Metagenomic Sequencing -NGS
Service Foardielen
● Isolaasje en kultivaasjefrij foar mikrobiële mienskip profilearring
● Hege resolúsje by it opspoaren fan leech-oerfloed soarten yn omjouwingsmonsters
● It idee fan "meta-" yntegreart alle biologyske skaaimerken op funksjoneel nivo, soarte nivo en gen nivo, dat wjerspegelet in dynamyske werjefte dy't tichter by de werklikheid.
● BMK sammelet massive ûnderfining yn ferskate sample types mei mear as 10.000 samples ferwurke.
Service Spesifikaasjes
| Perron | Sequencing | Oanrikkemandearre gegevens | Omrintiid |
| Illumina NovaSeq Platfoarm | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 wurkdagen |
Bioinformatika analyzes
● Raw gegevens kwaliteit kontrôle
● Metagenome gearkomste
● Net-oerstallige gene set en annotaasje
● Soartferskaat analyze
● Genetyske funksje ferskaat analyse
● Inter-groep analyze
● Assosiaasje analyze tsjin eksperimintele faktoaren
Sample easken en levering
Sample easken:
FoarDNA-ekstrakten:
| Sample Type | Tal | Konsintraasje | Purity |
| DNA-ekstrakten | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Foar miljeumonsters:
| Sample type | Oanrikkemandearre sampling proseduere |
| Ierde | Sampling bedrach: ca.5 g;Oerbleaune ferdwûne stof moat fan it oerflak fuortsmiten wurde;Grind grutte stikken en passe troch 2 mm filter;Aliquot samples yn sterile EP-buis of cyrotube foar reservearring. |
| Feces | Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot samples yn sterile EP-buis of cryotube foar reservearring. |
| Intestinale ynhâld | Samples moatte wurde ferwurke ûnder aseptyske tastân.Waskje sammele weefsel mei PBS;Centrifuge de PBS en sammelje de precipitant yn EP-tubes. |
| Slyk | Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot slibmonster yn sterile EP-buis of kryotube foar reservearring |
| Waterbody | Foar monster mei beheinde hoemannichte mikrobiaal, lykas kraanwetter, putwetter, ensfh., Sammelje op syn minst 1 L wetter en passe troch 0,22 μm filter om mikrobiaal op it membraan te ferrykjen.Bewarje de membraan yn sterile buis. |
| Fel | Skrape hûdflak foarsichtich mei sterile katoenen swab of sjirurgysk blêd en pleats it yn sterile buis. |
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Freeze de samples yn floeibere stikstof foar 3-4 oeren en bewarje yn floeibere stikstof of -80 graden oant reservearring op lange termyn.Sample ferstjoering mei droech iis is fereaske.
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
1.Histogram: Soartferdieling
2.Funksjonele genen annotearre oan KEGG metabolike paden
3.Heat map: Differinsjaalfunksjes basearre op relative gene oerfloed
4.Circos fan CARD antibiotika ferset genen
BMK gefal
Prevalens fan genen foar antibiotika-resistinsje en baktearjende patogenen lâns it kontinuüm fan boaiem-mangrove woartel
Publisearre:Journal of Hazardous Materials, 2021
Sequencing strategy:
Materiaal: DNA-ekstrakten fan fjouwer fragminten fan mangrove-wurden assosjearre samples: unplantearre boaiem, rhizosfear, episphere en endosphere compartments
Platfoarm: Illumina HiSeq 2500
Doelen: Metagenome
16S rRNA gen V3-V4 regio
Key resultaten
Metagenomyske sequencing en metabarcoding profilearring op boaiem-woartel kontinuum fan mangrove-saplings waarden ferwurke om de fersprieding fan antibiotika-resistinsjegenen (ARG's) fan boaiem yn planten te studearjen.Metagenomyske gegevens die bliken dat 91,4% fan genen foar antibiotika-resistinsje gewoanwei identifisearre waarden yn alle fjouwer hjirboppe neamde boaiemfakken, dy't in trochgeande manier sjen litte.16S rRNA amplicon sequencing generearre 29.285 sekwinsjes, fertsjintwurdiget 346 soarten.Yn kombinaasje mei soarten profilearring troch amplicon sequencing, dizze fersprieding waard fûn te wêzen ûnôfhinklik fan root-assosjearre mikrobiota, lykwols, it koe wurde fasilitearre troch mobile fan genetyske eleminten.Dizze stúdzje identifisearre de stream fan ARG's en patogenen fan boaiem yn 'e planten fia ûnderling ferbûn boaiem-woartel kontinuum.
Referinsje
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Prevalens fan genen foar antibiotika-resistinsje en baktearjende patogenen lâns it kontinuum fan boaiem-mangrove root.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
