Waarmtekaart
De Heatmap-ark akseptearret in matrixgegevensbestân as ynfier en lit brûkers gegevens filterje, normalisearje en klusterje. It primêre gebrûksgefal foar heatmaps is klusteranalyse fan genekspresjenivo tusken ferskate samples.
Genannotaasje
De Gene Annotation-ark fiert genannotaasje út op basis fan sekwinsje-ôfstimming fan ynfierde FASTA-bestannen tsjin ferskate databases.
Basis Lokale Alignment Sykje Tool (BLAST)
De BLAST-tool is in BMKCloud-yntergrearre ferzje fan NCBI BLAST en kin brûkt wurde om deselde funksjes út te fieren mei gegevens dy't nei it BMKCloud-akkount uploade binne.
CDS_UTR-foarsizzing
De CDS_UTR-foarsizzingstool is ûntworpen om kodearjende regio's (CDS) en net-kodearjende regio's (UTR) yn opjûne transkriptsekwinsjes te foarsizzen op basis fan BLAST-resultaten tsjin bekende proteïnedatabases en ORF-foarsizzingsútkomsten.
Manhattan-plot
De Manhattan Plot-ark makket it werjaan fan eksperiminten mei hege stekproeven mooglik en wurdt faak brûkt yn genoomwide assosjaasjestúdzjes (GWAS).
Sirkoandiagram
De CIRCOS Diagram-ark biedt effisjinte fisualisaasje fan hoe't genomyske funksjes oer it genoom ferspraat binne. Mienskiplike funksjes omfetsje kwantitative loci, SNP's, InDels, strukturele en kopynûmerfarianten.
Genontology (GO) Ferriking
De GO Enrichment-tool leveret funksjonele ferrikingsanalyse. De primêre software yn dizze tool is it TopGO-Bioconductor-pakket, dat differinsjele ekspresjeanalyse, GO-ferrikingsanalyse en fisualisaasje fan 'e resultaten omfettet.
Gewogen gen-ko-ekspresjenetwurkanalyse (WGCNA)
WGCNA is in breed brûkte data mining-metoade foar it ûntdekken fan gen-ko-ekspresjemodules. It is fan tapassing op ferskate ekspresjedatasetten, ynklusyf microarray- en NGS-genekspresjegegevens.
InterProScan
De InterProScan-ark leveret InterPro-proteïnesekwinsje-analyze en klassifikaasje.
GO KEGG Ferriking
De GO KEGG-ferrikingstool is ûntworpen om in GO-ferrikingshistogram, KEGG-ferrikingshistogram en KEGG-ferrikingspaad te generearjen op basis fan in levere genset en oerienkommende annotaasje.