Metagenomika (NGS)

Shotgun-metagenomika mei Illumina is in populêr ark foar it bestudearjen fan mikrobiomen troch DNA direkt te sekwinsjearjen fan komplekse samples, wêrtroch sawol taksonomyske as funksjonele ferskaatheid bestudearre wurde kin. De BMKCloud metagenomyske (NGS) pipeline begjint mei kwaliteitskontrôle en metagenoomassemblage, wêrfanút genen foarsein en klustere wurde yn net-redundante datasets dy't annotearre binne foar funksje en taksonomy mei meardere databases. Dizze ynformaasje wurdt brûkt om taksonomyske ferskaat binnen in sample (alfa-ferskaat) en ferskaat tusken samples (beta-ferskaat) te analysearjen. Differinsjaalanalyse tusken groepen fynt OTU's en biologyske funksjes dy't ferskille tusken de twa groepen mei sawol parametryske as net-parametryske testen, wylst korrelaasjeanalyse dizze ferskillen relatearret oan miljeufaktoaren.