ການຈັດລໍາດັບ RNA ຂະໜາດນ້ອຍ-Illumina
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
●ພື້ນຖານທໍາອິດຢູ່ທີ່ 5 'ທ້າຍມີຄວາມມັກທີ່ເຂັ້ມແຂງສໍາລັບ U ທີ່ຈະໄດ້ຮັບ RNAs ສະເພາະ
● ການຄາດຄະເນພັນທຸກໍາຂອງ miRNA
● ຂໍ້ມູນຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເຮັດການວິເຄາະຮ່ວມກັນກັບ mRNA
● ການສະແດງອອກຄວາມແຕກຕ່າງຂອງ miRNA
● ການຄາດຄະເນພັນທຸກໍາຂອງ miRNA
● ການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບໂດຍອີງໃສ່ BMKCloud: ການຂຸດຄົ້ນຂໍ້ມູນແບບກຳນົດເອງທີ່ມີຢູ່ໃນເວທີ
● ການບໍລິການຫຼັງການຂາຍມີເວລາ 3 ເດືອນຫຼັງຈາກໂຄງການສໍາເລັດ
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
| ຫໍສະໝຸດ | ເວທີ | ຂໍ້ມູນທີ່ແນະນໍາ | ຂໍ້ມູນ QC |
| sRNA | Illumina SE50 | 10M/20M ອ່ານ | Q30≥85% |
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | ປະລິມານ (μg) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
| ≥ 80 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ. | ສໍາລັບພືດ: RIN≥7.5; ສໍາລັບສັດ: RIN≥8.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ຂອບເຂດຈໍາກັດ ຫຼືບໍ່ມີລະດັບຄວາມສູງ |
* ສໍາລັບເນື້ອເຍື່ອຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ 5 ມລກ, ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ສົ່ງຕົວຢ່າງເນື້ອເຍື່ອ frozen (ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວ) flash.
ການລະງັບເຊວ: ຈຳນວນເຊວ = 3×107
*ພວກເຮົາແນະນໍາໃຫ້ສົ່ງ lysate ຫ້ອງ frozen.ໃນກໍລະນີທີ່ຕາລາງນັ້ນນັບໜ້ອຍກວ່າ 5×105, flash frozen ໃນໄນໂຕຣເຈນຂອງແຫຼວແມ່ນແນະນໍາໃຫ້.
ຕົວຢ່າງເລືອດ:
PA×geneBloodRNATube;
6 mLTRIzol ແລະ 2mL ເລືອດ (TRIzol: ເລືອດ = 3: 1)
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ຕູ້ຄອນເທນເນີ:
ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3;B1, B2, B3......
ການຂົນສົ່ງ:
1.Dry-ice: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃນຖົງແລະຝັງຢູ່ໃນແຫ້ງ-ice.
2.RNAstable tubes: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
ການອອກແບບທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການສະກັດເອົາ RNA
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ຊີວະວິທະຍາ
1.miRNA ການລະບຸຕົວຕົນ
ຜູ້ສະຫມັກແຕ່ລະຄົນຂອງ miRNAs ນິຍາຍທີ່ຄາດຄະເນໂດຍ miRDeep2 ມີຕົວເລກ pdf ສະແດງໃຫ້ເຫັນໂຄງສ້າງແລະຄວາມເລິກລໍາດັບຂອງມັນ.
ໂຄງສ້າງຂອງຕົວຊີ້ບອກ miRNA ແລະຄວາມເລິກຂອງລໍາດັບ
2.KEGG ປັບປຸງພັນທຸກໍາເປົ້າໝາຍ DE-miRNA
ໃນກອງປະຊຸມນີ້, Biomarker ທໍາອິດໄດ້ກວດກາເບິ່ງວ່າເສັ້ນທາງແມ່ນເກີນການນໍາສະເຫນີທີ່ມີ DE-miRNA ເປົ້າຫມາຍ.ປັດໃຈການເສີມສ້າງ ແລະ ການທົດສອບການປະມົງໄດ້ຖືກນຳໃຊ້ໃນການກຳນົດລະດັບການເສີມສ້າງ ແລະ ຄວາມສຳຄັນຂອງເສັ້ນທາງ.ສົມຜົນຂອງການຄິດໄລ່ການເສີມແມ່ນສະແດງໃຫ້ເຫັນຂ້າງລຸ່ມນີ້.
