mRNA-sekwinsje fan folsleine lingte - Nanopore
Funksjes
● Ynfangst fan poly-A mRNA folge troch cDNA-synteze en bibleteektarieding
● Folgjende folchoarder fan 'e transkripsjes yn folsleine lingte
● Bioinformatyske analyze basearre op ôfstimming mei in referinsjegenoom
● Bioinformatyske analyze omfettet net allinich ekspresje op gen- en isoformnivo, mar ek analyze fan lncRNA, genfúzjes, polyadenylaasje en genstruktuer
Tsjinstfoardielen
●Kwantifikaasje fan ekspresje op isoformnivo: detaillearre en krekte ekspresje-analyze mooglik meitsje, feroaring oan it ljocht bringe dy't miskien maskearre wurde kin by it analysearjen fan 'e heule genekspresje
●Fermindere gegevenseasken:Yn ferliking mei Next-Generation Sequencing (NGS) lit Nanopore-sekwinsje legere gegevenseasken sjen, wêrtroch lykweardige nivo's fan genekspresjekwantifikaasjesaturaasje mei lytsere gegevens mooglik binne.
●Hegere krektens fan ekspresjekwantifikaasjesawol op gen- as isoformnivo
●Identifikaasje fan ekstra transkriptomyske ynformaasjealternative polyadenylaasje, fúzjegenen en lcnRNA en harren doelgenen
●Útwreide ekspertizeUs team bringt in rykdom oan ûnderfining nei elk projekt, mei mear as 850 Nanopore folsleine transkriptoomprojekten foltôge en mear as 8.000 samples ferwurke.
●Stipe nei ferkeapUs ynset giet fierder as de foltôging fan it projekt, mei in perioade fan 3 moannen nei ferkeap. Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen en fragen- en antwurdsesjes oan om alle fragen oer de resultaten te beantwurdzjen.
Foarbyldeasken en levering
| Biblioteek | Sekwinsjestrategy | Oanrikkemandearre gegevens | Kwaliteitskontrôle |
| Poly A ferrike | Nanopoar PromethION 48 | 6/12 Gb | Gemiddelde kwaliteitsskoare: Q10 |
Foarbyld easken:
Nukleotiden:
| Konsintraasje (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suverens | Yntegriteit |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beheinde of gjin proteïne- of DNA-fersmoarging te sjen op gel. | Foar planten: RIN≥7.0; Foar bisten: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beheinde of gjin basislinehichte |
● Planten:
Woartel, stiel of blêd: 450 mg
Blêd of sied: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Dier:
Hart of darm: 300 mg
Yngewanten of harsens: 240 mg
Spier: 450 mg
Bonken, hier of hûd: 1g
● Geleedpotigen:
Ynsekten: 6g
Skulpdieren: 300 mg
● Folbloed1 buis
● Sellen: 106 sellen
Oanrikkemandearre levering fan samples
Kontener: 2 ml sintrifugearbuis (tinfolie wurdt net oanrikkemandearre)
Foarbyldlabeling: Groep+replikearje bygelyks A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ferstjoering:
1. Droech-iis: Samples moatte yn sekken ynpakt wurde en yn droech-iis begroeven wurde.
2. RNAstable buizen: RNA-samples kinne droege wurde yn in RNA-stabilisaasjebuis (bygelyks RNAstable®) en by keamertemperatuer ferstjoerd wurde.
Tsjinstwurkstream
Nukleotiden:
Foarbyldlevering
Biblioteekbou
Sekwinsje
Data-analyze
Tsjinsten nei ferkeap
Tsjinstwurkstream
Weefsel:
Eksperimintûntwerp
Foarbyldlevering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sekwinsje
Data-analyze
Tsjinsten nei ferkeap
● Rauwe gegevensferwurking
● Identifikaasje fan transkripsje
● Alternatyf splitsen
● Ekspresjekwantifikaasje op gennivo en isoformnivo
● Differinsjele ekspresje-analyze
● Funksje-annotaasje en ferriking (DEG's en DET's)
Alternative splicing-analyze
Alternative polyadenylaasje-analyze (APA)
lncRNA-foarsizzing
Annotaasje fan nije genen
Klustering fan DET's
Proteïne-proteïnenetwurken yn DEG's
Undersykje de foarútgong dy't mooglik makke wurdt troch BMKGene's Nanopore folsleine mRNA-sekwinsjetsjinsten fia in gearstalde kolleksje fan publikaasjes.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetyske en transkripsjonele aktivearring fan 'e sekretoryske kinase FAM20C as in onkogene yn glioom', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Hy, Z. et al. (2023) 'Folsleine transkriptomesekwinsjearring fan lymfocyten dy't reagearje op IFN-γ lit in Th1-skeve ymmúnreaksje sjen yn flinter (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Ferlykjende analyze fan PacBio- en ONT RNA-sekwinsjemetoaden foar identifikaasje fan Nemopilema Nomurai-gif', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq-analyze lit ferskillende funksjonele oanstriid sjen tusken eksosomen en mikrovesikels ôflaat fan hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
