ການຈັດລຳດັບ RNA ຂະໜາດນ້ອຍ - Illumina
ຄຸນສົມບັດ
● ການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດການເລືອກຂະໜາດ.
● ການວິເຄາະທາງຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານທີ່ສຸມໃສ່ການຄາດຄະເນ miRNA ແລະເປົ້າໝາຍ.
ຂໍ້ໄດ້ປຽບຂອງການບໍລິການ
●ຄວາມຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງພວກເຮົາໄດ້ປະມວນຜົນຕົວຢ່າງຫຼາຍກວ່າ 300 ຕົວຢ່າງ, ເຊິ່ງກວມເອົາປະເພດຕົວຢ່າງທີ່ຫຼາກຫຼາຍ. ພວກເຮົານຳເອົາຄວາມຊ່ຽວຊານມາສູ່ທຸກໂຄງການ.
●ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບທີ່ເຂັ້ມງວດພວກເຮົາຈັດຕັ້ງປະຕິບັດຈຸດຄວບຄຸມຫຼັກໃນທຸກຂັ້ນຕອນ, ຕັ້ງແຕ່ການກະກຽມຕົວຢ່າງຈົນເຖິງການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດ, ການຈັດລຳດັບ ແລະ ຊີວະວິທະຍາຂໍ້ມູນຂ່າວສານ. ການຕິດຕາມກວດກາຢ່າງລະອຽດຂອງພວກເຮົາຮັບປະກັນການສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ.
●ການວິເຄາະຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານທີ່ສົມບູນແບບ:ມັນຊ່ວຍໃຫ້ສາມາດລະບຸທັງ miRNA ທີ່ຮູ້ຈັກ ແລະ miRNA ໃໝ່, ລະບຸເປົ້າໝາຍ miRNA, ແລະ ໝາຍເຫດປະກອບໜ້າທີ່ທີ່ສອດຄ້ອງກັນ ແລະ ເສີມດ້ວຍຖານຂໍ້ມູນຫຼາຍອັນ (KEGG, GO).
●ການສະໜັບສະໜູນຫຼັງການຂາຍພວກເຮົາເຂົ້າໃຈວ່າການມີໜ້າຢູ່ນັ້ນມີຄວາມສຳຄັນແນວໃດ, ນັ້ນແມ່ນເຫດຜົນທີ່ຄຳໝັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍໄປໄກກວ່າການສຳເລັດໂຄງການດ້ວຍໄລຍະເວລາການບໍລິການຫຼັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເໜີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອໃນການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະ ກອງປະຊຸມຖາມ-ຕອບ ເພື່ອແກ້ໄຂຄຳຖາມຕ່າງໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
ຂໍ້ກຳນົດຕົວຢ່າງ ແລະ ການຈັດສົ່ງ
| ຫໍສະໝຸດ | ແພລດຟອມ | ຂໍ້ມູນທີ່ແນະນຳ | ການກວດສອບຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນ |
| ຂະໜາດທີ່ເລືອກແລ້ວ | ອີລູມິນຽມ SE50 | ອ່ານໄດ້ 10 ລ້ານ-20 ລ້ານຄັ້ງ | Q30≥85% |
ຕົວຢ່າງຄວາມຕ້ອງການ:
ນິວຄລີໂອໄທດ໌:
| ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ (ງ/μl) | ປະລິມານ (ໄມໂຄຣກຣາມ) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ມີຈຳກັດ ຫຼື ບໍ່ມີການປົນເປື້ອນຂອງໂປຣຕີນ ຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈວ. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ລະດັບຄວາມສູງພື້ນຖານຈຳກັດ ຫຼື ບໍ່ມີ |
● ພືດ:
ຮາກ, ລຳຕົ້ນ ຫຼື ກີບດອກ: 450 ມກ
ໃບ ຫຼື ແກ່ນ: 300 ມກ
ໝາກໄມ້: 1.2 ກຣາມ
● ສັດ:
ຫົວໃຈ ຫຼື ລຳໄສ້: 450 ມກ
ອະໄວຍະວະພາຍໃນ ຫຼື ສະໝອງ: 240 ມກ
ກ້າມຊີ້ນ: 600 ມກ
ກະດູກ, ຜົມ ຫຼື ຜິວໜັງ: 1.5 ກຣາມ
● ສັດຂາທຽມ:
ແມງໄມ້: 9 ກຣາມ
ສັດປະເພດກຸ້ງ: 450 ມກ
● ເລືອດທັງໝົດ: 2 ທໍ່
● ຈຸລັງ: 106 ຈຸລັງ
● ເຊຣັມ ແລະ ພລາສມາ:6 ມລ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນຳ
ພາຊະນະ: ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນຳໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ຕົວຢ່າງການຕິດສະຫຼາກ: ກຸ່ມ + ສຳເນົາ ຕົວຢ່າງ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
ການຂົນສົ່ງ:
1. ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງໄດ້ບັນຈຸໃສ່ຖົງ ແລະ ຝັງໄວ້ໃນນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ.
2. ທໍ່ RNAstable: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ RNA stabilization (ເຊັ່ນ RNAstable®) ແລະ ຂົນສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ຂະບວນການເຮັດວຽກຂອງການບໍລິການ
ການອອກແບບການທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການສະກັດເອົາ RNA
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະໝຸດ
ການຈັດລຳດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ຊີວະວິທະຍາຂໍ້ມູນຂ່າວສານ
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນດິບ
● ການຈັດປະເພດ RNA ຂະໜາດນ້ອຍ
● ການສະແດງອອກຂອງ miRNA ແລະ ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
● ການອະທິບາຍກ່ຽວກັບ gene ເປົ້າໝາຍ miRNA ແລະ ການອະທິບາຍກ່ຽວກັບ gene ເປົ້າໝາຍ miRNA ທີ່ສະແດງອອກແຕກຕ່າງກັນ
● ການລະບຸລາຍລະອຽດກ່ຽວກັບ gene ເປົ້າໝາຍ ແລະ ການເສີມສ້າງໜ້າທີ່ຂອງ gene miRNA ທີ່ສະແດງອອກແຕກຕ່າງກັນ
ການກຳນົດ miRNA: ໂຄງສ້າງ ແລະ ຄວາມເລິກ
ການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງກັນຂອງ miRNA - ການຈັດກຸ່ມແບບລຳດັບຊັ້ນ
ຄຳອະທິບາຍປະກອບໜ້າທີ່ຂອງເປົ້າໝາຍຂອງ miRNA ທີ່ສະແດງອອກແຕກຕ່າງກັນ
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າດ້ານການຄົ້ນຄວ້າທີ່ໄດ້ຮັບການອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຈັດລຳດັບ sRNA ຂອງ BMKGene ຜ່ານການລວບລວມສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາอย่างดี.
Chen, H. ແລະ ອື່ນໆ. (2023) 'ການຕິດເຊື້ອໄວຣັດຍັບຍັ້ງການສັງເຄາະຊີວະພາບຂອງຊາໂປນິນ ແລະ ການສັງເຄາະແສງໃນ Panax notoginseng',ສະລີລະວິທະຍາພືດ ແລະ ຊີວະເຄມີ, 203, ໜ້າ 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. ແລະ ອື່ນໆ. (2023) 'ໂປຣຕີນ FREE1 ທີ່ມີໂດເມນ FYVE ຂອງພືດຈະເຊື່ອມໂຍງກັບອົງປະກອບຂອງໄມໂຄຣໂປຣເຊດເຊີເພື່ອສະກັດກັ້ນການສ້າງຊີວະພາບຂອງ miRNA',ລາຍງານ EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. ແລະ ອື່ນໆ. (2023) 'MicroRNA Ame-Bantam-3p ຄວບຄຸມການພັດທະນາຂອງດັກແມງວັນໂດຍການເປົ້າໝາຍໂດເມນຫຼາຍອັນຄ້າຍຄືປັດໄຈການຈະເລີນເຕີບໂຕຂອງຜິວໜັງ 8 Gene (megf8) ໃນເຜິ້ງນໍ້າເຜິ້ງ, Apis mellifera',ວາລະສານສາກົນກ່ຽວກັບວິທະຍາສາດໂມເລກຸນ, 24(6), ໜ້າ 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. ແລະ ອື່ນໆ (2018) 'ການວິເຄາະປະສົມປະສານຂອງ MiRNA ແລະ ພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄຸນນະພາບຂອງຊີ້ນສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າ Gga-MiR-140-5p ມີຜົນກະທົບຕໍ່ການສະສົມໄຂມັນໃນກ້າມຊີ້ນໃນໄກ່',ສະລີລະວິທະຍາຂອງຈຸລັງ ແລະ ຊີວະເຄມີ, 46(6), ໜ້າ 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
