● ແຜງ exome ສອງອັນມີໃຫ້ໂດຍອີງຕາມການເສີມສ້າງເປົ້າໝາຍດ້ວຍ probes: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) ແລະ xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● ການຈັດລໍາດັບໃນ Illumina NovaSeq.
● ທໍ່ທາງຊີວະວິທະຍາທີ່ມຸ້ງໄປສູ່ການວິເຄາະພະຍາດ ຫຼືການວິເຄາະເນື້ອງອກ.
●ເປົ້າໝາຍລະດັບ Protein Coding Region: ໂດຍການຈັບແລະຈັດລໍາດັບພາກພື້ນລະຫັດໂປຣຕີນ, hWES ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອເປີດເຜີຍຕົວແປທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບໂຄງສ້າງຂອງທາດໂປຼຕີນ.
●ຄ່າໃຊ້ຈ່າຍປະສິດທິພາບ:hWES ໃຫ້ຜົນຜະລິດປະມານ 85% ຂອງການກາຍພັນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບພະຍາດຂອງມະນຸດຈາກ 1% ຂອງ genome ຂອງມະນຸດ.
●ຄວາມຖືກຕ້ອງສູງ: ດ້ວຍຄວາມເລິກການຈັດລໍາດັບສູງ, hWES ອໍານວຍຄວາມສະດວກໃນການກວດສອບທັງສອງຕົວແປທົ່ວໄປ ແລະຕົວແປທີ່ຫາຍາກທີ່ມີຄວາມຖີ່ຕ່ໍາກວ່າ 1%.
●ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຢ່າງເຂັ້ມງວດ: ພວກເຮົາປະຕິບັດຫ້າຈຸດຄວບຄຸມຫຼັກໃນທົ່ວທຸກຂັ້ນຕອນ, ຈາກຕົວຢ່າງ ແລະການກະກຽມຫ້ອງສະໝຸດ ຈົນເຖິງການຈັດລໍາດັບ ແລະຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານ. ການຕິດຕາມຢ່າງລະມັດລະວັງນີ້ຮັບປະກັນການຈັດສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບທີ່ມີຄຸນນະພາບສູງຢ່າງຕໍ່ເນື່ອງ.
●ການວິເຄາະ Bioinformatics ທີ່ສົມບູນແບບ: ທໍ່ຂອງພວກເຮົາໄປໄກກວ່າການກໍານົດການປ່ຽນແປງຂອງ genome ອ້າງອີງ, ຍ້ອນວ່າມັນລວມເອົາການວິເຄາະຂັ້ນສູງທີ່ຖືກອອກແບບມາເພື່ອແກ້ໄຂບັນຫາການຄົ້ນຄວ້າໂດຍສະເພາະກ່ຽວກັບລັກສະນະພັນທຸກໍາຂອງພະຍາດຫຼືການວິເຄາະເນື້ອງອກ.
●ສະຫນັບສະຫນູນການຂາຍຫລັງ:ຄໍາຫມັ້ນສັນຍາຂອງພວກເຮົາຂະຫຍາຍອອກໄປນອກເຫນືອການສໍາເລັດໂຄງການດ້ວຍໄລຍະເວລາການບໍລິການຫລັງການຂາຍ 3 ເດືອນ. ໃນລະຫວ່າງເວລານີ້, ພວກເຮົາສະເຫນີການຕິດຕາມໂຄງການ, ການຊ່ວຍເຫຼືອການແກ້ໄຂບັນຫາ, ແລະກອງປະຊຸມ Q&A ເພື່ອແກ້ໄຂຄໍາຖາມໃດໆທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຜົນໄດ້ຮັບ.
ຍຸດທະສາດການຈັບ Exon | ຍຸດທະສາດການຈັດລໍາດັບ | ຂໍ້ມູນຜົນຜະລິດທີ່ແນະນໍາ |
ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າເລືອກມະນຸດທັງຫມົດ Exon v6 (Agilent) ຫຼື xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Gb ສໍາລັບຄວາມຜິດປົກກະຕິຂອງເຍື່ອຫຸ້ມສະຫມອງ / ພະຍາດທີ່ຫາຍາກ: > 50x ສໍາລັບຕົວຢ່າງ tumor: ≥ 100x |
ປະເພດຕົວຢ່າງ
| ຈໍານວນ(Qubit®)
| ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ | ປະລິມານ
| ຄວາມບໍລິສຸດ(NanoDrop™) |
DNA ພັນທຸ ກຳ
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1.8-2.0 ບໍ່ມີການເຊື່ອມໂຊມ, ບໍ່ມີການປົນເປື້ອນ
|
ການວິເຄາະທາງຊີວະພາບຂອງຕົວຢ່າງພະຍາດ hWES ປະກອບມີ:
● ການຈັດລໍາດັບ QC ຂໍ້ມູນ
● Reference Genome Alignment
● ການກໍານົດ SNPs ແລະ InDels
● Functional Annotation ຂອງ SNPs ແລະ InDels
ການວິເຄາະທາງຊີວະພາບຂອງຕົວຢ່າງ tumor ປະກອບມີ:
● ການຈັດລໍາດັບ QC ຂໍ້ມູນ
● Reference Genome Alignment
● ການກໍານົດ SNPs, InDels ແລະການປ່ຽນແປງ somatic
● ການກໍານົດຕົວແປຂອງເຊື້ອສາຍພັນ
● ການວິເຄາະລາຍເຊັນການກາຍພັນ
● ການກໍານົດພັນທຸກໍາຂອງ drive ໂດຍອີງໃສ່ການກາຍພັນທີ່ມີປະໂຫຍດ
● ຄໍາອະທິບາຍການກາຍພັນໃນລະດັບຄວາມອ່ອນໄຫວຕໍ່ກັບຢາເສບຕິດ
● ການວິເຄາະ heterogeneity – ການຄິດໄລ່ຂອງຄວາມບໍລິສຸດແລະ ploidy
ຂໍ້ມູນ QC - ສະຖິຕິຂອງ Exome capture
ການລະບຸຕົວແປ – InDels
ການວິເຄາະຂັ້ນສູງ: ການກໍານົດແລະການແຜ່ກະຈາຍຂອງ deleterious SNPs / InDels - ແຜນ Circos
ການວິເຄາະເນື້ອງອກ: ການກໍານົດແລະການແຈກຢາຍການກາຍພັນ somatic - ແຜນການ Circos
ການວິເຄາະເນື້ອງອກ: ເຊື້ອສາຍ clonal