Evolúsjonêre genetika
Service Foardielen
Takagi et al.,It plantsjoernaal, 2013
● Estimating soarten diverginsje tiid en snelheid basearre op fariaasjes op nukleotide en aminosoeren nivo
● It iepenbierjen fan mear betroubere fylogenetyske relaasje tusken soarten mei minimalisearre ynfloed fan konvergente evolúsje en parallelle evolúsje
● Konstruksje fan keppelings tusken genetyske feroarings en fenotypen om trait-relatearre genen te ûntdekken
● Estimating genetyske ferskaat, dat wjerspegelet evolúsjonêre mooglikheden fan soarten
● Faster Turnaround tiid
● Wiidweidige ûnderfining: BMK hat massale ûnderfining sammele yn populaasje en evolúsjonêre relatearre projekten foar mear as 12 jier, dy't hûnderten soarten, ensfh.
Service Spesifikaasjes
Materialen:
Normaal wurde op syn minst trije subpopulaasjes (bgl. ûndersoarten of stammen) oanrikkemandearre.Elke subpopulaasje moat net minder dan 10 yndividuen befetsje (Planten ± 15, kinne wurde fermindere foar seldsume soarten).
Sequencing strategy:
* WGS kin brûkt wurde foar soarten mei referinsjegenoom fan hege kwaliteit, wylst SLAF-Seq fan tapassing is op soarten mei of sûnder in referinsjegenoom, as referinsjegenoom fan minne kwaliteit.
| Tapaslik foar genoomgrutte | WGS | SLAF-Tags (×10.000) |
| ≤ 500 Mb | 10 × / yndividueel | WGS is mear oan te rieden |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Bioinformatika analyzes
● Evolúsjonêre analyze
● Selektyf sweep
● Gene flow
● Demografyske skiednis
● Diverginsje tiid
Sample easken en levering
Sample easken:
| Soarten | Weefsel | WGS-NGS | SLAF |
| Bist
| Visceral weefsel |
0.5~1g
|
0,5g
|
| Muscle weefsel | |||
| Sûchdier bloed | 1,5 ml
| 1,5 ml
| |
| Poultry / Fish bloed | |||
| Fabryk
| Fresh Leaf | 1~2g | 0.5~1g |
| Petalje/Stam | |||
| Root / Sied | |||
| Sellen | Kultuer sel |
| gDNA | Konsintraasje | Tal (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1,6-2,5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
*Demo-resultaten hjir te sjen binne allegear fan genomen publisearre mei BMKGENE
1.Evolution analyze befettet konstruksje fan fylogenetic beam, befolking struktuer en PCA basearre op genetyske fariaasjes.
Fylogenetyske beam fertsjintwurdiget taksonomyske en evolúsjonêre relaasjes tusken soarten mei mienskiplike foarâlden.
PCA hat as doel om tichtens tusken subpopulaasjes te visualisearjen.
Befolkingstruktuer toant de oanwêzigens fan genetysk ûnderskate subbefolking yn termen fan allelefrekwinsjes.
Chen, et al.al.,PNAS, 2020
2.Selektyf sweep
Selektyf sweep ferwiist nei in proses wêrby't in foardielige side wurdt selektearre en frekwinsjes fan keppele neutrale siden wurde ferhege en dy fan net-keppele siden wurde fermindere, wat resulteart yn fermindering fan regionale.
Genome-brede deteksje op selektive sweepregio's wurdt ferwurke troch it berekkenjen fan populaasje genetyske yndeks (π，Fst, Tajima's D) fan alle SNP's binnen in sliding finster (100 Kb) op bepaalde stap (10 Kb).
Nukleotide ferskaat (π)
Tajima's D
Fixaasje-yndeks (Fst)
Wu, et.al.,Molekulêre plant, 2018
3.Gene Flow
Wu, et.al.,Molekulêre plant, 2018
4.Demografyske skiednis
Zhang, et al.al.,Natuerekology en evolúsje, 2021
5.Divergence tiid
Zhang, et al.al.,Natuerekology en evolúsje, 2021
BMK gefal
In genomyske fariaasjekaart jout ynsjoch yn 'e genetyske basis fan 'e seleksje fan Spring Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp. Pekinensis)
Publisearre: Molekulêre plant, 2018
Sequencing strategy:
Resequencing: sequencing djipte: 10×
Key resultaten
Yn dizze stúdzje waarden 194 Sineeske koalen ferwurke foar opnij sequencing mei gemiddelde djipte fan 10 ×, dy't 1.208.499 SNP's en 416.070 InDels oplevere.Fylogenetyske analyze op dizze 194 rigels liet sjen dat dizze rigels kinne wurde ferdield yn trije ekotypen, maitiid, simmer en hjerst.Dêrnjonken hawwe befolkingsstruktuer en PCA-analyze oanjûn dat maitiid Sineeske koal ûntstie út in hjerstkoal yn Shandong, Sina.Dizze waarden letter yntrodusearre oan Korea en Japan, krúst mei lokale linen en guon lette-boltende farianten fan har waarden yntrodusearre werom nei Sina en waarden úteinlik Spring Sineeske koal.
Genome-brede skennen op maitiid Sineeske koalen en hjerst koalen op seleksje die bliken 23 genomic loci dy't hawwe gie troch sterke seleksje, wêrfan twa waarden oerlape mei bolting-tiid kontrolearjende regio basearre op QTL-mapping.Dizze twa regio's waarden fûn om wichtige genen te befetsjen dy't de bloei regelje, BrVIN3.1 en BrFLC1.Dizze twa genen waarden fierder befêstige te wêzen belutsen by bolting tiid troch transkriptoomstúdzje en transgene eksperiminten.
 Befolkingstruktueranalyse op Sineeske koalen |  Genetyske ynformaasje oer seleksje fan Sineeske koal |
Tongbing, et al."In genomyske fariaasjekaart jout ynsjoch yn 'e genetyske basis fan seleksje fan Sineeske koal (Brassica rapa ssp.pekinensis)."Molekulêre planten,11(2018):1360-1376.
