Hi-C basearre Genome Assembly
Service Foardielen
Oersjoch fan Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.Wittenskip, 2009)
● Gjin needsaak yn it bouwen fan genetyske populaasje foar contig-ankering;
● Hegere marker tichtens liedt ta hegere contigs anchoring ratio op boppe 90%;
● Aktivearret evaluaasje en korreksjes op besteande genome assemblies;
● Koarte turn-around tiid mei hegere krektens yn genome gearkomste;
● Abundant ûnderfining mei mear as 1000 Hi-C bibleteken konstruearre foar mear as 500 soarten;
● Mear dan 100 suksesfolle gefallen mei accumulative publisearre ynfloedfaktor fan mear as 760;
● Hi-C basearre genome gearkomste foar polyploid genome, 100% anchoring rate waard berikt yn foarige projekt;
● In-house patinten en software copyrights foar Hi-C eksperiminten en gegevens analyze;
● Self-ûntwikkele fisualisearre data tuning software, makket it mooglik om manuele blok ferpleatse, omkearde, ynlûken en opnij dwaan.
Service Spesifikaasjes
|
Bibleteek Type
|
Perron | Lês Length | Oanrikkemandearje Strategy |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatika analyzes
● Raw gegevens kwaliteit kontrôle
● Hi-C bibleteek kwaliteit kontrôle
● Hi-C basearre genome gearkomste
● Post-gearkomste evaluaasje
Sample easken en levering
Sample easken:
| Bist | Fungus | Planten
|
| Beferzen weefsel: 1-2g per bibleteek Sellen: 1x 10 ^ 7 sellen per bibleteek | Beferzen weefsel: 1g per bibleteek | Beferzen weefsel: 1-2g per bibleteek
|
| * Wy riede sterk oan om op syn minst 2 aliquots (elk 1 g) te ferstjoeren foar it Hi-C-eksperimint. | ||
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Container: 2 ml centrifuge tube (Tin folie is net oan te rieden)
Foar de measte samples advisearje wy net te bewarjen yn ethanol.
Sample-etikettering: Samples moatte dúdlik wurde markearre en identyk oan it yntsjinne formulier foar foarbyldynformaasje.
Ferstjoering: Droogiis: Samples moatte earst yn sekken wurde ferpakt en yn droechiis begroeven.
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
DNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
*Demo-resultaten werjûn hjir binne allegear fan genomen publisearre mei Biomarker Technologies
1.Hi-C ynteraksje waarmte kaart fanCamptotheca acuminatagenom.Lykas op 'e kaart te sjen is, is de yntinsiteit fan ynteraksjes negatyf korrelearre mei de lineêre ôfstân, wat oanjout op in heul krekte gearkomste op chromosoomnivo.(Fankring ratio: 96,03%)
Kang M et al.,Natuerkommunikaasje, 2021
2.Hi-C fasilitearre de falidaasje fan inversions tuskenGossypium hirsutumL. TM-1 A06 enG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Natuerkommunikaasje, 2019
3.Assembly en biallelike differinsjaasje fan it kassava-genoom SC205.Hi-C heatmap toand dúdlik split yn homologe chromosomen.
Hu W et al.,Molekulêre plant, 2021
4.Hi-C heatmap op twa Ficus-soarten genome-assemblage:F.microcarpa(anchoring ratio: 99,3%) enF.hispida (ferankerferhâlding: 99,7%)
Zhang X et al.Sel, 2020
BMK gefal
Genomen fan 'e Banyan Tree en Pollinator Wasp jouwe ynsjoch yn Fig-wesp Coevolution
Publisearre: Sel, 2020
Sequencing strategy:
F. microcarpa genome: ca.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenome: ca.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenome: ca.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Key resultaten
1.Twa banyanbeam genomes en ien pollinator wespgenoom waarden konstruearre mei PacBio sequencing, Hi-C en linkage map.
(1)F. microcarpagenom: In gearkomste fan 426 Mb (97,7% fan rûsde genome grutte) waard oprjochte mei contig N50 fan 908 Kb, BUSCO score fan 95,6%.Yn totaal waarden 423 Mb-sekwinsjes ferankere oan 13 chromosomen troch Hi-C.Genome-annotaasje levere 29.416 proteïne-kodearjende genen op.
(2)F. Hispidagenom: In gearkomste fan 360 Mb (97,3% fan rûsde genome grutte) wie opbringst mei contig N50 fan 492 Kb en BUSCO skoare fan 97,4%.In totaal fan 359 Mb-sekwinsjes waarden ferankere op 14 chromosomen troch Hi-C en heul identyk oan keppelingskaart mei hege tichtheid.
(3)Eupristina verticillatagenome: In gearkomste fan 387 Mb (Estimere genome grutte: 382 Mb) waard oprjochte mei contig N50 fan 3,1 Mb en BUSCO skoare fan 97,7%.
2. Fergelykjende genomika-analyze liet in grut oantal struktuerfariaasjes tusken twa sjenFicusgenomes, dy't ûnskatbere wearde genetyske boarne levere foar adaptive evolúsjestúdzjes.Dizze stúdzje levere foar it earst ynsjoch yn Fig-wasp-koevolúsje op genomysk nivo.
 Circosdiagram oer genomyske skaaimerken fan twaFicusgenomen, ynklusyf chromosomen, segmentale duplikaasjes (SD's), transposons (LTR, TE's, DNA TE's), gene ekspresje en synteny |  Identifikaasje fan it Y-chromosoom en geslachtsbepaling kandidaat-gen |
Zhang, X., et al."Genomen fan 'e Banyan Tree en Pollinator Wasp jouwe ynsjoch yn Fig-Wesp Coevolution."Sel 183.4 (2020).
