Fungal genome
Service Foardielen
● Meardere sequencing strategyen beskikber foar ferskate ûndersyk doelen
● Heech belibbe yn fungi genome gearstalling mei mear as 10.000 pene-folsleine genom gearstald.
● Profesjonele nei-ferkeap technyske stipe team ferfoljen mear spesifike ûndersyk behoeften.
Service Spesifikaasjes
| Betsjinning | Sequencing Strategy | Kwaliteit garandearre | Geschatte turn-around tiid |
| Fungal fine kaart | Illumina 50X + Nanopore 100X | Contig N50≥2 Mb | 35 wurkdagen |
| PacBio HiFi 30X | |||
| Fungal pene-kompleet kaart | Illumina 50X + Nanopore 100X (Pacbio HiFi 30X) + Hi-C 100X | Chromosome anchoring ratio > 90% | 45 wurkdagen |
Bioinformatika analyzes
● Raw gegevens kwaliteit kontrôle
● Genome gearkomste
● Genome komponint analyze
● Gene funksje annotaasje
● Fergelykjende genomyske analyze
Sample easken en levering
Sample easken:
FoarDNA-ekstrakten:
| Sample Type | Tal | Konsintraasje | Purity |
| DNA-ekstrakten | ＞ 1,2 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Foar weefselmonsters:
| Sample type | Oanrikkemandearre sample behanneling | Sample opslach en shipment |
| Unicellular fungus | Observearje gist ûnder mikroskoop en sammelje se yn har eksponinsjele faze Oermeitsje de kultuer (befettet likernôch. 3-4.5e9 sellen) yn in 1,5 of 2 ml eppendorf.(Hâld op iis) Centrifugerje de buis foar 1 min op 14000 g om baktearjes te sammeljen en de supernatant foarsichtich te ferwiderjen Slút de buis en befrieze de baktearjes yn floeibere stikstof foar op syn minst 1-3 oeren.Bewarje de buis yn -80 ℃ koelkast. | Freeze de samples yn floeibere stikstof foar 3-4 oeren en bewarje yn floeibere stikstof of -80 graden oant reservearring op lange termyn.Sample ferstjoering mei droech iis is fereaske. |
| Makro fungus | Tissue yn aktyf groeiende faze wurdt oanrikkemandearre. Waskje it weefsel mei endotoxinefrij wetter, dan 70% ethonal. Bewarje it probleem yn kryo-tubes. |
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
1.Circos diagram op fungal genomic komponinten
2.Comparative genomics analyze: Phylogenetic beam
