● ການຈັດລໍາດັບໃນ Illumina NovaSeq ດ້ວຍ PE150.
● ການບໍລິການຕ້ອງການຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ, ແທນທີ່ຈະເປັນອາຊິດນິວຄລີອິກທີ່ສະກັດອອກມາ, ເພື່ອເຊື່ອມຕໍ່ຂ້າມກັບ formaldehyde ແລະຮັກສາປະຕິສໍາພັນຂອງ DNA-protein.
● ການທົດລອງ Hi-C ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຈໍາກັດແລະການສ້ອມແຊມປາຍຫນຽວດ້ວຍ biotin, ປະຕິບັດຕາມໂດຍການໄຫຼວຽນຂອງສິ້ນ blunt ຜົນໄດ້ຮັບໃນຂະນະທີ່ຮັກສາປະຕິສໍາພັນ. DNA ໄດ້ຖືກດຶງລົງດ້ວຍລູກປັດ streptavidin ແລະເຮັດຄວາມສະອາດສໍາລັບການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດຕໍ່ໄປ.
ພາບລວມຂອງ Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,ວິທະຍາສາດ, 2009)
●ການກໍາຈັດຄວາມຕ້ອງການຂໍ້ມູນປະຊາກອນພັນທຸກໍາ:Hi-C ທົດແທນຂໍ້ມູນທີ່ຈໍາເປັນສໍາລັບ contig anchoring.
●ຄວາມໜາແໜ້ນສູງ:ນໍາໄປສູ່ອັດຕາສ່ວນ contig ສູງຂ້າງເທິງ 90%.
●ບັນທຶກຄວາມຊ່ຽວຊານ ແລະ ການພິມເຜີຍແຜ່ຢ່າງກວ້າງຂວາງ:BMKGene ມີປະສົບການອັນກວ້າງຂວາງທີ່ມີຫຼາຍກວ່າ 2000 ກໍລະນີຂອງ Hi-C Genome Assembly ຈາກ 1000 ຊະນິດ ແລະສິດທິບັດຕ່າງໆ. ຫຼາຍກວ່າ 200 ກໍລະນີທີ່ຖືກພິມເຜີຍແຜ່ມີປັດໄຈຜົນກະທົບສະສົມຂອງຫຼາຍກວ່າ 2000.
●ທີມງານ bioinformatics ຊໍານິຊໍານານສູງ:ດ້ວຍສິດທິບັດພາຍໃນ ແລະລິຂະສິດຂອງຊອບແວສຳລັບການທົດລອງ Hi-C ແລະການວິເຄາະຂໍ້ມູນ, ຊອບແວຂໍ້ມູນການສ້າງພາບທີ່ພັດທະນາຕົນເອງເຮັດໃຫ້ສາມາດເຄື່ອນຍ້າຍບລັອກດ້ວຍຕົນເອງ, ຖອນຄືນ, ຖອນຄືນ ແລະເຮັດໃໝ່ໄດ້.
●ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ:ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອການສໍາເລັດໂຄງການດ້ວຍໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
●ຄໍາບັນຍາຍທີ່ສົມບູນແບບ: ພວກເຮົາໃຊ້ຖານຂໍ້ມູນຫຼາຍອັນເພື່ອເຮັດໜ້າທີ່ອະທິບາຍພັນທຸກໍາດ້ວຍການປ່ຽນແປງທີ່ລະບຸໄວ້ ແລະເຮັດການວິເຄາະການເສີມສ້າງທີ່ສອດຄ້ອງກັນ, ສະໜອງຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບໂຄງການຄົ້ນຄວ້າຫຼາຍໂຄງການ.
ການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
ຫ້ອງສະໝຸດ Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
ເນື້ອເຍື່ອ | ຈໍານວນທີ່ຕ້ອງການ |
Viscera ສັດ | ≥ 2 g |
ກ້າມເນື້ອສັດ | |
ເລືອດສັດ | ≥ 2 ມລ |
ເລືອດສັດປີກ/ປາ | |
ພືດ - ໃບສົດ | ≥ 3 g |
ຈຸລັງທີ່ຈະເລີນເຕີບໂຕ | ≥ 1x107 |
ແມງໄມ້ | ≥ 2 g |
1) QC ຂໍ້ມູນດິບ
2) Hi-C library QC: ການປະເມີນການໂຕ້ຕອບ Hi-C ທີ່ຖືກຕ້ອງ
3) ການປະກອບ Hi-C: ການຈັດກຸ່ມຂອງ contigs ໃນກຸ່ມ, ປະຕິບັດຕາມຄໍາສັ່ງ contig ພາຍໃນແຕ່ລະກຸ່ມແລະກໍາຫນົດທິດທາງ contig.
4) ການປະເມີນຜົນ Hi-C
Hi-C Library QC – ການຄາດຄະເນຄູ່ການໂຕ້ຕອບທີ່ຖືກຕ້ອງຂອງ Hi-C
Hi-C Assembly - ສະຖິຕິ
ການປະເມີນຜົນຫຼັງຈາກການປະກອບ - ແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນຂອງຄວາມເຂັ້ມຂອງສັນຍານລະຫວ່າງ bins
ຄົ້ນຫາຄວາມກ້າວຫນ້າທີ່ອໍານວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການປະກອບ Hi-C ຂອງ BMKGene ຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.
Tian, T. et al. (2023) 'ການປະກອບພັນທຸກໍາ ແລະການຕັດຕໍ່ພັນທຸກໍາຂອງເຊື້ອສາລີທີ່ທົນທານຕໍ່ໄພແຫ້ງແລ້ງທີ່ໂດດເດັ່ນ', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), ໜ້າ 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'ການປະກອບ Chromosome-Scale ຂອງ Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'ການເປີດເຜີຍວິວັຖນາການຂອງການສັງເຄາະຊີວະພາບ tropane alkaloid ໂດຍການວິເຄາະສອງ genomes ໃນຄອບຄົວ Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), ໜ້າ 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'ພັນທຸກໍາຂອງຕົ້ນໄມ້ Banyan ແລະຕົວ pollinator Wasp ໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບ Coevolution Fig-Wasp', Cell, 183(4), ຫນ້າ 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043