条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຜະລິດຕະພັນ

Hi-C Based Genome Assembly

图片40

Hi-C ແມ່ນວິທີການທີ່ອອກແບບມາເພື່ອບັນທຶກການຕັ້ງຄ່າໂຄໂມໂຊມໂດຍການລວມເອົາການໂຕ້ຕອບທີ່ອີງໃສ່ຄວາມໃກ້ຄຽງ ແລະການຈັດລໍາດັບການສົ່ງຜ່ານສູງ. ຄວາມເຂັ້ມຂອງປະຕິສໍາພັນເຫຼົ່ານີ້ເຊື່ອວ່າມີຄວາມສໍາພັນທາງລົບກັບໄລຍະຫ່າງທາງກາຍະພາບຂອງໂຄໂມໂຊມ. ດັ່ງນັ້ນ, ຂໍ້ມູນ Hi-C ແມ່ນໃຊ້ເພື່ອແນະນຳການຈັດກຸ່ມ, ການສັ່ງ, ແລະການກຳນົດທິດທາງຂອງລຳດັບທີ່ປະກອບຢູ່ໃນ genome ສະບັບຮ່າງ ແລະ ຍຶດເອົາໂຄໂມໂຊມຈຳນວນທີ່ແນ່ນອນ. ເທກໂນໂລຍີນີ້ສ້າງຄວາມເຂັ້ມແຂງການປະກອບ genome ລະດັບໂຄໂມໂຊມໃນກໍລະນີທີ່ບໍ່ມີແຜນທີ່ພັນທຸກໍາໂດຍອີງໃສ່ປະຊາກອນ. ທຸກໆ genome ຕ້ອງການ Hi-C.


ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຊີວະວິທະຍາ

ຜົນການສາທິດ

ສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນ

ຄຸນນະສົມບັດການບໍລິການ

● ການຈັດລໍາດັບໃນ Illumina NovaSeq ດ້ວຍ PE150.

● ການບໍລິການຕ້ອງການຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ, ແທນທີ່ຈະເປັນອາຊິດນິວຄລີອິກທີ່ສະກັດອອກມາ, ເພື່ອເຊື່ອມຕໍ່ຂ້າມກັບ formaldehyde ແລະຮັກສາປະຕິສໍາພັນຂອງ DNA-protein.

● ການທົດລອງ Hi-C ກ່ຽວຂ້ອງກັບການຈໍາກັດແລະການສ້ອມແຊມປາຍຫນຽວດ້ວຍ biotin, ປະຕິບັດຕາມໂດຍການໄຫຼວຽນຂອງສິ້ນ blunt ຜົນໄດ້ຮັບໃນຂະນະທີ່ຮັກສາປະຕິສໍາພັນ. DNA ໄດ້ຖືກດຶງລົງດ້ວຍລູກປັດ streptavidin ແລະເຮັດຄວາມສະອາດສໍາລັບການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດຕໍ່ໄປ.

ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ

1 Principle-of-Hi-C-sequencing

ພາບລວມຂອງ Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,ວິທະຍາສາດ, 2009)

ການກໍາຈັດຄວາມຕ້ອງການຂໍ້ມູນປະຊາກອນພັນທຸກໍາ:Hi-C ທົດແທນຂໍ້ມູນທີ່ຈໍາເປັນສໍາລັບ contig anchoring.

ຄວາມໜາແໜ້ນສູງ:ນໍາໄປສູ່ອັດຕາສ່ວນ contig ສູງຂ້າງເທິງ 90%.

ບັນທຶກຄວາມຊ່ຽວຊານ ແລະ ການພິມເຜີຍແຜ່ຢ່າງກວ້າງຂວາງ:BMKGene ມີປະສົບການອັນກວ້າງຂວາງທີ່ມີຫຼາຍກວ່າ 2000 ກໍລະນີຂອງ Hi-C Genome Assembly ຈາກ 1000 ຊະນິດ ແລະສິດທິບັດຕ່າງໆ. ຫຼາຍກວ່າ 200 ກໍ​ລະ​ນີ​ທີ່​ຖືກ​ພິມ​ເຜີຍ​ແຜ່​ມີ​ປັດ​ໄຈ​ຜົນ​ກະ​ທົບ​ສະ​ສົມ​ຂອງ​ຫຼາຍ​ກວ່າ 2000​.

ທີມງານ bioinformatics ຊໍານິຊໍານານສູງ:ດ້ວຍສິດທິບັດພາຍໃນ ແລະລິຂະສິດຂອງຊອບແວສຳລັບການທົດລອງ Hi-C ແລະການວິເຄາະຂໍ້ມູນ, ຊອບແວຂໍ້ມູນການສ້າງພາບທີ່ພັດທະນາຕົນເອງເຮັດໃຫ້ສາມາດເຄື່ອນຍ້າຍບລັອກດ້ວຍຕົນເອງ, ຖອນຄືນ, ຖອນຄືນ ແລະເຮັດໃໝ່ໄດ້.

ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ:ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອການສໍາເລັດໂຄງການດ້ວຍໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.

ຄໍາບັນຍາຍທີ່ສົມບູນແບບ: ພວກເຮົາໃຊ້ຖານຂໍ້ມູນຫຼາຍອັນເພື່ອເຮັດໜ້າທີ່ອະທິບາຍພັນທຸກໍາດ້ວຍການປ່ຽນແປງທີ່ລະບຸໄວ້ ແລະເຮັດການວິເຄາະການເສີມສ້າງທີ່ສອດຄ້ອງກັນ, ສະໜອງຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບໂຄງການຄົ້ນຄວ້າຫຼາຍໂຄງການ.

ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ

ການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດ

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ

ຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ

ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ

ຫ້ອງສະໝຸດ Hi-C

Illumina NovaSeq PE150

100x

Q30 ≥ 85%

ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ

ເນື້ອເຍື່ອ

ຈໍານວນທີ່ຕ້ອງການ

Viscera ສັດ

≥ 2 g

ກ້າມເນື້ອສັດ

ເລືອດສັດ

≥ 2 ມລ

ເລືອດສັດປີກ/ປາ

ພືດ - ໃບສົດ

≥ 3 g

ຈຸລັງທີ່ຈະເລີນເຕີບໂຕ

≥ 1x107

ແມງໄມ້

≥ 2 g

ກະແສວຽກບໍລິການ

ຕົວຢ່າງ QC

ການອອກແບບທົດລອງ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການ​ກະ​ກຽມ​ຫ້ອງ​ສະ​ຫມຸດ​

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການຈັດລໍາດັບ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ

ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ


  • ທີ່ຜ່ານມາ:
  • ຕໍ່ໄປ:

  • 流程图羽莹-01

    1) QC ຂໍ້ມູນດິບ

    2) Hi-C library QC: ການປະເມີນການໂຕ້ຕອບ Hi-C ທີ່ຖືກຕ້ອງ

    3) ການປະກອບ Hi-C: ການຈັດກຸ່ມຂອງ contigs ໃນກຸ່ມ, ປະຕິບັດຕາມຄໍາສັ່ງ contig ພາຍໃນແຕ່ລະກຸ່ມແລະກໍາຫນົດທິດທາງ contig.

    4) ການປະເມີນຜົນ Hi-C

    Hi-C Library QC – ການຄາດຄະເນຄູ່ການໂຕ້ຕອບທີ່ຖືກຕ້ອງຂອງ Hi-C

     

    图片41

     

    Hi-C Assembly - ສະຖິຕິ

     

    图片42

    ການ​ປະ​ເມີນ​ຜົນ​ຫຼັງ​ຈາກ​ການ​ປະ​ກອບ - ແຜນ​ທີ່​ຄວາມ​ຮ້ອນ​ຂອງ​ຄວາມ​ເຂັ້ມ​ຂອງ​ສັນ​ຍານ​ລະ​ຫວ່າງ bins​

     

    图片43

    ຄົ້ນຫາຄວາມກ້າວຫນ້າທີ່ອໍານວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການປະກອບ Hi-C ຂອງ BMKGene ຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.

    Tian, ​​T. et al. (2023) 'ການປະກອບພັນທຸກໍາ ແລະການຕັດຕໍ່ພັນທຸກໍາຂອງເຊື້ອສາລີທີ່ທົນທານຕໍ່ໄພແຫ້ງແລ້ງທີ່ໂດດເດັ່ນ', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), ໜ້າ 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.

    Wang, ZL et al. (2020) 'ການປະກອບ Chromosome-Scale ຂອງ Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.

    Zhang, F. et al. (2023) 'ການເປີດເຜີຍວິວັຖນາການຂອງການສັງເຄາະຊີວະພາບ tropane alkaloid ໂດຍການວິເຄາະສອງ genomes ໃນຄອບຄົວ Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), ໜ້າ 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.

    Zhang, X. et al. (2020) 'ພັນທຸກໍາຂອງຕົ້ນໄມ້ Banyan ແລະຕົວ pollinator Wasp ໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບ Coevolution Fig-Wasp', Cell, 183(4), ຫນ້າ 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043

    ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

    ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

    ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານໄປຫາພວກເຮົາ: