Long Non-coding Sequencing-Illumina
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
●ການວິເຄາະຮ່ວມກັນຂອງ mRNA ແລະ lncRNA: ໂດຍການລວມເອົາປະລິມານຂອງ mRNA transcripts ກັບການສຶກສາຂອງ lncRNA ແລະເປົ້າຫມາຍຂອງພວກເຂົາ, ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະໄດ້ຮັບພາບລວມໃນຄວາມເລິກຂອງກົນໄກກົດລະບຽບທີ່ຕິດພັນກັບການຕອບສະຫນອງຂອງເຊນ.
●ຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ທີມງານຂອງພວກເຮົານໍາເອົາປະສົບການທີ່ອຸດົມສົມບູນໃຫ້ກັບທຸກໆໂຄງການ, ດ້ວຍບັນທຶກການຕິດຕາມການປຸງແຕ່ງຫຼາຍກວ່າ 23,000 ຕົວຢ່າງທີ່ BMK ກວມເອົາປະເພດຕົວຢ່າງທີ່ຫຼາກຫຼາຍແລະໂຄງການ lncRNA.
●ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຢ່າງເຂັ້ມງວດ: ພວກເຮົາປະຕິບັດຈຸດຄວບຄຸມຫຼັກໃນທົ່ວທຸກຂັ້ນຕອນ, ຈາກການກະກຽມຕົວຢ່າງ ແລະຫ້ອງສະໝຸດ ຈົນເຖິງການຈັດລໍາດັບ ແລະຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານ. ການຕິດຕາມຢ່າງລະມັດລະວັງນີ້ຮັບປະກັນການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ.
●ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ: ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອຈາກການສໍາເລັດໂຄງການທີ່ມີໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
| ຫໍສະໝຸດ | ເວທີ | ຂໍ້ມູນແນະນໍາ | ຂໍ້ມູນ QC |
| rRNA ໝົດຫ້ອງສະໝຸດທິດທາງ | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | ປະລິມານ (μg) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ຂອບເຂດຈໍາກັດ ຫຼືບໍ່ມີລະດັບຄວາມສູງ |
● ພືດ:
ຮາກ, ລຳຕົ້ນ ຫຼື ກີບດອກ: 450 ມກ
ໃບ ຫຼື ແກ່ນ: 300 ມກ
ໝາກ: 1.2 g
● ສັດ:
ຫົວໃຈ ຫຼື ລຳໄສ້: 450 ມກ
Viscera ຫຼືສະຫມອງ: 240 ມກ
ກ້າມເນື້ອ: 600 ມກ
ກະດູກ, ຜົມ ຫຼື ໜັງ: 1.5g
● Arthropods:
ແມງໄມ້: 9g
Crustacea: 450 ມກ
● ເລືອດທັງໝົດ:2 ທໍ່
● ເຊລ: 106 ຈຸລັງ
● Serum ແລະ Plasma: 6 ມລ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ບັນຈຸ: ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3; B1, B2, B3.
ການຂົນສົ່ງ:
1. ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃສ່ຖົງ ແລະຝັງໄວ້ໃນນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ.
2. ທໍ່ RNAstable: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການອອກແບບທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການສະກັດເອົາ RNA
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ຊີວະວິທະຍາ
ການວິເຄາະການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອທີ່ແຕກຕ່າງ (DEGs).
ປະລິມານການສະແດງອອກ lncRNA – ກຸ່ມ
ການປັບປຸງພັນທຸກໍາຂອງ lncRNA
ການວິເຄາະຕໍາແໜ່ງ mRNA ແລະ lncRNA ຮ່ວມກັນ – ແຜນ Circos (ວົງກາງແມ່ນ mRNA ແລະ cicrlce ພາຍໃນແມ່ນ lncRNA)
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຈັດລຽງລຳດັບຂອງ lncRNA ຂອງ BMKGene ໂດຍຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.
Ji, H. et al. (2020) 'ການລະບຸຕົວຕົນ, ການຄາດເດົາການທໍາງານ, ແລະການກວດສອບ lncRNA ທີ່ສໍາຄັນຂອງ lncRNAs ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄວາມກົດດັນເຢັນໃນຕັບຫນູ', ບົດລາຍງານວິທະຍາສາດ 2020 10: 1, 10(1), ຫນ້າ 1-14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'ການວິເຄາະການຖອດຂໍ້ຄວາມແບບປະສົມປະສານເປີດເຜີຍກົນໄກພູມຄຸ້ມກັນສໍາລັບສາຍພັນ Carp ທົ່ວໄປທີ່ທົນທານຕໍ່ CyHV-3', Frontiers in Immunology, 12, p. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics Integration-Based Prioritization of Competing Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'ການກະຈາຍພັນທຸກໍາຂອງເຄືອຂ່າຍການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອສາຍທີ່ຕິດພັນກັບການສັງເຄາະແສງຢູ່ໃນ Populus', Plant Biotechnology Journal, 18(4), ໜ້າ 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'ເຄືອຂ່າຍກົດລະບຽບທົ່ວໂລກສໍາລັບການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ dysregulated ແລະສັນຍານ Metabolic ຜິດປົກກະຕິໃນຈຸລັງພູມຕ້ານທານໃນສະພາບແວດລ້ອມຈຸນລະພາກຂອງ Graves' Disease ແລະ Hashimoto's Thyroiditis', Frontiers in Immunology, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
