BMKCloud ເຂົ້າສູ່ລະບົບ
1

mRNA-seq (NGS) ທີ່ມີ genome ອ້າງອີງ

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) ທີ່ມີ genome ອ້າງອີງ

RNA-seq ເປັນເຄື່ອງມືມາດຕະຖານໃນທົ່ວວິທະຍາສາດຊີວິດແລະການປູກພືດ, ເຊື່ອມຕໍ່ຊ່ອງຫວ່າງລະຫວ່າງ genomes ແລະ proteomes. ຄວາມເຂັ້ມແຂງຂອງມັນແມ່ນຢູ່ໃນການຄົ້ນພົບ transcripts ໃຫມ່ແລະປະລິມານການສະແດງອອກຂອງເຂົາເຈົ້າໃນການທົດສອບຫນຶ່ງ. ມັນຖືກນໍາໃຊ້ຢ່າງກວ້າງຂວາງສໍາລັບການສຶກສາ transcriptomic ປຽບທຽບ, ສ່ອງແສງກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບລັກສະນະຕ່າງໆຫຼື phenotypes, ເຊັ່ນ: ການປຽບທຽບ mutants ກັບຊະນິດປ່າທໍາມະຊາດຫຼືການເປີດເຜີຍການສະແດງອອກຂອງ gene ພາຍໃຕ້ເງື່ອນໄຂສະເພາະ. BMKCloud mRNA(ອ້າງອິງ) APP ປະສົມປະສານການວັດແທກປະລິມານການສະແດງອອກ, ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ (DEG), ແລະການວິເຄາະໂຄງສ້າງລໍາດັບເຂົ້າໄປໃນທໍ່ bioinformatics mRNA-seq (NGS) ແລະປະສົມປະສານຄວາມເຂັ້ມແຂງຂອງຊອບແວທີ່ຄ້າຍຄືກັນ, ຮັບປະກັນຄວາມສະດວກແລະເປັນມິດກັບຜູ້ໃຊ້. ຜູ້​ໃຊ້​ສາ​ມາດ​ອັບ​ໂຫລດ​ຂໍ້​ມູນ RNA-seq ຂອງ​ເຂົາ​ເຈົ້າ​ກັບ​ຟັງ​ໄດ້​, ບ່ອນ​ທີ່ App ໄດ້​ສະ​ຫນອງ​ການ​ແກ້​ໄຂ​ວິ​ເຄາະ bioinformatic ທີ່​ສົມ​ບູນ​ແບບ​ທີ່​ຢຸດ​ດຽວ​. ນອກຈາກນັ້ນ, ມັນຈັດລໍາດັບຄວາມສໍາຄັນຂອງປະສົບການຂອງລູກຄ້າ, ສະເຫນີການດໍາເນີນງານສ່ວນບຸກຄົນທີ່ເຫມາະສົມກັບຄວາມຕ້ອງການສະເພາະຂອງຜູ້ໃຊ້. ຜູ້ໃຊ້ສາມາດກໍານົດພາລາມິເຕີແລະສົ່ງພາລະກິດທໍ່ດ້ວຍຕົນເອງ, ກວດເບິ່ງບົດລາຍງານແບບໂຕ້ຕອບ, ເບິ່ງຂໍ້ມູນ / ແຜນວາດແລະການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນຄົບຖ້ວນ, ເຊັ່ນ: ການຄັດເລືອກ gene ເປົ້າຫມາຍ, clustering ທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ແຜນວາດ, ແລະອື່ນໆ.

ຜົນການສາທິດ
ການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນ
ຄວາມຕ້ອງການນໍາເຂົ້າ
ການວິເຄາະຕົ້ນຕໍ
ອ້າງອິງ
ຜົນການສາທິດ

ການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນ

ຄວາມຕ້ອງການນໍາເຂົ້າ

ເວທີ:Illumina, MGI
ຍຸດທະສາດ:RNA-Seq
ແຜນຜັງ: ຄູ່, ຂໍ້ມູນສະອາດ.
ປະເພດຫ້ອງສະໝຸດ:fr-unstranded, fr-firststrand ຫຼື fr-secondstrand
ຄວາມຍາວອ່ານ:150 ບ
ປະເພດໄຟລ໌:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ຫຼື *.fq.gz. ລະບົບຈະຈັບຄູ່ໄຟລ໌ .fastq ໂດຍອັດຕະໂນມັດຕາມຊື່ໄຟລ໌ thier,ຕົວຢ່າງ *_1.fastq ຈັບຄູ່ກັບ *._2.fastq.
ຈໍານວນຕົວຢ່າງ:ບໍ່ມີຂໍ້ຈໍາກັດກ່ຽວກັບຈໍານວນຂອງຕົວຢ່າງ, ແຕ່ເວລາການວິເຄາະຈະເພີ່ມຂຶ້ນເປັນຈໍານວນຂອງຕົວຢ່າງເຕີບໂຕ.
ຈໍາ​ນວນ​ຂໍ້​ມູນ​ທີ່​ແນະ​ນໍາ​:6G ຕໍ່ຕົວຢ່າງ

