BMKCloud Log in
条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຜະລິດຕະພັນ

ການວິເຄາະ Segregant ເຕັມ

ການວິເຄາະ segregant bulked (BSA) ແມ່ນເຕັກນິກການຈ້າງງານເພື່ອກໍານົດໄວ phenotype ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາ.ຂະບວນການເຮັດວຽກຕົ້ນຕໍຂອງ BSA ປະກອບມີການເລືອກເອົາສອງກຸ່ມຂອງບຸກຄົນທີ່ມີ phenotypes ກົງກັນຂ້າມທີ່ສຸດ, ລວບລວມ DNA ຂອງບຸກຄົນທັງຫມົດເພື່ອສ້າງເປັນສອງສ່ວນຂອງ DNA, ກໍານົດລໍາດັບຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງສອງສະນຸກເກີ.ເຕັກນິກນີ້ໄດ້ຖືກໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການກໍານົດເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພັນທຸກໍາເປົ້າຫມາຍໃນພັນທຸກໍາຂອງພືດ / ສັດ.


ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຜົນການສາທິດ

ກໍ​ລະ​ນີ​ສຶກ​ສາ

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

12

Takagi et al., ວາລະສານພືດ, 2013

● ການຕັ້ງທ້ອງຖິ່ນທີ່ຖືກຕ້ອງ: ການປະສົມເປັນຊຸດທີ່ມີ 30+30 ຫາ 200+200 ບຸກຄົນເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນສຽງລົບກວນໃນພື້ນຫຼັງ;ການຄາດຄະເນພາກພື້ນຂອງຜູ້ສະໝັກທີ່ອີງໃສ່ຕົວກາຍພັນທີ່ບໍ່ຄ້າຍຄືກັນ.

● ການວິເຄາະທີ່ສົມບູນແບບ: ລາຍລະອຽດການທໍາງານຂອງ gene ຂອງຜູ້ສະຫມັກໃນຄວາມເລິກ, ລວມທັງ NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, ແລະອື່ນໆ.

● ເວລາຫັນປ່ຽນໄວຂຶ້ນ: ການຕັ້ງຖິ່ນຖານຂອງ gene ຢ່າງໄວວາພາຍໃນ 45 ມື້ເຮັດວຽກ.

● ປະສົບການທີ່ກວ້າງຂວາງ: BMK ໄດ້ປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນການເຮັດໃຫ້ທ້ອງຖິ່ນມີລັກສະນະເປັນພັນໆອັນ, ເຊິ່ງກວມເອົາຊະນິດພັນຕ່າງໆເຊັ່ນ: ພືດ, ຜະລິດຕະພັນສິນໃນນ້ຳ, ປ່າໄມ້, ດອກໄມ້, ໝາກໄມ້ ແລະ ອື່ນໆ.

ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ

ປະຊາກອນ:
ການແຍກເຊື້ອສາຍຂອງພໍ່ແມ່ກັບ phenotypes ທີ່ກົງກັນຂ້າມ.
ຕົວຢ່າງ F2 progeny, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line(RIL)

ສະນຸກເກີປະສົມ
ສໍາລັບລັກສະນະຄຸນນະພາບ: 30 ຫາ 50 ບຸກຄົນ (ຂັ້ນຕ່ໍາ 20)/ຊຸດ
ສໍາລັບ tratis ປະລິມານ: ສູງສຸດ 5% ຫາ 10% ບຸກຄົນທີ່ມີ phenotypes ທີ່ຮ້າຍໄປໃນປະຊາກອນທັງຫມົດ (ຕໍາ່ສຸດທີ່ 30+30).

ຄວາມເລິກການຈັດລໍາດັບທີ່ແນະນໍາ
ຢ່າງໜ້ອຍ 20X/ຕົວ/ແມ່ ແລະ 1X/ລູກ/ບຸກຄົນ (ຕົວຢ່າງ: ສຳລັບຕົວປະສົມລູກຫຼານຂອງ 30+30 ບຸກຄົນ, ຄວາມເລິກການຈັດລຳດັບຈະເປັນ 30X ຕໍ່ຊຸດ)

ການ​ວິ​ເຄາະ bioinformatics​

● ການຈັດລໍາດັບພັນທຸກໍາທັງໝົດ
 
● ການປະມວນຜົນຂໍ້ມູນ
 
● SNP/Indel ໂທ
 
● ການຄັດເລືອກພາກພື້ນ
 
● ຄໍາອະທິບາຍຟັງຊັນ gene ຂອງຜູ້ສະຫມັກ

流程图-BS-A1

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:

Nucleotides:

ຕົວຢ່າງ gDNA

ຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ

ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ: ≥30 ng/μl

ພືດ: 1-2 g

ປະລິມານ: ≥2 μg (ປະລິມານ ≥15 μl)

ສັດ: 0.5-1 g

ຄວາມບໍລິສຸດ: OD260/280= 1.6-2.5

ເລືອດທັງໝົດ: 1.5 ມລ

ກະແສວຽກບໍລິການ

ຕົວຢ່າງ QC

ການອອກແບບທົດລອງ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການທົດລອງທົດລອງ

ການສະກັດເອົາ RNA

ການ​ກະ​ກຽມ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການຈັດລໍາດັບ

ການ​ວິ​ເຄາະ​ຂໍ້​ມູນ

ການ​ວິ​ເຄາະ​ຂໍ້​ມູນ

ບໍລິການຫລັງການຂາຍ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ


  • ທີ່ຜ່ານມາ:
  • ຕໍ່ໄປ:

