ແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນ
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນ Matrix ຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການແຕ້ມແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນ, ເຊິ່ງສາມາດກັ່ນຕອງ, normalize ແລະ cluster ຂໍ້ມູນ matrix.ມັນສ່ວນຫຼາຍແມ່ນໃຊ້ສໍາລັບການວິເຄາະກຸ່ມຂອງລະດັບການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອສາຍລະຫວ່າງຕົວຢ່າງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
ຄຳອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາ
ຄໍາອະທິບາຍການເຮັດວຽກຂອງ Gene ແມ່ນປະຕິບັດໂດຍການຈັດລໍາດັບແຜນທີ່ໃນໄຟລ໌ FASTA ຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນຕ່າງໆ.
ຄຳອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາ
ເຄື່ອງມືຄົ້ນຫາການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນພື້ນຖານ
CDS_UTR_ການຄາດເດົາ
ເຄື່ອງມືນີ້ຖືກອອກແບບມາເພື່ອຄາດຄະເນພາກພື້ນລະຫັດ (CDS) ແລະພາກພື້ນທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດ (UTR) ໃນລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ໃຫ້ໂດຍອີງໃສ່ການລະເບີດຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນທາດໂປຼຕີນທີ່ຮູ້ຈັກແລະການຄາດຄະເນ ORF.
Manhattan ດິນຕອນ
ດິນຕອນ Manhattan ເຮັດໃຫ້ການສະແດງຂໍ້ມູນທີ່ມີຈໍານວນຈຸດຂໍ້ມູນຈໍານວນຫລາຍ.ມັນຖືກນໍາໃຊ້ທົ່ວໄປໃນການສຶກສາສະມາຄົມທົ່ວ genome (GWAS).
Circos
ແຜນວາດ CIRCOS ເປີດໃຊ້ການແຈກຢາຍ SNP, InDeL, SV, CNV ໂດຍກົງໃນ genome.
GO_Enrichment
TopGO ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ອອກແບບສໍາລັບການເພີ່ມປະສິດທິພາບທີ່ເປັນປະໂຫຍດ.ຊຸດ TopGO-Bioconductor ປະກອບດ້ວຍການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ, ການວິເຄາະການເສີມສ້າງ GO ແລະການເບິ່ງເຫັນຜົນໄດ້ຮັບ.ມັນຈະສ້າງໂຟນເດີທີ່ມີຜົນຜະລິດຊື່ "Graph", ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍຜົນໄດ້ຮັບສໍາລັບ topGO_BP, topGO_CC ແລະ topGO_MF.
WGCNA
WGCNA ແມ່ນວິທີການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນທີ່ໃຊ້ກັນຢ່າງກວ້າງຂວາງສໍາລັບການຄົ້ນພົບໂມດູນການສະແດງອອກຂອງ gene co-expression.ມັນສາມາດໃຊ້ໄດ້ກັບຊຸດຂໍ້ມູນການສະແດງອອກຕ່າງໆລວມທັງຂໍ້ມູນ microarray ແລະຂໍ້ມູນການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອສາຍທີ່ມາຈາກການຈັດລໍາດັບລຸ້ນຕໍ່ໄປ.
InterProScan
ການວິເຄາະ ແລະການຈັດປະເພດທາດໂປຼຕີນຈາກ InterPro
GO_KEGG_ການເສີມສ້າງ
ເຄື່ອງມືນີ້ແມ່ນອອກແບບເພື່ອສ້າງ GO enrichment histogram, KEGG enrichment histogram ແລະເສັ້ນທາງການເສີມສ້າງ KEGG ໂດຍອີງໃສ່ຊຸດພັນທຸກໍາທີ່ສະຫນອງໃຫ້ແລະຄໍາບັນຍາຍທີ່ສອດຄ້ອງກັນ.