ການວິເຄາະຕົ້ນຕໍ
ການວິເຄາະຕົ້ນຕໍແລະເຄື່ອງມືຊີວະພາບຂອງ mRNA-seq (ອ້າງອິງ)ທໍ່ມີດັ່ງນີ້:
1. ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ:
•ການກໍາຈັດລໍາດັບທີ່ມີຄຸນນະພາບຕ່ໍາ, ລໍາດັບອະແດບເຕີ,ແລະອື່ນໆ;
•ເຄື່ອງມື: ທໍ່ສົ່ງໄຟຟ້າພາຍໃນບ້ານ;
2. ການຈັດລຽງຂອງຂໍ້ມູນກັບ genome ອ້າງອີງ:
•ການຈັດຮຽງການອ່ານດ້ວຍສູດການຄິດໄລ່ splice-aware ກັບgenome ອ້າງອີງ.
•​ເຄື່ອງ​ມື​:HISAT2, samtools
3. ການວິເຄາະຄຸນນະພາບຫ້ອງສະໝຸດ:
•ໃສ່ການວິເຄາະຄວາມຍາວ, ການວິເຄາະຄວາມອີ່ມຕົວຂອງລໍາດັບ, ແລະອື່ນໆ;
•​ເຄື່ອງ​ມື​:samtools;
4. ການວິເຄາະໂຄງສ້າງຕາມລໍາດັບ:
•​ການ​ວິ​ເຄາະ​ການ​ເຊື່ອມ​ຕໍ່​ທາງ​ເລືອກ​, ການ​ປັບ​ໂຄງ​ປະ​ກອບ​ພັນ​ທຸ​ກໍາ​,Novell gene ການຄາດຄະເນ, ແລະອື່ນໆ;
•​ເຄື່ອງ​ມື​:ສາຍເຊືອກ, gffcompare, GATK,ເພັດ, InterProScan, ແລະHMMER.
5. ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງ:
•ການກວດກາ DEG, ການວິເຄາະຄວາມສໍາພັນ, ມີປະໂຫຍດການເສີມສ້າງ;
ຜົນໄດ້ຮັບການສະແດງພາບຕ່າງໆ;
RກັບSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
ອ້າງອິງ
1. Kim, Daehwan et al. “ການຈັດຮຽງ genome ໂດຍອີງໃສ່ກຣາບ ແລະgenotyping ກັບ HISAT2 ແລະ HISAT-genotype."ທໍາມະຊາດເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບ37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Aaron et al. “ຊຸດເຄື່ອງມືການວິເຄາະ Genome: aMapReduce ກອບສໍາລັບການວິເຄາະ DNA ຮຸ່ນຕໍ່ໄປຂໍ້ມູນລໍາດັບ.”ການຄົ້ນຄວ້າພັນທຸກໍາ20 9 (2010): 1297-303 .
3. Li, Heng et al. “ການຈັດຮຽງລໍາດັບ/ຮູບແບບແຜນທີ່ ແລະSAMtools.”ຊີວະວິທະຍາ25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. “StringTie ປັບປຸງໃຫ້ດີຂຶ້ນການຟື້ນຟູຂອງ transcriptome ຈາກ RNA-seq ອ່ານ."ທໍາມະຊາດເຕັກໂນໂລຊີຊີວະພາບ33 (2015): 290-295.
5. ຮັກ, Michael I. et al. “ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ​ປານ​ກາງ​ຂອງ​ການ​ປ່ຽນ​ແປງ​ເທົ່າ​ຕົວ​ແລະການກະຈາຍຂໍ້ມູນ RNA-seq ກັບ DESeq2."ພັນທຸ ກຳຊີວະວິທະຍາ15 (2014): ນ. ໜ້າ.
6. Eddy, Sean R.. "ການຄົ້ນຫາແບບເລັ່ງລັດ HMM."PLoS ຊີວະວິທະຍາການຄິດໄລ່7 (2011): ນ. ໜ້າ.

ໄດ້ຮັບໃບສະເໜີລາຄາ

ຂຽນຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານທີ່ນີ້ແລະສົ່ງໃຫ້ພວກເຮົາ

ສົ່ງຂໍ້ຄວາມຂອງທ່ານໄປຫາພວກເຮົາ: