Metagenomic Sequencing -Ngs
In Metayome is in samling fan it totale genetyske materiaal fan in mingde mienskip fan organismen, lykas miljeu en minsklike Metagenomes. It befettet genomes fan sawol kultivearre as uncultive mikroorganismen. SHOTGUN METAGEMIC SEQUENCING MET NGS Skeakelt de stúdzje yn yngewikkelde genomyske lânskippen yn 'e omjouwing foarbylden troch te jaan, jout ek granulêre ynsjoch, en komplekse-berne-struktueren. Beyond taksonomyske stúdzjes biedt SHOTGUN METAGOMIKE EER ESEN FUNKSE GENOMISK PERSPECTIVE, Skeakelje de ferkenning fan kodearre genen en har putative rollen yn ekologyske prosessen. Uteinlik draacht de oprjochting netwurken tusken genetyske eleminten en miljeu-faktoaren bydrage oan in hollike begryp fan 'e yngewikkelde ynterplay tusken mikrobyske mienskippen en har ekologyske eftergrûn. Ta beslút, metoomyske sequencing stiet as in pivotaal ynstrumint foar unravelale om 'e genomyske ambulatuer fan ferskate mikroliale mienskippen, it ferljochte fan' e multyfette relaasjes tusken genetika en ekology binnen dizze komplekse ekosystemen.
Platfoarms: Illumina Novaseq en Dnbsq-T7
Tsjinstbewusteens
●Isolaasje en kultivaasje-fergese metoade foar profilearring fan mikrobiale mienskip: SEAKING SECENCING FAN GENETIC MATERIAL FAN UNKULLIKE ORGANISMEN.
●Hege resolúsje: Detektearje lege oerfloed soarte yn miljeu-samples.
●Wiidweidige bioinformatika-analyse:Konsintreguele net allinich op taksonomyske ferskaat, mar ek op 'e funksjoneel ferskaat oan' e mienskip.
●Wiidweidige ûnderfining:Mei in spoarrekord fan suksesfol te sluten fan meardere metagenomyk yn ferskate ûndersyksdomeinen en ferwurkjen fan mear as 200.000 samples bringt ús team in rykdom oan ûnderfining oan.
Tsjinstspesifikaasjes
| Sequencing Platform | SEQUCING STRATEGY | Gegevens oanrikkemandearre | Kwaliteitskontrôle |
| Illumina Novaseq as Dnbsq-T7 | Pe150 | 6-20GB | Q30 ≥85% |
Tsjinsteasken
| Konsintraasje (NG / μL) | Totaal bedrach (Ng) | Folume (μL) |
| ≥1 | ≥30 oere | ≥20 |
● Boaiem / slyk: 2-3g
● DISTESTINALE CONTEN-DIEREN: 0,5-2G
● DESTESTINALE BEHUSTEN-INSECT: 0.1-0,25g
● Plante oerflak (ferryke sedimint): 0,5-1g
● Fermentaasje Broth Enriched Sediment): 0.2-0.5g
● Faeces (grutte bisten): 0,5-2G
● Faeces (mûs): 3-5grains
● Pulmonary Alveolêre Lavage Floof: filterpapier
● Faginale swab: 5-6 swabs
● Skin / Genital Swab / Saliva / Oral Soft Tissue / FariNgeal Swab / Rektal Swab: 2-3 swabs
● Slimke Microorganisme: 5-6 swabs
● Waterbody / Air / BIOFILM: filterpapier
● Endopytes: 2-3g
● Dental Plaque: 0,5-1g
Tsjinstwurkstream
Sample levering
Biblioteek konstruksje
Sequencing
Gegevensanalyse
Tsjinsten foar neisoarch
Omfettet de folgjende analyse:
● SEQUENCING BATTJOCHTWITALING CONTROL
● Metayse-assemblage en Gene foarsizzing
● gene annotaasje
● Takonomyske Alpha Diversity Analyse
● Funksjonele analyse fan 'e mienskip: Biologyske funksje, metabolike, antibiotyske wjerstân
● Analyse op sawol funksjoneel as taksonomyske ferskaat:
Beta Diversity Analyse
Analyse fan Inter Group
Korrelaasjeanalyse: Tusken miljeufaktoaren en út komposysje en ferskaat
Funksjonele analyze: kaart antibiotika ferset
Differinsjaal analyse fan Kegg Metabolyske Pathways: Heatmap fan wichtige paden
Alpha Diversity of Taxonomic Distribúsje: Ace Index
Beta-ferskaat fan taksonomyske distribúsje: PCOA
Ferkenne de AVEVENTS-fasiliteare troch de metagenome fan Bmkgenome's MetaGecing Services mei Illumina troch in skearders samling fan publikaasjes.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metabolomyske analyse fan feroaringen yn darmbôge fan Rainbow Trout (Oncorhynchus Mykiss) ynfekteare mei ynfekteare hematopoietyske nekrose firus by ferskate kultuer-wettertemperatuer',Frontiers yn mikrobiology, 14, p. 1275649. DOI: 10.3389 / FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'mikrobiale mienskippen, ferset genen, en wjerstân risiko's yn stedske marren fan ferskate trefyske steaten: ynterne links en eksterne ynfloeden',Journal of Gefurous Material Advances, 9, p. 100233. doi: 10.1016 / j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomyske analyse iepenbiere ferskillen yn komposysje en funksje tusken floeistof-assosjeare en solid-assosjeare mikroorganismen fan skiep rumen',Frontiers yn mikrobiology, 13, p. 851567. DOI: 10.3389 / FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Obese Ningxiang Pig-ôflaat Microbiota Rewires Carritïne metabolisme om spieren fetzuur te befoarderjen yn' e lean Dly-pigs ',De ynnovaasje, 4 (5), p. 100486. DOI: 10.1016 / J.Xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomyske ynsjoch yn' e potensjele risiko's fan represintative bio / net-degradearlike plestik en net-plestik ôffal yn 'e boppeste en legere berik fan Heihe Estuary, Sina',Wittenskip fan 'e totale omjouwing, 887, p. 164026. DOI: 10.1016 / J.sCITOTENV.2023.164026.
