-
ລໍາດັບ Metagenomic -NGS
metagenome ແມ່ນການລວບລວມຂອງພັນທຸກໍາທັງຫມົດຂອງຊຸມຊົນປະສົມຂອງສິ່ງມີຊີວິດ, ເຊັ່ນ metagenomes ສິ່ງແວດລ້ອມແລະຂອງມະນຸດ. ມັນປະກອບດ້ວຍຈຸລິນຊີຂອງທັງຈຸລິນຊີທີ່ປູກຝັງໄດ້ ແລະບໍ່ສາມາດປູກຝັງໄດ້. ການຈັດລຽງຕາມລຳດັບຂອງ Shotgun Metagenomic ກັບ NGS ຊ່ວຍໃຫ້ການສຶກສາພູມສັນຖານພັນທຸກໍາທີ່ສັບສົນເຫຼົ່ານີ້ຝັງຢູ່ໃນຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມໂດຍການໃຫ້ຂໍ້ມູນຫຼາຍກວ່າການເກັບຂໍ້ມູນແບບ taxonomic, ໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈອັນລະອຽດກ່ຽວກັບຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຊະນິດພັນ, ນະໂຍບາຍດ້ານຄວາມອຸດົມສົມບູນ, ແລະໂຄງສ້າງປະຊາກອນທີ່ຊັບຊ້ອນ. ນອກເຫນືອຈາກການສຶກສາທາງດ້ານ taxonomic, shotgun metagenomics ຍັງສະເຫນີທັດສະນະຂອງ genomics ທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ການຂຸດຄົ້ນພັນທຸກໍາທີ່ຖືກເຂົ້າລະຫັດແລະບົດບາດຂອງພວກມັນໃນຂະບວນການທາງນິເວດວິທະຍາ. ສຸດທ້າຍ, ການສ້າງຕັ້ງເຄືອຂ່າຍການພົວພັນລະຫວ່າງອົງປະກອບທາງພັນທຸກໍາແລະປັດໃຈສິ່ງແວດລ້ອມປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນຄວາມເຂົ້າໃຈລວມຂອງການພົວພັນທີ່ສັບສົນລະຫວ່າງຊຸມຊົນຈຸລິນຊີແລະພື້ນຖານນິເວດວິທະຍາຂອງພວກເຂົາ. ສະຫລຸບລວມແລ້ວ, ການຈັດລໍາດັບ metaagenomic ຢືນເປັນເຄື່ອງມືສໍາຄັນສໍາລັບການ unraveling intricacies genomic ຂອງຊຸມຊົນ microbial ຫຼາກຫຼາຍຊະນິດ, illumination ການພົວພັນ multifaceted ລະຫວ່າງພັນທຸກໍາແລະລະບົບນິເວດພາຍໃນລະບົບນິເວດສະລັບສັບຊ້ອນເຫຼົ່ານີ້.
ເວທີ: Illumina NovaSeq ແລະ DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
metagenome ແມ່ນການລວບລວມຂອງພັນທຸກໍາຂອງຊຸມຊົນປະສົມຂອງສິ່ງມີຊີວິດ, ເຊັ່ນ metagenomes ສິ່ງແວດລ້ອມແລະຂອງມະນຸດ. ມັນປະກອບດ້ວຍຈຸລິນຊີຂອງທັງຈຸລິນຊີທີ່ປູກຝັງໄດ້ ແລະບໍ່ສາມາດປູກຝັງໄດ້. ການຈັດລໍາດັບ Metagenomic ຊ່ວຍໃຫ້ການສຶກສາພູມສັນຖານ genomic intricate ເຫຼົ່ານີ້ຝັງຢູ່ໃນຕົວຢ່າງທາງນິເວດໂດຍການສະຫນອງຫຼາຍກ່ວາ profile taxonomic. ມັນຍັງສະເຫນີທັດສະນະກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາທີ່ມີປະໂຫຍດໂດຍການສໍາຫຼວດພັນທຸກໍາທີ່ຖືກເຂົ້າລະຫັດແລະບົດບາດຂອງພວກມັນໃນຂະບວນການດ້ານສິ່ງແວດລ້ອມ. ໃນຂະນະທີ່ວິທີການຍິງປືນແບບດັ້ງເດີມກັບລໍາດັບ Illumina ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການສຶກສາ metaagenomic, ການມາຮອດຂອງ Nanopore ແລະ PacBio ລໍາດັບອ່ານຍາວໄດ້ປ່ຽນແປງພາກສະຫນາມ. ເທກໂນໂລຍີ Nanopore ແລະ PacBio ເສີມຂະຫຍາຍການວິເຄາະທາງຊີວະພາບທາງລຸ່ມ, ໂດຍສະເພາະການປະກອບ metagenome, ຮັບປະກັນການປະກອບຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງຫຼາຍຂຶ້ນ. ບົດລາຍງານຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າ metaagenomics ທີ່ອີງໃສ່ Nanopore ແລະ PacBio ໄດ້ປະສົບຜົນສໍາເລັດສ້າງ genomes ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ສົມບູນແລະປິດຈາກ microbiomes ສະລັບສັບຊ້ອນ (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). ການປະສົມປະສານ Nanopore ອ່ານກັບ Illumina ອ່ານໃຫ້ວິທີການຍຸດທະສາດສໍາລັບການແກ້ໄຂຄວາມຜິດພາດ, ຫຼຸດຜ່ອນຄວາມຖືກຕ້ອງຕ່ໍາຂອງ Nanopore. ການປະສົມປະສານແບບປະສົມປະສານນີ້ໃຊ້ຄວາມເຂັ້ມແຂງຂອງແຕ່ລະແພລະຕະຟອມການຈັດລໍາດັບ, ສະເຫນີການແກ້ໄຂທີ່ເຂັ້ມແຂງເພື່ອເອົາຊະນະຂໍ້ຈໍາກັດທີ່ເປັນໄປໄດ້ແລະກ້າວຫນ້າທາງດ້ານຄວາມແມ່ນຍໍາແລະຄວາມຫນ້າເຊື່ອຖືຂອງການວິເຄາະ metagenomic.
ເວທີ: Nanopore PromethION 48, Illumia ແລະ PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
genes 16S ແລະ 18S rRNA, ຄຽງຄູ່ກັບພາກພື້ນ Internal Transcribed Spacer (ITS), ເຮັດຫນ້າທີ່ເປັນເຄື່ອງຫມາຍການພິມນິ້ວມືໂມເລກຸນທີ່ສໍາຄັນເນື່ອງຈາກການລວມກັນຂອງພາກພື້ນທີ່ມີການອະນຸລັກສູງແລະ hyper-variable, ເຮັດໃຫ້ພວກມັນເປັນເຄື່ອງມືທີ່ບໍ່ມີຄ່າສໍາລັບການກໍານົດລັກສະນະຂອງອົງການຈັດຕັ້ງ prokaryotic ແລະ eukaryotic. ການຂະຫຍາຍ ແລະ ການຈັດລຽງລຳດັບຂອງພາກພື້ນເຫຼົ່ານີ້ສະເໜີວິທີການທີ່ບໍ່ມີການໂດດດ່ຽວສຳລັບການສືບສວນອົງປະກອບຂອງຈຸລິນຊີ ແລະ ຄວາມຫຼາກຫຼາຍໃນທົ່ວລະບົບນິເວດຕ່າງໆ. ໃນຂະນະທີ່ການຈັດລໍາດັບ Illumina ໂດຍປົກກະຕິຈະແນໃສ່ພາກພື້ນທີ່ມີຕົວແປສັ້ນເຊັ່ນ: V3-V4 ຂອງ 16S ແລະ ITS1, ມັນໄດ້ຖືກສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າການປະກອບຄໍາບັນຍາຍແບບ taxonomic ດີກວ່າແມ່ນບັນລຸໄດ້ໂດຍການຈັດລໍາດັບຄວາມຍາວເຕັມຂອງ 16S, 18S, ແລະ ITS. ວິທີການທີ່ສົມບູນແບບນີ້ເຮັດໃຫ້ອັດຕາສ່ວນທີ່ສູງຂຶ້ນຂອງລໍາດັບການຈັດປະເພດຢ່າງຖືກຕ້ອງ, ບັນລຸລະດັບຄວາມລະອຽດທີ່ຂະຫຍາຍໄປສູ່ການກໍານົດຊະນິດ. ເວທີການຈັດລໍາດັບໂມເລກຸນດຽວໃນເວລາຈິງ (SMRT) ຂອງ PacBio ໂດດເດັ່ນໂດຍການສະຫນອງການອ່ານຍາວທີ່ຖືກຕ້ອງສູງ (HiFi) ທີ່ກວມເອົາ amplicons ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ, ແຂ່ງຂັນກັບຄວາມຊັດເຈນຂອງລໍາດັບ Illumina. ຄວາມສາມາດນີ້ເຮັດໃຫ້ນັກຄົ້ນຄວ້າສາມາດໄດ້ຮັບຜົນປະໂຫຍດທີ່ບໍ່ມີໃຜທຽບເທົ່າ - ທັດສະນະແບບ panoramic ຂອງພູມສັນຖານພັນທຸກໍາ. ການຄຸ້ມຄອງທີ່ຂະຫຍາຍອອກເພີ່ມຂຶ້ນຢ່າງຫຼວງຫຼາຍໃນການແກ້ໄຂຄໍາອະທິບາຍກ່ຽວກັບຊະນິດພັນ, ໂດຍສະເພາະໃນຊຸມຊົນທີ່ມີເຊື້ອແບັກທີເຣັຍຫຼືເຊື້ອເຫັດ, ເຮັດໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈເລິກເຊິ່ງກ່ຽວກັບຄວາມຊັບຊ້ອນຂອງປະຊາກອນຈຸລິນຊີ.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
ການຈັດລຽງລຳດັບ Amplicon ດ້ວຍເທກໂນໂລຍີ Illumina, ໂດຍສະເພາະການຕັ້ງເປົ້າໝາຍໃສ່ເຄື່ອງໝາຍພັນທຸກໍາຂອງ 16S, 18S, ແລະ ITS, ແມ່ນວິທີທີ່ມີປະສິດທິພາບໃນການກໍາຈັດຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງ phylogeny, taxonomy, ແລະຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງຊະນິດພັນພາຍໃນຊຸມຊົນຈຸລິນຊີ. ວິທີການນີ້ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຈັດລໍາດັບພາກພື້ນທີ່ປ່ຽນແປງໄດ້ຂອງເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາຂອງການຮັກສາເຮືອນ. ໃນເບື້ອງຕົ້ນໄດ້ນໍາສະເຫນີເປັນລາຍນິ້ວມືໂມເລກຸນໂດຍWoeses et alໃນປີ 1977, ເຕັກນິກນີ້ໄດ້ປະຕິຮູບການສ້າງໂປຣໄຟລ໌ microbiome ໂດຍການເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະທີ່ບໍ່ມີການໂດດດ່ຽວ. ໂດຍຜ່ານການຈັດລໍາດັບຂອງ 16S (ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ), 18S (ເຊື້ອເຫັດ), ແລະ Internal Transcribed Spacer (ITS, ເຊື້ອເຫັດ), ນັກຄົ້ນຄວ້າສາມາດກໍານົດບໍ່ພຽງແຕ່ຊະນິດທີ່ອຸດົມສົມບູນເທົ່ານັ້ນແຕ່ຍັງຫາຍາກແລະບໍ່ຮູ້ຈັກ. ໄດ້ຮັບການຮັບຮອງເອົາຢ່າງກວ້າງຂວາງເປັນເຄື່ອງມືສໍາຄັນ, ການຈັດລໍາດັບ amplicon ໄດ້ກາຍເປັນເຄື່ອງມືໃນການວິເຄາະອົງປະກອບຂອງຈຸລິນຊີທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນທົ່ວສະພາບແວດລ້ອມທີ່ຫຼາກຫຼາຍ, ລວມທັງປາກຂອງມະນຸດ, ລໍາໄສ້, ອາຈົມ, ແລະອື່ນໆ.
