● ຄວາມລະອຽດ: 5 µM
● ເສັ້ນຜ່າສູນກາງຈຸດ: 2.5 µM
●ຈໍານວນຈຸດ: ປະມານ 2 ລ້ານ
● 3 ຮູບແບບພື້ນທີ່ການຈັບພາບທີ່ເປັນໄປໄດ້: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm ຫຼື 15 mm * 20 mm
● ແຕ່ລະລູກປັດທີ່ມີບາໂຄດຖືກບັນຈຸດ້ວຍ primers ປະກອບດ້ວຍ 4 ພາກ:
ຫາງ poly(dT) ສໍາລັບ mRNA priming ແລະການສັງເຄາະ cDNA
Unique Molecular Identifier (UMI) ເພື່ອແກ້ໄຂອະຄະຕິການຂະຫຍາຍ
ບາໂຄດທາງກວ້າງ
ລໍາດັບການຜູກມັດຂອງບາງສ່ວນທີ່ອ່ານ 1 primer ລໍາດັບ
● H&E ແລະ staining fluorescent ຂອງພາກສ່ວນ
● ຄວາມເປັນໄປໄດ້ໃນການນໍາໃຊ້ເທັກໂນໂລຍີການແບ່ງຈຸລັງ: ການລວມຕົວຂອງ H&E staining, fluorescent staining, ແລະ RNA sequencing ເພື່ອກໍານົດຂອບເຂດຂອງແຕ່ລະ cell ແລະກໍານົດການສະແດງອອກຂອງ gene ຢ່າງຖືກຕ້ອງກັບແຕ່ລະ cell.
●ຄວາມລະອຽດຍ່ອຍ: ພື້ນທີ່ຈັບແຕ່ລະມີ > 2 ລ້ານ spatial Barcoded Spots ທີ່ມີເສັ້ນຜ່າສູນກາງ 2.5 µm ແລະໄລຍະຫ່າງ 5 µm ລະຫວ່າງຈຸດສູນກາງ, ເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະ transcriptome ພື້ນທີ່ມີຄວາມລະອຽດຍ່ອຍ (5 µm).
●ການວິເຄາະຄວາມລະອຽດຫຼາຍລະດັບ:ການວິເຄາະຫຼາຍລະດັບທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຕັ້ງແຕ່ 100 μmຫາ 5 μmເພື່ອແກ້ໄຂລັກສະນະຕ່າງໆຂອງເນື້ອເຍື່ອທີ່ມີຄວາມຫລາກຫລາຍໃນການແກ້ໄຂທີ່ດີທີ່ສຸດ.
●ຄວາມເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະໃຊ້ເທັກໂນໂລຍີການແບ່ງຈຸລັງ “ສາມໃນໜຶ່ງສະໄລ້”:ການລວມເອົາການທາສີ fluorescence, H&E staining, ແລະການຈັດລໍາດັບ RNA ໃນສະໄລ້ດຽວ, ຂັ້ນຕອນການວິເຄາະ "ສາມໃນຫນຶ່ງ" ຂອງພວກເຮົາຊ່ວຍໃຫ້ການກໍານົດຂອບເຂດຂອງເຊນສໍາລັບ transscriptomics ທີ່ອີງໃສ່ຈຸລັງຕໍ່ໄປ.
●ເຂົ້າກັນໄດ້ກັບເວທີການຈັດລໍາດັບຫຼາຍ: ທັງ NGS ແລະລໍາດັບອ່ານຍາວທີ່ມີຢູ່.
●ການອອກແບບທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຂອງພື້ນທີ່ການຈັບພາບເຄື່ອນໄຫວ 1-8: ຂະຫນາດຂອງພື້ນທີ່ຈັບແມ່ນມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນ, ສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້ 3 ຮູບແບບ (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ແລະ 15 mm * 20 mm.
