ແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນ
ເຄື່ອງມື Heatmap ຍອມຮັບໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ matrix ເປັນການປ້ອນຂໍ້ມູນ ແລະອະນຸຍາດໃຫ້ຜູ້ໃຊ້ສາມາດກັ່ນຕອງ, ເຮັດໃຫ້ປົກກະຕິ ແລະຂໍ້ມູນກຸ່ມ. ກໍລະນີການນໍາໃຊ້ຕົ້ນຕໍສໍາລັບແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນແມ່ນການວິເຄາະກຸ່ມຂອງລະດັບການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອສາຍລະຫວ່າງຕົວຢ່າງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
ຄຳອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາ
ເຄື່ອງມື Gene Annotation ປະຕິບັດ gene annotation ໂດຍອີງໃສ່ການຈັດລໍາດັບຂອງໄຟລ໌ FASTA ທີ່ປ້ອນເຂົ້າກັບຖານຂໍ້ມູນຕ່າງໆ.
ເຄື່ອງມືຄົ້ນຫາການຈັດຮຽງທ້ອງຖິ່ນຂັ້ນພື້ນຖານ (BLAST)
ເຄື່ອງມື BLAST ເປັນ BMKCloud ສະບັບປະສົມປະສານຂອງ NCBI BLAST ແລະສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອປະຕິບັດຫນ້າດຽວກັນໂດຍໃຊ້ຂໍ້ມູນທີ່ອັບໂຫລດໄປຍັງບັນຊີ BMKCloud.
CDS_UTR ການຄາດເດົາ
ເຄື່ອງມື CDS_UTR Prediction ຖືກອອກແບບມາເພື່ອຄາດຄະເນພາກພື້ນລະຫັດ (CDS) ແລະພາກພື້ນທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດ (UTR) ໃນລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ໃຫ້ໂດຍອີງໃສ່ຜົນໄດ້ຮັບ BLAST ຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນທາດໂປຼຕີນທີ່ຮູ້ຈັກແລະຜົນໄດ້ຮັບການຄາດຄະເນ ORF.
Manhattan ດິນຕອນ
ເຄື່ອງມື Manhattan Plot ຊ່ວຍໃຫ້ການສະແດງການທົດລອງຕົວຢ່າງສູງ ແລະຖືກນໍາໃຊ້ທົ່ວໄປໃນການສຶກສາສະມາຄົມທົ່ວ genome (GWAS).
ແຜນວາດ Circos
ເຄື່ອງມື CIRCOS Diagram ສະຫນອງການເບິ່ງເຫັນປະສິດທິພາບຂອງລັກສະນະ genomic ຖືກແຈກຢາຍໃນທົ່ວ genome. ລັກສະນະທົ່ວໄປປະກອບມີ loci ປະລິມານ, SNPs, InDels, ຕົວແປຕົວເລກໂຄງສ້າງແລະສໍາເນົາ.
Gene Ontology (GO) ການເສີມສ້າງ
ເຄື່ອງມື GO Enrichment ໃຫ້ການວິເຄາະການເສີມສ້າງທີ່ເປັນປະໂຫຍດ. ຊອບແວຕົ້ນຕໍໃນເຄື່ອງມືນີ້ແມ່ນຊຸດ TopGO-Bioconductor, ເຊິ່ງປະກອບມີການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ການວິເຄາະການເສີມສ້າງ GO ແລະການເບິ່ງເຫັນຜົນໄດ້ຮັບ.
Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA)
WGCNA ແມ່ນວິທີການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນທີ່ໃຊ້ກັນຢ່າງກວ້າງຂວາງສໍາລັບການຄົ້ນພົບໂມດູນການສະແດງອອກຂອງ gene co-expression. ມັນສາມາດໃຊ້ໄດ້ກັບຊຸດຂໍ້ມູນການສະແດງອອກຕ່າງໆລວມທັງຂໍ້ມູນການສະແດງອອກຂອງຈຸລິນຊີ microarray ແລະ NGS.
InterProScan
ເຄື່ອງມື InterProScan ສະຫນອງການວິເຄາະແລະການຈັດປະເພດທາດໂປຼຕີນຈາກລໍາດັບ InterPro.
GO KEGG Enrichment
ເຄື່ອງມືການເສີມສ້າງ GO KEGG ແມ່ນການອອກແບບເພື່ອສ້າງ histogram ການເສີມສ້າງ GO, KEGG enrichment histogram ແລະເສັ້ນທາງການເສີມສ້າງ KEGG ໂດຍອີງໃສ່ຊຸດພັນທຸກໍາທີ່ສະຫນອງໃຫ້ແລະຄໍາບັນຍາຍທີ່ສອດຄ້ອງກັນ.