page_head_bg

Products

Metagenomic Sequencing (NGS)

Metagenome ferwiist nei in kolleksje fan totaal genetysk materiaal fan in mingde mienskip fan organismen, lykas miljeu-metagenome, minsklik metagenome, ensfh It befettet genomen fan sawol cultivatable en uncultivateable microorganisms.Metagenomyske sequencing is in molekulêr ark dat wurdt brûkt om de mingde genomyske materialen te analysearjen dy't út omjouwingsmonsters wûn binne, dy't detaillearre ynformaasje leveret yn soarten ferskaat en oerfloed, populaasjestruktuer, fylogenetyske relaasje, funksjonele genen en korrelaasjenetwurk mei miljeufaktoaren.

Perron:Illumina NovaSeq6000


Service Details

Demo Results

Gefal stúdzje

Service Foardielen

ØIsolaasje en teeltfrij foar profilearjen fan mikrobiële mienskippen

ØHege resolúsje by it opspoaren fan soarten mei lege oerfloed yn omjouwingsmonsters

ØIt idee fan "meta-" yntegreart alle biologyske funksjes op funksjoneel nivo, soarte nivo en gennivo, wat in dynamyske werjefte wjerspegelet dy't tichter by de realiteit is.

ØBMK sammelet massive ûnderfining yn ferskate sample types mei mear as 10,000 samples ferwurke.

Service Spesifikaasjes

SequencingPerron

Biblioteek

Oanrikkemandearre gegevensopbringst

Geschatte omlooptiid

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Tags

30 dagen

Bioinformatika analyzes

üRaw gegevens kwaliteit kontrôle

üMetagenome gearstalling

üNet-oerstallige gene set en annotaasje

üAnalyze fan soarten ferskaat

üGenetyske funksje ferskaat analyse

üInter-groep analyze

üAssosiaasje analyze tsjin eksperimintele faktoaren

2

Sample easken en levering

Sample easken:

FoarDNA-ekstrakten:

Sample Type

Tal

Konsintraasje

Purity

DNA-ekstrakten

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Foar miljeumonsters:

Sample type

Oanrikkemandearre sampling proseduere

Ierde

Sampling bedrach: ca.5 g;Oerbleaune ferdwûne stof moat fan it oerflak fuortsmiten wurde;Grind grutte stikken en passe troch 2 mm filter;Aliquot samples yn sterile EP-buis of cyrotube foar reservearring.

Feces

Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot samples yn sterile EP-buis of cryotube foar reservearring.

Intestinal ynhâld

Samples moatte wurde ferwurke ûnder aseptyske tastân.Waskje sammele weefsel mei PBS;Centrifugerje de PBS en sammelje de precipitant yn EP-tubes.

Slyk

Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot slibmonster yn sterile EP-buis of kryotube foar reservearring

Waterbody

Foar sample mei beheinde hoemannichte mikrobiaal, lykas kraanwetter, putwetter, ensfh., Sammelje op syn minst 1 L wetter en passe troch 0,22 μm filter om mikrobiaal op it membraan te ferrykjen.Bewarje de membraan yn sterile buis.

Fel

Skrape hûdflak foarsichtich mei sterile katoenen swab of sjirurgysk blêd en pleats it yn sterile buis.

Oanrikkemandearre Sample Delivery

Freeze de samples yn floeibere stikstof foar 3-4 oeren en bewarje yn floeibere stikstof as -80 graden oant reservearring op lange termyn.Sample ferstjoering mei droech-iis is fereaske.

Service Work Flow

logo_02

Sample levering

logo_04

Biblioteekbou

logo_05

Sequencing

logo_06

Data analyze

logo_07

Nei-ferkeap tsjinsten


  • Foarige:
  • Folgjende:

  • 1.Histogram: Soartferdieling

    3

    2.Funksjonele genen annotearre oan KEGG metabolike paden

    4

    3.Heat map: Differinsjele funksjes basearre op relative gene oerfloed54.Circos fan CARD antibiotika ferset genen

    6

    BMK gefal

    Prevalens fan genen foar antibiotikaresistinsje en baktearjende patogenen lâns it kontinuüm fan boaiem-mangrove woartel

    Publisearre:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Sequencing strategy:

    Materiaal: DNA-ekstrakten fan fjouwer fragminten fan mangrove-wurden assosjearre samples: unplantearre boaiem, rhizosfear, episfear en endosfear-kompartiminten
    Platfoarm: Illumina HiSeq 2500
    Doelen: Metagenome
    16S rRNA gen V3-V4 regio

    Key resultaten

    Metagenomyske sequencing en metabarcoding profilearring op boaiem-woartel kontinuum fan mangrove-saplings waarden ferwurke om de fersprieding fan antibiotika-resistinsjegenen (ARG's) fan boaiem yn planten te studearjen.Metagenomyske gegevens die bliken dat 91,4% fan genen foar antibiotika-resistinsje gewoanwei identifisearre waarden yn alle fjouwer boppesteande boaiemkompartementen, dy't in trochgeande manier sjen litte.16S rRNA amplicon sequencing generearre 29.285 sekwinsjes, fertsjintwurdiget 346 soarten.Yn kombinaasje mei soarten profilearring troch amplicon-sekwinsje, dizze fersprieding waard fûn ûnôfhinklik te wêzen fan root-assosjearre mikrobiota, lykwols, it koe wurde fasilitearre troch mobyl fan genetyske eleminten.Dizze stúdzje identifisearre de stream fan ARG's en patogenen fan boaiem yn 'e planten fia ûnderling ferbûn boaiem-woartel kontinuum.

    Referinsje

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Prevalens fan genen foar antibiotikaresistinsje en baktearjende patogenen lâns it kontinuüm fan 'e boaiem-mangrove root.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    krije in offerte

    Skriuw jo berjocht hjir en stjoer it nei ús

    Stjoer jo berjocht nei ús: