条形ປ້າຍໂຄສະນາ-03

ຜະລິດຕະພັນ

BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome

Transscriptomics ທາງດ້ານພື້ນທີ່ຢືນຢູ່ໃນແຖວຫນ້າຂອງການປະດິດສ້າງທາງວິທະຍາສາດ, ການສ້າງຄວາມເຂັ້ມແຂງໃຫ້ນັກຄົ້ນຄວ້າເພື່ອເຈາະເລິກເຂົ້າໄປໃນຮູບແບບການສະແດງອອກຂອງ gene intricate ພາຍໃນແພຈຸລັງໃນຂະນະທີ່ຮັກສາສະພາບການທາງພື້ນທີ່ຂອງເຂົາເຈົ້າ. ທ່າມກາງເວທີຕ່າງໆ, BMKGene ໄດ້ພັດທະນາ BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, ມີຄວາມພູມໃຈ.ປັບປຸງຄວາມລະອຽດຂອງ 5µM, ເຖິງຂອບເຂດ subcellular, ແລະການເປີດໃຊ້ງານການຕັ້ງຄ່າຄວາມລະອຽດຫຼາຍລະດັບ. ຊິບ S1000, ມີປະມານ 2 ລ້ານຈຸດ, ໃຊ້ microwells ຊັ້ນດ້ວຍລູກປັດທີ່ເຕັມໄປດ້ວຍເຄື່ອງກວດຈັບ barcoded ພື້ນທີ່. ຫ້ອງສະໝຸດ cDNA, ອຸດົມໄປດ້ວຍບາໂຄດທາງກວ້າງຂອງພື້ນ, ໄດ້ຖືກກະກຽມຈາກຊິບ S1000 ແລະຕໍ່ມາໄດ້ຖືກຈັດລຽງຕາມລຳດັບໃນເວທີ Illumina NovaSeq. ການປະສົມປະສານຂອງຕົວຢ່າງ barcoded spatially ແລະ UMIs ຮັບປະກັນຄວາມຖືກຕ້ອງແລະຄວາມສະເພາະຂອງຂໍ້ມູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນ. ຄຸນລັກສະນະທີ່ເປັນເອກະລັກຂອງຊິບ BMKManu S1000 ແມ່ນຢູ່ໃນຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຂອງມັນ, ສະເຫນີການຕັ້ງຄ່າຄວາມລະອຽດຫຼາຍລະດັບທີ່ສາມາດປັບລະອຽດກັບເນື້ອເຍື່ອແລະລະດັບຂອງລາຍລະອຽດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ. ຄວາມສາມາດໃນການປັບຕົວນີ້ຈັດວາງຊິບເປັນທາງເລືອກທີ່ໂດດເດັ່ນສໍາລັບການສຶກສາ transcriptomics spatial ຫຼາກຫຼາຍຊະນິດ, ຮັບປະກັນການກຸ່ມພື້ນທີ່ຊັດເຈນໂດຍມີສຽງລົບກວນຫນ້ອຍ.

ການນໍາໃຊ້ຊິບ BMKManu S1000 ແລະເທກໂນໂລຍີ transcriptomics spatial ອື່ນໆ, ນັກຄົ້ນຄວ້າສາມາດໄດ້ຮັບຄວາມເຂົ້າໃຈດີຂຶ້ນກ່ຽວກັບອົງການຈັດຕັ້ງທາງກວ້າງຂອງຈຸລັງແລະປະຕິສໍາພັນໂມເລກຸນທີ່ສັບສົນທີ່ເກີດຂຶ້ນພາຍໃນເນື້ອເຍື່ອ, ສະຫນອງຄວາມເຂົ້າໃຈທີ່ບໍ່ມີຄ່າໃນກົນໄກທີ່ຕິດພັນກັບຂະບວນການທາງຊີວະພາບໃນຂອບເຂດທີ່ກວ້າງຂວາງ, ລວມທັງ. oncology, neuroscience, ຊີວະວິທະຍາການພັດທະນາ, immunology ແລະການສຶກສາທາງພືດສາດ.

ເວທີ: ຊິບ BMKManu S1000 ແລະ Illumina NovaSeq


ລາຍລະອຽດການບໍລິການ

ຊີວະວິທະຍາ

ຜົນການສາທິດ

ສິ່ງພິມທີ່ໂດດເດັ່ນ

BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme

S1000.

ຄຸນສົມບັດ

 

● ຄວາມລະອຽດ: 5 µM

● ເສັ້ນຜ່າສູນກາງຈຸດ: 2.5 µM

●ຈໍານວນຈຸດ: ປະມານ 2 ລ້ານ

● 3 ຮູບແບບພື້ນທີ່ການຈັບພາບທີ່ເປັນໄປໄດ້: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm ຫຼື 15 mm * 20 mm

● ແຕ່ລະລູກປັດທີ່ມີບາໂຄດຖືກບັນຈຸດ້ວຍ primers ປະກອບດ້ວຍ 4 ພາກ:

ຫາງ poly(dT) ສໍາລັບ mRNA priming ແລະການສັງເຄາະ cDNA

Unique Molecular Identifier (UMI) ເພື່ອແກ້ໄຂອະຄະຕິການຂະຫຍາຍ

ບາໂຄດທາງກວ້າງ

ລໍາດັບການຜູກມັດຂອງບາງສ່ວນທີ່ອ່ານ 1 primer ລໍາດັບ

● H&E ແລະ staining fluorescent ຂອງພາກສ່ວນ

● ຄວາມເປັນໄປໄດ້ໃນການນໍາໃຊ້ເທັກໂນໂລຍີການແບ່ງຈຸລັງ: ການລວມຕົວຂອງ H&E staining, fluorescent staining, ແລະ RNA sequencing ເພື່ອກໍານົດຂອບເຂດຂອງແຕ່ລະ cell ແລະກໍານົດການສະແດງອອກຂອງ gene ຢ່າງຖືກຕ້ອງກັບແຕ່ລະ cell.

ຂໍ້ໄດ້ປຽບຂອງ BMKMANU S1000

ຄວາມລະອຽດຍ່ອຍ: ພື້ນທີ່ຈັບແຕ່ລະມີ > 2 ລ້ານ spatial Barcoded Spots ທີ່ມີເສັ້ນຜ່າສູນກາງ 2.5 µm ແລະໄລຍະຫ່າງ 5 µm ລະຫວ່າງຈຸດສູນກາງ, ເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະ transcriptome ພື້ນທີ່ມີຄວາມລະອຽດຍ່ອຍ (5 µm).

s1000 (1)

ການວິເຄາະຄວາມລະອຽດຫຼາຍລະດັບ:ການວິເຄາະຫຼາຍລະດັບທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຕັ້ງແຕ່ 100 μmຫາ 5 μmເພື່ອແກ້ໄຂລັກສະນະຕ່າງໆຂອງເນື້ອເຍື່ອທີ່ມີຄວາມຫລາກຫລາຍໃນການແກ້ໄຂທີ່ດີທີ່ສຸດ.

s1000 (2)

●ຄວາມເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະໃຊ້ເທັກໂນໂລຍີການແບ່ງຈຸລັງ “ສາມໃນໜຶ່ງສະໄລ້”:ການລວມເອົາການທາສີ fluorescence, H&E staining, ແລະການຈັດລໍາດັບ RNA ໃນສະໄລ້ດຽວ, ຂັ້ນຕອນການວິເຄາະ "ສາມໃນຫນຶ່ງ" ຂອງພວກເຮົາຊ່ວຍໃຫ້ການກໍານົດຂອບເຂດຂອງເຊນສໍາລັບ transscriptomics ທີ່ອີງໃສ່ຈຸລັງຕໍ່ໄປ.

 

 

ເຂົ້າກັນໄດ້ກັບເວທີການຈັດລໍາດັບຫຼາຍ: ທັງ NGS ແລະລໍາດັບອ່ານຍາວທີ່ມີຢູ່.

ການອອກແບບທີ່ມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນຂອງພື້ນທີ່ການຈັບພາບເຄື່ອນໄຫວ 1-8: ຂະຫນາດຂອງພື້ນທີ່ຈັບແມ່ນມີຄວາມຍືດຫຍຸ່ນ, ສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້ 3 ຮູບແບບ (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ແລະ 15 mm * 20 mm.

ບໍລິການປະຕູດຽວ: ມັນລວມເອົາປະສົບການ ແລະ ຂັ້ນຕອນທີ່ອີງໃສ່ທັກສະທັງໝົດ, ລວມທັງການແຍກ cryo, staining, ການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງເນື້ອເຍື່ອ, barcoding spatial, ການກະກຽມຫ້ອງສະຫມຸດ, ລໍາດັບ, ແລະ bioinformatics.

Bioinformatics ທີ່ສົມບູນແບບແລະການເບິ່ງເຫັນຜົນໄດ້ຮັບທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້:ຊຸດປະກອບມີ 29 ການວິເຄາະແລະ 100+ ຕົວເລກທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງ, ສົມທົບກັບການນໍາໃຊ້ຊອບແວທີ່ພັດທະນາຢູ່ໃນເຮືອນເພື່ອສະແດງພາບແລະປັບແຕ່ງການແບ່ງເຊນແລະການຈັດກຸ່ມຈຸດ.

ການວິເຄາະຂໍ້ມູນແບບປັບແຕ່ງແລະການເບິ່ງເຫັນ: ມີສໍາລັບການຮ້ອງຂໍການຄົ້ນຄວ້າທີ່ແຕກຕ່າງກັນ

ທີມງານວິຊາການທີ່ມີຄວາມຊໍານິຊໍານານສູງ: ດ້ວຍປະສົບການຫຼາຍກວ່າ 250 ຊະນິດເນື້ອເຍື່ອ ແລະ 100+ ຊະນິດລວມທັງມະນຸດ, ຫນູ, ສັດລ້ຽງລູກດ້ວຍນົມ, ປາ ແລະພືດ.

ການອັບເດດແບບສົດໆໃນໂຄງການທັງໝົດ: ມີການຄວບຄຸມອັນເຕັມທີ່ຂອງຄວາມຄືບຫນ້າຂອງການທົດລອງ.

ການວິເຄາະຮ່ວມທາງເລືອກທີ່ມີການຈັດລໍາດັບ mRNA ເຊນດຽວ

 

ຂໍ້ມູນຈໍາເພາະການບໍລິການ

 

ຕົວຢ່າງ

ຄວາມຕ້ອງການ

 

ຫໍສະໝຸດ

 

ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ

 

ຂໍ້​ມູນ​ແນະ​ນໍາ​

 ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ

OCT-embedded cryo ຕົວຢ່າງ, 3 ຕັນຕໍ່ຕົວຢ່າງ

S1000 cDNA ຫ້ອງສະຫມຸດ

Illumina PE150 (ແພລະຕະຟອມອື່ນໆທີ່ມີຢູ່)

100K PE ອ່ານຕໍ່ 100 uM

(60-150 Gb)

RIN>7

ສໍາ​ລັບ​ລາຍ​ລະ​ອຽດ​ເພີ່ມ​ເຕີມ​ກ່ຽວ​ກັບ​ການ​ແນະ​ນໍາ​ການ​ກະ​ກຽມ​ຕົວ​ຢ່າງ​ແລະ​ຂະ​ບວນ​ການ​ການ​ບໍ​ລິ​ການ​, ກະ​ລຸ​ນາ​ສົນ​ທະ​ນາ​ກັບ a

ກະແສວຽກບໍລິການ

ໃນຂັ້ນຕອນການກະກຽມຕົວຢ່າງ, ການທົດລອງການສະກັດເອົາ RNA ຈໍານວນຫລາຍໃນເບື້ອງຕົ້ນແມ່ນດໍາເນີນເພື່ອຮັບປະກັນ RNA ທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງສາມາດໄດ້ຮັບ. ໃນຂັ້ນຕອນການເພີ່ມປະສິດທິພາບຂອງເນື້ອເຍື່ອ, ພາກສ່ວນຕ່າງໆໄດ້ຖືກ stained ແລະເບິ່ງເຫັນແລະເງື່ອນໄຂ permeabilization ສໍາລັບການປ່ອຍ mRNA ອອກຈາກເນື້ອເຍື່ອແມ່ນ optimized. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ອະນຸສັນຍາທີ່ດີທີ່ສຸດແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້ໃນລະຫວ່າງການກໍ່ສ້າງຫ້ອງສະຫມຸດ, ປະຕິບັດຕາມລໍາດັບແລະການວິເຄາະຂໍ້ມູນ.

ຂະບວນການເຮັດວຽກຂອງການບໍລິການທີ່ສົມບູນປະກອບດ້ວຍການອັບເດດແບບສົດໆແລະການຢືນຢັນຂອງລູກຄ້າເພື່ອຮັກສາວົງການຄໍາຄຶດຄໍາເຫັນທີ່ຕອບສະຫນອງ, ຮັບປະກັນການປະຕິບັດໂຄງການທີ່ລຽບງ່າຍ.


  • ທີ່ຜ່ານມາ:
  • ຕໍ່ໄປ:

  • 流程图24.1.5改格式-01

    ຂໍ້ມູນທີ່ສ້າງຂຶ້ນໂດຍ BMKMANU S1000 ຖືກວິເຄາະໂດຍໃຊ້ຊອບແວ “BSTMatrix”, ເຊິ່ງຖືກອອກແບບຢ່າງເປັນອິດສະຫຼະໂດຍ BMKGENE, ສ້າງ Gene Expression Matrix. ຈາກນັ້ນ, ບົດລາຍງານມາດຕະຖານຖືກສ້າງຂື້ນເຊິ່ງປະກອບມີການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ, ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນແລະການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ.

    ● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ:
    ຜົນຜະລິດຂໍ້ມູນແລະການແຈກຢາຍຄະແນນທີ່ມີຄຸນນະພາບ
    ການກວດຫາພັນທຸກໍາຕໍ່ຈຸດ
    ການປົກຫຸ້ມຂອງເນື້ອເຍື່ອ
    ● ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນ:
    ຄວາມອຸດົມສົມບູນຂອງພັນທຸກໍາ
    ການຈັດກຸ່ມຈຸດ, ລວມທັງການວິເຄາະມິຕິທີ່ຫຼຸດລົງ
    ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນລະຫວ່າງກຸ່ມ: ການກໍານົດພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍ
    ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດແລະການເສີມສ້າງພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍ
    ● ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ:
    ການລວມເອົາຈຸດຈາກທັງສອງຕົວຢ່າງ (ຕົວຢ່າງ: ພະຍາດ ແລະການຄວບຄຸມ) ແລະເປັນກຸ່ມຄືນໃໝ່
    ການກໍານົດພັນທຸກໍາສໍາລັບແຕ່ລະກຸ່ມ
    ຄໍາບັນຍາຍທີ່ມີປະໂຫຍດແລະການເສີມສ້າງພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍ
    ການສະແດງອອກຄວາມແຕກຕ່າງຂອງກຸ່ມດຽວກັນລະຫວ່າງກຸ່ມ
    ນອກຈາກນັ້ນ, BMKGENE ພັດທະນາ "BSTViewer" ເປັນເຄື່ອງມືທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້ທີ່ຊ່ວຍໃຫ້ຜູ້ໃຊ້ສາມາດເບິ່ງເຫັນການສະແດງອອກຂອງເຊື້ອແບັກທີເຣັຍແລະຈຸດທີ່ກຸ່ມຢູ່ໃນຄວາມລະອຽດທີ່ແຕກຕ່າງກັນ.

    BMKGene ພັດທະນາຊອບແວສໍາລັບການເບິ່ງເຫັນທີ່ເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້

    BSTViewer ການຈັດກຸ່ມຈຸດທີ່ມີຄວາມລະອຽດຫຼາຍລະດັບ

    图片1

     

     

    BSTcellViewer: ການແຍກຕາລາງອັດຕະໂນມັດ ແລະຄູ່ມື

     图片2

     

    ການວິເຄາະຕົວຢ່າງພາຍໃນ

    ການຈັດກຸ່ມຈຸດ:

    图片3 

    ການກໍານົດພັນທຸກໍາຂອງເຄື່ອງຫມາຍແລະການແຜ່ກະຈາຍທາງພື້ນທີ່:

    图片4

     

    ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ

    ການ​ປະ​ສົມ​ຂໍ້​ມູນ​ຈາກ​ທັງ​ສອງ​ກຸ່ມ​ແລະ re-cluster​:

    图片5

     

    gene Marker ຂອງກຸ່ມໃຫມ່:

    图片6

     

     ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຖອດຂໍ້ຄວາມຈາກພື້ນທີ່ຂອງ BMKGene ດ້ວຍເທັກໂນໂລຍີ BMKManu S1000 ໃນສິ່ງພິມທີ່ແນະນຳນີ້:

     

    ເພງ, X. et al. (2023) 'ການຖ່າຍທອດທາງພື້ນທີ່ເປີດເຜີຍໃຫ້ເຫັນຈຸລັງ chlorenchyma ທີ່ມີແສງສະຫວ່າງມີສ່ວນຮ່ວມໃນການສົ່ງເສີມການເກີດໃຫມ່ຂອງຫນໍ່ໃນ callus ຫມາກເລັ່ນ',ການດໍາເນີນຄະດີຂອງສະພາວິທະຍາສາດແຫ່ງຊາດຂອງສະຫະລັດອາເມລິກາ, 120(38), ໜ້າ. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120

    ທ່ານ, Y. et al. (2023) 'ການປຽບທຽບລະບົບຂອງວິທີການຖ່າຍທອດທາງກວ້າງຂອງພື້ນຕາມລຳດັບ',bioRxiv, ປ. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.

    ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

    ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

    ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງເຈົ້າຫາພວກເຮົາ: