Lange net-kodearjen sequencing-Illumina
Service Foardielen
● Service Foardielen
● Cellular en weefsel spesifyk
● Spesifike poadium útdrukt en presintearret dynamyske ekspresjeferoaring
● Precise patroanen fan tiid en romte útdrukking
● Mienskiplike analyze mei mRNA-gegevens.
● BMKCloud-basearre resultaatferliening: Oanpaste data-mining beskikber op platfoarm.
● Nei-ferkeap tsjinsten jildich foar 3 moannen nei projekt foltôging
Sample easken en levering
| Biblioteek | Perron | Oanrikkemandearre gegevens | Data QC |
| rRNA útputting | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Konk.(ng/μl) | Bedrach (μg) | Purity | Yntegriteit |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | Foar planten: RIN≥6.5; Foar bisten: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beheind of gjin baseline hichte |
Nukleotiden:
Tissue: Gewicht (droech): ≥1 g
* Foar weefsel lytser dan 5 mg, riede wy oan om flash beferzen (yn floeibere stikstof) weefselmonster te stjoeren.
Selophinging: Seltal = 3 × 107
* Wy riede oan om beferzen sel lysate te ferstjoeren.Yn gefal dat sel telt lytser as 5 × 105, flash beferzen yn floeibere stikstof wurdt oanrikkemandearre.
Bloedmonsters:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol en 2mL bloed (TRIzol:Bloed=3:1)
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Container: 2 ml centrifuge tube (Tin folie is net oan te rieden)
Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Ferstjoering:
1.Dry-ice: Samples moatte wurde ynpakt yn sekken en begroeven yn droech-iis.
2.RNAstable buizen: RNA-monsters kinne wurde droege yn RNA-stabilisaasjebuis (bgl. RNAstable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Bioinformatika
1.LncRNA klassifikaasje
LncRNA foarsein troch de fjouwer softwares hjirboppe waarden yndield yn 4 kategoryen: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.LncRNA-klassifikaasje waard werjûn yn it histogram hjirûnder.
LncRNA klassifikaasje
2.Cis-rjochte genen fan DE-lncRNA-ferrikingsanalyse
ClusterProfiler waard brûkt yn GO-ferrikingsanalyse op cis-rjochte genen fan differinsjaal útdrukt lncRNA (DE-lncRNA), yn termen fan biologyske prosessen, molekulêre funksjes en sellulêre komponinten.GO-ferrikingsanalyse is in proses om DEG-rjochte signifikant ferrike GO-termen te identifisearjen yn ferliking mei it heule genom.De ferrike termen waarden presintearre yn histogram, bubble chart, ensfh lykas werjûn hjirûnder.
Cis-rjochte genen fan DE-lncRNA ferriking analyze - Bubble chart
3. Troch de lingte, eksonnûmer, ORF en ekspresjebedrach fan mRNA en lncRNA te fergelykjen, kinne wy de ferskillen yn struktuer, folchoarder ensafuorthinne tusken har begripe, en ek kontrolearje oft de troch ús foarsei nije lncRNA oerienkomt mei de algemiene skaaimerken.
BMK gefal
Deregulearre lncRNA-ekspresjeprofyl yn 'e mûs-lungadenokarcinomen mei KRAS-G12D-mutaasje en P53-knockout
Publisearre:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Sequencing strategy
Illumina
Sample kolleksje
De NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) sellen en negative kontrôle (sh-Scr) sellen waarden krigen op dei 6 fan in spesifike virale ynfeksje.
Key resultaten
Dizze stúdzje ûndersiket de ôfwikende útdrukte lncRNA's yn 'e mûslongadenokarcinoma mei P53-knockout en de KrasG12D-mutaasje.
1.6424 lncRNA's waarden differinsjaal útdrukt (≥ 2-fold feroaring, P <0.05).
2.Under alle 210 lncRNA's (FC≥8), waard 11 lncRNA's 'ekspresje regele troch P53, 33 lncRNA's troch KRAS en 13 lncRNA's troch hypoxia yn 'e primêre KP-sellen, respektivelik.
3.NONMMUT015812, dy't opmerklik up-regulearre waard yn 'e mûs lung adenocarcinoma en negatyf regele troch de P53 re-ekspresje, waard ûntdutsen om syn sellulêre funksje te analysearjen.
4.Knockdown fan NONMMUT015812 troch shRNAs fermindere proliferaasje en migraasjefeardigens fan KP-sellen.NONMMUT015812 wie in potinsjele onkogen.
 KEGG-paadanalyse fan 'e differinsjaal útdrukte genen yn' e NONMMUT015812-knockdown KP-sellen |  Gene Ontology-analyze fan de differinsjaal útdrukte genen yn 'e NONMMUT015812-knockdown KP-sellen |
Referinsje
Deregulearre lncRNA-ekspresjeprofyl yn 'e mûs-lungadenokarcinomen mei KRAS-G12D-mutaasje en P53-knockout [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
