Nereferentno bazirano mRNA sekvenciranje-Illumina
Karakteristike
● Nezavisno od bilo kakvog referentnog genoma,
● Podaci bi se mogli koristiti za analizu strukture i izraza transkripata
● Identifikujte promenljiva mesta za isečak
Prednosti usluge
● Isporuka rezultata zasnovana na BMKCloud-u: Rezultati se isporučuju kao datoteka sa podacima i interaktivni izvještaj preko BMKCloud platforme, koja omogućava čitanje složenih rezultata analize i prilagođeno istraživanje podataka na osnovu standardne bioinformatičke analize.
● Usluge nakon prodaje: Usluge nakon prodaje koje vrijede 3 mjeseca po završetku projekta, uključujući praćenje projekta, rješavanje problema, pitanja i odgovore o rezultatima, itd.
Zahtjevi za uzorke i dostava
Uzorci zahtjeva:
nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥6,5; Za životinje: RIN≥7,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
Markivo: Težina (suvo): ≥1 g
*Za tkivo manje od 5 mg, preporučujemo da pošaljete fleš zamrznut (u tečnom azotu) uzorak tkiva.
Suspenzija ćelija: Broj ćelija = 3×107
*Preporučujemo slanje zamrznutog ćelijskog lizata.U slučaju da ta ćelija broji manji od 5×105, preporučuje se brzo zamrzavanje u tečnom azotu.
Uzorci krvi:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzola i 2mL krvi (TRIzol:Krv=3:1)
Preporučena dostava uzorka
Kontejner:
2 ml epruveta za centrifugiranje (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa+replikacija npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
pošiljka:
1. Suhi led: Uzorci se moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
2. RNK stabilne epruvete: Uzorci RNK se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
1.mRNA(denovo) Princip sastavljanja
Od strane Trinityja, čitanja su fragmentirana na manje komade, poznate kao K-mer.Ovi K-meri se zatim koriste kao sjemenke koje se šire u kontige, a zatim komponente na osnovu preklapanja kontiga.Konačno, De Bruijn je ovdje primijenjen za prepoznavanje transkripata u komponentama.
mRNA (De novo) Pregled Trinity
2.mRNA (De novo) Distribucija nivoa genske ekspresije
RNA-Seq može postići visoko osjetljivu procjenu ekspresije gena.Normalno, opseg FPKM ekspresije transkripta koji se može detektovati kreće se od 10^-2 do 10^6
mRNA (De novo) Distribucija gustine FPKM u svakom uzorku
3.mRNA (De novo) GO analiza obogaćivanja DEG
GO (Gene Ontology) baza podataka je strukturirani sistem bioloških anotacija koji sadrži standardni vokabular funkcija gena i genskih proizvoda.Sadrži više nivoa, pri čemu što je nivo niži, to su funkcije specifičnije.
mRNA (De novo) GO klasifikacija DEG-ova na drugom nivou
BMK Case
Transkriptomska analiza metabolizma saharoze tokom bubrenja i razvoja lukovice u luku (Allium cepa L.)
Objavljeno: granice u nauci o biljkama2016
Strategija sekvenciranja
Illumina HiSeq2500
Sakupljanje uzoraka
U ovom istraživanju je korištena sorta Utah Yellow Sweet Spain “Y1351”.Broj prikupljenih uzoraka je bio
15. dan nakon bubrenja (DAS) lukovice (prečnik 2 cm i težina 3–4 g), 30. DAS (prečnik 5 cm i težina 100–110 g) i ∼3 na 40. DAS (prečnik 7 cm i 260–300 grama).
Ključni rezultati
1. u Venovom dijagramu, otkriveno je ukupno 146 DEG u sva tri para razvojnih faza
2. „Transport i metabolizam ugljikohidrata“ predstavlja samo 585 unigena (tj. 7% označenog COG).
3.Unigeni koji su uspješno navedeni u GO bazi podataka klasifikovani su u tri glavne kategorije za tri različite faze razvoja sijalice.Najzastupljeniji u glavnoj kategoriji “biološki proces” bili su “metabolički proces”, a zatim “ćelijski proces”.U glavnoj kategoriji “molekularne funkcije” dvije kategorije su najzastupljenije bile “vezivanje” i “katalitička aktivnost”.
 Histogram klasifikacije klastera ortolognih grupa (COG). |  Histogram ontološke klasifikacije gena (GO) za unigene izvedene iz lukovica u tri razvojne faze |
 Venov dijagram koji prikazuje gene različito eksprimirane u bilo koje dvije faze razvoja lukovice luka |
Referenca
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Transkriptomska analiza metabolizma saharoze tokom bubrenja i razvoja lukovice u luku (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
