circRNA sequencing-Illumina
ຄຸນລັກສະນະ
● rRNA depletion ປະຕິບັດຕາມໂດຍການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດທິດທາງ, ເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບຂໍ້ມູນທີ່ມີສາຍສະເພາະ.
● Bioinformatic workflow ເຮັດໃຫ້ການຄາດຄະເນ circRNA ແລະປະລິມານການສະແດງອອກ
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
●ຫ້ອງສະໝຸດ RNA ທີ່ສົມບູນແບບກວ່າ:ພວກເຮົາໃຊ້ rRNA depletion ແທນທີ່ຈະເປັນເສັ້ນ RNA depletion ໃນການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດກ່ອນຂອງພວກເຮົາ, ຮັບປະກັນວ່າຂໍ້ມູນລໍາດັບປະກອບມີບໍ່ພຽງແຕ່ circRNA ແຕ່ຍັງ mRNA ແລະ lncRNA, ເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະຮ່ວມກັນກ່ຽວກັບຊຸດຂໍ້ມູນເຫຼົ່ານີ້.
●ການວິເຄາະທາງເລືອກຂອງເຄືອຂ່າຍ RNA endogenous (ceRNA) ທີ່ແຂ່ງຂັນ: ການໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈເລິກເຊິ່ງກວ່າກ່ຽວກັບກົນໄກການບັງຄັບໃຊ້ໂທລະສັບມືຖື
●ຄວາມຊໍານານຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ດ້ວຍບັນທຶກການຕິດຕາມການປຸງແຕ່ງຫຼາຍກວ່າ 20,000 ຕົວຢ່າງຢູ່ BMK, ກວມເອົາປະເພດຕົວຢ່າງທີ່ຫຼາກຫຼາຍ ແລະໂຄງການ lncRNA, ທີມງານຂອງພວກເຮົານໍາເອົາປະສົບການທີ່ອຸດົມສົມບູນໃຫ້ກັບທຸກໆໂຄງການ.
●ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຢ່າງເຂັ້ມງວດ: ພວກເຮົາປະຕິບັດຈຸດຄວບຄຸມຫຼັກໃນທົ່ວທຸກຂັ້ນຕອນ, ຈາກຕົວຢ່າງ ແລະການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດ ຈົນເຖິງການຈັດລໍາດັບ ແລະຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານ.ການຕິດຕາມຢ່າງລະມັດລະວັງນີ້ຮັບປະກັນການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ.
● ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫຼັງການຂາຍ: ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອຈາກການສໍາເລັດໂຄງການທີ່ມີໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ.ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
| ຫໍສະໝຸດ | ເວທີ | ຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ | ຂໍ້ມູນ QC |
| ອຸດົມດ້ວຍໂພລີ A | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | ປະລິມານ (μg) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ. | ສໍາລັບພືດ: RIN≥6.5; ສໍາລັບສັດ: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ຂອບເຂດຈໍາກັດ ຫຼືບໍ່ມີລະດັບຄວາມສູງ |
● ພືດ:
ຮາກ, ລຳຕົ້ນ ຫຼື ກີບດອກ: 450 ມກ
ໃບ ຫຼື ແກ່ນ: 300 ມກ
ໝາກ: 1.2 g
● ສັດ:
ຫົວໃຈ ຫຼື ລຳໄສ້: 450 ມກ
Viscera ຫຼືສະຫມອງ: 240 ມກ
ກ້າມເນື້ອ: 600 ມກ
ກະດູກ, ຜົມ ຫຼື ໜັງ: 1.5g
● Arthropods:
ແມງໄມ້: 9g
Crustacea: 450 ມກ
● ເລືອດທັງໝົດ:2 ທໍ່
● ເຊລ: 106 ຈຸລັງ
● Serum ແລະ Plasma: 6 ມລ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ບັນຈຸ: ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3;B1, B2, B3......
ການຂົນສົ່ງ:
1. ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃສ່ຖົງ ແລະຝັງໄວ້ໃນນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ.
2. ທໍ່ RNAstable: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການອອກແບບທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການສະກັດເອົາ RNA
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ຊີວະວິທະຍາ
ການຄາດຄະເນ circRNA: ການແຜ່ກະຈາຍຂອງໂຄໂມໂຊມ
ການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ circRNAs - ແຜນທີ່ພູເຂົາໄຟ
circRNAs ທີ່ສະແດງອອກແຕກຕ່າງກັນ - ການຈັດກຸ່ມຕາມລຳດັບ
ການເສີມສ້າງພັນທຸກໍາຂອງແມ່ບ້ານຂອງ circRNA
ຄົ້ນຫາຄວາມກ້າວຫນ້າຂອງການຄົ້ນຄວ້າທີ່ອໍານວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຈັດລໍາດັບ circRNA ຂອງ BMKGene ຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 ຄວບຄຸມການສ້າງ circRNA ແລະ microRNA mediated gene silencing in hepatocellular carcinoma', Oncogene 2021 40:25, 40(25), ໜ້າ 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'X oo-responsive transcriptome ເປີດເຜີຍບົດບາດຂອງວົງຈອນ RNA133 ໃນການຕໍ່ຕ້ານພະຍາດໂດຍການຄວບຄຸມການສະແດງອອກຂອງ OsARAB ໃນເຂົ້າ', Phytopathology Research, 5(1), ຫນ້າ 1-14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 modulates ຄວາມດຸ່ນດ່ຽງຂອງ transcripts ວົງແລະ linear ໃນ hepatocellular carcinoma'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'ການປະເມີນຜົນທີ່ສົມບູນແບບຂອງ circRNAs ໃນ cardiomyopathy cirrhotic ກ່ອນແລະຫຼັງການປ່ຽນຕັບ', International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
