条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຜະລິດຕະພັນ

ການວິເຄາະສະມາຄົມທົ່ວ Genome

ຈຸດປະສົງຂອງການສຶກສາສະມາຄົມ Genome-Wide (GWAS) ແມ່ນເພື່ອກໍານົດຕົວແປທາງພັນທຸກໍາ (genotypes) ທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ກັບລັກສະນະສະເພາະ (phenotypes). ໂດຍການກວດສອບເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາໃນທົ່ວ genome ທັງຫມົດໃນຈໍານວນບຸກຄົນຈໍານວນຫຼາຍ, GWAS extrapolates ສະມາຄົມ genotype-phenotype ຜ່ານການວິເຄາະສະຖິຕິລະດັບປະຊາກອນ. ວິທີການນີ້ພົບເຫັນການນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການຄົ້ນຄວ້າພະຍາດຂອງມະນຸດແລະການສໍາຫຼວດພັນທຸກໍາທີ່ເປັນປະໂຫຍດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບລັກສະນະສະລັບສັບຊ້ອນໃນສັດຫຼືພືດ.

ທີ່ BMKGENE, ພວກເຮົາສະເຫນີສອງເສັ້ນທາງສໍາລັບການດໍາເນີນການ GWAS ໃນປະຊາກອນຂະຫນາດໃຫຍ່: ຈ້າງ Whole-Genome Sequencing (WGS) ຫຼືເລືອກວິທີການຈັດລໍາດັບ genome ຕົວແທນທີ່ຫຼຸດລົງ, Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). ໃນຂະນະທີ່ WGS ເຫມາະສົມກັບ genomes ຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ, SLAF ກາຍເປັນທາງເລືອກທີ່ມີປະສິດທິພາບດ້ານຄ່າໃຊ້ຈ່າຍສໍາລັບການສຶກສາປະຊາກອນຂະຫນາດໃຫຍ່ທີ່ມີ genomes ຍາວ, ຫຼຸດຜ່ອນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍໃນລໍາດັບຢ່າງມີປະສິດທິຜົນ, ໃນຂະນະທີ່ຮັບປະກັນປະສິດທິພາບການຄົ້ນພົບເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາສູງ.


ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຊີວະວິທະຍາ

ຜົນການສາທິດ

ສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນ

ຂະບວນການເຮັດວຽກ

图片13

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

ບັນທຶກຄວາມຊ່ຽວຊານແລະການພິມເຜີຍແຜ່ຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ດ້ວຍປະສົບການທີ່ສະສົມຢູ່ໃນ GWAS, BMKGene ໄດ້ສໍາເລັດໂຄງການຫຼາຍຮ້ອຍຊະນິດໃນການຄົ້ນຄວ້າ GWAS ປະຊາກອນ, ຊ່ວຍໃຫ້ນັກຄົ້ນຄວ້າເຜີຍແຜ່ຫຼາຍກວ່າ 100 ບົດຄວາມ, ແລະປັດໄຈຜົນກະທົບສະສົມໄດ້ບັນລຸ 500.

● ການວິເຄາະທາງດ້ານຊີວະວິທະຍາທີ່ສົມບູນ: workflow ປະກອບມີການວິເຄາະສະມາຄົມ SNP-trait, ສົ່ງຊຸດຂອງ genes ຜູ້ສະຫມັກແລະຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດທີ່ສອດຄ້ອງກັນຂອງພວກເຂົາ.

ທີມງານ bioinformatics ຊໍານິຊໍານານສູງແລະວົງຈອນການວິເຄາະສັ້ນ: ດ້ວຍປະສົບການອັນດີໃນການວິເຄາະ genomics ຂັ້ນສູງ, ທີມງານຂອງ BMKGene ສະຫນອງການວິເຄາະທີ່ສົມບູນແບບດ້ວຍເວລາການປ່ຽນແປງທີ່ໄວ.

ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ:ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອການສໍາເລັດໂຄງການດ້ວຍໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.

ຂໍ້ກໍານົດແລະຂໍ້ກໍານົດການບໍລິການ

ປະເພດຂອງການຈັດລໍາດັບ

ຂະໜາດປະຊາກອນທີ່ແນະນຳ

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ

ຂໍ້​ກໍາ​ນົດ Nucleotide

ການຈັດລໍາດັບພັນທຸກໍາທັງໝົດ

200 ຕົວຢ່າງ

10x

ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ: ≥ 1 ng / µL

ຈໍານວນທັງຫມົດ≥ 30ng

ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການເຊື່ອມໂຊມຫຼືການປົນເປື້ອນ

Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF)

ຄວາມເລິກແທັກ: 10x

ຈຳນວນແທັກ:

< 400 Mb: WGS ຖືກແນະນຳ

< 1Gb: 100K tags

1 Gb

> 2Gb: 300K tags

ສູງສຸດ 500k tags

ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ ≥ 5 ng/µL

ຈໍານວນທັງຫມົດ ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280=1.6-2.5

Agarose gel: ບໍ່ມີຫຼືຈໍາກັດການເຊື່ອມໂຊມຫຼືການປົນເປື້ອນ

 

ການຄັດເລືອກວັດສະດຸ

动物1
动物2
ຮູບ7

ແນວພັນທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ຊະນິດຍ່ອຍ, landraces / genebanks / ຄອບຄົວປະສົມ / ຊັບພະຍາກອນທໍາມະຊາດ

ແນວ​ພັນ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​, subspecies​, landraces​

ຄອບ​ຄົວ​ເຄິ່ງ​ທີ່​ມີ​ຊີ​ວິດ / ຄອບ​ຄົວ​ເຕັມ​ທີ່​ມີ​ຊີ​ວິດ / ຊັບ​ພະ​ຍາ​ກອນ​ທໍາ​ມະ​ຊາດ​

ກະແສວຽກບໍລິການ

ຕົວຢ່າງ QC

ການອອກແບບທົດລອງ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການທົດລອງທົດລອງ

ການສະກັດເອົາ RNA

ການ​ກະ​ກຽມ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການຈັດລໍາດັບ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ


  • ທີ່ຜ່ານມາ:
  • ຕໍ່ໄປ:

  • 图片119

    ລວມມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:

    • ການວິເຄາະສະມາຄົມທົ່ວ Genome: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM ແບບຈໍາລອງ
    • ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດຂອງພັນທຸກໍາຂອງຜູ້ສະຫມັກ

    ການ​ວິ​ເຄາະ​ສະ​ມາ​ຄົມ​ລັກ​ສະ​ນະ SNP – ດິນ​ຕອນ Manhattan​

     

    图片14

     

    ການ​ວິ​ເຄາະ SNP​-trait ສະ​ມາ​ຄົມ – ແຜນ QQ​

     

    图片15

     

     

    ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຂອງ BMKGene de GWAS ໂດຍຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ:

    Lv, L. et al. (2023) 'ຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບພື້ນຖານພັນທຸກໍາຂອງຄວາມທົນທານຕໍ່ແອມໂມເນຍໃນ razor clam Sinonovacula constricta ໂດຍການສຶກສາສະມາຄົມທົ່ວ genome',ການລ້ຽງສັດນ້ຳ, 569, ໜ້າ. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.

    Li, X. et al. (2022) 'Multi-omics ການວິເຄາະຂອງ 398 foxtail millet accessions ເປີດເຜີຍພາກພື້ນ genomic ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພາຍໃນປະເທດ, ລັກສະນະ metabolite, ແລະຜົນກະທົບຕ້ານການອັກເສບ',ພືດໂມເລກຸນ, 15(8), ໜ້າ 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.

    Li, J. et al. (2022) 'ການສ້າງແຜນທີ່ສະມາຄົມທົ່ວພັນທຸກໍາຂອງປະກົດການຫຍໍ້ທໍ້ໃນສະພາບແວດລ້ອມແຫ້ງແລ້ງ',ຊາຍແດນໃນວິທະຍາສາດພືດ, 13, ຫນ້າ. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.

    Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, ເຊິ່ງເຂົ້າລະຫັດ sulfotransferase, ໃຫ້ຄວາມຕ້ານທານຕໍ່ເຊື້ອໄວຣັດຖົ່ວເຫຼືອງ mosaic ສາຍພັນ G2 ແລະ G3',ພືດ, ຈຸລັງ ແລະສິ່ງແວດລ້ອມ, 44(8), ໜ້າ 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.

    ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

    ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

    ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານໄປຫາພວກເຮົາ: