BMKCloud Log in
条形banner-03

Products

Fergelykjende Genomics

Fergelykjende genomika betsjut letterlik it fergelykjen fan de folsleine genoomsekwinsjes en struktueren fan ferskate soarten.Dizze dissipline is fan doel it ûntdekken fan soarten evolúsje, genfunksje, genregulearjend meganisme op genoomnivo troch it identifisearjen fan de sekwinsjestruktueren en eleminten dy't bewarre of differinsjeare oer ferskate soarten.Typyske ferlykjende genomika-stúdzje omfettet analyzes yn genfamylje, evolúsjonêre ûntwikkeling, duplikaasje fan heule genom, selektive druk, ensfh.


Service Details

Demo Results

Gefal stúdzje

Service Foardielen

1 Ferlykjend-genomika

● Wiidweidich analysepakket, mei de acht meast fereaske analyzes

● Hege betrouberens yn analyse mei detaillearre en maklik begryplike ynterpretaasje oer resultaten

● Goed ûntwurpen klear te publisearjen sifers

● Heech bekwame bioinformatika-team foldocht oan ferskate personaliseare analyseeasken

● Koarte turn-around tiid mei hegere krektens yn analyze

● Oerfloedige ûnderfining mei mear dan 90 suksesfolle gefallen mei accumulative publisearre ynfloedfaktor fan mear dan 900

Service Spesifikaasjes

Geschatte turn-around tiid

Oantal soarten

Analyses

30 wurkdagen

6 - 12

Gene famylje klustering

Gene-famylje útwreiding en krimp

Phylogenetic beam konstruksje

Skatting fan diverginsjetiid (fossilkalibraasje fereaske)

LTR-ynfoegje tiid (foar planten)

Folsleine genoomduplikaasje (foar planten)

Selektive druk

Synteny analyze

Bioinformatika analyzes

● Gene famylje

● Phylogenetics

● Diverginsje tiid

● Selektive druk

● Synteny analyze

流程图Comparative Genomics

Sample easken en levering

Sample easken:

Tissue as DNA foar genoomsekwinsjes en gearstalling

Foar Tissue

Soarten

Weefsel

Enkête

PacBio CCS

Bist

Visceral weefsel

0,5 ~ 1g

≥ 3,5g

Muscle weefsel

≥ 5.0g

≥ 5.0mL

Sûchdier bloed

≥ 0,5 ml

Poultry / Fish bloed

Fabryk

Fresh Leaf

1 oan 2g

≥ 5.0g

 

Petalje/Stam

1 oan 2g

≥ 10.0g

 

Root / Sied

1 oan 2g

≥ 20.0g

Sellen

Kultuer sel

-

≥ 1 x 108

Data

Genome sequence triemmen (.fasta) en annotaasje triemmen (.gff3) fan nau besibbe soarten

Service Work Flow

Foarbyld fan QC

Eksperimint ûntwerp

sample levering

Sample levering

Biblioteek Tarieding

Biblioteekbou

Sequencing

Sequencing

Data analyze

Data analyze

Nei ferkeap Tsjinsten

Nei-ferkeap tsjinsten


  • Foarige:
  • Folgjende:

  • *Demo-resultaten werjûn hjir binne allegear fan genomen publisearre mei Biomarker Technologies

    1.LTR ynfoegje tiid skatting: De figuer toant in unike bimodal ferdieling yn LTR-RTs ynfoegje kear yn Weining rogge genome, ferlike mei oare soarten.De meast resinte pyk ferskynde sawat 0,5 miljoen jier lyn.

    3LTR-ynfoegje-tiid-skatting-in-Weining-rye

    Li Guang et al.,Natuer Genetika, 2021

     

     

    2.Phylogeny en genefamylje-analyze op chayote (Sechium edule): Troch analysearjen fan chayote en de oare 13 besibbe soarten yn genefamylje, waard fûn dat Chayote it nauwst besibbe wie mei snake gourd (Trichosanthes anguina).Chayote ôflaat fan snake gourd yn om 27-45 Mya en hiele genome duplication (WGD) waard waarnommen yn chayote yn 25±4 Mya, dat is it tredde WGD evenemint yn cucuibitaceae.

    4Phylogenetic-beam-of-chayote

    Fu A et al.,Túnbouûndersyk, 2021

     

     

    3.Synteny-analyze: Guon genen dy't relatearre binne oan phytohormonen yn fruchtûntwikkeling waarden fûn yn chayote, snake gourd en squash.Korrelaasje tusken chayote en squash is wat heger as dy tusken chayote en snake kalbas.

    4Phylogenetic-beam-of-chayote

    Fu A et al.,Túnbouûndersyk, 2021

     

     

    4.Gene famylje analyze: KEGG ferriking op gene famylje útwreiding en contraction yn G.thurberi en G.davidsonii genomes sjen litte dat steroid biosynthesis en brassinosteroid biosynthesis relatearre genen waarden útwreide.

    4Phylogenetic-beam-of-chayote

    Yang Z et al.,BMC Biology, 2021

     

     

    5.Whole genome duplication analyze: 4DTV en Ks distribúsje analyze toand hiele genome duplication evenemint.Peaks fan intraspecies toand duplication barrens.Peaks fan interspecies sjen litten speciation eveneminten.De analyze joech oan dat yn ferliking mei de oare trije nau besibbe soarten, O. europaea mear resint in grutskalige genduplikaasje gie.

    4Phylogenetic-beam-of-chayote

    Rao G et al.,Túnbouûndersyk, 2021

    BMK gefal

    Rose sûnder prickle: genomyske ynsjoggen keppele oan fochtoanpassing

    Publisearre: National Science Review, 2021

    Sequencing strategy:

    'BasyeThornless' (R.Wichurainan) genoom:
    Ca.93 X PacBio + ca.90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Key resultaten

    1.High kwaliteit R.wichuraiana genome waard konstruearre mei help fan lange-lêzen sequencing techniken, dy't opbringe in gearkomste fan 530.07 Mb (Estimerte genome grutte wie likernôch 525.9 Mb troch flow cytometry en 525.5 troch genome survey; Heterozygosity wie om 1.03%).BUSCO skatte skoare wie 93,9%.Yn fergeliking mei "Alde blush" (haploOB), waard de kwaliteit en folsleinens fan dit genome befêstige troch basis-single-base accuracy en LTR assembly index (LAI = 20.03).R.wichuraiana-genoom befettet 32.674 proteïnkodearjende genen.

    2.Multi-omics mienskiplike analyze, besteande út ferlykjende genomics, transcriptomics, QTL analyze fan genetyske populaasje, die bliken de krúsjale speciation tusken R. wichuraiana en Rosa chinensis.Ek ekspresjefariaasje fan besibbe genen yn QTL wiene wierskynlik ferbûn mei stamprickle-patroanen.

    7KEGG-ferriking-op-gen-famylje-útwreiding-en-kontraksje

    Fergelykjende genomika-analyze tusken Basye's Thornless en Rosa chinensis ynklusyf synteny-analyze, genfamyljekluster, útwreidings- en krimpanalyse, iepenbiere in grut oantal fariaasjes, dy't relatearre oan krúsjale eigenskippen yn roazen.De unike útwreiding yn NAC en FAR1 / FRS genfamylje wie tige wierskynlik ferbûn mei ferset tsjin swarte spot.

    81 Fergelykjende-genomika-analyzes-tusken-BT-en-OB 82 Fergelykjende-genomika-analyzes-tusken-BT-en-OB 83 Fergelykjende-genomika-analyzes-tusken-BT-en-OB

    Fergelykjende genomika-analyze tusken BT- en haploOB-genoom.

    Referinsje

    Zhong, M., et al."Roaze sûnder prikel: genomyske ynsjoggen keppele oan fochtoanpassing"National Science Review, 2021;, nwab092.

    krije in offerte

    Skriuw jo berjocht hjir en stjoer it nei ús

    Stjoer jo berjocht nei ús: