ການຈັດລຳດັບເມຕາຈີໂນມິກ -NGS
ເມຕາຈີໂນມແມ່ນການລວບລວມວັດສະດຸພັນທຸກໍາທັງໝົດຂອງຊຸມຊົນສິ່ງມີຊີວິດປະສົມ, ເຊັ່ນ: ເມຕາຈີໂນມສິ່ງແວດລ້ອມ ແລະ ມະນຸດ. ມັນປະກອບດ້ວຍຈີໂນມຂອງທັງຈຸລິນຊີທີ່ສາມາດປູກຝັງໄດ້ ແລະ ບໍ່ສາມາດປູກຝັງໄດ້. ການຈັດລໍາດັບເມຕາຈີໂນມແບບ Shotgun ດ້ວຍ NGS ຊ່ວຍໃຫ້ການສຶກສາພູມສັນຖານຈີໂນມທີ່ສັບສົນເຫຼົ່ານີ້ທີ່ຝັງຢູ່ໃນຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມໂດຍການໃຫ້ຫຼາຍກວ່າການວິເຄາະດ້ານ taxonomic, ເຊິ່ງໃຫ້ຄວາມເຂົ້າໃຈຢ່າງລະອຽດກ່ຽວກັບຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງຊະນິດພັນ, ການເຄື່ອນໄຫວຂອງຄວາມອຸດົມສົມບູນ, ແລະໂຄງສ້າງປະຊາກອນທີ່ສັບສົນ. ນອກເໜືອໄປຈາກການສຶກສາດ້ານ taxonomic, ເມຕາຈີໂນມແບບ Shotgun ຍັງສະເໜີທັດສະນະທາງດ້ານ genomics ທີ່ເປັນປະໂຫຍດ, ເຊິ່ງຊ່ວຍໃຫ້ສາມາດສຳຫຼວດ genes ທີ່ຖືກເຂົ້າລະຫັດ ແລະ ບົດບາດທີ່ສົມມຸດຕິຖານຂອງພວກມັນໃນຂະບວນການທາງນິເວດວິທະຍາ. ສຸດທ້າຍ, ການສ້າງເຄືອຂ່າຍສັມພັນລະຫວ່າງອົງປະກອບທາງພັນທຸກໍາ ແລະ ປັດໄຈສິ່ງແວດລ້ອມປະກອບສ່ວນເຂົ້າໃນຄວາມເຂົ້າໃຈແບບລວມກ່ຽວກັບການພົວພັນທີ່ສັບສົນລະຫວ່າງຊຸມຊົນຈຸລິນຊີ ແລະ ພື້ນຖານທາງນິເວດວິທະຍາຂອງພວກມັນ. ສະຫຼຸບແລ້ວ, ການຈັດລໍາດັບເມຕາຈີໂນມເປັນເຄື່ອງມືທີ່ສໍາຄັນສໍາລັບການເປີດເຜີຍຄວາມສັບສົນຂອງ genomic ຂອງຊຸມຊົນຈຸລິນຊີທີ່ຫຼາກຫຼາຍ, ສະແດງໃຫ້ເຫັນຄວາມສໍາພັນທີ່ຫຼາກຫຼາຍລະຫວ່າງພັນທຸກໍາ ແລະ ນິເວດວິທະຍາພາຍໃນລະບົບນິເວດທີ່ສັບສົນເຫຼົ່ານີ້.
ແພລດຟອມ: Illumina NovaSeq ແລະ DNBSEQ-T7
ຂໍ້ໄດ້ປຽບຂອງການບໍລິການ
●ວິທີການແຍກ ແລະ ການປູກຝັງແບບບໍ່ໃຊ້ສານເຄມີ ສຳລັບການວິເຄາະຊຸມຊົນຈຸລິນຊີເຮັດໃຫ້ສາມາດຈັດລຳດັບສານພັນທຸກໍາຈາກສິ່ງມີຊີວິດທີ່ບໍ່ສາມາດປູກໄດ້.
●ຄວາມລະອຽດສູງກວດພົບຊະນິດພັນທີ່ມີຄວາມອຸດົມສົມບູນຕໍ່າໃນຕົວຢ່າງສິ່ງແວດລ້ອມ.
