Metagenomic Sequencing (NGS)
Service Foardielen
ØIsolaasje en teeltfrij foar profilearjen fan mikrobiële mienskippen
ØHege resolúsje by it opspoaren fan soarten mei lege oerfloed yn omjouwingsmonsters
ØIt idee fan "meta-" yntegreart alle biologyske funksjes op funksjoneel nivo, soarte nivo en gennivo, wat in dynamyske werjefte wjerspegelet dy't tichter by de realiteit is.
ØBMK sammelet massive ûnderfining yn ferskate sample types mei mear as 10,000 samples ferwurke.
Service Spesifikaasjes
| SequencingPerron | Biblioteek | Oanrikkemandearre gegevensopbringst | Geschatte omlooptiid |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 dagen |
Bioinformatika analyzes
üRaw gegevens kwaliteit kontrôle
üMetagenome gearstalling
üNet-oerstallige gene set en annotaasje
üAnalyze fan soarten ferskaat
üGenetyske funksje ferskaat analyse
üInter-groep analyze
üAssosiaasje analyze tsjin eksperimintele faktoaren
Sample easken en levering
Sample easken:
FoarDNA-ekstrakten:
| Sample Type | Tal | Konsintraasje | Purity |
| DNA-ekstrakten | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Foar miljeumonsters:
| Sample type | Oanrikkemandearre sampling proseduere |
| Ierde | Sampling bedrach: ca.5 g;Oerbleaune ferdwûne stof moat fan it oerflak fuortsmiten wurde;Grind grutte stikken en passe troch 2 mm filter;Aliquot samples yn sterile EP-buis of cyrotube foar reservearring. |
| Feces | Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot samples yn sterile EP-buis of cryotube foar reservearring. |
| Intestinal ynhâld | Samples moatte wurde ferwurke ûnder aseptyske tastân.Waskje sammele weefsel mei PBS;Centrifugerje de PBS en sammelje de precipitant yn EP-tubes. |
| Slyk | Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot slibmonster yn sterile EP-buis of kryotube foar reservearring |
| Waterbody | Foar sample mei beheinde hoemannichte mikrobiaal, lykas kraanwetter, putwetter, ensfh., Sammelje op syn minst 1 L wetter en passe troch 0,22 μm filter om mikrobiaal op it membraan te ferrykjen.Bewarje de membraan yn sterile buis. |
| Fel | Skrape hûdflak foarsichtich mei sterile katoenen swab of sjirurgysk blêd en pleats it yn sterile buis. |
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Freeze de samples yn floeibere stikstof foar 3-4 oeren en bewarje yn floeibere stikstof as -80 graden oant reservearring op lange termyn.Sample ferstjoering mei droech-iis is fereaske.
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
1.Histogram: Soartferdieling
2.Funksjonele genen annotearre oan KEGG metabolike paden
3.Heat map: Differinsjele funksjes basearre op relative gene oerfloed
4.Circos fan CARD antibiotika ferset genen
BMK gefal
Prevalens fan genen foar antibiotikaresistinsje en baktearjende patogenen lâns it kontinuüm fan boaiem-mangrove woartel
Publisearre:Journal of Hazardous Materials, 2021
Sequencing strategy:
Materiaal: DNA-ekstrakten fan fjouwer fragminten fan mangrove-wurden assosjearre samples: unplantearre boaiem, rhizosfear, episfear en endosfear-kompartiminten
Platfoarm: Illumina HiSeq 2500
Doelen: Metagenome
16S rRNA gen V3-V4 regio
Key resultaten
Metagenomyske sequencing en metabarcoding profilearring op boaiem-woartel kontinuum fan mangrove-saplings waarden ferwurke om de fersprieding fan antibiotika-resistinsjegenen (ARG's) fan boaiem yn planten te studearjen.Metagenomyske gegevens die bliken dat 91,4% fan genen foar antibiotika-resistinsje gewoanwei identifisearre waarden yn alle fjouwer boppesteande boaiemkompartementen, dy't in trochgeande manier sjen litte.16S rRNA amplicon sequencing generearre 29.285 sekwinsjes, fertsjintwurdiget 346 soarten.Yn kombinaasje mei soarten profilearring troch amplicon-sekwinsje, dizze fersprieding waard fûn ûnôfhinklik te wêzen fan root-assosjearre mikrobiota, lykwols, it koe wurde fasilitearre troch mobyl fan genetyske eleminten.Dizze stúdzje identifisearre de stream fan ARG's en patogenen fan boaiem yn 'e planten fia ûnderling ferbûn boaiem-woartel kontinuum.
Referinsje
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Prevalens fan genen foar antibiotikaresistinsje en baktearjende patogenen lâns it kontinuüm fan 'e boaiem-mangrove root.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
