-
ການປະກອບຈີໂນມ T2T | ການລຽງລຳດັບທີ່ຍາວພິເສດ
ຈີໂນມ T2T (Telomere-to-Telomere) ແມ່ນມາດຕະຖານຄຳສຳລັບການປະກອບຈີໂນມທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ, ໂດຍອ້າງອີງເຖິງການສ້າງຈີໂນມຄືນໃໝ່ໃນລະດັບໂຄໂມໂຊມທີ່ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ ຫຼື ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງ ເຊິ່ງກວມເອົາຈາກ telomere ໜຶ່ງໄປຫາອີກ telomere ໜຶ່ງ, ແລະ ທຳລາຍຂໍ້ຈຳກັດການແຕກແຍກຂອງການປະກອບຈີໂນມແບບທຳມະດາ.
ຂັບເຄື່ອນໂດຍການຈັດລຳດັບການອ່ານທີ່ຍາວຫຼາຍພິເສດຂອງ ONT ຫຼັກ ແລະ ປະສົມປະສານກັບການຈັດລຳດັບເລິກຫຼາຍແພລດຟອມ ແລະ ທໍ່ສົ່ງຊີວະວິທະຍາທີ່ດີທີ່ສຸດ, ໂຊລູຊັ່ນ BMKGENE T2T Genome ແມ່ນແນໃສ່ "ພາກພື້ນມືດ" ຂອງຈີໂນມທີ່ຍາກທີ່ຈະແກ້ໄຂໄດ້ຫຼາຍທີ່ສຸດ - telomeres (ສະລັບສັບຊ້ອນ nucleoprotein ພິເສດຢູ່ປາຍໂຄຣໂມໂຊມ eukaryotic), centromeres ຂອງສິ່ງມີຊີວິດຊັ້ນສູງ (ອາເຣການຊ້ຳຊ້ອນ tandem ຂະໜາດໃຫຍ່), ແລະ ພາກພື້ນ haplotype ການຊ້ຳຊ້ອນ ແລະ heterozygous ອື່ນໆ, ເຊິ່ງບໍ່ສາມາດແກ້ໄຂໄດ້ດົນນານແລ້ວສຳລັບການຈັດລຳດັບການອ່ານທີ່ຍາວມາດຕະຖານ. ບໍ່ເຫມືອນກັບການອ່ານທີ່ຍາວແບບດັ້ງເດີມທີ່ລົ້ມເຫຼວໃນການຂ້າມພາກພື້ນເຫຼົ່ານີ້ ແລະ ເຮັດໃຫ້ລຳດັບລົ້ມເຫຼວ ຫຼື contigeric, ການອ່ານທີ່ຍາວຫຼາຍພິເສດຂອງ ONT ສາມາດກວມເອົາຊ່ອງຫວ່າງທີ່ບໍ່ສາມາດລວມເຂົ້າກັນໄດ້ ແລະ ພາກພື້ນທີ່ສັບສົນ. BMKGene ມຸ່ງໝັ້ນທີ່ຈະສົ່ງມອບຈີໂນມ T2T ທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ ແລະ ບໍ່ມີຊ່ອງຫວ່າງສຳລັບຊະນິດພັນທີ່ຫຼາກຫຼາຍ.
ການສ້າງຈີໂນມ T2T ປົດລັອກພາກພື້ນຈີໂນມທີ່ສັບສົນທີ່ເຄີຍບໍ່ສາມາດເຂົ້າເຖິງໄດ້, ຕື່ມຊ່ອງຫວ່າງການຄົ້ນຄວ້າທີ່ສຳຄັນ, ແລະ ໃຫ້ຂໍ້ມູນພື້ນຖານທີ່ໜັກແໜ້ນ ແລະ ແມ່ນຍຳສູງສຳລັບການສຶກສາຢ່າງເລິກເຊິ່ງລວມທັງວິວັດທະນາການຂອງຊະນິດພັນ, ການຂຸດຄົ້ນພັນທຸກຳທີ່ເຮັດວຽກໄດ້, ການປັບປຸງພັນໂມເລກຸນ, ການແພດແບບແມ່ນຍຳ ແລະ ການຄົ້ນຄວ້າວິທະຍາສາດທີ່ທັນສະໄໝອື່ນໆ.
-
ໂປຣຕີໂອມິກສ໌
ໂປຣຕີໂອມິກສ໌ສຸມໃສ່ໂປຣຕີນ—ຕົວປະຕິບັດກິດຈະກຳຊີວິດທີ່ມີບົດບາດສຳຄັນໃນການຄວບຄຸມການຖອດລະຫັດຂອງສິ່ງມີຊີວິດ. ມັນວິເຄາະອົງປະກອບ, ລະດັບການສະແດງອອກ, ແລະສະພາບການດັດແປງຂອງໂປຣຕີນທີ່ມີການປ່ຽນແປງແບບໄດນາມິກທັງໝົດໃນເນື້ອເຍື່ອ ຫຼື ຈຸລັງ, ແກ້ໄຂຜົນກະທົບທີ່ສຳຄັນຂອງການເຄື່ອນໄຫວຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງໂປຣຕີໂອມຕໍ່ຂະບວນການຊີວິດຕ່າງໆ. ນຳໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການແພດ, ກະສິກຳ, ແລະ ການລ້ຽງສັດ. ໂປຣຕີໂອມິກສ໌ເຊີງຄຸນນະພາບນຳໃຊ້ເຕັກໂນໂລຊີການກຳນົດໂປຣຕີນ HPLC-MS/MS ເພື່ອກຳນົດຕົວຢ່າງລວມທັງແຖບເຈວ, IP, ແລະຕົວຢ່າງ CO-IP/Pull down. ໂປຣຕີໂອມິກສ໌ເຊີງປະລິມານບັນລຸການວັດແທກປະລິມານ ແລະ ການກຳນົດໂປຣຕີນທັງໝົດທີ່ສະແດງອອກໂດຍຈີໂນມ ຫຼື ໃນລະບົບປະສົມທີ່ສັບສົນ. ເຕັກໂນໂລຊີໂປຣຕີໂອມິກສ໌ເຊີງປະລິມານໃນປະຈຸບັນສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນຈັດປະເພດເປັນວິທີການຕິດສະຫຼາກ (TMT) ແລະ ວິທີການທີ່ບໍ່ມີປ້າຍ (Label Free, DIA, PRM). BMKGENE ໃຫ້ບໍລິການວິທີແກ້ໄຂໂປຣຕີໂອມິກສ໌ຫຼາຍແພລດຟອມ ແລະ ຫຼາຍເຕັກໂນໂລຊີ.
-
ເມຕາໂບໂລມິກ
ວິຊາເມຕາໂບໂລມິກສ໌, ເຊິ່ງເປັນສາຂາວິຊາໜຶ່ງຂອງຈີໂນມິກສ໌, ສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນແນໃສ່ສານໂມເລກຸນຂະໜາດນ້ອຍທີ່ມີນ້ຳໜັກໂມເລກຸນຕ່ຳກວ່າ 1500 Da. ມັນຊ່ວຍໃຫ້ສານເມຕາໂບໄລທ໌ສະທ້ອນເຖິງການຕອບສະໜອງຂອງສິ່ງມີຊີວິດຕໍ່ກັບການກະຕຸ້ນພາຍນອກ ແລະ ການປ່ຽນແປງທາງສະລີລະວິທະຍາ/ພະຍາດວິທະຍາໄດ້ຢ່າງອ່ອນໄຫວຫຼາຍຂຶ້ນ. ການປ່ຽນແປງລະດັບເມຕາໂບໄລທ໌ທີ່ເກີດຈາກການປ່ຽນແປງທາງພັນທຸກຳຍັງຢູ່ໃນຂອບເຂດການຄົ້ນຄວ້າຂອງມັນ, ເຊິ່ງສະໜອງທັດສະນະການຄົ້ນຄວ້າແບບໃໝ່.
BMKGENE ໃຫ້ບໍລິການດ້ານເມຕາໂບໂລມິກສ໌ຢ່າງຄົບວົງຈອນ, ລວມທັງເມຕາໂບໂລມິກສ໌ທີ່ບໍ່ແນໃສ່ເປົ້າໝາຍ, ເມຕາໂບໂລມິກສ໌ເປົ້າໝາຍຢ່າງກວ້າງຂວາງ, ແລະ ເມຕາໂບໂລມິກສ໌ເປົ້າໝາຍ. ໂດຍການໃຊ້ວິທີການວັດແທກມວນສານຂອງແຫຼວ (LC-MS) ຫຼື ການວິເຄາະມວນສານຂອງອາຍແກັສ (GC-MS), ການປ່ຽນແປງແບບເຄື່ອນໄຫວໃນເມຕາໂບໂລມິກສ໌ໂມເລກຸນນ້ອຍສ່ວນໃຫຍ່ໃນສິ່ງມີຊີວິດກ່ອນ ແລະ ຫຼັງການກະຕຸ້ນພາຍນອກສາມາດກວດພົບໄດ້. ຫຼັກຂອງການບໍລິການເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນຢູ່ໃນການກຳນົດເມຕາໂບໂລມິກສ໌ທີ່ມີຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ສຳຄັນລະຫວ່າງກຸ່ມທົດລອງ ແລະ ກຸ່ມຄວບຄຸມ ແລະ ການສຳຫຼວດຄວາມສຳພັນຂອງພວກມັນກັບການປ່ຽນແປງທາງສະລີລະວິທະຍາ/ພະຍາດວິທະຍາ ແລະ ກົນໄກທີ່ຕິດພັນ.
-
ການຈັດລຽງລໍາດັບ mRNA/LncRNA/CircRNA ແບບ Exosomal-Illumina
ເອັກໂຊໂຊມແມ່ນຖົງນ້ອຍໆທີ່ປ່ອຍອອກມາຈາກຈຸລັງ, ໂດຍປົກກະຕິແລ້ວມີເສັ້ນຜ່າສູນກາງຕັ້ງແຕ່ 30 ຫາ 100 ນາໂນແມັດ. ຖົງເຫຼົ່ານີ້ປະກອບດ້ວຍ RNA ຕ່າງໆ. ເອັກໂຊໂຊມເຊື່ອກັນວ່າມີບົດບາດສຳຄັນໃນການສື່ສານລະຫວ່າງຈຸລັງ, ການຕອບສະໜອງຂອງພູມຕ້ານທານ, ແລະ ການພັດທະນາຂອງພະຍາດ, ແລະ ສາມາດແຜ່ລາມໄປສູ່ສ່ວນອື່ນໆຂອງຮ່າງກາຍຜ່ານນ້ຳໃນຮ່າງກາຍເຊັ່ນ: ພລາສມາ, ນ້ຳລາຍ, ແລະ ປັດສະວະ. ພວກມັນມີຊີວະໂມເລກຸນສະເພາະເພື່ອຄວບຄຸມໜ້າທີ່ຂອງຈຸລັງຜູ້ຮັບ, ເຊິ່ງມີອິດທິພົນຕໍ່ສະພາບທາງສະລີລະວິທະຍາຂອງຈຸລັງ. ເອັກໂຊໂຊມຍັງຖືກພິຈາລະນາວ່າມີບົດບາດສຳຄັນໃນການພັດທະນາຂອງພະຍາດ, ລວມທັງມະເຮັງ, ພະຍາດທີ່ເສື່ອມສະພາບຂອງລະບົບປະສາດ, ແລະ ສະພາບການອັກເສບ. ການຄົ້ນຄວ້າກ່ຽວກັບເອັກໂຊໂຊມສະເໜີຄວາມເຂົ້າໃຈ ແລະ ວິທີການໃໝ່ໆສຳລັບການວິນິດໄສ, ການປິ່ນປົວ, ແລະ ການປ້ອງກັນພະຍາດຕ່າງໆ.
-
ການຈັດລຽງລໍາດັບ RNA ຂະໜາດນ້ອຍ Exosomal-Illumina
ເອັກໂຊໂຊມແມ່ນຖົງນ້ອຍໆທີ່ປ່ອຍອອກມາຈາກຈຸລັງ, ໂດຍປົກກະຕິແລ້ວມີເສັ້ນຜ່າສູນກາງຕັ້ງແຕ່ 30 ຫາ 100 ນາໂນແມັດ. ຖົງເຫຼົ່ານີ້ມີ RNA ຫຼາກຫຼາຍຊະນິດ. ໃນບັນດາປະເພດ RNA ໃນເອັກໂຊໂຊມ, ຊະນິດທີ່ພົບເລື້ອຍທີ່ສຸດ ແລະ ໄດ້ຮັບການສຶກສາຢ່າງກວ້າງຂວາງແມ່ນໄມໂຄຣອາເນກຊີນ (miRNA). miRNA ແມ່ນກຸ່ມຂອງ RNA ຂະໜາດນ້ອຍທີ່ບໍ່ໄດ້ເຂົ້າລະຫັດ ເຊິ່ງມີຄວາມຍາວປະມານ 18-25 ນິວຄລີໂອໄທດ໌. ພວກມັນໄກ່ເກ່ຍການປິດສຽງຂອງເຊື້ອພັນທຸກໍາຫຼັງການຖອດລະຫັດໂດຍການຜູກມັດກັບພາກພື້ນທີ່ບໍ່ໄດ້ແປ 3′ (3′ UTR) ຂອງ mRNA ເປົ້າໝາຍ, ດັ່ງນັ້ນຈຶ່ງຄວບຄຸມການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອພັນທຸກໍາ. ຕົວຢ່າງ, ເອັກໂຊໂຊມທີ່ປ່ອຍອອກມາຈາກຈຸລັງເນື້ອງອກບາງຊະນິດມີ miRNA ສະເພາະ, ເຊັ່ນ miR-126 ແລະ miR-92a. miRNA ເຫຼົ່ານີ້ສາມາດມີອິດທິພົນຕໍ່ການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອພັນທຸກໍາໃນຈຸລັງຜູ້ຮັບ ແລະ ສົ່ງເສີມການສ້າງເສັ້ນເລືອດໃໝ່ຂອງເນື້ອງອກ (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_ບັນທຶກສຽງທາງພື້ນທີ່
ການຖ່າຍທອດທາງພື້ນທີ່ເປັນເຕັກນິກທີ່ຊ່ວຍໃຫ້ພວກເຮົາສາມາດຈັບ ແລະ ເບິ່ງເຫັນການສະແດງອອກຂອງ gene ພາຍໃນເນື້ອເຍື່ອ. ສິ່ງນີ້ອາດຈະມີຄວາມສໍາຄັນຫຼາຍຕໍ່ການເຂົ້າໃຈວ່າຈຸລັງມີການພົວພັນກັນແນວໃດ.
ມີແພລດຟອມທີ່ແຕກຕ່າງກັນສຳລັບວິທີການນີ້. ໃນເລື່ອງນີ້, BMKGene ໄດ້ພັດທະນາຊິບ BMKManu 3000 Spatial transcriptome, ເຊິ່ງເປັນແພລດຟອມທີ່ຊ່ວຍເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງເຕັກນິກ, ບັນລຸຄວາມລະອຽດຂອງຈຸລັງຍ່ອຍ ແລະ ເຮັດໃຫ້ສາມາດຕັ້ງຄ່າຄວາມລະອຽດຫຼາຍລະດັບໄດ້.
ຊິບນີ້ຫຸ້ມລ້ອມຈຸດຕ່າງໆ 4.2 ລ້ານຈຸດໂດຍໃຊ້ເທັກໂນໂລຢີທີ່ໄດ້ຮັບສິດທິບັດຂອງ microwells ທີ່ຊັ້ນດ້ວຍລູກປັດທີ່ບັນຈຸດ້ວຍໂພຣບທີ່ມີບາໂຄດ. ດ້ວຍວິທີການນີ້, ຫຼັງຈາກການຈັບ ແລະ ການຂະຫຍາຍ, ພວກເຮົາໄດ້ຮັບຫ້ອງສະໝຸດ cDNA ທີ່ອຸດົມໄປດ້ວຍຕົວຢ່າງທີ່ມີບາໂຄດທີ່ມັນເຂົ້າກັນໄດ້ກັບ Illumina.
ໃນຂໍ້ມູນ, ການລວມກັນຂອງບາໂຄດພື້ນທີ່ ແລະ UMIs ຮັບປະກັນຄວາມຖືກຕ້ອງ ແລະ ຄວາມຈຳເພາະຂອງຂໍ້ມູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນ. ການລວມທັງໝົດຂ້າງເທິງນີ້ເຂົ້າກັນ, BMKManu ໃຫ້ການຕັ້ງຄ່າຂໍ້ມູນທີ່ມີຄວາມຄ່ອງແຄ້ວສູງ.
-
ຫໍສະໝຸດທີ່ສ້າງໄວ້ລ່ວງໜ້າຂອງ DNBSEQ
DNBSEQ, ເຊິ່ງພັດທະນາໂດຍ MGI, ເປັນເທັກໂນໂລຢີ NGS ທີ່ມີນະວັດຕະກໍາທີ່ສາມາດຫຼຸດຜ່ອນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍໃນການຈັດລໍາດັບ ແລະ ເພີ່ມປະລິມານການຜະລິດ. ການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດ DNBSEQ ກ່ຽວຂ້ອງກັບການແຕກແຍກ DNA, ການກະກຽມ ssDNA, ແລະ ການຂະຫຍາຍວົງມົນເພື່ອໃຫ້ໄດ້ DNA nanoballs (DNB). ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ສິ່ງເຫຼົ່ານີ້ຈະຖືກໂຫຼດໃສ່ພື້ນຜິວແຂງ ແລະ ຫຼັງຈາກນັ້ນຖືກຈັດລໍາດັບໂດຍການສັງເຄາະ Probe-Anchor ແບບປະສົມປະສານ (cPAS). ເທັກໂນໂລຢີ DNBSEQ ລວມເອົາຂໍ້ດີຂອງການມີອັດຕາຄວາມຜິດພາດໃນການຂະຫຍາຍຕໍ່າກັບການໃຊ້ຮູບແບບຄວາມຜິດພາດທີ່ມີຄວາມໜາແໜ້ນສູງກັບ nanoballs, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບມີປະລິມານການຜະລິດ ແລະ ຄວາມແມ່ນຍໍາສູງຂຶ້ນ.
ການບໍລິການຈັດລຳດັບຫ້ອງສະໝຸດທີ່ເຮັດໄວ້ລ່ວງໜ້າຂອງພວກເຮົາຊ່ວຍໃຫ້ລູກຄ້າສາມາດກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດການຈັດລຳດັບ Illumina ຈາກແຫຼ່ງຂໍ້ມູນທີ່ຫຼາກຫຼາຍ (mRNA, ຈີໂນມທັງໝົດ, amplicon, ຫ້ອງສະໝຸດ 10x, ແລະ ອື່ນໆ), ເຊິ່ງຖືກປ່ຽນເປັນຫ້ອງສະໝຸດ MGI ໃນຫ້ອງທົດລອງຂອງພວກເຮົາເພື່ອຈັດລຳດັບໃນ DNBSEQ-T7, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ຂໍ້ມູນມີປະລິມານສູງໃນລາຄາທີ່ຕໍ່າກວ່າ.
-
ປະຕິກິລິຍາໂຄຣມາຕິນທີ່ອີງໃສ່ Hi-C
Hi-C ແມ່ນວິທີການທີ່ຖືກອອກແບບມາເພື່ອຈັບການຕັ້ງຄ່າຂອງຈີໂນມໂດຍການລວມເອົາການພົວພັນທີ່ອີງໃສ່ການກວດສອບຄວາມໃກ້ຄຽງ ແລະ ການຈັດລຳດັບຜົນຜະລິດສູງ. ວິທີການດັ່ງກ່າວແມ່ນອີງໃສ່ການເຊື່ອມໂຍງໂຄຣມາຕິນກັບຟໍມາລີນ, ຕາມດ້ວຍການຍ່ອຍ ແລະ ການເຊື່ອມຄືນໃນລັກສະນະທີ່ພຽງແຕ່ຊິ້ນສ່ວນທີ່ເຊື່ອມຕໍ່ກັນແບບໂຄວາເລນເທົ່ານັ້ນທີ່ຈະສ້າງຜະລິດຕະພັນການເຊື່ອມ. ໂດຍການຈັດລຳດັບຜະລິດຕະພັນການເຊື່ອມເຫຼົ່ານີ້, ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະສຶກສາການຈັດລະບຽບ 3 ມິຕິຂອງຈີໂນມ. Hi-C ຊ່ວຍໃຫ້ການສຶກສາການແຈກຢາຍຂອງສ່ວນຕ່າງໆຂອງຈີໂນມທີ່ບັນຈຸເບົາບາງ (ຊ່ອງ A, euchromatin) ແລະມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມີການເຄື່ອນໄຫວໃນການຖອດລະຫັດ, ແລະພາກພື້ນທີ່ບັນຈຸແໜ້ນໜາກວ່າ (ຊ່ອງ B, Heterochromatin). Hi-C ຍັງສາມາດໃຊ້ເພື່ອຊີ້ບອກໂດເມນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບໂທໂພໂລຢີ (TADs), ພາກພື້ນຂອງຈີໂນມທີ່ມີໂຄງສ້າງພັບ ແລະ ມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມີຮູບແບບການສະແດງອອກທີ່ຄ້າຍຄືກັນ, ແລະ ເພື່ອລະບຸວົງໂຄຣມາຕິນ, ພາກພື້ນ DNA ທີ່ຍຶດຕິດກັນໂດຍໂປຣຕີນ ແລະ ມັກຈະອຸດົມໄປດ້ວຍອົງປະກອບຄວບຄຸມ. ການບໍລິການຈັດລຳດັບ Hi-C ຂອງ BMKGene ຊ່ວຍໃຫ້ນັກຄົ້ນຄວ້າສາມາດຄົ້ນຫາມິຕິທາງພື້ນທີ່ຂອງຈີໂນມິກ, ເປີດຊ່ອງທາງໃໝ່ໃຫ້ເຂົ້າໃຈການຄວບຄຸມຈີໂນມ ແລະ ຜົນສະທ້ອນຂອງມັນຕໍ່ສຸຂະພາບ ແລະ ພະຍາດຕ່າງໆ.
-
ວິທີແກ້ໄຂ mRNA ເຕັມຄວາມຍາວ PacBio 2+3
ໃນຂະນະທີ່ການຈັດລຳດັບ mRNA ທີ່ອີງໃສ່ NGS ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ມີຄວາມຫຼາກຫຼາຍສຳລັບການວັດປະລິມານການສະແດງອອກຂອງ gene, ການອີງໃສ່ການອ່ານໄລຍະສັ້ນໆຈະຈຳກັດປະສິດທິພາບຂອງມັນໃນການວິເຄາະ transcriptomic ທີ່ສັບສົນ. ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, ການຈັດລຳດັບ PacBio (Iso-Seq) ໃຊ້ເທັກໂນໂລຢີການອ່ານໄລຍະຍາວ, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ສາມາດຈັດລຳດັບຂອງ transcripts mRNA ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ. ວິທີການນີ້ອຳນວຍຄວາມສະດວກໃຫ້ແກ່ການສຳຫຼວດທີ່ສົມບູນແບບຂອງການຕໍ່ເຊື່ອມທາງເລືອກ, ການລວມ gene, ແລະ poly-adenylation, ເຖິງແມ່ນວ່າມັນບໍ່ແມ່ນທາງເລືອກຫຼັກສຳລັບການວັດປະລິມານການສະແດງອອກຂອງ gene. ການປະສົມປະສານ 2+3 ເຊື່ອມຕໍ່ຊ່ອງຫວ່າງລະຫວ່າງ Illumina ແລະ PacBio ໂດຍການອີງໃສ່ການອ່ານ PacBio HiFi ເພື່ອລະບຸຊຸດທີ່ສົມບູນຂອງ isoforms transcript ແລະ sequencing NGS ເພື່ອວັດປະລິມານ isoforms ທີ່ຄືກັນ.
ເວທີ: PacBio Revio ແລະ Illumina NovaSeq
-
ການວິເຄາະຄວາມກ່ຽວຂ້ອງທົ່ວຈີໂນມ
ຈຸດປະສົງຂອງການສຶກສາຄວາມສຳພັນທົ່ວຈີໂນມ (GWAS) ແມ່ນເພື່ອກຳນົດຕົວແປທາງພັນທຸກໍາ (ຈີໂນໄທບ໌) ທີ່ເຊື່ອມໂຍງກັບລັກສະນະສະເພາະ (ຟີໂນໄທບ໌). ໂດຍການກວດສອບເຄື່ອງໝາຍທາງພັນທຸກໍາໃນທົ່ວຈີໂນມທັງໝົດໃນບຸກຄົນຈໍານວນຫຼວງຫຼາຍ, GWAS ສາມາດຄາດຄະເນຄວາມສຳພັນລະຫວ່າງຈີໂນໄທບ໌ ແລະ ຟີໂນໄທບ໌ ຜ່ານການວິເຄາະທາງສະຖິຕິລະດັບປະຊາກອນ. ວິທີການນີ້ພົບເຫັນການນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການຄົ້ນຄວ້າພະຍາດຂອງມະນຸດ ແລະ ການສຳຫຼວດພັນທຸກໍາທີ່ເຮັດວຽກທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບລັກສະນະທີ່ສັບສົນໃນສັດ ຫຼື ພືດ.
ທີ່ BMKGENE, ພວກເຮົາສະເໜີສອງຊ່ອງທາງໃນການດຳເນີນການ GWAS ໃນປະຊາກອນຈຳນວນຫຼວງຫຼາຍຄື: ການນຳໃຊ້ Whole-Genome Sequencing (WGS) ຫຼື ການເລືອກວິທີການ reduced representation sequencing genome, Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) ທີ່ພັດທະນາພາຍໃນ. ໃນຂະນະທີ່ WGS ເໝາະສົມກັບ genome ຂະໜາດນ້ອຍກວ່າ, SLAF ກາຍເປັນທາງເລືອກທີ່ມີປະສິດທິພາບດ້ານຄ່າໃຊ້ຈ່າຍສຳລັບການສຶກສາປະຊາກອນຂະໜາດໃຫຍ່ທີ່ມີ genome ຍາວກວ່າ, ຫຼຸດຜ່ອນຄ່າໃຊ້ຈ່າຍໃນການຈັດລຳດັບຢ່າງມີປະສິດທິພາບ, ໃນຂະນະທີ່ຮັບປະກັນປະສິດທິພາບການຄົ້ນພົບເຄື່ອງໝາຍທາງພັນທຸກຳສູງ.
-
ການຈັດລຳດັບ RNA ນິວເຄຼຍດຽວ
ການພັດທະນາເຕັກນິກການຈັບພາບຈຸລັງດ່ຽວ ແລະ ການສ້າງຫ້ອງສະໝຸດແບບກຳນົດເອງ, ບວກກັບການຈັດລຳດັບຜົນຜະລິດສູງ, ໄດ້ປະຕິວັດການສຶກສາການສະແດງອອກຂອງ gene ໃນລະດັບຈຸລັງ. ຄວາມກ້າວໜ້ານີ້ຊ່ວຍໃຫ້ມີການວິເຄາະທີ່ເລິກເຊິ່ງ ແລະ ຄົບຖ້ວນກວ່າຂອງປະຊາກອນຈຸລັງທີ່ສັບສົນ, ເອົາຊະນະຂໍ້ຈຳກັດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບການສະເລ່ຍການສະແດງອອກຂອງ gene ໃນທຸກໆຈຸລັງ ແລະ ຮັກສາຄວາມແຕກຕ່າງທີ່ແທ້ຈິງພາຍໃນປະຊາກອນເຫຼົ່ານີ້. ໃນຂະນະທີ່ການຈັດລຳດັບ RNA ຈຸລັງດ່ຽວ (scRNA-seq) ມີຂໍ້ໄດ້ປຽບທີ່ບໍ່ສາມາດປະຕິເສດໄດ້, ມັນພົບກັບສິ່ງທ້າທາຍໃນບາງເນື້ອເຍື່ອທີ່ການສ້າງການລະງັບຈຸລັງດ່ຽວພິສູດໄດ້ວ່າມີຄວາມຫຍຸ້ງຍາກ ແລະ ຕ້ອງການຕົວຢ່າງສົດ. ທີ່ BMKGene, ພວກເຮົາແກ້ໄຂອຸປະສັກນີ້ໂດຍການສະເໜີການຈັດລຳດັບ RNA ນິວເຄຼຍດ່ຽວ (snRNA-seq) ໂດຍໃຊ້ເຕັກໂນໂລຊີ 10X Genomics Chromium ທີ່ທັນສະໄໝ. ວິທີການນີ້ຂະຫຍາຍຂອບເຂດຂອງຕົວຢ່າງທີ່ຮອງຮັບການວິເຄາະ transcriptome ໃນລະດັບຈຸລັງດ່ຽວ.
ການແຍກນິວເຄຼຍສ໌ແມ່ນສຳເລັດຜ່ານຊິບ 10X Genomics Chromium ທີ່ມີນະວັດຕະກໍາ, ເຊິ່ງມີລະບົບ microfluidics ແປດຊ່ອງທາງທີ່ມີການເຊື່ອມຕໍ່ສອງເທົ່າ. ພາຍໃນລະບົບນີ້, ລູກປັດເຈວທີ່ປະກອບມີບາໂຄດ, ໄພຣເມີ, ເອນໄຊມ໌, ແລະ ນິວເຄຼຍສ໌ດຽວຖືກຫຸ້ມຫໍ່ຢູ່ໃນຢອດນໍ້າມັນຂະໜາດນາໂນລິດ, ປະກອບເປັນລູກປັດເຈວໃນອີມັນຊັນ (GEM). ຫຼັງຈາກການສ້າງ GEM, ການແຍກເຊວ ແລະ ການປ່ອຍບາໂຄດຈະເກີດຂຶ້ນພາຍໃນແຕ່ລະ GEM. ຕໍ່ມາ, ໂມເລກຸນ mRNA ຜ່ານການຖອດລະຫັດແບບປີ້ນກັບກັນເຂົ້າໄປໃນ cDNA, ເຊິ່ງປະກອບມີບາໂຄດ 10X ແລະ ຕົວລະບຸໂມເລກຸນທີ່ເປັນເອກະລັກ (UMIs). ຫຼັງຈາກນັ້ນ, cDNA ເຫຼົ່ານີ້ຈະຖືກນຳໄປໃຊ້ກັບການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະໝຸດລຳດັບມາດຕະຖານ, ເຊິ່ງອຳນວຍຄວາມສະດວກໃຫ້ແກ່ການສຳຫຼວດຮູບແບບການສະແດງອອກຂອງ gene ໃນລະດັບເຊວດຽວຢ່າງແຂງແຮງ ແລະ ຄົບຖ້ວນ.
ແພລດຟອມ: ແພລດຟອມ 10× Genomics Chromium ແລະ Illumina NovaSeq
-
ການຈັດລຳດັບຈີໂນມທັງໝົດຂອງພືດ/ສັດ
ການຈັດລຳດັບຈີໂນມທັງໝົດ (WGS) ແມ່ນເຕັກນິກທີ່ໃຊ້ເພື່ອກຳນົດລຳດັບ DNA ທັງໝົດຂອງຈີໂນມຂອງສິ່ງມີຊີວິດໃນເວລາດຽວກັນ.
ໂດຍປົກກະຕິແລ້ວ, ການບໍລິການແບ່ງອອກເປັນສອງກຸ່ມທີ່ແຕກຕ່າງກັນໂດຍອີງຕາມການມີຢູ່ຂອງຈີໂນມອ້າງອີງ:
- ເດີໂນໂວການຈັດລຳດັບຈີໂນມທັງໝົດ.ໃນສະຖານະການນີ້, ຈີໂນມທີ່ຈະຖືກຈັດລຳດັບບໍ່ມີຈີໂນມອ້າງອີງ, ແລະດ້ວຍເຫດຜົນນັ້ນ, ຈຸດປະສົງຂອງການຈັດລຳດັບນີ້ແມ່ນເພື່ອສ້າງມັນ (ຫຼືເພື່ອປັບປຸງອັນທີ່ມີຢູ່ແລ້ວ). ເຕັກນິກນີ້ຈຳເປັນຕ້ອງໃຊ້ທັງຂໍ້ມູນ Illumina ແລະ ລຳດັບການອ່ານຍາວເພື່ອເສີມຂະຫຍາຍການປະກອບຈີໂນມໂດຍການສ້າງການຊ້ອນກັນລະຫວ່າງການອ່ານ.
- ການຈັດລຳດັບຄືນໃໝ່.ມັນໝາຍເຖິງການຈັດລຳດັບຈີໂນມທັງໝົດຂອງບຸກຄົນທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງຊະນິດພັນທີ່ມີຈີໂນມອ້າງອີງທີ່ຮູ້ຈັກ. ໂດຍອີງໃສ່ພື້ນຖານນີ້, ຄວາມແຕກຕ່າງຂອງຈີໂນມຂອງບຸກຄົນ ຫຼື ປະຊາກອນສາມາດຖືກລະບຸຕື່ມອີກ.
-
ການຈັດລຳດັບ mRNA ເຕັມຄວາມຍາວ - ນາໂນພອຣ໌
ໃນຂະນະທີ່ການຈັດລຳດັບ mRNA ທີ່ອີງໃສ່ NGS ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ມີຄວາມຫຼາກຫຼາຍສຳລັບການວັດປະລິມານການສະແດງອອກຂອງ gene, ການອີງໃສ່ການອ່ານໄລຍະສັ້ນໆຈະຈຳກັດປະສິດທິພາບຂອງມັນໃນການວິເຄາະ transcriptomic ທີ່ສັບສົນ. ໃນທາງກົງກັນຂ້າມ, ການຈັດລຳດັບ nanopore ໃຊ້ເທັກໂນໂລຢີການອ່ານໄລຍະຍາວ, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ສາມາດຈັດລຳດັບຂອງ transcripts mRNA ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ. ວິທີການນີ້ອຳນວຍຄວາມສະດວກໃຫ້ແກ່ການສຳຫຼວດທີ່ສົມບູນແບບກ່ຽວກັບການຕໍ່ເຊື່ອມທາງເລືອກ, ການລວມ gene, poly-adenylation, ແລະ ການວັດແທກປະລິມານຂອງ mRNA isoforms.
ການຈັດລຳດັບ Nanopore, ວິທີການທີ່ອີງໃສ່ສັນຍານໄຟຟ້າແບບເວລາຈິງຂອງໂມເລກຸນ nanopore ດຽວ, ໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບໃນເວລາຈິງ. ໂດຍການນຳພາໂດຍໂປຣຕີນມໍເຕີ, DNA ສາຍຄູ່ຈະຜູກມັດກັບໂປຣຕີນ nanopore ທີ່ຝັງຢູ່ໃນ biofilm, ຄາຍອອກເມື່ອມັນຜ່ານຊ່ອງທາງ nanopore ພາຍໃຕ້ຄວາມແຕກຕ່າງຂອງແຮງດັນ. ສັນຍານໄຟຟ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍຖານທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນສາຍ DNA ແມ່ນຖືກກວດພົບ ແລະ ຈັດປະເພດໃນເວລາຈິງ, ອຳນວຍຄວາມສະດວກໃຫ້ແກ່ການຈັດລຳດັບ nucleotide ທີ່ຖືກຕ້ອງ ແລະ ຕໍ່ເນື່ອງ. ວິທີການທີ່ມີນະວັດຕະກຳນີ້ເອົາຊະນະຂໍ້ຈຳກັດທີ່ອ່ານໄດ້ໄວ ແລະ ສະໜອງເວທີທີ່ມີການເຄື່ອນໄຫວສຳລັບການວິເຄາະ genomic ທີ່ສັບສົນ, ລວມທັງການສຶກສາ transcriptomic ທີ່ສັບສົນ, ດ້ວຍຜົນໄດ້ຮັບທັນທີ.
ແພລດຟອມ: Nanopore PromethION 48
