BMKCloud Log in
条形banner-03

Products

Metagenomic Sequencing -NGS

Metagenome ferwiist nei in kolleksje fan totaal genetysk materiaal fan in mingde mienskip fan organismen, lykas miljeu-metagenome, minsklike metagenome, ensfh It befettet genomes fan sawol cultivatable en uncultivateable microorganisms.Metagenomyske sequencing is in molekulêr ark dat wurdt brûkt om de mingde genomyske materialen te analysearjen dy't ekstrakt binne út miljeumonsters, dy't detaillearre ynformaasje leveret yn soarten ferskaat en oerfloed, populaasjestruktuer, fylogenetyske relaasje, funksjonele genen en korrelaasjenetwurk mei miljeufaktoaren.

Perron:Illumina NovaSeq Platfoarm


Service Details

Demo Results

Gefal stúdzje

Service Foardielen

● Isolaasje en kultivaasjefrij foar mikrobiële mienskip profilearring

● Hege resolúsje by it opspoaren fan leech-oerfloed soarten yn omjouwingsmonsters

● It idee fan "meta-" yntegreart alle biologyske skaaimerken op funksjoneel nivo, soarte nivo en gen nivo, dat wjerspegelet in dynamyske werjefte dy't tichter by de werklikheid.

● BMK sammelet massive ûnderfining yn ferskate sample types mei mear as 10.000 samples ferwurke.

Service Spesifikaasjes

 Perron

Sequencing

Oanrikkemandearre gegevens

Omrintiid

Illumina NovaSeq Platfoarm

PE150

6 G/10 G/20 G

45 wurkdagen

Bioinformatika analyzes

● Raw gegevens kwaliteit kontrôle

● Metagenome gearkomste

● Net-oerstallige gene set en annotaasje

● Soartferskaat analyze

● Genetyske funksje ferskaat analyse

● Inter-groep analyze

● Assosiaasje analyze tsjin eksperimintele faktoaren

liuchengtu11

Sample easken en levering

Sample easken:

FoarDNA-ekstrakten:

Sample Type

Tal

Konsintraasje

Purity

DNA-ekstrakten

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Foar miljeumonsters:

Sample type

Oanrikkemandearre sampling proseduere

Ierde

Sampling bedrach: ca.5 g;Oerbleaune ferdwûne stof moat fan it oerflak fuortsmiten wurde;Grind grutte stikken en passe troch 2 mm filter;Aliquot samples yn sterile EP-buis of cyrotube foar reservearring.

Feces

Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot samples yn sterile EP-buis of cryotube foar reservearring.

Intestinale ynhâld

Samples moatte wurde ferwurke ûnder aseptyske tastân.Waskje sammele weefsel mei PBS;Centrifuge de PBS en sammelje de precipitant yn EP-tubes.

Slyk

Sampling bedrach: ca.5 g;Sammelje en aliquot slibmonster yn sterile EP-buis of kryotube foar reservearring

Waterbody

Foar monster mei beheinde hoemannichte mikrobiaal, lykas kraanwetter, putwetter, ensfh., Sammelje op syn minst 1 L wetter en passe troch 0,22 μm filter om mikrobiaal op it membraan te ferrykjen.Bewarje de membraan yn sterile buis.

Fel

Skrape hûdflak foarsichtich mei sterile katoenen swab of sjirurgysk blêd en pleats it yn sterile buis.

Oanrikkemandearre Sample Delivery

Freeze de samples yn floeibere stikstof foar 3-4 oeren en bewarje yn floeibere stikstof of -80 graden oant reservearring op lange termyn.Sample ferstjoering mei droech iis is fereaske.

Service Work Flow

sample levering

Sample levering

Biblioteek Tarieding

Biblioteekbou

Sequencing

Sequencing

Data analyze

Data analyze

Nei ferkeap Tsjinsten

Nei-ferkeap tsjinsten


  • Foarige:
  • Folgjende:

  • 1.Histogram: Soartferdieling

    3

    2.Funksjonele genen annotearre oan KEGG metabolike paden

    4

    3.Heat map: Differinsjaalfunksjes basearre op relative gene oerfloed54.Circos fan CARD antibiotika ferset genen

    6

    BMK gefal

    Prevalens fan genen foar antibiotika-resistinsje en baktearjende patogenen lâns it kontinuüm fan boaiem-mangrove woartel

    Publisearre:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Sequencing strategy:

    Materiaal: DNA-ekstrakten fan fjouwer fragminten fan mangrove-wurden assosjearre samples: unplantearre boaiem, rhizosfear, episphere en endosphere compartments
    Platfoarm: Illumina HiSeq 2500
    Doelen: Metagenome
    16S rRNA gen V3-V4 regio

    Key resultaten

    Metagenomyske sequencing en metabarcoding profilearring op boaiem-woartel kontinuum fan mangrove-saplings waarden ferwurke om de fersprieding fan antibiotika-resistinsjegenen (ARG's) fan boaiem yn planten te studearjen.Metagenomyske gegevens die bliken dat 91,4% fan genen foar antibiotika-resistinsje gewoanwei identifisearre waarden yn alle fjouwer hjirboppe neamde boaiemfakken, dy't in trochgeande manier sjen litte.16S rRNA amplicon sequencing generearre 29.285 sekwinsjes, fertsjintwurdiget 346 soarten.Yn kombinaasje mei soarten profilearring troch amplicon sequencing, dizze fersprieding waard fûn te wêzen ûnôfhinklik fan root-assosjearre mikrobiota, lykwols, it koe wurde fasilitearre troch mobile fan genetyske eleminten.Dizze stúdzje identifisearre de stream fan ARG's en patogenen fan boaiem yn 'e planten fia ûnderling ferbûn boaiem-woartel kontinuum.

    Referinsje

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Prevalens fan genen foar antibiotikaresistinsje en baktearjende patogenen lâns it kontinuüm fan boaiem-mangrove woartel.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    krije in offerte

    Skriuw jo berjocht hjir en stjoer it nei ús

    Stjoer jo berjocht nei ús: