BMKCloud Log in
条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຜະລິດຕະພັນ

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

ໜ່ວຍຍ່ອຍໃນ 16S ແລະ 18S rRNA ທີ່ມີທັງພາກພື້ນທີ່ມີການອະນຸລັກສູງ ແລະ hyper-variable ແມ່ນລາຍນິ້ວມືໂມເລກຸນທີ່ສົມບູນແບບສໍາລັບການກໍານົດສິ່ງມີຊີວິດ prokaryotic ແລະ eukaryotic.ການໃຊ້ປະໂຍດຈາກການຈັດລໍາດັບ, amplicons ເຫຼົ່ານີ້ສາມາດຖືກກໍາຫນົດເປົ້າຫມາຍໂດຍອີງໃສ່ພາກສ່ວນທີ່ອະນຸລັກແລະພາກພື້ນ hyper-variable ສາມາດມີລັກສະນະຢ່າງເຕັມສ່ວນສໍາລັບການກໍານົດຕົວຂອງຈຸລິນຊີທີ່ປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນການສຶກສາທີ່ກວມເອົາການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຈຸລິນຊີ, ການຈັດປະເພດ, phylogeny, ແລະອື່ນໆ. ໂມເລກຸນດຽວໃນເວລາຈິງ (SMRT ) ການຈັດລໍາດັບຂອງແພລະຕະຟອມ PacBio ຊ່ວຍໃຫ້ໄດ້ຮັບການອ່ານຍາວທີ່ຖືກຕ້ອງສູງ, ເຊິ່ງສາມາດກວມເອົາ amplicons ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ (ປະມານ 1.5 Kb).ທັດສະນະທີ່ກວ້າງຂວາງຂອງພາກສະຫນາມພັນທຸກໍາໄດ້ປັບປຸງການແກ້ໄຂຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນຄໍາບັນຍາຍຂອງຊະນິດພັນໃນເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຫຼືຊຸມຊົນເຊື້ອເຫັດ.

ເວທີ:PacBio Sequel II


ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຜົນການສາທິດ

ກໍ​ລະ​ນີ​ສຶກ​ສາ

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

1

● ການອ່ານຍາວເປີດເຜີຍລໍາດັບຄວາມຍາວເຕັມຂອງ 16S/18S/ITS

● ການໂທຖານທີ່ຖືກຕ້ອງສູງດ້ວຍການຈັດລຳດັບຂອງໂໝດ PacBio CCS

● ຄວາມລະອຽດລະດັບສາຍພັນໃນ OTU/ASV ອະທິບາຍ

● ຫຼ້າສຸດ QIIME2 ການວິເຄາະການໄຫຼເຂົ້າກັບການວິເຄາະທີ່ຫຼາກຫຼາຍໃນແງ່ຂອງຖານຂໍ້ມູນ, ຄໍາບັນຍາຍ, OTU/ASV.

● ໃຊ້ໄດ້ກັບການສຶກສາຊຸມຊົນຈຸລິນຊີທີ່ຫຼາກຫຼາຍ

● BMK ເປັນເຈົ້າຂອງປະສົບການທີ່ກວ້າງຂວາງດ້ວຍຫຼາຍກວ່າ 100,000 ຕົວຢ່າງຕໍ່ປີ, ກວມເອົາດິນ, ນ້ໍາ, ອາຍແກັສ, ຂີ້ຕົມ, ອາຈົມ, ລໍາໄສ້, ຜິວຫນັງ, ນ້ໍາຫມັກ, ແມງໄມ້, ພືດ, ແລະອື່ນໆ.

