-
ການວິເຄາະສະມາຄົມທົ່ວ Genome
ການສຶກສາສະມາຄົມທົ່ວພັນທຸກໍາ (GWAS) ມີຈຸດປະສົງເພື່ອກໍານົດຕົວແປທາງພັນທຸກໍາ (genotype) ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບລັກສະນະສະເພາະ (phenotype).ການສຶກສາ GWAS ສືບສວນເຄື່ອງຫມາຍພັນທຸກໍາຂ້າມ genome ທັງຫມົດຂອງບຸກຄົນຈໍານວນຫຼາຍແລະຄາດຄະເນສະມາຄົມ genotype-phenotype ໂດຍການວິເຄາະສະຖິຕິໃນລະດັບປະຊາກອນ.ມັນໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການຄົ້ນຄວ້າກ່ຽວກັບພະຍາດຂອງມະນຸດແລະການຂຸດຄົ້ນ gene ທີ່ເປັນປະໂຫຍດກ່ຽວກັບລັກສະນະສະລັບສັບຊ້ອນຂອງສັດຫຼືພືດ.
-
ການຈັດລໍາດັບ RNA ແກນດຽວ
ຄວາມກ້າວຫນ້າຂອງການຈັບເຊນດຽວແລະເຕັກນິກການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດສ່ວນບຸກຄົນປະສົມປະສານກັບລໍາດັບທີ່ສົ່ງຜ່ານສູງຊ່ວຍໃຫ້ການສຶກສາການສະແດງອອກຂອງ gene ບົນພື້ນຖານຂອງເຊນຕໍ່ເຊນ.ມັນຊ່ວຍໃຫ້ການວິເຄາະລະບົບທີ່ເລິກເຊິ່ງແລະຄົບຖ້ວນກ່ຽວກັບປະຊາກອນຈຸລັງທີ່ສັບສົນ, ເຊິ່ງສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນຫຼີກເວັ້ນການຫນ້າກາກຂອງ heterogeneity ຂອງພວກມັນໂດຍການເອົາຄ່າສະເລ່ຍຂອງຈຸລັງທັງຫມົດ.
ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ບາງຈຸລັງບໍ່ເຫມາະສົມທີ່ຈະສ້າງເປັນ suspension ຈຸລັງດຽວ, ສະນັ້ນວິທີການກະກຽມຕົວຢ່າງອື່ນໆ - ການສະກັດເອົານິວເຄລຍຈາກເນື້ອເຍື່ອ, ນັ້ນແມ່ນ, ນິວເຄລຍໄດ້ຖືກສະກັດໂດຍກົງຈາກເນື້ອເຍື່ອຫຼືຈຸລັງແລະກະກຽມເຂົ້າໄປໃນ suspension ນິວເຄລຍດຽວສໍາລັບການດຽວ. ການຈັດລໍາດັບຈຸລັງ.
BMK ໃຫ້ບໍລິການຈັດລຽງລຳດັບ RNA ເຊລດຽວຕາມ 10× Genomics ChromiumTM.ການບໍລິການນີ້ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການສຶກສາກ່ຽວກັບການສຶກສາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພະຍາດ, ເຊັ່ນ: ຄວາມແຕກຕ່າງຂອງຈຸລັງພູມຕ້ານທານ, ການສ້າງເນື້ອງອກ, ການພັດທະນາເນື້ອເຍື່ອ, ແລະອື່ນໆ.
ຊິບຖອດຂໍ້ຄວາມຂະໜາດກວ້າງໃຫຍ່: 10× Genomics
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform
-
ການຈັດລໍາດັບພັນທຸກໍາຂອງພືດ/ສັດທັງໝົດ
ການຈັດລໍາດັບ genome ທັງຫມົດ, ເຊິ່ງເອີ້ນກັນວ່າ WGS, ຊ່ວຍໃຫ້ການເປີດເຜີຍການກາຍພັນທີ່ພົບເລື້ອຍແລະຫາຍາກໃນ genome ທັງຫມົດລວມທັງ Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure variation (SV), ແລະ Copy Number Variation (CNV) ).SVs ປະກອບເປັນສ່ວນໃຫຍ່ຂອງພື້ນຖານການປ່ຽນແປງຫຼາຍກ່ວາ SNPs ແລະມີຜົນກະທົບຫຼາຍຕໍ່ genome, ເຊິ່ງມີຜົນກະທົບຢ່າງຫຼວງຫຼາຍຕໍ່ສິ່ງມີຊີວິດ.ການອ່ານຕໍ່ເນື່ອງແບບຍາວອະນຸຍາດໃຫ້ມີການກໍານົດທີ່ຊັດເຈນກວ່າຂອງຊິ້ນສ່ວນໃຫຍ່ແລະການປ່ຽນແປງທີ່ສັບສົນເພາະວ່າການອ່ານຍາວເຮັດໃຫ້ມັນງ່າຍຂຶ້ນຫຼາຍທີ່ຈະຂ້າມໂຄໂມໂຊມຜ່ານພາກພື້ນທີ່ສັບສົນເຊັ່ນ: ການຊໍ້າຄືນຂອງ tandem, ພາກພື້ນທີ່ອຸດົມສົມບູນ GC / AT, ແລະພາກພື້ນ hyper-variable.
ເວທີ: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
ການຈັດຕັ້ງທາງກວ້າງຂອງຈຸລັງມີບົດບາດສໍາຄັນໃນຂະບວນການທາງຊີວະພາບຕ່າງໆ, ເຊັ່ນ: ການຊຶມເຊື້ອຂອງພູມຕ້ານທານ, ການພັດທະນາຂອງ embryo, ແລະອື່ນໆ. ການຈັດລໍາດັບ transcriptome, ເຊິ່ງຊີ້ໃຫ້ເຫັນເຖິງການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອພັນໃນຂະນະທີ່ເກັບຮັກສາຂໍ້ມູນຂອງຕໍາແຫນ່ງທາງກວ້າງຂອງພື້ນ, ໄດ້ໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈອັນໃຫຍ່ຫຼວງກ່ຽວກັບສະຖາປັດຕະຍະກໍາຂອງຈຸລັງລະດັບ transcriptome.ດ້ວຍການພັດທະນາຂອງເທກໂນໂລຍີ, ໂຄງສ້າງເນື້ອເຍື່ອທີ່ຊັດເຈນທີ່ສຸດແລະຄວາມແຕກຕ່າງຂອງໂຄງສ້າງທີ່ແທ້ຈິງຂອງການສະແດງອອກຂອງໂມເລກຸນທາງກວ້າງຕ້ອງໄດ້ຮັບການສຶກສາທີ່ມີຄວາມລະອຽດສູງກວ່າ.BMKGENE ໃຫ້ບໍລິການຈັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທາງກວ້າງຂອງພື້ນທີ່ແບບຄົບວົງຈອນ, ຈາກຕົວຢ່າງໄປຫາຄວາມເຂົ້າໃຈທາງຊີວະພາບ.
ເທກໂນໂລຍີ transcriptomics ພື້ນທີ່ສ້າງຄວາມເຂັ້ມແຂງໃຫ້ທັດສະນະນະວະນິຍາຍໃນເວທີການຄົ້ນຄວ້າທີ່ຫຼາກຫຼາຍໂດຍການແກ້ໄຂບັນຫາການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອສາຍທີ່ມີເນື້ອຫາທາງກວ້າງຂອງພື້ນທີ່ໃນຕົວຢ່າງທີ່ຫຼາກຫຼາຍ.
ຊິບຖອດຂໍ້ຄວາມຈາກພື້ນທີ່: BMKMANU S1000
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression ແມ່ນເທັກໂນໂລຍີການຈັດລຳດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທາງກວ້າງຂອງພື້ນສຳລັບການຈັດປະເພດເນື້ອເຍື່ອໂດຍອີງໃສ່ mRNA ທັງໝົດ.ວາງແຜນການຖອດຂໍ້ຄວາມທັງໝົດດ້ວຍສະພາບການທາງດ້ານສະລີລະວິທະຍາເພື່ອຄົ້ນພົບຄວາມເຂົ້າໃຈໃໝ່ກ່ຽວກັບການພັດທະນາປົກກະຕິ, ພະຍາດພະຍາດ, ແລະການຄົ້ນຄວ້າການແປທາງຄລີນິກ.BMKGENE ໃຫ້ບໍລິການຈັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມທາງກວ້າງຂອງພື້ນທີ່ແບບຄົບວົງຈອນ, ຈາກຕົວຢ່າງໄປຫາຄວາມເຂົ້າໃຈທາງຊີວະພາບ.
ເທກໂນໂລຍີ transcriptomics ພື້ນທີ່ສ້າງຄວາມເຂັ້ມແຂງໃຫ້ທັດສະນະນະວະນິຍາຍໃນເວທີການຄົ້ນຄວ້າທີ່ຫຼາກຫຼາຍໂດຍການແກ້ໄຂໂປຣໄຟລ໌ການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອສາຍທີ່ມີເນື້ອຫາທາງກວ້າງຂອງພື້ນໃນຕົວຢ່າງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ..
ຊິບຖອດຂໍ້ຄວາມຂະໜາດກວ້າງ: 10x Genomics Visium
ເວທີ:ເວທີ Illumina NovaSeq
-
ຄວາມຍາວເຕັມ mRNA Sequencing-Nanopore
ການຈັດລໍາດັບ RNA ໄດ້ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ມີຄຸນຄ່າສໍາລັບການວິເຄາະການຖອດຂໍ້ຄວາມທີ່ສົມບູນແບບ.ບໍ່ຕ້ອງສົງໃສ, ການຈັດລໍາດັບການອ່ານສັ້ນແບບດັ້ງເດີມໄດ້ບັນລຸການພັດທະນາທີ່ສໍາຄັນຈໍານວນຫລາຍຢູ່ທີ່ນີ້.ຢ່າງໃດກໍ່ຕາມ, ມັນມັກຈະພົບກັບຂໍ້ຈໍາກັດໃນການກໍານົດ isoform ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ, ປະລິມານ, ຄວາມລໍາອຽງ PCR.
ລໍາດັບ Nanopore ແຍກຕົວຂອງມັນເອງຈາກເວທີການຈັດລໍາດັບອື່ນໆ, ໃນນັ້ນ nucleotides ໄດ້ຖືກອ່ານໂດຍກົງໂດຍບໍ່ມີການສັງເຄາະ DNA ແລະສ້າງການອ່ານຍາວຫຼາຍສິບກິໂລຖານ.ນີ້ເຮັດໃຫ້ການອ່ານອອກໂດຍກົງຜ່ານບົດບັນທຶກທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມແລະຮັບມືກັບສິ່ງທ້າທາຍໃນການສຶກສາລະດັບ isoform.
ເວທີ:Nanopore PromethION
ຫ້ອງສະໝຸດ:cDNA-PCR
-
ການຈັດລຳດັບ mRNA ເຕັມຄວາມຍາວ -PacBio
ເດໂນໂວລຳດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມເຕັມຄວາມຍາວ, ເອີ້ນກັນວ່າເດໂນໂວIso-Seq ໃຊ້ຄວາມໄດ້ປຽບຂອງລໍາດັບ PacBio ໃນຄວາມຍາວການອ່ານ, ເຊິ່ງເຮັດໃຫ້ການຈັດລໍາດັບຂອງໂມເລກຸນ cDNA ທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມໂດຍບໍ່ມີການແຕກຫັກໃດໆ.ນີ້ຫລີກລ້ຽງຄວາມຜິດພາດທີ່ເກີດຂື້ນໃນຂັ້ນຕອນການປະກອບການຖອດຂໍ້ຄວາມແລະສ້າງຊຸດ unigene ທີ່ມີຄວາມລະອຽດລະດັບ isoform.ຊຸດ unigene ນີ້ສະຫນອງຂໍ້ມູນພັນທຸກໍາທີ່ມີປະສິດທິພາບເປັນ "genome ອ້າງອີງ" ໃນລະດັບ transcriptome.ນອກຈາກນັ້ນ, ການສົມທົບກັບຂໍ້ມູນລໍາດັບການຜະລິດຕໍ່ໄປ, ການບໍລິການນີ້ເຮັດໃຫ້ການກໍານົດປະລິມານທີ່ຖືກຕ້ອງຂອງການສະແດງອອກໃນລະດັບ isoform.
ເວທີ: PacBio Sequel IIຫໍສະໝຸດ: SMRT bell Library -
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
ການຈັດລໍາດັບ mRNA ຊ່ວຍໃຫ້ການສ້າງໂປຣໄຟລ໌ຂອງ mRNA ທັງໝົດທີ່ຖອດຂໍ້ຄວາມຈາກເຊລພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂສະເພາະ.ມັນເປັນເທກໂນໂລຍີທີ່ມີປະສິດທິພາບສໍາລັບການເປີດເຜີຍຂໍ້ມູນການສະແດງອອກຂອງ gene, ໂຄງສ້າງຂອງ gene ແລະກົນໄກໂມເລກຸນຂອງຂະບວນການທາງຊີວະພາບບາງຢ່າງ.ມາຮອດປະຈຸ, ການຈັດລໍາດັບ mRNA ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນການຄົ້ນຄວ້າພື້ນຖານ, ການວິນິດໄສທາງດ້ານການຊ່ວຍ, ການພັດທະນາຢາ, ແລະອື່ນໆ.
ເວທີ: Illumina NovaSeq Platform
-
mRNA Sequencing-Illumina ອີງໃສ່ການບໍ່ອ້າງອີງ
ການຈັດລຽງລຳດັບ mRNA ນຳໃຊ້ເຕັກນິກການຈັດລຳດັບລຸ້ນຕໍ່ໄປ (NGS) ເພື່ອຈັບຕົວສົ່ງສານ RNA (mRNA) ໃນຮູບແບບ Eukaryote ໃນຊ່ວງເວລາສະເພາະທີ່ບາງໜ້າທີ່ພິເສດກຳລັງເປີດໃຊ້ງານ.spliced transcript ທີ່ຍາວທີ່ສຸດໄດ້ຖືກເອີ້ນວ່າ 'Unigene' ແລະຖືກນໍາໃຊ້ເປັນລໍາດັບການອ້າງອິງສໍາລັບການວິເຄາະຕໍ່ໄປ, ຊຶ່ງເປັນວິທີການປະສິດທິພາບໃນການສຶກສາກົນໄກໂມເລກຸນແລະເຄືອຂ່າຍລະບຽບການຂອງຊະນິດໂດຍບໍ່ມີການອ້າງອີງ.
ຫຼັງຈາກການປະກອບຂໍ້ມູນ transcriptome ແລະຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດ unigene
(1) ການວິເຄາະ SSR, ການຄາດຄະເນ CDS ແລະໂຄງສ້າງ gene ຈະໄດ້ຮັບການ preformed.
(2) ປະລິມານການສະແດງອອກຂອງ unigene ໃນແຕ່ລະຕົວຢ່າງຈະຖືກປະຕິບັດ.
(3) unigenes ທີ່ສະແດງຄວາມແຕກຕ່າງລະຫວ່າງຕົວຢ່າງ (ຫຼືກຸ່ມ) ຈະຖືກຄົ້ນພົບໂດຍອີງໃສ່ການສະແດງອອກຂອງ unigene
(4) ການຈັດກຸ່ມ, ຄໍາບັນຍາຍທີ່ເປັນປະໂຫຍດແລະການວິເຄາະການເສີມຂະຫຍາຍຕົວຂອງ unigenes ສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນຈະໄດ້ຮັບການປະຕິບັດ.
-
ລຳດັບການບໍ່ເຂົ້າລະຫັດຍາວ-Illumina
RNAs ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດຍາວ (lncRNAs) ແມ່ນປະເພດຂອງໂມເລກຸນ RNA ທີ່ມີຄວາມຍາວເກີນ 200 nt, ເຊິ່ງມີລັກສະນະທີ່ມີທ່າແຮງການເຂົ້າລະຫັດຕໍ່າທີ່ສຸດ.LncRNA, ເປັນສະມາຊິກທີ່ສໍາຄັນໃນ RNAs ທີ່ບໍ່ແມ່ນລະຫັດ, ສ່ວນໃຫຍ່ແມ່ນພົບເຫັນຢູ່ໃນແກນແລະ plasma.ການພັດທະນາໃນເຕັກໂນໂລຊີລໍາດັບແລະ bioinformtics ຊ່ວຍໃຫ້ການກໍານົດຂອງ lncRNAs ນິຍາຍຈໍານວນຫລາຍແລະເຊື່ອມໂຍງຜູ້ທີ່ມີຫນ້າທີ່ທາງຊີວະພາບ.ຫຼັກຖານສະສົມຊີ້ໃຫ້ເຫັນວ່າ lncRNA ມີສ່ວນຮ່ວມຢ່າງກວ້າງຂວາງໃນກົດລະບຽບຂອງ epigenetic, ກົດລະບຽບການຖອດຂໍ້ຄວາມແລະກົດລະບຽບຫລັງການຖອດຂໍ້ຄວາມ.
-
ການຈັດລໍາດັບ RNA ຂະໜາດນ້ອຍ-Illumina
RNA ຂະໜາດນ້ອຍໝາຍເຖິງກຸ່ມຂອງໂມເລກຸນ RNA ທີ່ບໍ່ເຂົ້າລະຫັດ ເຊິ່ງປົກກະຕິແລ້ວມີຄວາມຍາວໜ້ອຍກວ່າ 200nt, ລວມທັງ micro RNA (miRNA), RNA ລົບກວນຂະໜາດນ້ອຍ (siRNA), ແລະ piwi-interacting RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) ແມ່ນຫ້ອງຮຽນຂອງ RNA ຂະຫນາດນ້ອຍ endogenous ທີ່ມີຄວາມຍາວປະມານ 20-24nt, ເຊິ່ງມີບົດບາດຫຼາຍດ້ານກົດລະບຽບທີ່ສໍາຄັນໃນຈຸລັງ.miRNA ມີສ່ວນຮ່ວມໃນຂະບວນການຊີວິດຈໍານວນຫຼາຍທີ່ເປີດເຜີຍເນື້ອເຍື່ອ - ສະເພາະແລະຂັ້ນຕອນ - ການສະແດງອອກສະເພາະແລະການອະນຸລັກສູງໃນຊະນິດຕ່າງໆ.
-
circRNA sequencing-Illumina
CircRNAs (Circular RNAs) ແມ່ນກຸ່ມໜຶ່ງຂອງໂມເລກຸນ RNA ທີ່ບໍ່ເຂົ້າລະຫັດທີ່ສັ້ນຂອງ 5′ ປາຍສຸດ ແລະ 3′ ປາຍ poly(A) tail.CircRNAs ປະຕິບັດໂຄງສ້າງເປັນວົງໂດຍພັນທະບັດ covalent ເຊິ່ງເປັນສະຖານະພາບຕໍ່ຕ້ານ RNA exonuclease ການຍ່ອຍອາຫານ.circRNA ມີບົດບາດສໍາຄັນໃນການເຕີບໂຕແລະການພັດທະນາຂອງສິ່ງມີຊີວິດແລະການຕໍ່ຕ້ານກັບສະພາບແວດລ້ອມພາຍນອກ.
CircRNA ມີຫຼາຍຫນ້າທີ່, ເຊິ່ງສາມາດແຂ່ງຂັນສາມາດຜູກມັດ miRNA, ປະຕິບັດຫນ້າທີ່ຄວບຄຸມຂອງ ceRNA, ເພື່ອຄວບຄຸມການສະແດງອອກຂອງ gene.ໃນຊຸມປີມໍ່ໆມານີ້, ມັນຍັງໄດ້ພົບເຫັນວ່າມັນມີຄວາມກ່ຽວຂ້ອງຢ່າງໃກ້ຊິດກັບການປະກົດຕົວແລະການພັດທະນາຂອງພະຍາດ, ແລະມີຄວາມສົດໃສດ້ານການນໍາໃຊ້ທີ່ດີໃນທິດທາງຂອງເຄື່ອງຫມາຍການບົ່ງມະຕິພະຍາດແລະອື່ນໆ.