ການເສີມສ້າງເສັ້ນທາງ KEGG ໃນ DE-miRNA genes ເປົ້າຫມາຍ
3.GO Enrichment Analysis on DE-miRNA targeted Genes
clusterProfiler ໄດ້ຖືກຈ້າງເຂົ້າໃນການວິເຄາະການເສີມສ້າງ GO ໃນ DE-miRNA genes ເປົ້າຫມາຍ.ເສັ້ນກາບ acyclic ຊີ້ບອກຂອງຂໍ້ກໍານົດທີ່ອຸດົມສົມບູນໄດ້ຖືກສ້າງຂື້ນເພື່ອສະແດງໂຄງສ້າງລໍາດັບຊັ້ນຂອງຂໍ້ກໍານົດ.ໃນຮູບ, ທິດທາງຂອງລູກສອນເປັນຕົວແທນຂອງການພົວພັນລະຫວ່າງຄໍາສັບຕ່າງໆ, ie nodes ແມ່ນສະເພາະຫຼາຍກ່ວາຂໍ້ຂ້າງເທິງຂອງເຂົາເຈົ້າ.ເສັ້ນກຣາບ acylic ຊີ້ບອກຂອງ DE-miRNA genes ເປົ້າຫມາຍແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຮູບຂ້າງລຸ່ມນີ້.
TopGO ຊີ້ບອກເສັ້ນສະແດງ acyclic ຂອງ DE-miRNA genes ເປົ້າຫມາຍ
ກໍລະນີ BMK
ການວິເຄາະແບບປະສົມປະສານຂອງ MiRNA ແລະພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄຸນນະພາບຊີ້ນເປີດເຜີຍວ່າ Gga-MiR-140-5p ມີຜົນກະທົບຕໍ່ການຊຶມເຊື້ອໄຂມັນ intramuscular ໃນໄກ່.
ຈັດພີມມາ:Cellular Physiology ແລະ Biochemistry,2018
ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສໍາຄັນ
ໄກ່ໄລຍະວາງຊ້າໄດ້ສະແດງລະດັບການສະແດງອອກຂອງໂລກຂອງ miRNAs ຕໍ່າກວ່າແມ່ໄກ່ເຍົາວະຊົນ.
ເຄືອຂ່າຍກົດລະບຽບຂອງ mirNA-mrna ທີ່ອາດຈະສົ່ງຜົນກະທົບຕໍ່ຄຸນນະພາບຊີ້ນໄດ້ຖືກສ້າງຂື້ນ
gga-miR-140-5p ສົ່ງເສີມຄວາມແຕກຕ່າງຂອງ adipocyte ໂດຍການຄວບຄຸມ RXRG ລົງ.
 gga-miR-140-5p ສົ່ງເສີມຄວາມແຕກຕ່າງຂອງ instramuscular preadipocyte ໄກ່ໂດຍການກໍາຫນົດເປົ້າຫມາຍ 3'UTR ຂອງ RXRG |
ອ້າງອິງ
Zhang M, Li DH, Li F, et al.ການວິເຄາະແບບປະສົມປະສານຂອງ MiRNA ແລະພັນທຸກໍາທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຄຸນນະພາບຊີ້ນເປີດເຜີຍວ່າ Gga-MiR-140-5p ມີຜົນກະທົບຕໍ່ການຊຶມເຊື້ອໄຂມັນ intramuscular ໃນໄກ່[J].Cellular Physiology ແລະ Biochemistry, 2018: 2421-2433.DoI: 10.1159/000489649
