Lytse RNA-sekwinsje - Illumina
Funksjes
● Tarieding fan grutteseleksjebibleteek.
● Bioinformatyske analyze rjochte op miRNA-foarsizzing en doelen.
Tsjinstfoardielen
●Útwreide ekspertizeWy hawwe mear as 300 samples ferwurke, út ferskate samplesoarten. Wy bringe ús rykdom oan ekspertize nei elk projekt.
●Strikte kwaliteitskontrôleWy ymplementearje kearnkontrôlepunten yn alle stadia, fan sample tarieding oant bibleteek tarieding, sekwinsje en bioinformatika. Us nauwgezette monitoring soarget foar it leverjen fan konsekwint hege kwaliteit resultaten.
●Útwreide bioinformatyske analyze:It makket de identifikaasje fan sawol bekende as nije miRNA's, identifikaasje fan miRNA-doelen, en oerienkommende funksjonele annotaasje en ferriking mei meardere databases (KEGG, GO) mooglik.
●Stipe nei ferkeapWy begripe hoe wichtich it is om oanwêzich te wêzen, dêrom giet ús ynset fierder as de foltôging fan it projekt mei in perioade fan 3 moannen nei ferkeap. Tidens dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen en fraach-en-antwurdsesjes oan om alle fragen oangeande de resultaten te beantwurdzjen.
Foarbyldeasken en levering
| Biblioteek | Perron | Oanrikkemandearre gegevens | Data QC |
| Grutte selektearre | Illumina SE50 | 10M-20M lêzingen | Q30≥85% |
Foarbyld easken:
Nukleotiden:
| Konsintraasje (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suverens | Yntegriteit |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beheinde of gjin proteïne- of DNA-fersmoarging te sjen op gel. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beheinde of gjin basislinehichte |
● Planten:
Woartel, stiel of blêd: 450 mg
Blêd of sied: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Dier:
Hert of darm: 450 mg
Yngewanten of harsens: 240 mg
Spier: 600 mg
Bonken, hier of hûd: 1,5 g
● Geleedpotigen:
Ynsekten: 9g
Skulpdieren: 450 mg
● Folbloed: 2 buizen
● Sellen: 106 sellen
● Serum en plasma:6 ml
Oanrikkemandearre levering fan samples
Kontener: 2 ml sintrifugearbuis (tinfolie wurdt net oanrikkemandearre)
Foarbyldlabeling: Groep+replikearje bygelyks A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ferstjoering:
1. Droech-iis: Samples moatte yn sekken ynpakt wurde en yn droech-iis begroeven wurde.
2. RNAstable buizen: RNA-samples kinne droege wurde yn in RNA-stabilisaasjebuis (bygelyks RNAstable®) en by keamertemperatuer ferstjoerd wurde.
Tsjinstwurkstream
Eksperimintûntwerp
Foarbyldlevering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sekwinsje
Data-analyze
Tsjinsten nei ferkeap
Bioinformatika
● Kwaliteitskontrôle fan rau gegevens
● Lytse RNA-klassifikaasje
● miRNA-ekspresje en differinsjele ekspresje-analyze
● miRNA-doelgen en ferskillend útdrukte miRNA-doelgenannotaasje
● Annotaasje fan doelgenen en ferriking fan ferskillend útdrukte miRNA-genfunksje
Identifikaasje fan miRNA: struktuer en djipte
Differinsjele ekspresje fan miRNA - hiërargyske klustering
Funksjonele annotaasje fan doelwyt fan ferskillend útdrukte miRNA's
Undersykje de ûndersyksfoarútgong dy't mooglik makke wurdt troch de sRNA-sekwinsjetsjinsten fan BMKGene fia in gearstalde kolleksje fan publikaasjes.
Chen, H. et al. (2023) 'Virale ynfeksjes remme saponinebiosynteze en fotosynteze yn Panax notoginseng',Plantfysiology en biogemy, 203, p. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) 'It plant FYVE-domein-befettende proteïne FREE1 assosjearret mei mikroprosessorkomponinten om miRNA-biogenese te ûnderdrukken',EMBO-rapporten, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'It MicroRNA Ame-Bantam-3p kontrolearret de ûntwikkeling fan larvale poppen troch it rjochtsjen op it Multiple Epidermal Growth Factor-like Domains 8 Gen (megf8) yn 'e huningbij, Apis mellifera',Ynternasjonaal Tydskrift foar Molekulêre Wittenskippen, 24(6), side 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'Yntegreare analyze fan MiRNA en genen dy't ferbûn binne mei fleiskwaliteit lit sjen dat Gga-MiR-140-5p ynfloed hat op intramuskulêre fetôfsetting by hinnen',Sellulêre fysiology en biogemy, 46(6), s. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
