ຜະລິດຕະພັນ

ການຈັດລໍາດັບພັນທຸກໍາຂອງພືດ/ສັດທັງໝົດ

ຮູບພາບທີ່ແນະນຳການຈັດລໍາດັບພັນທຸກຳຂອງພືດ/ສັດທັງໝົດ

ການຈັດລໍາດັບ genome ທັງຫມົດ, ເຊິ່ງເອີ້ນກັນວ່າ WGS, ຊ່ວຍໃຫ້ການເປີດເຜີຍການກາຍພັນທີ່ພົບເລື້ອຍແລະຫາຍາກໃນ genome ທັງຫມົດລວມທັງ Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure variation (SV), ແລະ Copy Number Variation (CNV) ).SVs ປະກອບເປັນສ່ວນໃຫຍ່ຂອງພື້ນຖານການປ່ຽນແປງຫຼາຍກ່ວາ SNPs ແລະມີຜົນກະທົບຫຼາຍຕໍ່ genome, ເຊິ່ງມີຜົນກະທົບຢ່າງຫຼວງຫຼາຍຕໍ່ສິ່ງມີຊີວິດ.ການອ່ານຕໍ່ເນື່ອງແບບຍາວອະນຸຍາດໃຫ້ມີການກໍານົດທີ່ຊັດເຈນກວ່າຂອງຊິ້ນສ່ວນໃຫຍ່ແລະການປ່ຽນແປງທີ່ສັບສົນເພາະວ່າການອ່ານຍາວເຮັດໃຫ້ມັນງ່າຍຂຶ້ນຫຼາຍທີ່ຈະຂ້າມໂຄໂມໂຊມຜ່ານພາກພື້ນທີ່ສັບສົນເຊັ່ນ: ການຊໍ້າຄືນຂອງ tandem, ພາກພື້ນທີ່ອຸດົມສົມບູນ GC / AT, ແລະພາກພື້ນ hyper-variable.

ເວທີ: Illumina, PacBio, Nanopore

ຕິດຕໍ່ພວກເຮົາ

ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຜົນການສາທິດ

ແຫຼ່ງທີ່ໂດດເດັ່ນ

1.ຂໍ້ດີດ້ານການບໍລິການ

ປະສົບການອັນກວ້າງຂວາງໃນການຈັດລໍາດັບ genome ສໍາລັບຫຼາຍກວ່າ 1000 ຊະນິດ.

ຫຼາຍກວ່າ 800 ກໍລະນີທີ່ຖືກພິມເຜີຍແຜ່ທີ່ມີປັດໄຈຜົນກະທົບສະສົມຂອງຫຼາຍກວ່າ 4000.

ການວິເຄາະດ້ານຊີວະວິທະຍາທີ່ສົມບູນກ່ຽວກັບການເອີ້ນການປ່ຽນແປງ ແລະການວິເຄາະໜ້າທີ່.

2. ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ

ເວທີ		ຫໍສະໝຸດ	ຄວາມເລິກ seq ແນະນໍາ
Illumina		PE 150	ສໍາລັບ SNP, ການໂທ InDel ≥ 10x ສຳລັບ SV, CNY ໂທ ≥ 30x
ນາໂນປໍ		8 ກິບ	ສຳລັບ SV, CNY ໂທ ≥ 20x
Pacbio	CCS	15 ກິບ	ສໍາລັບການໂທ SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x

3. ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ

ເວທີ		Conc.(ng/μL)	ຈໍານວນ (ng)	ຄວາມບໍລິສຸດ		Agarose gel
				OD260/280	OD260/230	1. ລ້າງແຖບຕົ້ນຕໍທີ່ບໍ່ມີຫຼືຈໍາກັດການເຊື່ອມໂຊມສັງເກດເຫັນຢູ່ໃນ gel. 2. ບໍ່ມີຫຼືຈໍາກັດ RNA ຫຼືທາດໂປຼຕີນຈາກການປົນເປື້ອນ
Illumina		≥1	≥30	-	-
ນາໂນປໍ		≥30	ຂຶ້ນກັບຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນ 10μg/ເຊລ	1.7-2.2	≥1.5
Pacbio	CCS	≥50		1.7-2.2	1.8-2.5

4. ການວິເຄາະຂໍ້ມູນຊີວະພາບ

5. ກະແສວຽກບໍລິການ

ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ

ການສະກັດເອົາ DNA

ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ

ການຈັດລໍາດັບ

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ

ການຈັດສົ່ງຂໍ້ມູນ

ທີ່ຜ່ານມາ: BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome

ຕໍ່ໄປ: ການຈັດລໍາດັບ RNA ແກນດຽວ

1) ສະຖິຕິຂອງ Genome Mapping

ຕາຕະລາງ 1 ສະຖິຕິຜົນແຜນທີ່

ຮູບທີ 1 ການແຜ່ກະຈາຍຂອງຂະຫນາດຂອງ inserts ແລະອ່ານການຄຸ້ມຄອງ.

2) ການກວດຫາຕົວແປ

ຮູບທີ 2 ສະຖິຕິ ແລະຄໍາບັນຍາຍຂອງ SNP/INDEL/SV ໃນບັນດາຕົວຢ່າງ

ຮູບທີ 3 ການກະຈາຍພັນທຸກໍາຂອງ vatiations

3) ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດຂອງການປ່ຽນແປງ

2019	ການສື່ສານທໍາມະຊາດ	ການຈັດລຽງລຳດັບພັນທຸກໍາທັງໝົດເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນຕົ້ນກຳເນີດຂອງ Brassica napus ແລະພັນທຸກໍາທີ່ຕັ້ງຢູ່ໃນການປັບປຸງຂອງມັນ.
2020	PNAS	ຕົ້ນກຳເນີດວິວັດທະນາການ ແລະປະຫວັດຄວາມເປັນມາຂອງປາຄຳ (Carassius auratus)
2021	ວາລະສານເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບພືດ	genomes ອ້າງອິງຂອງສອງຊະນິດ jute ການປູກຝັງ
2021	ວາລະສານເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບພືດ	ລາຍເຊັນຂອງພັນທຸກໍາຂອງຜັກແລະເມັດນ້ໍາມັນ Allopolyploid Brassicajuncea ແລະ loci ພັນທຸ ກຳ ຄວບຄຸມການສະສົມຂອງ glucosinolates
2019	ພືດໂມເລກຸນ	ການຈັດລຽງພັນທຸກໍາຂອງພັນທຸກໍາທົ່ວໂລກຂອງການເຂົ້າພັນພືດ rapeseed ສະແດງໃຫ້ເຫັນພື້ນຖານທາງພັນທຸກໍາຂອງຄວາມແຕກຕ່າງກັນ ecotype ຂອງເຂົາເຈົ້າ.
2022	ການຄົ້ນຄວ້າພືດສວນ	ການວິເຄາະສະມາຄົມທົ່ວພັນທຸກໍາໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈໂມເລກຸນກ່ຽວກັບການປ່ຽນແປງທໍາມະຊາດຂອງຂະຫນາດເມັດຫມາກໂມ.
2021	ວາລະສານຂອງການທົດລອງ Botany	ການສຶກສາສະມາຄົມທົ່ວພັນທຸ ກຳ ກໍານົດຕົວແປຂອງ GhSAD1 ທີ່ໃຫ້ຄວາມທົນທານຕໍ່ຄວາມເຢັນໃນຝ້າຍ.
2021	ວາລະສານຂອງການທົດລອງ Botany	ການສຶກສາສະມາຄົມທົ່ວພັນທຸກໍາແລະການປຽບທຽບການຖອດຂໍ້ຄວາມເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນ QTL ນິຍາຍແລະພັນທຸກໍາທີ່ຄວບຄຸມຂະຫນາດຂອງກີບດອກໃນ rapeseed.