-
ການຈັດລຳດັບເຊື້ອແບັກທີເຣຍ ແລະເຊື້ອເຫັດທັງໝົດຄືນໃໝ່
ໂຄງການຈັດລໍາດັບເຊື້ອແບັກທີເຣຍ ແລະເຊື້ອເຫັດທັງໝົດແມ່ນເປັນຈຸດສໍາຄັນສໍາລັບຄວາມກ້າວຫນ້າທາງດ້ານພັນທຸກໍາຂອງຈຸລິນຊີໂດຍການເຮັດໃຫ້ສໍາເລັດແລະການປຽບທຽບຂອງ genome microbial. ນີ້ອໍານວຍຄວາມສະດວກດ້ານວິສະວະກໍາການຫມັກ, ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງຂະບວນການອຸດສາຫະກໍາ, ແລະການສໍາຫຼວດເສັ້ນທາງການເຜົາຜະຫລານຂອງທາດແປ້ງຂັ້ນສອງ. ນອກຈາກນັ້ນ, ການຈັດລໍາດັບເຊື້ອລາ ແລະແບັກທີເລຍຄືນໃໝ່ແມ່ນມີຄວາມສຳຄັນຫຼາຍສຳລັບຄວາມເຂົ້າໃຈການປັບຕົວຂອງສິ່ງແວດລ້ອມ, ປັບປຸງສາຍພັນໃຫ້ເໝາະສົມ, ແລະເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນເຖິງການວິວັດທະນາການທາງພັນທຸກຳ, ເຊິ່ງມີຜົນສະທ້ອນຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນດ້ານການຢາ, ກະສິກຳ ແລະ ວິທະຍາສາດສິ່ງແວດລ້ອມ.
-
ການຈັດລໍາດັບ RNA Prokaryotic
ການຈັດລໍາດັບ RNA ເສີມສ້າງໂປຣໄຟລ໌ທີ່ສົມບູນແບບຂອງຂໍ້ຄວາມຖອດຂໍ້ຄວາມ RNA ທັງໝົດພາຍໃນຈຸລັງພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂສະເພາະ. ເທັກໂນໂລຍີທີ່ທັນສະໄໝນີ້ເຮັດໜ້າທີ່ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ມີປະສິດທິພາບ, ເປີດເຜີຍໂປຣໄຟລການສະແດງອອກຂອງ gene intricate, ໂຄງສ້າງຂອງ gene, ແລະກົນໄກໂມເລກຸນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຂະບວນການທາງຊີວະພາບທີ່ຫຼາກຫຼາຍ. ການຮັບຮອງເອົາຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການຄົ້ນຄວ້າພື້ນຖານ, ການວິນິດໄສທາງດ້ານຄລີນິກ, ແລະການພັດທະນາຢາ, ການຈັດລໍາດັບ RNA ສະເຫນີຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບຄວາມຊັບຊ້ອນຂອງການເຄື່ອນໄຫວຂອງຈຸລັງແລະລະບຽບການທາງພັນທຸກໍາ. ການປະມວນຜົນຕົວຢ່າງ RNA prokaryotic ຂອງພວກເຮົາແມ່ນຖືກປັບແຕ່ງສໍາລັບການຖອດຂໍ້ຄວາມຈາກ prokaryotic, ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຫຼຸດ rRNA ແລະການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດທິດທາງ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq
-
ການຈັດລໍາດັບ Metatranscriptome
ການໃຊ້ເທກໂນໂລຍີການຈັດລໍາດັບ Illumina, ການບໍລິການຈັດລໍາດັບ metatranscriptome ຂອງ BMKGENE ເປີດເຜີຍການສະແດງອອກຂອງ gene dynamic ຂອງ microbes ຫຼາກຫຼາຍຊະນິດ, ຂະຫຍາຍ eukaryotes ກັບ prokaryotes ແລະໄວຣັສ, ພາຍໃນສະພາບແວດລ້ອມທໍາມະຊາດເຊັ່ນດິນ, ນ້ໍາ, ທະເລ, ອາຈົມ, ແລະລໍາໄສ້. ການບໍລິການທີ່ສົມບູນແບບຂອງພວກເຮົາໃຫ້ອຳນາດແກ່ນັກຄົ້ນຄວ້າເພື່ອເຈາະເລິກເຖິງໂປຣໄຟລ໌ການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອຈຸລິນຊີທີ່ສົມບູນຂອງຊຸມຊົນຈຸລິນຊີທີ່ສັບສົນ. ນອກເຫນືອຈາກການວິເຄາະ taxonomic, ການບໍລິການຈັດລໍາດັບ metatranscriptome ຂອງພວກເຮົາອໍານວຍຄວາມສະດວກໃນການສໍາຫຼວດໄປສູ່ການເສີມສ້າງທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ສ່ອງແສງກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາທີ່ສະແດງອອກແຕກຕ່າງກັນແລະພາລະບົດບາດຂອງເຂົາເຈົ້າ. ຄົ້ນພົບຄວາມເຂົ້າໃຈທາງຊີວະວິທະຍາທີ່ອຸດົມສົມບູນໃນຂະນະທີ່ທ່ານທ່ອງໄປຫາພູມສັນຖານທີ່ຊັບຊ້ອນຂອງການສະແດງອອກຂອງພັນທຸກໍາ, ຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງດ້ານພາສີ, ແລະການເຄື່ອນໄຫວທີ່ມີປະໂຫຍດພາຍໃນສະພາບແວດລ້ອມທີ່ຫຼາກຫຼາຍເຫຼົ່ານີ້.
-
De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE ສະຫນອງການແກ້ໄຂອະເນກປະສົງສໍາລັບ genomes fungal, ຕອບສະຫນອງຄວາມຕ້ອງການຄົ້ນຄ້ວາທີ່ຫຼາກຫຼາຍແລະຄວາມສົມບູນຂອງ genome ທີ່ຕ້ອງການ. ການນໍາໃຊ້ການຈັດລໍາດັບ Illumina ສັ້ນທີ່ອ່ານຢ່າງດຽວເຮັດໃຫ້ການສ້າງ genome ຮ່າງ. ການຈັດລຳດັບການອ່ານສັ້ນ ແລະອ່ານຍາວໂດຍໃຊ້ Nanopore ຫຼື Pacbio ແມ່ນລວມເຂົ້າກັນສໍາລັບ genome ເຊື້ອເຫັດທີ່ຫລອມໂລຫະກວ່າທີ່ມີ contigs ຍາວກວ່າ. ຍິ່ງໄປກວ່ານັ້ນ, ການເຊື່ອມໂຍງການຈັດລໍາດັບ Hi-C ເພີ່ມຄວາມສາມາດ, ເຮັດໃຫ້ການບັນລຸ genome ລະດັບ chromosome ທີ່ສົມບູນ.
-
ສະພາແຫ່ງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍ De novo
ພວກເຮົາສະຫນອງການບໍລິການປະກອບ genome ເຊື້ອແບັກທີເຣັຍທີ່ສົມບູນ, ຮັບປະກັນ 0 ຊ່ອງຫວ່າງ. ນີ້ເປັນໄປໄດ້ໂດຍການລວມເອົາເທກໂນໂລຍີການຈັດລໍາດັບທີ່ອ່ານຍາວ, ເຊັ່ນ Nanopore ແລະ PacBio ສໍາລັບການປະກອບແລະລໍາດັບການອ່ານສັ້ນກັບ Illumina ສໍາລັບການກວດສອບການປະກອບແລະການແກ້ໄຂຂໍ້ຜິດພາດຂອງ ONT ອ່ານ. ການບໍລິການຂອງພວກເຮົາໃຫ້ຂະບວນການເຮັດວຽກດ້ານຊີວະວິທະຍາທີ່ສົມບູນຈາກການປະກອບ, ຄໍາອະທິບາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ແລະການວິເຄາະທາງຊີວະພາບຂັ້ນສູງ, ບັນລຸເປົ້າຫມາຍການຄົ້ນຄວ້າສະເພາະ. ການບໍລິການນີ້ເຮັດໃຫ້ການພັດທະນາຂອງ genomes ອ້າງອີງທີ່ຊັດເຈນສໍາລັບການສຶກສາພັນທຸກໍາແລະ genomic ຕ່າງໆ. ນອກຈາກນັ້ນ, ມັນຍັງເປັນພື້ນຖານສໍາລັບຄໍາຮ້ອງສະຫມັກເຊັ່ນ: ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງສາຍພັນ, ວິສະວະກໍາພັນທຸກໍາ, ແລະການພັດທະນາເຕັກໂນໂລຢີຂອງຈຸລິນຊີ, ຮັບປະກັນຂໍ້ມູນ genomic ທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້ແລະບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງທີ່ສໍາຄັນສໍາລັບການກ້າວຫນ້າທາງດ້ານວິທະຍາສາດແລະນະວັດຕະກໍາ biotechnological.
