Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
ຂໍ້ດີ
● ມີປະສົບການສູງ: ຫຼາຍກວ່າ 200,000 ຕົວຢ່າງໄດ້ຖືກປຸງແຕ່ງຢູ່ໃນ BMK ກວມເອົາຊະນິດຕົວຢ່າງທີ່ຫຼາກຫຼາຍ, ລວມທັງວັດທະນະທໍາຈຸລັງ, ເນື້ອເຍື່ອ, ນ້ໍາໃນຮ່າງກາຍ, ແລະອື່ນໆແລະຫຼາຍກວ່າ 7,000 ໂຄງການ mRNA-Seq ໄດ້ປິດກວມເອົາພື້ນທີ່ການຄົ້ນຄວ້າຕ່າງໆ.
● ລະບົບການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບທີ່ເຂັ້ມງວດ: ຈຸດຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຫຼັກຜ່ານທຸກຂັ້ນຕອນລວມທັງການກະກຽມຕົວຢ່າງ, ການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດ, ການຈັດລຽງລຳດັບ ແລະ ຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານແມ່ນຢູ່ພາຍໃຕ້ການຕິດຕາມຢ່າງໃກ້ຊິດເພື່ອໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ.
● ຖານຂໍ້ມູນຫຼາຍອັນທີ່ມີໃຫ້ສໍາລັບບົດອະທິບາຍການເຮັດວຽກ ແລະການສຶກສາການເສີມສ້າງເພື່ອບັນລຸເປົ້າໝາຍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ຫຼາກຫຼາຍ.
● ການບໍລິການຫຼັງການຂາຍ: ການບໍລິການຫຼັງການຂາຍມີເວລາ 3 ເດືອນຫຼັງຈາກໂຄງການສໍາເລັດ, ລວມທັງການຕິດຕາມໂຄງການ, ການແກ້ໄຂບັນຫາ, ຜົນໄດ້ຮັບ Q&A, ແລະອື່ນໆ.
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
| ຫໍສະໝຸດ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ຂໍ້ມູນແນະນໍາ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
| ອຸດົມດ້ວຍໂພລີ A | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | ປະລິມານ (μg) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ. | ສໍາລັບພືດ: RIN≥6.5; ສໍາລັບສັດ: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ຂອບເຂດຈໍາກັດ ຫຼືບໍ່ມີລະດັບຄວາມສູງ |
ເນື້ອເຍື່ອ: ນໍ້າໜັກ (ແຫ້ງ):≥1 g
* ສໍາລັບເນື້ອເຍື່ອຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ 5 ມລກ, ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ສົ່ງຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ frozen (ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວ) flash.
ການລະງັບເຊລ:ຈຳນວນຕາລາງ = 3×106- 1×107
*ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ສົ່ງ lysate ຫ້ອງ frozen.ໃນກໍລະນີທີ່ຕາລາງນັ້ນນັບໜ້ອຍກວ່າ 5×105.
ຕົວຢ່າງເລືອດ:ປະລິມານ≥1 ml
ຈຸລິນຊີ:ມະຫາຊົນ ≥ 1 g
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ບັນຈຸ: ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3;B1, B2, B3......
ການຂົນສົ່ງ:
- ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃສ່ຖົງ ແລະຝັງໃສ່ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ.
- ທໍ່ RNAstable: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການອອກແບບທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການສະກັດເອົາ RNA
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ຊີວະວິທະຍາ
Eukaryotic ຂັ້ນຕອນການວິເຄາະການຈັດລໍາດັບ mRNA
ຊີວະວິທະຍາ
Øການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
Øການຈັດຮຽງ genome ອ້າງອີງ
Øການວິເຄາະໂຄງສ້າງການຖອດຂໍ້ຄວາມ
Øປະລິມານການສະແດງອອກ
Øການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງ
ØFunction annotation ແລະການເສີມສ້າງ
1.ເສັ້ນໂຄ້ງການອີ່ມຕົວຂອງຂໍ້ມູນ mRNA
2.ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ - ແຜນການຂອງພູເຂົາໄຟ
3.ຄໍາອະທິບາຍ KEGG ກ່ຽວກັບ DEGs
4.ການຈັດປະເພດ GO ໃນ DEGs
