-
ປະຕິກິລິຍາໂຄຣມາຕິນທີ່ອີງໃສ່ Hi-C
Hi-C ແມ່ນວິທີການທີ່ຖືກອອກແບບມາເພື່ອຈັບການຕັ້ງຄ່າຂອງຈີໂນມໂດຍການລວມເອົາການພົວພັນທີ່ອີງໃສ່ການກວດສອບຄວາມໃກ້ຄຽງ ແລະ ການຈັດລຳດັບຜົນຜະລິດສູງ. ວິທີການດັ່ງກ່າວແມ່ນອີງໃສ່ການເຊື່ອມໂຍງໂຄຣມາຕິນກັບຟໍມາລີນ, ຕາມດ້ວຍການຍ່ອຍ ແລະ ການເຊື່ອມຄືນໃນລັກສະນະທີ່ພຽງແຕ່ຊິ້ນສ່ວນທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ກັນແບບໂຄວາເລນເທົ່ານັ້ນທີ່ຈະສ້າງຜະລິດຕະພັນການເຊື່ອມ. ໂດຍການຈັດລຳດັບຜະລິດຕະພັນການເຊື່ອມເຫຼົ່ານີ້, ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະສຶກສາການຈັດລະບຽບ 3 ມິຕິຂອງຈີໂນມ. Hi-C ຊ່ວຍໃຫ້ການສຶກສາການແຈກຢາຍຂອງສ່ວນຕ່າງໆຂອງຈີໂນມທີ່ບັນຈຸເບົາບາງ (ຊ່ອງ A, euchromatin) ແລະມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມີການເຄື່ອນໄຫວໃນການຖອດລະຫັດ, ແລະພາກພື້ນທີ່ບັນຈຸແໜ້ນໜາກວ່າ (ຊ່ອງ B, Heterochromatin). Hi-C ຍັງສາມາດໃຊ້ເພື່ອຊີ້ບອກໂດເມນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບໂທໂພໂລຢີ (TADs), ພາກພື້ນຂອງຈີໂນມທີ່ມີໂຄງສ້າງພັບ ແລະ ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມີຮູບແບບການສະແດງອອກທີ່ຄ້າຍຄືກັນ, ແລະ ເພື່ອລະບຸວົງໂຄຣມາຕິນ, ພາກພື້ນ DNA ທີ່ຍຶດຕິດກັນໂດຍໂປຣຕີນ ແລະ ມັກຈະອຸດົມໄປດ້ວຍອົງປະກອບຄວບຄຸມ. ການບໍລິການຈັດລຳດັບ Hi-C ຂອງ BMKGene ຊ່ວຍໃຫ້ນັກຄົ້ນຄວ້າສາມາດຄົ້ນຫາມິຕິທາງພື້ນທີ່ຂອງຈີໂນມິກ, ເປີດຊ່ອງທາງໃໝ່ໃຫ້ເຂົ້າໃຈການຄວບຄຸມຈີໂນມ ແລະ ຜົນສະທ້ອນຂອງມັນຕໍ່ສຸຂະພາບ ແລະ ພະຍາດຕ່າງໆ.
-
ການຈັດລຳດັບພູມຕ້ານທານໂຄຣມາຕິນ (ChIP-seq)
ການວິເຄາະພູມຕ້ານທານໂຄຣມາຕິນ (CHIP) ແມ່ນເຕັກນິກທີ່ໃຊ້ປະໂຫຍດຈາກພູມຕ້ານທານເພື່ອເສີມສ້າງໂປຣຕີນທີ່ຜູກມັດ DNA ແລະເປົ້າໝາຍຈີໂນມິກທີ່ສອດຄ້ອງກັນ. ການເຊື່ອມໂຍງກັບ NGS ຊ່ວຍໃຫ້ສາມາດກຳນົດໂປຣໄຟລ໌ຂອງເປົ້າໝາຍ DNA ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການດັດແປງຮິສໂຕນ, ປັດໄຈການຖອດລະຫັດ, ແລະໂປຣຕີນທີ່ຜູກມັດ DNA ອື່ນໆໃນທົ່ວຈີໂນມິກ. ວິທີການແບບໄດນາມິກນີ້ຊ່ວຍໃຫ້ສາມາດປຽບທຽບສະຖານທີ່ຜູກມັດໃນທົ່ວປະເພດຈຸລັງ, ເນື້ອເຍື່ອ, ຫຼືເງື່ອນໄຂຕ່າງໆ. ການນຳໃຊ້ ChIP-Seq ກວມເອົາຕັ້ງແຕ່ການສຶກສາການຄວບຄຸມການຖອດລະຫັດ ແລະເສັ້ນທາງການພັດທະນາ ຈົນເຖິງການອະທິບາຍກົນໄກການເກີດພະຍາດ, ເຮັດໃຫ້ມັນເປັນເຄື່ອງມືທີ່ຂາດບໍ່ໄດ້ສຳລັບການເຂົ້າໃຈພູມສັນຖານການຄວບຄຸມຈີໂນມິກ ແລະ ການພັດທະນາຄວາມເຂົ້າໃຈດ້ານການປິ່ນປົວ.
ແພລດຟອມ: Illumina NovaSeq
-
ການຈັດລຽງລໍາດັບໄບຊູນຟີດຈີໂນມທັງໝົດ (WGBS)
ເຕັກນິກນີ້, ໂດຍອີງໃສ່ການປິ່ນປົວດ້ວຍໄບຊູນໄຟທ໌ຂອງ DNA ເພື່ອກະຕຸ້ນການປ່ຽນ cytosines ທີ່ບໍ່ມີເມທິລໄປເປັນ uracil (C ຫາ U), ໃນຂະນະທີ່ປ່ອຍໃຫ້ cytosines ທີ່ມີເມທິລບໍ່ປ່ຽນແປງ, ເປັນວິທີການມາດຕະຖານຄຳສຳລັບການສຳຫຼວດຢ່າງເລິກເຊິ່ງກ່ຽວກັບການເມທິລເລຊັນຂອງ DNA, ໂດຍສະເພາະແມ່ນຕຳແໜ່ງທີຫ້າໃນ cytosine (5-mC), ຕົວຄວບຄຸມທີ່ສຳຄັນຂອງການສະແດງອອກຂອງ gene ແລະ ກິດຈະກຳຂອງຈຸລັງ.
ເຕັກນິກນີ້ສະເໜີຄວາມລະອຽດຂອງເບສດຽວ, ຊ່ວຍໃຫ້ນັກຄົ້ນຄວ້າສາມາດສືບສວນເມທິໂລມໄດ້ຢ່າງລະອຽດ ແລະ ຄົ້ນພົບຮູບແບບເມທິເລຊັນທີ່ຜິດປົກກະຕິພາຍໃນຕົວຢ່າງ. ໂດຍການນຳໃຊ້ WGBS, ນັກວິທະຍາສາດສາມາດໄດ້ຮັບຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ບໍ່ມີໃຜທຽບເທົ່າກ່ຽວກັບພູມສັນຖານເມທິເລຊັນທົ່ວຈີໂນມ, ເຊິ່ງສະໜອງຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ລະອຽດອ່ອນກ່ຽວກັບກົນໄກ epigenetic ທີ່ເປັນພື້ນຖານຂອງຂະບວນການທາງຊີວະວິທະຍາ ແລະ ພະຍາດທີ່ຫຼາກຫຼາຍ.
-
ການວິເຄາະສຳລັບໂຄຣມາຕິນທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້ໂດຍ Transposase ດ້ວຍລຳດັບຜົນຜະລິດສູງ (ATAC-seq)
ATAC-seq ເປັນເຕັກນິກການຈັດລຳດັບທີ່ມີປະສິດທິພາບສູງທີ່ໃຊ້ສຳລັບການວິເຄາະການເຂົ້າເຖິງໂຄຣມາຕິນທົ່ວຈີໂນມ. ມັນໃຊ້ມັນໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ເລິກເຊິ່ງກວ່າກ່ຽວກັບກົນໄກທີ່ສັບສົນຂອງການຄວບຄຸມ epigenetic ທົ່ວໂລກກ່ຽວກັບການສະແດງອອກຂອງ gene. ວິທີການດັ່ງກ່າວໃຊ້ transposase Tn5 ທີ່ມີການເຄື່ອນໄຫວສູງເພື່ອແຍກສ່ວນ ແລະ ຕິດປ້າຍພາກພື້ນໂຄຣມາຕິນເປີດພ້ອມກັນໂດຍການໃສ່ຕົວປັບການຈັດລຳດັບ. ການຂະຫຍາຍ PCR ຕໍ່ມາສົ່ງຜົນໃຫ້ການສ້າງຫ້ອງສະໝຸດການຈັດລຳດັບ, ເຊິ່ງຊ່ວຍໃຫ້ສາມາດລະບຸພາກພື້ນໂຄຣມາຕິນເປີດໄດ້ຢ່າງຄົບຖ້ວນພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂອະວະກາດ-ເວລາສະເພາະ. ATAC-seq ໃຫ້ມຸມມອງທີ່ຄົບຖ້ວນຂອງພູມສັນຖານໂຄຣມາຕິນທີ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້, ບໍ່ເຫມືອນກັບວິທີການທີ່ສຸມໃສ່ພຽງແຕ່ສະຖານທີ່ຜູກມັດປັດໄຈການຖອດລະຫັດ ຫຼື ພາກພື້ນທີ່ດັດແປງຮິສໂຕນສະເພາະ. ໂດຍການຈັດລຳດັບພາກພື້ນໂຄຣມາຕິນເປີດເຫຼົ່ານີ້, ATAC-seq ເປີດເຜີຍພາກພື້ນທີ່ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມີລຳດັບການຄວບຄຸມທີ່ມີການເຄື່ອນໄຫວ ແລະ ສະຖານທີ່ຜູກມັດປັດໄຈການຖອດລະຫັດທີ່ມີທ່າແຮງ, ສະເໜີຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ມີຄຸນຄ່າກ່ຽວກັບການປັບປ່ຽນແບບເຄື່ອນໄຫວຂອງການສະແດງອອກຂອງ gene ໃນທົ່ວຈີໂນມ.
-
ການຈັດລຳດັບ Bisulfite ຂອງການນຳສະເໜີທີ່ຫຼຸດລົງ (RRBS)
ການຈັດລຳດັບໄບຊູນໄຟທ໌ແບບຫຼຸດຜ່ອນການເປັນຕົວແທນ (RRBS) ແມ່ນອີງໃສ່ການເສີມສ້າງພາກພື້ນທີ່ອຸດົມສົມບູນດ້ວຍເກາະ CpG ໂດຍການຕັດ MspI ຕາມດ້ວຍການເລືອກຂະໜາດຂອງຊິ້ນສ່ວນ 200-500/600 bps. ດັ່ງນັ້ນ, ມີພຽງແຕ່ພາກພື້ນທີ່ຢູ່ໃກ້ກັບເກາະ CpG ເທົ່ານັ້ນທີ່ຖືກຈັດລຳດັບ, ໃນຂະນະທີ່ພາກພື້ນທີ່ມີເກາະ CpG ທີ່ຢູ່ໄກໆແມ່ນຖືກຍົກເວັ້ນຈາກການວິເຄາະ. ຂະບວນການນີ້, ລວມກັບການຈັດລຳດັບໄບຊູນໄຟທ໌, ຊ່ວຍໃຫ້ສາມາດກວດຫາການເມທິເລຊັນ DNA ທີ່ມີຄວາມລະອຽດສູງ, ແລະວິທີການຈັດລຳດັບ, PE150, ສຸມໃສ່ສະເພາະປາຍຂອງແຜ່ນໃສ່ແທນທີ່ຈະເປັນກາງ, ເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງການວິເຄາະການເມທິເລຊັນ.
ເຕັກນິກນີ້ໄດ້ກາຍເປັນທາງເລືອກທີ່ມີປະສິດທິພາບດ້ານຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ ແລະ ມີປະສິດທິພາບຕໍ່ກັບ Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ໃນການຄົ້ນຄວ້າການເມທິເລຊັນ DNA. ໃນຂະນະທີ່ WGBS ໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ຄົບຖ້ວນໂດຍການກວດສອບຈີໂນມທັງໝົດດ້ວຍຄວາມລະອຽດຂອງຖານດຽວ, ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍທີ່ສູງຂອງມັນສາມາດເປັນປັດໄຈຈຳກັດ, ເຊິ່ງ RRBS ຫຼຸດຜ່ອນສິ່ງທ້າທາຍນີ້ຢ່າງມີຍຸດທະສາດໂດຍການວິເຄາະສ່ວນທີ່ເປັນຕົວແທນຂອງຈີໂນມຢ່າງເລືອກເຟັ້ນ. ວິທີການນີ້ແມ່ນເຄື່ອງມືທີ່ມີຄຸນຄ່າທີ່ຊ່ວຍໃຫ້ການຄົ້ນຄວ້າການເມທິເລຊັນ DNA ມີປະສິດທິພາບດ້ານຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ ແລະ ພັດທະນາຄວາມຮູ້ກ່ຽວກັບກົນໄກ epigenetic.