● BMKCloud ອຳນວຍຄວາມສະດວກໃນການຕີຄວາມໝາຍຂໍ້ມູນທີ່ມີ 45 ເຄື່ອງມືການວິເຄາະສ່ວນບຸກຄົນ

ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ

ການຈັດລໍາດັບເວທີ

ຫໍສະໝຸດ

ຂໍ້​ມູນ​ທີ່​ແນະ​ນໍາ​

ເວລາປ່ຽນ

PacBio Sequel II

SMRT-bell

ແທັກ 5K/10K/20K

44 ມື້ເຮັດວຽກ

ການ​ວິ​ເຄາະ bioinformatics​

● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ

● OTU clustering/De-noise(ASV)

● ຄຳອະທິບາຍ OTU

● ຄວາມຫຼາກຫຼາຍອັນຟາ

● ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງເບຕ້າ

● ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ

● ການວິເຄາະສະມາຄົມຕໍ່ກັບປັດໃຈທົດລອງ

● ຟັງຊັນການຄາດເດົາພັນທຸກໍາ

16sPacbio

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:

ສໍາລັບສານສະກັດຈາກ DNA:

ປະເພດຕົວຢ່າງ

ຈໍາ​ນວນ

ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ

ຄວາມບໍລິສຸດ

ສານສະກັດຈາກ DNA

1 ມກ

> 20 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

ສໍາ​ລັບ​ຕົວ​ຢ່າງ​ສິ່ງ​ແວດ​ລ້ອມ​:

ປະເພດຕົວຢ່າງ

ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ

ດິນ

ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ສານທີ່ເຫລືອຢູ່ຕ້ອງເອົາອອກຈາກພື້ນຜິວ;Grind ຕ່ອນຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 2 ມມ;ຕົວຢ່າງ Aliquot ໃນທໍ່ EP-tube ຫຼື cyrotube ທີ່ບໍ່ສະອາດສໍາລັບການຈອງ.

ອາຈົມ

ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບການຈອງ.

ເນື້ອເຍື່ອກະເພາະອາຫານ

ຕົວຢ່າງຕ້ອງໄດ້ຮັບການປຸງແຕ່ງພາຍໃຕ້ສະພາບ aseptic.ລ້າງເນື້ອເຍື່ອທີ່ເກັບກໍາດ້ວຍ PBS;Centrifuge PBS ແລະເກັບກໍາ precipitant ໃນ EP-tubes.

ຂີ້ຕົມ

ຈໍານວນຕົວຢ່າງ: ປະມານ.5 g;ເກັບກໍາແລະ aliquot ຕົວຢ່າງ sludge ໃນ EP-tube ເປັນຫມັນຫຼື cryotube ສໍາລັບຈອງ

ນ້ຳ

ສໍາລັບຕົວຢ່າງທີ່ມີຈໍານວນຈໍາກັດຂອງຈຸລິນຊີເຊັ່ນ: ນ້ໍາປະປາ, ນ້ໍາດີ, ແລະອື່ນໆ, ເກັບນ້ໍາຢ່າງຫນ້ອຍ 1 L ແລະຜ່ານການກັ່ນຕອງ 0.22 μmເພື່ອເສີມສ້າງຈຸລິນຊີໃນເຍື່ອ.ເກັບຮັກສາເຍື່ອໃນທໍ່ເປັນຫມັນ.

ຜິວໜັງ

ຂູດພື້ນຜິວໜັງຢ່າງລະມັດລະວັງດ້ວຍຜ້າຝ້າຍ ຫຼືໃບຜ່າຕັດທີ່ບໍ່ສະອາດແລ້ວເອົາໃສ່ໃນທໍ່ທີ່ບໍ່ສະອາດ.

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ

ແຊ່ແຂງຕົວຢ່າງໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວສໍາລັບ 3-4 ຊົ່ວໂມງແລະເກັບຮັກສາໄວ້ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວຫຼື -80 ອົງສາເພື່ອຈອງໃນໄລຍະຍາວ.ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງດ້ວຍນໍ້າກ້ອນແຫ້ງແມ່ນຕ້ອງການ.

ກະແສວຽກບໍລິການ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການ​ກະ​ກຽມ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການຈັດລໍາດັບ

ການ​ວິ​ເຄາະ​ຂໍ້​ມູນ

ການ​ວິ​ເຄາະ​ຂໍ້​ມູນ

ບໍລິການຫລັງການຂາຍ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ


  • ທີ່ຜ່ານມາ:
  • ຕໍ່ໄປ:

  • 1.ອັດ​ຕາ​ການ​ອະ​ທິ​ບາຍ​ຂອງ V3+V4(Illumina)-ອີງ​ໃສ່ profileing ຊຸມ​ຊົນ microbial ທຽບ​ກັບ​ຄວາມ​ຍາວ​ເຕັມ (PacBio)-profileing-based.
    (ຂໍ້​ມູນ​ຂອງ 30 ໂຄງ​ການ​ທີ່​ເລືອກ​ໂດຍ​ສຸ່ມ​ໄດ້​ຖືກ​ນໍາ​ໃຊ້​ສໍາ​ລັບ​ການ​ສະ​ຖິ​ຕິ​)

    3

    2.ອັດ​ຕາ​ການ​ບັນ​ທຶກ​ຂອງ​ການ​ຈັດ​ລໍາ​ດັບ amplicon ຄວາມ​ຍາວ​ເຕັມ​ທີ່​ລະ​ດັບ​ຊະ​ນິດ​ໃນ​ປະ​ເພດ​ຕົວ​ຢ່າງ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ

    4

    3.ການແຜ່ກະຈາຍຊະນິດ

    5
    4.Phylogenetic tree

    6

    ກໍລະນີ BMK

    ການໄດ້ຮັບສານອາເຊນິກເຮັດໃຫ້ເກີດຄວາມເສຍຫາຍຂອງອຸປະສັກໃນລໍາໄສ້ແລະການກະຕຸ້ນຂອງລໍາໄສ້ຂອງຕັບທີ່ນໍາໄປສູ່ການອັກເສບແລະ pyroptosis ຂອງຕັບໃນເປັດ.

    ຈັດພີມມາ:ວິ​ທະ​ຍາ​ສາດ​ຂອງ​ສິ່ງ​ແວດ​ລ້ອມ​ທັງ​ຫມົດ​,2021

    ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ:

    ຕົວຢ່າງ: ການຄວບຄຸມທຽບກັບ 8 mg/kg ກຸ່ມ ATO exposed
    ລໍາດັບຜົນຂໍ້ມູນ: 102,583 ລໍາດັບ CCS ດິບໃນຈໍານວນທັງຫມົດ
    ການຄວບຄຸມ: 54,518 ± 747 CCS ທີ່ມີປະສິດທິພາບ
    ATO-exposed : 45,050 ± 1675 CCS ປະສິດທິພາບ

    ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ

    ຄວາມຫຼາກຫຼາຍອັນຟາ:ການສໍາຜັດ ATO ໄດ້ປ່ຽນແປງຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງຈຸລິນຊີໃນລໍາໄສ້ຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ ແລະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງເປັດ.

    ການວິເຄາະ metastats:
    ໃນລະດັບ phylum: 2 ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ phyla ກວດພົບພຽງແຕ່ຢູ່ໃນກຸ່ມຄວບຄຸມ
    ໃນ​ລະ​ດັບ​ສະ​ກຸນ​: 6 ສະ​ກຸນ​ໄດ້​ຖືກ​ພົບ​ເຫັນ​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​ຢ່າງ​ຫຼວງ​ຫຼາຍ​ໃນ​ຄວາມ​ອຸ​ດົມ​ສົມ​ບູນ​ພີ່​ນ້ອງ​
    ໃນ​ລະ​ດັບ​ຊະ​ນິດ​: 36 ຊະ​ນິດ​ໄດ້​ຖືກ​ກໍາ​ນົດ​ໃນ​ຈໍາ​ນວນ​ທັງ​ຫມົດ​, ມີ 6 ຂອງ​ພວກ​ເຂົາ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​ຢ່າງ​ຫຼວງ​ຫຼາຍ​ໃນ​ຄວາມ​ອຸ​ດົມ​ສົມ​ບູນ revivive​.

    ອ້າງອິງ

    Thingholm, LB, et al."ບຸກຄົນທີ່ເປັນໂລກອ້ວນທີ່ມີແລະບໍ່ມີພະຍາດເບົາຫວານປະເພດ 2 ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມສາມາດແລະອົງປະກອບຂອງ microbial ລໍາໄສ້ທີ່ແຕກຕ່າງກັນ."Cell Host & Microbe26.2(2019).

    ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

    ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

    ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງເຈົ້າຫາພວກເຮົາ: