Lytse RNA-sequencing-Illumina
Features
● Grutte seleksje fan RNA foarôfgeand oan biblioteektarieding
● Bioinformatyske analyze rjochte op miRNA-foarsizzing en har doelen
Service Foardielen
●Wiidweidige bioinformatika-analyze:it ynskeakeljen fan de identifikaasje fan sawol bekende as nije miRNAs, identifikaasje fan miRNAs-doelen en oerienkommende funksjonele annotaasje en ferriking mei meardere databases (KEGG, GO)
●Rigorous Quality Control: wy ymplementearje kearnkontrôlepunten yn alle stadia, fan sample- en biblioteektarieding oant sequencing en bioinformatika.Dizze sekuere tafersjoch soarget foar de levering fan konsekwint resultaten fan hege kwaliteit.
●Post-Sales Support: Us ynset giet fierder as projektfoltôging mei in 3-moanne tsjinstperioade nei ferkeap.Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen, en Q&A-sesjes om alle fragen oan te pakken yn ferbân mei de resultaten.
●Wiidweidige Expertise: mei in spoarrekord fan it suksesfol sluten fan meardere sRNA-projekten dy't mear dan 100 soarten yn ferskate ûndersyksdomeinen dekke, bringt ús team in skat oan ûnderfining nei elk projekt.
Sample easken en levering
| Biblioteek | Perron | Oanrikkemandearre gegevens | Data QC |
| Grutte selektearre | Illumina SE50 | 10M-20M lêzen | Q30≥85% |
Sample easken:
Nukleotiden:
| Konk.(ng/μl) | Bedrach (μg) | Purity | Yntegriteit |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | RIN≥6.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beheind of gjin baseline hichte |
● Planten:
Wortel, Stiel of Petal: 450 mg
Blêd of sied: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Dier:
Hert of darm: 450 mg
Viscera of Brain: 240 mg
Spier: 600 mg
Bonen, hier of hûd: 1,5 g
● Arthropoden:
ynsekten: 9g
Crustacea: 450 mg
● Folslein bloed: 2 buizen
● Sellen: 106 sellen
● Serum en plasma:6 ml
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Kontener:
2 ml sintrifugebuis (Tin folie wurdt net oanrikkemandearre)
Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Ferstjoering:
1.Dry-ice: Samples moatte wurde ynpakt yn sekken en begroeven yn droech-iis.
2.RNAstable buizen: RNA-monsters kinne wurde droege yn RNA-stabilisaasjebuis (bgl. RNAstable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Bioinformatika
Identifikaasje fan miRNA: struktuer en djipte
Differinsjaal ekspresje fan miRNA - hierarchyske klustering
Funksjonele annotaasje fan doel fan differinsjaal útdrukte miRNA's
Ferkenne de foarútgong fan ûndersyk fasilitearre troch BMKGene 'sRNA-sekwinsjetsjinsten fia in gearstalde samling publikaasjes.
Chen, H. et al.(2023) 'Virale ynfeksjes ynhibearje saponine biosynteze en fotosynteze yn Panax notoginseng', Plant Physiology and Biochemistry, 203, p.108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al.(2023) 'De plant FYVE-domein-befette proteïne FREE1 assosjearret mei mikroprosessorkomponinten om miRNA-biogenese te ûnderdrukken', EMBO rapportearret, 24(1).doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al.(2023) 'De MicroRNA Ame-Bantam-3p kontrolearret larvale pupalûntwikkeling troch te rjochtsjen op' e meardere epidermale groeifaktor-like domeinen 8-gen (megf8) yn 'e Honeybee, Apis mellifera', International Journal of Molecular Sciences, 24(6), p. .5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al.(2018) 'Integrated Analysis of MiRNA and Genes Associated with Meat Quality Reveals that Gga-MiR-140-5p Intramuscular Fat Deposition in Chickens', Cellular Physiology and Biochemistry, 46(6), pp. 2421-2433.doi: 10.1159/000489649.