●ບໍລິການປະຕູດຽວ: ມັນລວມເອົາປະສົບການ ແລະ ຂັ້ນຕອນທີ່ອີງໃສ່ທັກສະທັງໝົດ, ລວມທັງການແຍກ cryo, staining, ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງເນື້ອເຍື່ອ, barcoding spatial, ການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດ, ລໍາດັບ, ແລະ bioinformatics.
●Bioinformatics ທີ່ສົມບູນແບບແລະການເບິ່ງເຫັນຜົນໄດ້ຮັບທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້:ຊຸດປະກອບມີ 29 ການວິເຄາະແລະ 100+ ຕົວເລກທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ, ສົມທົບກັບການນໍາໃຊ້ຊອບແວທີ່ພັດທະນາຢູ່ໃນເຮືອນເພື່ອສະແດງພາບແລະປັບແຕ່ງການແບ່ງເຊນແລະການຈັດກຸ່ມຈຸດ.
●ການວິເຄາະຂໍ້ມູນແບບປັບແຕ່ງແລະການເບິ່ງເຫັນ: ມີສໍາລັບການຮ້ອງຂໍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
●ທີມງານວິຊາການທີ່ມີຄວາມຊໍານິຊໍານານສູງ: ດ້ວຍປະສົບການຫຼາຍກວ່າ 250 ຊະນິດເນື້ອເຍື່ອ ແລະ 100+ ຊະນິດລວມທັງມະນຸດ, ຫນູ, ສັດລ້ຽງລູກດ້ວຍນົມ, ປາ ແລະພືດ.
●ການອັບເດດແບບສົດໆໃນໂຄງການທັງໝົດ: ມີການຄວບຄຸມອັນເຕັມທີ່ຂອງຄວາມຄືບຫນ້າຂອງການທົດລອງ.
●ການວິເຄາະຮ່ວມທາງເລືອກທີ່ມີການຈັດລໍາດັບ mRNA ເຊນດຽວ
ຕົວຢ່າງ ຄວາມຕ້ອງການ
| ຫໍສະໝຸດ |
ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ
| ຂໍ້ມູນແນະນໍາ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
OCT-embedded cryo ຕົວຢ່າງ, 3 ຕັນຕໍ່ຕົວຢ່າງ | S1000 cDNA ຫ້ອງສະຫມຸດ | Illumina PE150 (ແພລະຕະຟອມອື່ນໆທີ່ມີຢູ່) | 100K PE ອ່ານຕໍ່ 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
ສໍາລັບລາຍລະອຽດເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບການແນະນໍາການກະກຽມຕົວຢ່າງແລະຂະບວນການການບໍລິການ, ກະລຸນາສົນທະນາກັບ aຜູ້ຊ່ຽວຊານ BMKGENE
ໃນຂັ້ນຕອນການກະກຽມຕົວຢ່າງ, ການທົດລອງການສະກັດເອົາ RNA ຈໍານວນຫລາຍໃນເບື້ອງຕົ້ນແມ່ນດໍາເນີນເພື່ອຮັບປະກັນ RNA ທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງສາມາດໄດ້ຮັບ. ໃນຂັ້ນຕອນການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງເນື້ອເຍື່ອ, ພາກສ່ວນຕ່າງໆໄດ້ຖືກ stained ແລະເບິ່ງເຫັນແລະເງື່ອນໄຂ permeabilization ສໍາລັບການປ່ອຍ mRNA ອອກຈາກເນື້ອເຍື່ອແມ່ນ optimized. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ອະນຸສັນຍາທີ່ດີທີ່ສຸດແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດ, ປະຕິບັດຕາມລໍາດັບແລະການວິເຄາະຂໍ້ມູນ.
ຂະບວນການເຮັດວຽກຂອງການບໍລິການທີ່ສົມບູນປະກອບດ້ວຍການອັບເດດແບບສົດໆແລະການຢືນຢັນຂອງລູກຄ້າເພື່ອຮັກສາວົງການຄໍາຄຶດຄໍາເຫັນທີ່ຕອບສະຫນອງ, ຮັບປະກັນການປະຕິບັດໂຄງການທີ່ລຽບງ່າຍ.
ຂໍ້ມູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ BMKMANU S1000 ຖືກວິເຄາະໂດຍໃຊ້ຊອບແວ “BSTMatrix”, ເຊິ່ງຖືກອອກແບບຢ່າງເປັນອິດສະຫຼະໂດຍ BMKGENE, ສ້າງ Gene Expression Matrix. ຈາກນັ້ນ, ບົດລາຍງານມາດຕະຖານຖືກສ້າງຂື້ນເຊິ່ງປະກອບມີການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ, ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນແລະການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ.
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ:
ຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນແລະການແຈກຢາຍຄະແນນທີ່ມີຄຸນນະພາບ
ການກວດຫາພັນທຸກໍາຕໍ່ຈຸດ
ການປົກຫຸ້ມຂອງເນື້ອເຍື່ອ
● ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນ:
ຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງພັນທຸກໍາ
ການຈັດກຸ່ມຈຸດ, ລວມທັງການວິເຄາະມິຕິທີ່ຫຼຸດລົງ
ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນລະຫວ່າງກຸ່ມ: ການກໍານົດພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍ
ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດແລະການເສີມສ້າງພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍ
● ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ:
ການລວມເອົາຈຸດຈາກທັງສອງຕົວຢ່າງ (ຕົວຢ່າງ: ພະຍາດ ແລະການຄວບຄຸມ) ແລະເປັນກຸ່ມຄືນໃໝ່
ການກໍານົດພັນທຸກໍາສໍາລັບແຕ່ລະກຸ່ມ
ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດແລະການເສີມສ້າງພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍ
ການສະແດງອອກຄວາມແຕກຕ່າງຂອງກຸ່ມດຽວກັນລະຫວ່າງກຸ່ມ
ນອກຈາກນັ້ນ, BMKGENE ພັດທະນາ "BSTViewer" ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້ທີ່ຊ່ວຍໃຫ້ຜູ້ໃຊ້ສາມາດເບິ່ງເຫັນການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍແລະຈຸດທີ່ກຸ່ມຢູ່ໃນຄວາມລະອຽດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.
BMKGene ພັດທະນາຊອບແວສໍາລັບການເບິ່ງເຫັນທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້
BSTViewer ການຈັດກຸ່ມຈຸດທີ່ມີຄວາມລະອຽດຫຼາຍລະດັບ
BSTcellViewer: ການແຍກຕາລາງອັດຕະໂນມັດ ແລະຄູ່ມື
ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນ
ການຈັດກຸ່ມຈຸດ:
ການກໍານົດພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍແລະການແຜ່ກະຈາຍທາງພື້ນທີ່:
ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
ການປະສົມຂໍ້ມູນຈາກທັງສອງກຸ່ມແລະ re-cluster:
gene Marker ຂອງກຸ່ມໃຫມ່:
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຖອດຂໍ້ຄວາມຈາກພື້ນທີ່ຂອງ BMKGene ດ້ວຍເທັກໂນໂລຍີ BMKManu S1000 ໃນສິ່ງພິມທີ່ແນະນຳນີ້:
ເພງ, X. et al. (2023) 'ການຖ່າຍທອດທາງພື້ນທີ່ເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນຈຸລັງ chlorenchyma ທີ່ມີແສງສະຫວ່າງມີສ່ວນຮ່ວມໃນການສົ່ງເສີມການເກີດໃຫມ່ຂອງຫນໍ່ໃນ callus ຫມາກເລັ່ນ',ການດໍາເນີນຄະດີຂອງສະພາວິທະຍາສາດແຫ່ງຊາດຂອງສະຫະລັດອາເມລິກາ, 120(38), ໜ້າ. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
ທ່ານ, Y. et al. (2023) 'ການປຽບທຽບລະບົບຂອງວິທີການຖ່າຍທອດທາງກວ້າງຂອງພື້ນຕາມລຳດັບ',bioRxiv, ປ. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.