  • 1.Association analysis base on Euclidean Distance (ED) ເພື່ອກໍານົດພາກພື້ນຂອງຜູ້ສະຫມັກ.ໃນຮູບຕໍ່ໄປນີ້

    ແກນ X: ຈໍານວນໂຄໂມໂຊມ;ແຕ່ລະຈຸດສະແດງຄ່າ ED ຂອງ SNP.ເສັ້ນສີດໍາກົງກັບຄ່າ ED ທີ່ພໍດີ.ມູນຄ່າ ED ທີ່ສູງຂຶ້ນຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງການເຊື່ອມໂຍງທີ່ສໍາຄັນລະຫວ່າງສະຖານທີ່ແລະ phenotype.ເສັ້ນ dash ສີແດງສະແດງເຖິງຂອບເຂດຂອງການເຊື່ອມໂຍງທີ່ສໍາຄັນ.

    mRNA-FLNC-read-length-distribution

     

    2.Association analysis based no SNP-index

    ແກນ X: ຈໍານວນໂຄໂມໂຊມ;ແຕ່ລະຈຸດສະແດງຄ່າ SNP-index.ເສັ້ນສີດໍາຢືນສໍາລັບຄ່າ SNP-index ທີ່ເຫມາະສົມ.ມູນຄ່າທີ່ໃຫຍ່ກວ່າ, ສະມາຄົມມີຄວາມ ສຳ ຄັນຫຼາຍ.

    mRNA-Complete-ORF-length-distribution

     

    ກໍລະນີ BMK

    ລັກສະນະປະລິມານຜົນກະທົບທີ່ສໍາຄັນ locus Fnl7.1 ເຂົ້າລະຫັດໂປຣຕີນທີ່ອຸດົມສົມບູນຂອງ embryogenesis ຊ້າທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄວາມຍາວຂອງຄໍຫມາກແຕງ.

    ຈັດພີມມາ: ວາລະສານເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບພືດ, 2020

    ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ:

    ພໍ່ແມ່ (Jin5-508, YN): ທັງ genome resequencing ສໍາລັບ 34× ແລະ 20×.

    DNA pools (50 ຄໍຍາວແລະ 50 ຄໍສັ້ນ): Resequences ສໍາລັບ 61 × ແລະ 52 ×

    ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ

    ໃນການສຶກສານີ້, ການແຍກປະຊາກອນ (F2 ແລະ F2: 3) ໄດ້ຖືກສ້າງຂຶ້ນໂດຍການຂ້າມສາຍແຕງຄໍຍາວ Jin5-508 ແລະຄໍສັ້ນ YN.ສອງສະນຸກເກີ DNA ຖືກສ້າງຂຶ້ນໂດຍ 50 ບຸກຄົນຄໍຍາວທີ່ສຸດແລະ 50 ບຸກຄົນຄໍສັ້ນທີ່ສຸດ.ຜົນກະທົບຕົ້ນຕໍ QTL ໄດ້ຖືກລະບຸໄວ້ໃນ Chr07 ໂດຍການວິເຄາະ BSA ແລະການສ້າງແຜນທີ່ QTL ແບບດັ້ງເດີມ.ພາກພື້ນຂອງຜູ້ສະຫມັກໄດ້ຖືກແຄບລົງຕື່ມອີກໂດຍການວາງແຜນທີ່ລະອຽດ, ປະລິມານການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອພັນແລະການທົດລອງການປ່ຽນພັນທຸກໍາ, ເຊິ່ງໄດ້ເປີດເຜີຍ gene ທີ່ສໍາຄັນໃນການຄວບຄຸມຄວາມຍາວຂອງຄໍ, CsFnl7.1.ນອກຈາກນັ້ນ, polymorphism ໃນພາກພື້ນສົ່ງເສີມ CsFnl7.1 ໄດ້ຖືກພົບເຫັນວ່າກ່ຽວຂ້ອງກັບການສະແດງອອກທີ່ສອດຄ້ອງກັນ.ການວິເຄາະທາງ phylogenetic ເພີ່ມເຕີມໄດ້ແນະນໍາວ່າ Fnl7.1 locus ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມາຈາກອິນເດຍ.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    QTL-mapping ໃນການວິເຄາະ BSA ເພື່ອກໍານົດພາກພື້ນຂອງຜູ້ສະຫມັກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄວາມຍາວຂອງຄໍແຕງ

    PB-ເຕັມ-length-RNA-alternative-spling

    ໂປຣໄຟລ໌ LOD ຂອງ QTL ຄວາມຍາວຂອງໝາກແຕງທີ່ລະບຸໄວ້ໃນ Chr07

     
    ອ້າງອິງ

    Xu, X. , et al."ລັກສະນະປະລິມານຜົນກະທົບທີ່ສໍາຄັນ locus Fnl7.1 ເຂົ້າລະຫັດໂປຣຕີນທີ່ອຸດົມສົມບູນຂອງ embryogenesis ທ້າຍທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄວາມຍາວຂອງຄໍຫມາກໄມ້ໃນແຕງ."ວາລະສານເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບພືດ 18.7(2020).

    ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

    ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

    ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງເຈົ້າຫາພວກເຮົາ: