10x Genomics Visium Romtlike transkriptoom
Features
● Resolúsje: 100 µM
● Spot Diameter: 55 µM
● Oantal plakken: 4992
● Capture gebiet: 6,5 x 6,5 mm
● Elke barcoded plak wurdt laden mei primers gearstald út 4 seksjes:
- poly (dT) sturt foar mRNA priming en cDNA synteze
- Unike Molecular Identifier (UMI) om amplifikaasjefoaroardielen te korrigearjen
- Romtlike barcode
- Binende folchoarder fan partiel lêzen 1 sequencing primer
● H & E kleuring fan seksjes
Foardielen
●One-stop tsjinst: yntegreart alle ûnderfining en feardigens-basearre stappen, ynklusyf cryo-seksje, kleuring, weefseloptimalisaasje, romtlike barcoding, bibleteekfoarming, sekwinsje en bioinformatika.
● Heech betûfte technyske team: mei ûnderfining yn mear as 250 weefselsoarten en 100+ soarten ynklusyf minske, mûs, sûchdier, fisk en planten.
●Real-time update oer it heule projekt: mei folsleine kontrôle fan eksperimintele foarútgong.
●Wiidweidige standert bioinformatika:pakket omfettet 29 analyzes en 100+ sifers fan hege kwaliteit.
●Oanpaste gegevens analyze en fisualisaasje: beskikber foar ferskate ûndersyksoanfragen.
●Opsjonele mienskiplike analyze mei Single-cell mRNA sequencing
Spesifikaasjes
| Sample Requirements | Biblioteek | Sequencing strategy | Gegevens oanrikkemandearre | Kwaliteitsbeweitsing |
| OCT-ynbêde cryo-samples, FFPE-samples (Optimale diameter: sawat 6x6x6 mm3) 3 blokken per sample | 10X Visium cDNA bibleteek | Illumina PE150 | 50K PE lêst per plak (60Gb) | RIN>7 |
Foar mear details oer sample tarieding begelieding en tsjinst workflow, nim dan gerêst te praten mei inBMKGENE ekspert
Service Workflow
Yn 'e monstertariedingsfaze wurdt in earste proef foar bulk-RNA-ekstraksje útfierd om te garandearjen dat in RNA fan hege kwaliteit kin wurde krigen.Yn it weefseloptimalisaasjestadium wurde de seksjes kleurd en fisualisearre en wurde de permeabilisaasjebetingsten foar mRNA-frijlitting út weefsel optimalisearre.It optimalisearre protokol wurdt dan tapast tidens biblioteekbou, folge troch sequencing en gegevensanalyse.
De folsleine tsjinst workflow omfettet real-time updates en client befêstigings te behâlden in responsive feedback loop, garandearje soepele projekt útfiering.
Omfettet de folgjende analyze:
Gegevenskwaliteitskontrôle:
o Gegevensútfier en distribúsje fan kwaliteitskoare
o Gendeteksje per plak
o Tissue dekking
Analyse fan ynterne stekproef:
o Gene rykdom
o Spot klustering, ynklusyf redusearre diminsje analyze
o Differinsjaal ekspresje analyze tusken klusters: identifikaasje fan markergenen
o Funksjonele annotaasje en ferriking fan markergenen
Inter-groep analyze
o Re-kombinaasje fan flekken út beide samples (bgl. sike en kontrôle) en re-cluster
o Identifikaasje fan markergenen foar elk kluster
o Funksjonele annotaasje en ferriking fan markergenen
o Differinsjaal útdrukking fan deselde kluster tusken groepen
Analyse fan ynterne stekproef
Spot klustering
Identifikaasje fan markergenen en romtlike ferdieling
Inter-groep Analysis
Gegevenskombinaasje fan beide groepen en re-kluster
Markergenen fan nije klusters
Ferkenne de foarútgong fasilitearre troch BMKGene's romtlike transkriptomika-tsjinst troch 10X Visium Yn dizze featured publikaasjes:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, in potinsjele Drosophila homolooch fan sûchdieren adhesion GPCR's, is belutsen by antitumorreaksjes op ynjeksjede onkogene sellen yn miggen', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL enables high-resolution delineation of spatiotemporal transcriptomic data', Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp. 1-10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'A spatiotemporal atlas of organogenesis in the development of orchid flowers', Nucleic Acids Research, 50(17), pp. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Yntegraasje fan romtlike transkriptomika en single-nucleus RNA-sekwinsje ûntbleatet de potinsjele terapeutyske strategyen foar uterine leiomyoma', International Journal of Biological Sciences, 19(8), pp. 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
