BMKCloud Log in
条形banner-03

Products

Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore

RNA-sekwinsje is in ûnskatbere wearde ark foar wiidweidige transkriptoomanalyse.Sûnder twifel hat tradisjonele koarte-lêzen sequencing hjir in protte wichtige ûntwikkeling berikt.Dochs komt it faaks beheiningen yn 'e folsleine lingte fan isofoarmidentifikaasjes, kwantifikaasje, PCR-bias.

Nanopore sequencing ûnderskiedt him fan oare sequencing platfoarms, yn dat de nucleotides wurde lêzen direkt sûnder DNA synteze en generearret lange lêzen op tsientallen kilobases.Dit machtigt direkte útlêzen oerstekken fan transkripsjes fan folsleine lingte en it oanpakken fan de útdagings yn stúdzjes op isoformnivo.

Perron:Nanopore PromethION

Biblioteek:cDNA-PCR


Service Details

Demo Results

Gefal stúdzje

Service Foardielen

● Low sequence bias

● It iepenbierjen fan cDNA-molekulen mei folsleine lingte

● Minder gegevens nedich om itselde oantal transkripsjes te dekken

● Identifikaasje fan meardere isofoarmen per gen

● Ekspresje kwantifikaasje yn isoform nivo

Service Spesifikaasjes

Biblioteek

Perron

Oanrikkemandearre gegevensopbringst (Gb)

Kwaliteitsbeweitsing

cDNA-PCR(Poly-A ferrike)

Nanopore PromethION P48

6 Gb/sample (ôfhinklik fan soarte)

Folsleine-lingte ferhâlding>70%

Gemiddelde kwaliteit skoare: Q10

 

Bioinformatika analyzes

Raw gegevens ferwurking

● Transkripsje identifikaasje

● Alternative splicing

● Ekspresje kwantifikaasje yn gennivo en isofoarmnivo

● Differinsjaal ekspresje analyze

● Funksjeannotaasje en ferriking (DEG's en DET's)

 

folsleine lingte

Sample easken en levering

Sample easken:

Nukleotiden:

Konk.(ng/μl)

Bedrach (μg)

Purity

Yntegriteit

≥ 100

≥ 0,6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel.

Foar planten: RIN≥7.0;

Foar bisten: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

beheind of gjin baseline hichte

Tissue: Gewicht (droech): ≥1 g

* Foar weefsel lytser dan 5 mg, riede wy oan om flash beferzen (yn floeibere stikstof) weefselmonster te stjoeren.

Selophinging: Seltal = 3 × 106- 1×107

* Wy riede oan om beferzen sel lysate te ferstjoeren.Yn gefal dat sel telt lytser as 5 × 105, flash beferzen yn floeibere stikstof wurdt oanrikkemandearre, dat is de foarkar foar mikro-ekstraksje.

Bloedmonsters: Volume≥1 ml

Oanrikkemandearre Sample Delivery

Container: 2 ml centrifuge tube (Tin folie is net oan te rieden)

Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Ferstjoering: 2、Dry-iis: Samples moatte wurde ferpakt yn sekken en begroeven yn droech-iis.

  1. RNA-stabiele buizen: RNA-monsters kinne wurde droege yn RNA-stabilisaasjebuis (bygelyks RNAstable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.

 

Service Work Flow

Nukleotiden:

sample levering

Sample levering

Biblioteek Tarieding

Biblioteekbou

Sequencing

Sequencing

Data analyze

Data analyze

Nei ferkeap Tsjinsten

Nei-ferkeap tsjinsten

Service Work Flow

Weefsel:

Foarbyld fan QC

Eksperimint ûntwerp

sample levering

Sample levering

Pilot eksperimint

RNA-ekstraksje

Biblioteek Tarieding

Biblioteekbou

Sequencing

Sequencing

Data analyze

Data analyze

Nei ferkeap Tsjinsten

Nei-ferkeap tsjinsten


  • Foarige:
  • Folgjende:

  • 1.Differinsjaal ekspresje analyze - Volcano plot

    Differinsjaal ekspresje-analyze kin wurde ferwurke yn sawol gennivo om differinsjaal útdrukte genen (DEG's) te identifisearjen en yn isofoarmnivo om differinsjaal te identifisearjen

     3(1)

    útdrukte transkripsjes (DET's) 

    2.Hierarchyske klustering heatmap

    4(1)

    3.Alternative splicing identifikaasje en klassifikaasje

    Fiif soarten alternative splicing-eveneminten kinne wurde foarsizze troch Astalavista.

    5(1)

    4.Identifikaasje fan alternative poly-adenylaasje (APA) eveneminten en motyf op 50 bp streamop fan poly-A

    6(1)

    BMK gefal

    Alternative splitsingsidentifikaasje en kwantifikaasje op isofoarmnivo troch nanopore transkriptoomsekwinsje fan folsleine lingte

    Publisearre:Natuerkommunikaasje, 2020

    Sequencing strategy:

    Groepearring: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (K700E mutaasje);3. Normale B-sellen

    Sequencing strategy: MinION 2D biblioteek sequencing, PromethION 1D biblioteek sequencing;koarte-lêzen gegevens út deselde samples

    Sequencing platfoarm: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

    Key resultaten

    1.Isoform-nivo Alternative Splicing Identifikaasje

    Langlêzen sekwinsjes machtigje identifikaasje fan mutant SF3B1K700E-feroare splice sites op isoform-nivo.35 alternative 3'SS's en 10 alternative 5'SS's waarden fûn te wêzen signifikant differinsjaal sletten tusken SF3B1K700Een SF3B1WT.33 fan de 35 feroarings waarden nij ûntdutsen troch lang-lêzen sekwinsjes.

    2.Isoform-nivo Alternative Splicing kwantifikaasje

    Ekspresje fan intron retinsje (IR) isofoarmen yn SF3B1K700Een SF3B1WTwaarden kwantifisearre op basis fan nanopore-sekwinsjes, dy't in wrâldwide down-regulaasje fan IR-isoformen yn SF3B1 sjen litteK700E.

    Referinsje

    Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Transkriptkarakterisaasje fan folsleine lingte fan SF3B1-mutaasje yn chronike lymphozytyske leukemy ûntbleatet downregulaasje fan bewarre yntrons [J].Natuerkommunikaasje.

    krije in offerte

    Skriuw jo berjocht hjir en stjoer it nei ús

    Stjoer jo berjocht nei ús: