ການຫຼຸດຜ່ອນການເປັນຕົວແທນ Bisulfite Sequencing (RRBS)
ການຫຼຸດຜ່ອນການເປັນຕົວແທນ Bisulfite Sequencing (RRBS) ໄດ້ອອກມາເປັນທາງເລືອກທີ່ມີປະສິດທິພາບດ້ານຄ່າໃຊ້ຈ່າຍແລະປະສິດທິພາບຂອງ Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ໃນການຄົ້ນຄວ້າ DNA methylation. ໃນຂະນະທີ່ WGBS ສະຫນອງຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ສົມບູນແບບໂດຍການກວດສອບ genome ທັງຫມົດໃນການແກ້ໄຂພື້ນຖານດຽວ, ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍທີ່ສູງຂອງມັນສາມາດເປັນປັດໃຈຈໍາກັດ. RRBS ຍຸດທະສາດຫຼຸດຜ່ອນສິ່ງທ້າທາຍນີ້ໂດຍການເລືອກການວິເຄາະສ່ວນຕົວແທນຂອງ genome. ວິທີການນີ້ແມ່ນອີງໃສ່ການເສີມສ້າງຂອງພາກພື້ນທີ່ອຸດົມສົມບູນຂອງເກາະ CpG ໂດຍການແຕກແຍກຂອງ MspI ປະຕິບັດຕາມໂດຍການຄັດເລືອກຂະຫນາດຂອງ 200-500/600 bps fragments. ດັ່ງນັ້ນ, ພຽງແຕ່ເຂດໃກ້ຄຽງກັບເກາະ CpG ໄດ້ຖືກຈັດລໍາດັບ, ໃນຂະນະທີ່ເກາະ CpG ຫ່າງໄກແມ່ນໄດ້ຖືກຍົກເວັ້ນຈາກການວິເຄາະ. ຂະບວນການນີ້, ສົມທົບກັບການຈັດລໍາດັບ bisulfite, ອະນຸຍາດໃຫ້ມີຄວາມລະອຽດສູງໃນການກວດສອບ DNA methylation, ແລະວິທີການຈັດລໍາດັບ, PE150, ສຸມໃສ່ໂດຍສະເພາະໃນປາຍຂອງ inserts ແທນທີ່ຈະເປັນກາງ, ເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງ methylation profileing. RRBS ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ມີຄຸນຄ່າທີ່ຊ່ວຍໃຫ້ການຄົ້ນຄວ້າ DNA methylation ທີ່ມີຄ່າໃຊ້ຈ່າຍແລະກ້າວຫນ້າທາງດ້ານຄວາມຮູ້ກ່ຽວກັບກົນໄກການແຜ່ພັນ.
ຄຸນນະສົມບັດການບໍລິການ
● ຕ້ອງການ genome ອ້າງອີງ.
● Lambda DNA ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອຕິດຕາມກວດກາປະສິດທິພາບການແປງ bisulfite.
● ປະສິດທິພາບການຍ່ອຍອາຫານ MspI ຍັງຖືກຕິດຕາມ.
● ການຈັດລໍາດັບໃນ Illumina NovaSeq.
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
●ທາງເລືອກທີ່ມີປະສິດທິພາບດ້ານຄ່າໃຊ້ຈ່າຍແລະປະສິດທິພາບຂອງ WGBS: ເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ດ້ວຍຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຕ່ໍາແລະມີຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງຕ່ໍາ.
●ເວທີທີ່ສົມບູນ:ສະຫນອງການບໍລິການທີ່ດີເລີດຫນຶ່ງຈຸດຈາກການປຸງແຕ່ງຕົວຢ່າງ, ການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດ, ແລະການຈັດລໍາດັບກັບການວິເຄາະ bioinformatics.
●ຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ດ້ວຍໂຄງການຈັດລໍາດັບ RRBS ສໍາເລັດຢ່າງສໍາເລັດຜົນໃນທົ່ວແນວພັນທີ່ຫຼາກຫຼາຍຊະນິດ, BMKGENE ເອົາປະສົບການຫຼາຍກວ່າທົດສະວັດ, ທີມງານວິເຄາະທີ່ມີຄວາມຊໍານິຊໍານານສູງ, ເນື້ອໃນທີ່ສົມບູນແບບ, ແລະການສະຫນັບສະຫນູນຫລັງການຂາຍທີ່ດີເລີດ.
●ຄວາມເປັນໄປໄດ້ໃນການເຂົ້າຮ່ວມກັບການວິເຄາະ Transcriptomics: ອະນຸຍາດໃຫ້ສໍາລັບການວິເຄາະປະສົມປະສານຂອງ WGBS ກັບຂໍ້ມູນ omics ອື່ນໆເຊັ່ນ RNA-seq.
ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ
| ຫໍສະໝຸດ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
| MspI ຍ່ອຍແລະຫ້ອງສະຫມຸດທີ່ໄດ້ຮັບການປິ່ນປົວ Bisulfite | Illumina PE150 | 10Gb | Q30≥85% ການປ່ຽນ Bisulfite >99% ປະສິດທິພາບການຕັດ MspI > 95% |
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ
| ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ (ng/µL) | ຈຳນວນທັງໝົດ (µg) |
| |
| DNA ພັນທຸ ກຳ | ≥30 | ≥1 | ການເຊື່ອມໂຊມ ຫຼືການປົນເປື້ອນແບບຈຳກັດ |
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ລວມມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:
●ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບການຈັດລໍາດັບດິບ;
● ການສ້າງແຜນທີ່ເພື່ອອ້າງອີງເຖິງ genome;
● ການກວດຫາຖານ methylated 5mC ແລະການກໍານົດ motif;
● ການວິເຄາະການແຈກຢາຍ methylation ແລະການປຽບທຽບຕົວຢ່າງ;
● ການວິເຄາະພາກພື້ນທີ່ແຕກຕ່າງ Methylated (DMRs);
● ຄຳອະທິບາຍປະກອບທີ່ມີປະໂຫຍດຂອງພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ DMRs.
ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ: ປະສິດທິພາບການຍ່ອຍອາຫານ (ໃນແຜນທີ່ genome)
ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ: ການປ່ຽນ bisulfite (ໃນການສະກັດຂໍ້ມູນ methylation)
ແຜນທີ່ Methylation: 5mC ການແຜ່ກະຈາຍຂອງ genome methylation ກວ້າງ
ຕົວຢ່າງການປຽບທຽບ: ການວິເຄາະອົງປະກອບຫຼັກ
ການວິເຄາະພາກພື້ນ Methylated ທີ່ແຕກຕ່າງ (DMRs): ແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນ
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າຂອງການຄົ້ນຄວ້າທີ່ອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຈັດລຽງລຳດັບ genome bisulfite ທັງໝົດຂອງ BMKGene ໂດຍຜ່ານການເກັບກຳຂໍ້ມູນສິ່ງພິມຕ່າງໆ.
Li, Z. et al. (2022) 'ການປັບໂປຣແກມທີ່ມີຄວາມສັດຊື່ສູງເຂົ້າໄປໃນເຊລຄ້າຍຄື Leydig ໂດຍການກະຕຸ້ນ CRISPR ແລະປັດໃຈ paracrine',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'ການວິເຄາະ methylation DNA ຂອງ Genome-wide ຂອງອົງປະກອບຂອງຮ່າງກາຍໃນຄູ່ແຝດ monozygotic ຂອງຈີນ',ວາລະສານການສືບສວນທາງດ້ານຄລີນິກຂອງເອີຣົບ, 53(11), ໜ້າ. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA methylation ແລະອັດຕາສ່ວນແອວຫາສະໂພກ: ການສຶກສາສະມາຄົມທີ່ກວ້າງຂອງ epigenome ໃນຝາແຝດ monozygotic ຂອງຈີນ',ວາລະສານຂອງ Endocrinological Investigation, 45(12), ໜ້າ 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
