mRNA-sekvenciranje (NGS) s referentnim genomom
RNA-seq je standardni alat u naukama o životu i usjevima, koji premošćuje jaz između genoma i proteoma. Njegova snaga leži u otkrivanju novih transkripata i kvantificiranju njihove ekspresije u jednom testu. Široko se koristi za komparativne transkriptomske studije, osvjetljavajući gene povezane s različitim osobinama ili fenotipovima, poput poređenja mutanata s divljim tipovima ili otkrivanja ekspresije gena pod specifičnim uvjetima. BMKCloud mRNA(Reference) APP integrira kvantifikaciju ekspresije, analizu diferencijalne ekspresije (DEG) i analize strukture sekvenci u mRNA-seq(NGS) bioinformatički cjevovod i objedinjuje snage sličnog softvera, osiguravajući praktičnost i jednostavnost korištenja. Korisnici mogu prenijeti svoje RNA-seq podatke u oblak, gdje aplikacija nudi sveobuhvatno, jedinstveno bioinformatičko rješenje za analizu. Osim toga, daje prioritet korisničkom iskustvu, nudeći personalizirane operacije prilagođene specifičnim potrebama korisnika. Korisnici mogu sami postaviti parametre i poslati misiju cjevovoda, provjeriti interaktivni izvještaj, pregledati podatke/dijagrame i dovršiti rudarenje podataka, kao što su: odabir ciljnih gena, funkcionalno klasteriranje, dijagramiranje itd.
Platforma:Illumina, MGI
Strategija:RNK sekvenciranje
Raspored: Upareni, čisti podaci.
Vrsta biblioteke:fr-neuvezani, fr-prvi lanac ili fr-drugi lanac
Dužina čitanja:150 baza podataka
Vrsta datoteke:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ili *.fq.gz. Sistem ćeautomatski upari .fastq datoteke prema njihovim nazivima datoteka,npr. *_1.fastq upareno sa *._2.fastq.
Broj uzoraka:Nema ograničenja u pogledu brojauzoraka, ali vrijeme analize će se povećavati s brojemuzorci rastu.
Preporučena količina podataka:6G po uzorku
