ຄວາມຍາວເຕັມ mRNA Sequencing-Nanopore
ຄຸນສົມບັດ
● ການຈັບພາບຂອງ poly-A mRNA ຕິດຕາມດ້ວຍການສັງເຄາະ cDNA ແລະການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດ
● ການຈັດລໍາດັບຂອງຂໍ້ຄວາມຖອດຈາກສຽງສະບັບເຕັມ
● ການວິເຄາະຂໍ້ມູນທາງຊີວະພາບໂດຍອີງໃສ່ການຈັດລຽງຂອງ genome ອ້າງອີງ
● ການວິເຄາະທາງຊີວະພາບບໍ່ພຽງແຕ່ປະກອບມີການສະແດງອອກໃນລະດັບ gene ແລະ isoform, ແຕ່ຍັງການວິເຄາະຂອງ lncRNA, gene fusions, poly-adenylation ແລະໂຄງສ້າງຂອງ gene
ຂໍ້ໄດ້ປຽບການບໍລິການ
●ປະລິມານການສະແດງອອກໃນລະດັບ isoform: ເຮັດໃຫ້ການວິເຄາະການສະແດງອອກຢ່າງລະອຽດແລະຖືກຕ້ອງ, ເປີດເຜີຍການປ່ຽນແປງທີ່ອາດຈະຖືກຫນ້າກາກໃນເວລາທີ່ການວິເຄາະການສະແດງອອກຂອງ gene ທັງຫມົດ.
●ຄວາມຕ້ອງການຂໍ້ມູນຫຼຸດລົງ:ເມື່ອປຽບທຽບກັບ Next-Generation Sequencing (NGS), ການຈັດລໍາດັບ Nanopore ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມຕ້ອງການຂໍ້ມູນຕ່ໍາ, ອະນຸຍາດໃຫ້ລະດັບທຽບເທົ່າຂອງການອີ່ມຕົວຂອງ gene expression quantification ກັບຂໍ້ມູນຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າ.
●ຄວາມຖືກຕ້ອງສູງຂອງປະລິມານການສະແດງອອກ: ທັງໃນລະດັບ gene ແລະ isoform
●ການກໍານົດຂໍ້ມູນການຖອດຂໍ້ຄວາມເພີ່ມເຕີມ: polyadenylation ທາງເລືອກ, gene fusion ແລະ lcnRNA ແລະ genes ເປົ້າຫມາຍຂອງພວກມັນ
●ຊ່ຽວຊານຢ່າງກວ້າງຂວາງ: ທີມງານຂອງພວກເຮົາໄດ້ນໍາເອົາປະສົບການທີ່ອຸດົມສົມບູນມາໃຫ້ທຸກໆໂຄງການ, ໄດ້ສໍາເລັດຫຼາຍກວ່າ 850 ໂຄງການ transcriptome Nanopore ເຕັມຄວາມຍາວແລະປຸງແຕ່ງຫຼາຍກວ່າ 8,000 ຕົວຢ່າງ.
●ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ: ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອຈາກການສໍາເລັດໂຄງການທີ່ມີໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງແລະການຈັດສົ່ງ
| ຫໍສະໝຸດ | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ຂໍ້ມູນແນະນໍາ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
| ອຸດົມດ້ວຍໂພລີ A | Illumina PE150 | 6/12 Gb | ຄະແນນຄຸນນະພາບສະເລ່ຍ: Q10 |
ຄວາມຕ້ອງການຕົວຢ່າງ:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | ປະລິມານ (μg) | ຄວາມບໍລິສຸດ | ຄວາມຊື່ສັດ |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ຈໍາກັດຫຼືບໍ່ມີການປົນເປື້ອນທາດໂປຼຕີນຫຼື DNA ທີ່ສະແດງຢູ່ໃນເຈນ. | ສໍາລັບພືດ: RIN≥7.0; ສໍາລັບສັດ: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ຂອບເຂດຈໍາກັດ ຫຼືບໍ່ມີລະດັບຄວາມສູງ |
● ພືດ:
ຮາກ, ລຳຕົ້ນ ຫຼື ກີບດອກ: 450 ມກ
ໃບ ຫຼື ແກ່ນ: 300 ມກ
ໝາກ: 1.2 g
● ສັດ:
ຫົວໃຈ ຫຼື ລຳໄສ້: 300 ມກ
Viscera ຫຼືສະຫມອງ: 240 ມກ
ກ້າມເນື້ອ: 450 ມກ
ກະດູກ, ຜົມ ຫຼື ຜິວໜັງ: 1g
● Arthropods:
ແມງໄມ້: 6g
Crustacea: 300 ມກ
● ເລືອດທັງໝົດ: 1 ທໍ່
● ເຊລ: 106 ຈຸລັງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງທີ່ແນະນໍາ
ບັນຈຸ: ທໍ່ centrifuge 2 ມລ (ບໍ່ແນະນໍາໃຫ້ໃຊ້ຟອຍກົ່ວ)
ການຕິດສະຫຼາກຕົວຢ່າງ: Group+replicate ເຊັ່ນ: A1, A2, A3; B1, B2, B3.
ການຂົນສົ່ງ:
1. ນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ: ຕົວຢ່າງຕ້ອງຖືກບັນຈຸໃສ່ຖົງ ແລະຝັງໄວ້ໃນນ້ຳກ້ອນແຫ້ງ.
2. ທໍ່ RNAstable: ຕົວຢ່າງ RNA ສາມາດຕາກແຫ້ງໃນທໍ່ສະຖຽນລະພາບ RNA (ເຊັ່ນ: RNAstable®) ແລະສົ່ງໃນອຸນຫະພູມຫ້ອງ.
ກະແສວຽກບໍລິການ
Nucleotides:
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ກະແສວຽກບໍລິການ
ເນື້ອເຍື່ອ:
ການອອກແບບທົດລອງ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການສະກັດເອົາ RNA
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະຫມຸດ
ການຈັດລໍາດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
● ການປະມວນຜົນຂໍ້ມູນດິບ
● ການລະບຸການຖອດຂໍ້ຄວາມ
● ການເຊື່ອມຕົວສຳຮອງ
● ປະລິມານການສະແດງອອກໃນລະດັບ gene ແລະລະດັບ isoform
● ການວິເຄາະການສະແດງອອກທີ່ແຕກຕ່າງ
● ການອະທິບາຍຟັງຊັນ ແລະການປັບປຸງ (DEGs ແລະ DETs)
ການວິເຄາະ splicing ທາງເລືອກ
ການວິເຄາະ Polyadenylation ທາງເລືອກ (APA)
ການຄາດຄະເນ lncRNA
ຄໍາອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາໃຫມ່
ການຈັດກຸ່ມຂອງ DETs
ເຄືອຂ່າຍທາດໂປຼຕີນຈາກທາດໂປຼຕີນໃນ DEGs
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ອຳນວຍຄວາມສະດວກໂດຍການບໍລິການຈັດລຽງລຳດັບ mRNA ເຕັມຄວາມຍາວຂອງ BMKGene ຜ່ານການເກັບກໍາສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາ.
Gong, B. et al. (2023) 'ການກະຕຸ້ນທາງພັນທຸກໍາແລະການຖ່າຍທອດຂອງ secretory kinase FAM20C ເປັນ oncogene ໃນ glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), ຫນ້າ 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
ລາວ, Z. et al. (2023) 'ການຈັດລໍາດັບການຖອດຂໍ້ຄວາມເຕັມຄວາມຍາວຂອງ lymphocytes ຕອບສະຫນອງ IFN-γ ເປີດເຜີຍການຕອບສະຫນອງຂອງພູມຕ້ານທານ Th1-skewed ໃນ flounder (Paralichthys olivaceus),', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'ການວິເຄາະປຽບທຽບຂອງ PacBio ແລະ ONT RNA ວິທີການຈັດລໍາດັບສໍາລັບ Nemopilema Nomurai venom identification', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'ການວິເຄາະ Nano-seq ເປີດເຜີຍແນວໂນ້ມການທໍາງານທີ່ແຕກຕ່າງກັນລະຫວ່າງ exosomes ແລະ microvesicles ທີ່ມາຈາກ hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), ຫນ້າ 1-13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
