Plant / Animal Whole Genome Sequencing
1.Service Foardielen
Wiidweidige ûnderfining yn genome-sekwinsje foar mear dan 1000 soarten.
Mear dan 800 publisearre gefallen mei in accumulative ynfloedfaktor fan mear dan 4000.
Wiidweidige bioinformatika-analyse oer fariaasjeoprop en funksje-analyse.
2. Service Spesifikaasjes
| Perron | Biblioteek | Oanrikkemandearre seq djipte | |
| Illumina | PE 150 | Foar SNP, InDel calling ≥ 10x Foar SV, CNY calling ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Foar SV, CNY calling ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Foar SNP, InDel, SV, CNY calling ≥ 10x |
3. Sample Requirements
| Perron | Konk.(ng/μL)
| Bedrach (ng)
| Purity
| Agarose gel
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Dúdlik haadband mei gjin of beheinddegradaasje waarnommen op gel. 2. Gjin of beheind RNA of protein fersmoarging
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Hinget ôf fan gegevensopbringst 10 μg/sel | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinformation Analysis
5. Service Work Flow
Sample levering
DNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Data levering
1) Statistiken fan Genome Mapping
Tabel 1 Statistiken fan mapping resultaat
figuer 1 Ferdieling fan ynfoegje grutte en lêst dekking.
2) Variate Detection
figuer 2 Statistyk en annotaasje fan SNP / INDEL / SV ûnder Samples
figuer 3 Genome-wide ferdieling fan vatiations
3) Funksjonele annotaasje fan fariaasjes
| 2019 | Natuerkommunikaasje | Folsleine-genoom-resequencing ûntbleatet Brassica napus komôf en genetyske loci belutsen by de ferbettering |
| 2020 | PNAS | De evolúsjonêre oarsprong en domestikaasjeskiednis fan goudfisk (Carassius auratus) |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Referinsjegenoom fan 'e twa kultivearre jute-soarten |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Genomyske hantekeningen fan allopolyploid Brassicajuncea fan plantaardige en oaljeseed en genetyske lokaasjes dy't de accumulation fan glucosinolates kontrolearje |
| 2019 | Molekulêre plant | Folsleine-genoom-resequencing fan in wrâldwide kolleksje fan raapsied-oankomsten ûntbleatet de genetyske basis fan har ekotype-diverginsje |
| 2022 | Túnbouûndersyk | Genome-wide assosjaasjeanalyse jout molekulêre ynsjoch yn 'e natuerlike fariaasje fan watermeloen siedgrutte |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Genome-wide ferieningstúdzje identifisearret farianten fan GhSAD1 dy't kâldtolerânsje yn katoen jouwe |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Genome-wide assosjaasjestúdzje en transkriptoomfergeliking ûntdekke nije QTL en kandidaatgenen dy't de grutte fan 'e petalje yn rapseed kontrolearje |
