Metagenomyske sekwinsje -NGS
In metagenoom is in samling fan it totale genetyske materiaal fan in mingde mienskip fan organismen, lykas miljeu- en minsklike metagenomen. It befettet genomen fan sawol kultivearbere as net-kultivearbere mikro-organismen. Shotgun-metagenomyske sekwinsjearring mei NGS makket de stúdzje fan dizze yngewikkelde genomyske lânskippen ynbêde yn miljeu-monsters mooglik troch mear te leverjen as taksonomyske profilearring, en ek detaillearre ynsjoch te jaan yn soarteferskaat, oerfloeddynamika en komplekse populaasjestrukturen. Neist taksonomyske stúdzjes biedt shotgun-metagenomika ek in funksjoneel genomysk perspektyf, wêrtroch't kodearre genen en har fertochte rollen yn ekologyske prosessen kinne wurde ferkend. Uteinlik draacht it oprjochtsjen fan korrelaasjenetwurken tusken genetyske eleminten en miljeufaktoaren by oan in holistisch begryp fan 'e yngewikkelde ynteraksje tusken mikrobiële mienskippen en har ekologyske eftergrûn. Konklúzjend stiet metagenomyske sekwinsjearring as in wichtich ynstrumint foar it ûntrafeljen fan 'e genomyske yngewikkelheden fan ferskate mikrobiële mienskippen, en ferljochtet de mearfâldige relaasjes tusken genetika en ekology binnen dizze komplekse ekosystemen.
Platfoarms: Illumina NovaSeq en DNBSEQ-T7
Tsjinstfoardielen
●Isolaasje- en kultivaasjefrije metoade foar mikrobiële mienskipsprofilering: It mooglik meitsjen fan sekwinsjearring fan genetysk materiaal fan net-kultivearbere organismen.
●Hege resolúsje: Detektear soarten mei in lege oerfloed yn miljeumonsters.
●Útwreide bioinformatyske analyze:Rjochte net allinnich op taksonomyske ferskaat, mar ek op de funksjonele ferskaat fan 'e mienskip.
●Utwreide ûnderfining:Mei in track record fan it suksesfol ôfsluten fan meardere metagenomika-projekten yn ferskate ûndersyksdomeinen en it ferwurkjen fan mear as 200.000 samples, bringt ús team in rykdom oan ûnderfining nei elk projekt.
Tsjinstspesifikaasjes
| Sekwinsjeplatfoarm | Sekwinsjestrategy | Oanrikkemandearre gegevens | Kwaliteitskontrôle |
| Illumina NovaSeq of DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Tsjinsteasken
| Konsintraasje (ng/µL) | Totaalbedrach (ng) | Folume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Grûn/slyk: 2-3g
● Darmynhâld - dier: 0.5-2g
● Darmynhâld - ynsekten: 0.1-0.25g
● Plantoerflak (ferrike sedimint): 0.5-1g
● Fermentaasjebouillon ferrike sedimint): 0.2-0.5g
● Feces (grutte bisten): 0,5-2 g
● Feces (mûs): 3-5 kerrels
● Pulmonale alveolêre lavagefloeistof: filterpapier
● Vaginale swab: 5-6 swabs
● Hûd-/genitale swab/speeksel/mûnlinge sêfte weefsels/faryngeale swab/rektale swab: 2-3 swabs
● Oerflakmikroorganisme: 5-6 swabs
● Wetterlichem/loft/biofilm: filterpapier
● Endofyten: 2-3g
● Tandplak: 0.5-1g
Tsjinstwurkstream
Foarbyldlevering
Biblioteekbou
Sekwinsje
Data-analyze
Tsjinsten nei ferkeap
Omfettet de folgjende analyze:
● Kwaliteitskontrôle fan sekwinsjegegevens
● Metagenoomassemblage en genfoarsizzing
● Genannotaasje
● Taksonomyske alfa-ferskaatanalyse
● Funksjonele analyze fan 'e mienskip: biologyske funksje, metabolisme, antibiotikaresistinsje
● Analyse fan sawol funksjonele as taksonomyske ferskaatheid:
Beta-ferskaatanalyse
Yntergroepanalyse
Korrelaasje-analyze: tusken miljeufaktoaren en OUT-gearstalling en ferskaat
Funksjonele analyze: CARD-antibiotikaresistinsje
Differinsjele analyze fan KEGG-metabolismepaden: waarmtekaart fan wichtige paden
Alfa-ferskaat fan taksonomyske ferdieling: ACE-yndeks
Beta-ferskaat fan taksonomyske ferdieling: PCoA
Ferkenne de foarútgong dy't mooglik makke wurdt troch de metagenoomsekwinsjearringstsjinsten fan BMKGene mei Illumina fia in gearstalde kolleksje fan publikaasjes.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomyske en metabolomyske analyze fan feroaringen yn 'e darmynhâld fan reinbôgeforel (Oncorhynchus mykiss) ynfekteare mei ynfekteare hematopoëtyske nekrosefirus by ferskate kweekwettertemperatueren',Grinzen yn mikrobiology, 14, side 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mikrobiale mienskippen, resistinsjegenen en resistoomrisiko's yn stedske marren fan ferskate trofyske steaten: Ynterne ferbiningen en eksterne ynfloeden',Tydskrift foar foarútgong op gefaarlike materialen9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomyske analyze liet ferskillen yn gearstalling en funksje sjen tusken floeistof-assosjeare en fêste-assosjeare mikroorganismen fan skieppens',Grinzen yn mikrobiology, 13, side 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Obese Ningxiang-bargen-ôflaat mikrobiota fernijt karnitinemetabolisme om spierfetsoerôfsetting te befoarderjen yn lean DLY-bargen',De ynnovaasje, 4(5), s. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomyske ynsjoggen yn 'e potinsjele risiko's fan represintatyf bio/net-ôfbrekber plestik en net-plestik pún yn 'e boppeste en legere dielen fan 'e Haihe-mûning, Sina',Wittenskip fan 'e totale omjouwing, 887, s. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
