circRNA sequencing-Illumina
Features
● rRNA-útputting folge troch rjochtingsbibleteekfoarming, wêrtroch sekwinsjele gegevens mooglik binne dy't strânspesifyk binne.
● Bioinformatic workflow makket circRNA foarsizzing en ekspresje kwantifikaasje mooglik
Service Foardielen
●Mear wiidweidige RNA-biblioteken:wy brûke rRNA-útputting ynstee fan lineêre RNA-útputting yn ús pre-bibleteek-tarieding, en soargje derfoar dat de sequencing-gegevens net allinich circRNA omfetsje, mar ek mRNA en lncRNA, wêrtroch mienskiplike analyse op dizze datasetten mooglik is.
●Opsjonele analyze fan kompetitive endogene RNA (ceRNA) netwurken: it jaan fan djipper ynsjoch yn sellulêre regelmeganismen
●Wiidweidige Expertise: mei in spoarrekord fan it ferwurkjen fan mear dan 20,000 samples by BMK, oer ferskate stekproeftypen en lncRNA-projekten, bringt ús team in skat oan ûnderfining nei elk projekt.
●Rigorous Quality Control: wy ymplementearje kearnkontrôlepunten yn alle stadia, fan sample- en biblioteektarieding oant sequencing en bioinformatika.Dizze sekuere tafersjoch soarget foar de levering fan konsekwint resultaten fan hege kwaliteit.
● Post-Sales Support: Us ynset giet fierder as projektfoltôging mei in 3-moanne tsjinstperioade nei ferkeap.Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen, en Q&A-sesjes om alle fragen oan te pakken yn ferbân mei de resultaten.
Sample easken en levering
| Biblioteek | Perron | Oanrikkemandearre gegevens | Data QC |
| Poly A ferrike | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Sample easken:
Nukleotiden:
| Konk. (ng/μl) | Bedrach (μg) | Purity | Yntegriteit |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | Foar planten: RIN≥6.5; Foar bisten: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beheind of gjin baseline hichte |
● Planten:
Wortel, Stiel of Petal: 450 mg
Blêd of sied: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Dier:
Hert of darm: 450 mg
Viscera of Brain: 240 mg
Spier: 600 mg
Bonen, hier of hûd: 1,5 g
● Arthropoden:
ynsekten: 9g
Crustacea: 450 mg
● Folslein bloed:2 buis
● Sellen: 106 sellen
● Serum en Plasma:6ml
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Container: 2 ml centrifuge tube (Tin folie is net oan te rieden)
Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Ferstjoering:
1. Dry-ice: Samples moatte wurde ynpakt yn sekken en begroeven yn droech-iis.
2. RNAstable buizen: RNA samples kinne wurde droege yn RNA stabilisaasje buis (bgl RNAstable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Bioinformatika
circRNA foarsizzing: chromosomale ferdieling
Differinsjaal útdrukt circRNAs - Volcano plot
Differinsjaal útdrukt circRNAs - hierargyske klustering
Funksjonele ferriking fan circRNA's hostgenen
Ferkenne de foarútgong fan ûndersyk fasilitearre troch BMKGene 'circRNA sequencing tsjinsten fia in gearstalde kolleksje fan publikaasjes.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 regulearret circRNA formaasje en microRNA mediated gen silencing yn hepatocellular carcinoma', Oncogene 2021 40:25, 40(25), pp. 4338-4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'X oo-responsive transkriptoom ûntbleatet de rol fan it sirkulêre RNA133 yn sykteferset troch it regulearjen fan ekspresje fan OsARAB yn rys', Phytopathology Research, 5(1), pp. 1-14.doi: 10.1186 / S42483-023-00188-8 / FIGURES / 6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 modulearret it lykwicht fan sirkulêre en lineêre transkripten yn hepatocellular carcinoma'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'Utwreide evaluaasje fan circRNA's yn cirrhotyske kardiomyopaty foar en nei levertransplantaasje', International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
