Lange net-kodearjende sekwinsje-Illumina
Tsjinstfoardielen
●Mienskiplike analyze fan mRNA en lncRNATroch de kwantifikaasje fan mRNA-transkripten te kombinearjen mei de stúdzje fan lncRNA en har doelen, is it mooglik om in yngeand oersjoch te krijen fan it regeljouwingsmeganisme dat oan 'e sellulêre respons ten grondslach leit.
●Útwreide ekspertizeWy hawwe mear as 230.000 samples ferwurke, dy't ferskate samples en projektdoelen omfetsje. Wy bringe in rykdom oan ekspertize nei elk projekt.
●Mienskiplike analyze fan mRNA en lncRNAWy kombinearje de kwantifikaasje fan mRNA-transkripten mei de stúdzje fan lncRNA en har doelen, wêrtroch it mooglik is om in yngeand oersjoch te krijen fan it regeljouwingsmeganisme dat oan 'e sellulêre respons ten grondslach leit.
●Strikte kwaliteitskontrôleWy ymplementearje kearnkontrôlepunten yn alle stadia, fan sample tarieding oant bibleteek tarieding, sekwinsje en bioinformatika. Us nauwgezette monitoring soarget foar it leverjen fan konsekwint hege kwaliteit resultaten.
●Útwreide annotaasjeWy brûke meardere databases om de Differinsjeel Útdrukte Genen (DEG's) funksjoneel te annotearjen en oerienkommende ferrikingsanalyses út te fieren. Dizze wiidweidige oanpak jout ynsjoch yn 'e sellulêre en molekulêre prosessen dy't ûnderlizze oan 'e transkriptoomreaksje, wêrtroch jo alle mooglike ynformaasje krije oer de gegevens fan jo eksperimint.
●Stipe nei ferkeapWy begripe hoe wichtich it is om oanwêzich te wêzen, dêrom giet ús ynset fierder as de foltôging fan it projekt mei in perioade fan 3 moannen nei ferkeap. Tidens dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen en fragen- en antwurdsesjes oan om alle fragen oangeande de resultaten te beantwurdzjen.
Foarbyldeasken en levering
| Biblioteek | Perron | Oanrikkemandearre gegevens | Data QC |
| rRNA-útputte rjochtingsbibleteek | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nukleotiden:
| Konsintraasje (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suverens | Yntegriteit |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beheinde of gjin proteïne- of DNA-fersmoarging te sjen op gel. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; beheinde of gjin basislinehichte |
● Planten:
Woartel, stiel of blêd: 450 mg
Blêd of sied: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Dier:
Hart of darm: 450 mg
Yngewanten of harsens: 240 mg
Spier: 600 mg
Bonken, hier of hûd: 1,5 g
● Geleedpotigen:
Ynsekten: 9g
Skulpdieren: 450 mg
● Folbloed:2 buizen
● Sellen: 106 sellen
● Serum en plasma: 6 ml
Oanrikkemandearre levering fan samples
Kontener: 2 ml sintrifugearbuis (tinfolie wurdt net oanrikkemandearre)
Foarbyldlabeling: Groep+replikearje bygelyks A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ferstjoering:
1. Droech-iis: Samples moatte yn sekken ynpakt wurde en yn droech-iis begroeven wurde.
2. RNAstable buizen: RNA-samples kinne droege wurde yn in RNA-stabilisaasjebuis (bygelyks RNAstable®) en by keamertemperatuer ferstjoerd wurde.
Tsjinstwurkstream
Eksperimintûntwerp
Foarbyldlevering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sekwinsje
Data-analyze
Tsjinsten nei ferkeap
Bioinformatika
- Rûge gegevens
- Data QC
- Genoomôfstimming
- Genstruktuer (Alternative splicing, optimalisaasje fan genstruktuer en foarsizzing fan nije genen)
- Genekspresje kwantifikaasje
- Differinsjele ekspresje-analyze
- DEG-annotaasje en ferriking + Differinsjaal útdrukte lncRNA-doelgenen
- Transkripsje-identifikaasje
- lncRNA-identifikaasje (lncRNA-behâld en bekend lncRNA)
- foarsizzing fan lncRNA-doelgenen
- lncRNA-ekspresjekwantifikaasje
- Mienskiplike analyze mei mRNA-gegevens
Differinsjele genekspresje (DEG's) analyse
Kwantifikaasje fan lncRNA-ekspresje - klustering
Ferriking fan lncRNA-doelgenen
Mienskiplike mRNA- en lncRNA-posysje-analyze - Circos-plot (middelste sirkel is mRNA en binnenste sirkel is lncRNA)
Undersykje de foarútgong dy't mooglik makke wurdt troch de lncRNA-sekwinsjetsjinsten fan BMKGene fia in gearstalde kolleksje fan publikaasjes.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifikaasje, funksjonele foarsizzing, en wichtige lncRNA-ferifikaasje fan kâldstress-relatearre lncRNA's yn rottelever',Wittenskiplike rapporten2020 10:1, 10(1), siden 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Yntegrative transkriptomyske analyze ûntbleatet it ymmúnmeganisme foar in CyHV-3-resistinte gewoane karperstam',Grinzen yn Immunology, 12, p. 687151. doi: 10.3389 / FIMMU.2021.687151 / BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Prioritearring basearre op multi-omics-yntegraasje fan konkurrearjende endogene RNA-regulearringsnetwurken yn lytse sellige longkanker: Molekulêre skaaimerken en kandidaat-medisinen',Grinzen yn onkology, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Genetyske disseksje fan it gen-ko-ekspresjenetwurk ûnderlizzend oan fotosynteze yn Populus',Tydskrift foar plantbiotechnology, 18(4), siden 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'In wrâldwiid regeljouwingsnetwurk foar dysregulearre genekspresje en abnormale metabolike sinjalearring yn ymmúnsellen yn 'e mikroomjouwing fan 'e sykte fan Graves en de sykte fan Hashimoto',Grinzen yn Immunology, 13, p. 879824. doi: 10.3389 / FIMMU.2022.879824 / BIBTEX.
