnu uslugu montaže bakterijskog genoma, jamčimo 0 praznina. Ovo je moguće integracijom tehnologija sekvenciranja dugog čitanja, kao što su Nanopore i PacBio za sklapanje i sekvenciranje kratkog čitanja sa Illuminom za validaciju sklopa i ispravljanje grešaka ONT čitanja. Naša usluga pruža kompletan bioinformatički radni tok od sklapanja, funkcionalne anotacije i napredne bioinformatičke analize, ispunjavajući specifične ciljeve istraživanja. Ova usluga omogućava razvoj preciznih referentnih genoma za različite genetske i genomske studije. Osim toga, čini osnovu za aplikacije kao što su optimizacija sojeva, genetski inženjering i razvoj mikrobne tehnologije, osiguravajući pouzdane genomske podatke bez praznina koji su ključni za unapređenje naučnih uvida i biotehnoloških inovacija.