●ການວິເຄາະຊີວະຂໍ້ມູນຂ່າວສານທີ່ສົມບູນແບບ:ບໍ່ພຽງແຕ່ສຸມໃສ່ຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງດ້ານ taxonomic ເທົ່ານັ້ນ, ແຕ່ຍັງສຸມໃສ່ຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງດ້ານໜ້າທີ່ຂອງຊຸມຊົນອີກດ້ວຍ.
●ປະສົບການຢ່າງກວ້າງຂວາງ:ດ້ວຍປະຫວັດຄວາມສຳເລັດໃນການປິດໂຄງການ metagenomics ຫຼາຍໂຄງການໃນຂົງເຂດການຄົ້ນຄວ້າຕ່າງໆ ແລະ ປະມວນຜົນຕົວຢ່າງຫຼາຍກວ່າ 200,000 ຕົວຢ່າງ, ທີມງານຂອງພວກເຮົາໄດ້ນຳເອົາປະສົບການອັນອຸດົມສົມບູນມາສູ່ທຸກໂຄງການ.
ລາຍລະອຽດການບໍລິການ
| ແພລດຟອມການຈັດລຳດັບ | ຍຸດທະສາດການຈັດລຳດັບ | ຂໍ້ມູນທີ່ແນະນຳ | ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບ |
| Illumina NovaSeq ຫຼື DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
ຂໍ້ກຳນົດການບໍລິການ
| ຄວາມເຂັ້ມຂຸ້ນ (ng/µL) | ປະລິມານທັງໝົດ (ງ) | ປະລິມານ (ໄມໂຄຣລິດ) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● ດິນ/ຕະກອນ: 2-3 ກຣາມ
● ປະລິມານໃນລຳໄສ້ - ສັດ: 0.5-2 ກຣາມ
● ສິ່ງທີ່ຢູ່ໃນລຳໄສ້ - ແມງໄມ້: 0.1-0.25 ກຣາມ
● ໜ້າດິນຂອງພືດ (ຕະກອນທີ່ອຸດົມສົມບູນ): 0.5-1 ກຣາມ
● ຕະກອນທີ່ອຸດົມໄປດ້ວຍນ້ຳໝັກ): 0.2-0.5 ກຣາມ
● ອາຈົມ (ສັດໃຫຍ່): 0.5-2 ກຣາມ
● ອາຈົມ (ໜູ): 3-5 ເມັດ
● ນ້ຳລ້າງຖົງລົມປອດ: ເຈ້ຍກອງ
● ໄມ້ສຳລີຊ່ອງຄອດ: 5-6 ໄມ້ສຳລີ
● ຜ້າເຊັດຜິວໜັງ/ອະໄວຍະວະເພດ/ນໍ້າລາຍ/ເນື້ອເຍື່ອອ່ອນໃນປາກ/ຄໍ/ຮູທະວານ: 2-3 ຜືນ
● ຈຸລິນຊີພື້ນຜິວ: 5-6 ຜ້າເຊັດ
● ແຫຼ່ງນ້ຳ/ອາກາດ/ຟິມຊີວະພາບ: ເຈ້ຍກອງ
● ເອນໂດໄຟທ໌: 2-3 ກຣາມ
● ຄາບແຂ້ວ: 0.5-1 ກຣາມ
ຂະບວນການເຮັດວຽກຂອງການບໍລິການ
ການຈັດສົ່ງຕົວຢ່າງ
ການກໍ່ສ້າງຫໍສະໝຸດ
ການຈັດລຳດັບ
ການວິເຄາະຂໍ້ມູນ
ບໍລິການຫຼັງການຂາຍ
ປະກອບມີການວິເຄາະຕໍ່ໄປນີ້:
● ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບຂໍ້ມູນການຈັດລຳດັບ
● ການປະກອບ Metagenome ແລະ ການຄາດຄະເນ gene
● ຄຳອະທິບາຍກ່ຽວກັບພັນທຸກໍາ
● ການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງອັລຟາທາງດ້ານການຈັດປະເພດ
● ການວິເຄາະໜ້າທີ່ຂອງຊຸມຊົນ: ໜ້າທີ່ທາງຊີວະພາບ, ການເຜົາຜານອາຫານ, ການຕ້ານທານຢາຕ້ານເຊື້ອ
● ການວິເຄາະກ່ຽວກັບຄວາມຫຼາກຫຼາຍທາງດ້ານໜ້າທີ່ ແລະ ການຈັດປະເພດ:
ການວິເຄາະຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງເບຕ້າ
ການວິເຄາະລະຫວ່າງກຸ່ມ
ການວິເຄາະສຳພັນ: ລະຫວ່າງປັດໄຈສິ່ງແວດລ້ອມ ແລະ ອົງປະກອບ ແລະ ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງ OUT
ການວິເຄາະໜ້າທີ່: ການຕ້ານທານຢາຕ້ານເຊື້ອ CARD
ການວິເຄາະແບບແຍກແຍະຂອງເສັ້ນທາງການເຜົາຜານອາຫານ KEGG: ແຜນທີ່ຄວາມຮ້ອນຂອງເສັ້ນທາງທີ່ສຳຄັນ
ຄວາມຫຼາກຫຼາຍຂອງອັລຟາຂອງການແຈກຢາຍດ້ານ taxonomic: ດັດຊະນີ ACE
ຄວາມຫຼາກຫຼາຍເບຕ້າຂອງການແຈກຢາຍດ້ານ taxonomic: PCoA
ສຳຫຼວດຄວາມກ້າວໜ້າທີ່ໄດ້ຮັບການຊ່ວຍເຫຼືອຈາກການບໍລິການຈັດລຳດັບ metagenome ຂອງ BMKGene ກັບ Illumina ຜ່ານການລວບລວມສິ່ງພິມທີ່ຄັດສັນມາอย่างดี.
Hai, Q. ແລະ ອື່ນໆ. (2023) 'ການວິເຄາະທາງເມຕາໂນມິກ ແລະ ເມຕາໂບໂລມິກຂອງການປ່ຽນແປງຂອງເນື້ອໃນລຳໄສ້ຂອງປາຣາວສາຍຮຸ້ງ (Oncorhynchus mykiss) ທີ່ຕິດເຊື້ອໄວຣັດ hematopoietic necrosis ທີ່ອຸນຫະພູມນ້ຳທີ່ແຕກຕ່າງກັນໃນການເພາະເລี้ยง',ຊາຍແດນໃນຈຸລິນຊີວິທະຍາ, 14, ໜ້າ 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. ແລະ ອື່ນໆ (2023) 'ຊຸມຊົນຈຸລິນຊີ, ພັນທຸກໍາຕ້ານທານ, ແລະ ຄວາມສ່ຽງດ້ານການຕໍ່ຕ້ານໃນທະເລສາບໃນຕົວເມືອງທີ່ມີສະພາບໂພຊະນາການທີ່ແຕກຕ່າງກັນ: ການເຊື່ອມໂຍງພາຍໃນ ແລະ ອິດທິພົນພາຍນອກ',ວາລະສານຄວາມກ້າວໜ້າດ້ານວັດສະດຸອັນຕະລາຍ, 9, ຫນ້າ. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. ແລະ ອື່ນໆ (2022) 'ການວິເຄາະ Metagenomic ເປີດເຜີຍຄວາມແຕກຕ່າງໃນອົງປະກອບ ແລະ ໜ້າທີ່ລະຫວ່າງຈຸລິນຊີທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຂອງແຫຼວ ແລະ ຂອງແຂງຂອງຮູເມນແກະ',ຊາຍແດນໃນຈຸລິນຊີວິທະຍາ, 13, ໜ້າ 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. ແລະ ອື່ນໆ. (2023) 'ຈຸລິນຊີທີ່ມາຈາກໝູ Ningxiang ທີ່ເປັນໂລກອ້ວນເຮັດໃຫ້ເກີດການເຜົາຜານ carnitine ຄືນໃໝ່ເພື່ອສົ່ງເສີມການສະສົມກົດໄຂມັນກ້າມຊີ້ນໃນໝູທີ່ບໍ່ມີໄຂມັນ DLY',ນະວັດຕະກໍາ, 4(5), ຫນ້າ. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. ແລະ ອື່ນໆ. (2023) 'ຄວາມເຂົ້າໃຈກ່ຽວກັບຄວາມສ່ຽງທີ່ອາດເກີດຂຶ້ນຈາກພາດສະຕິກຊີວະພາບ/ບໍ່ສາມາດຍ່ອຍສະຫຼາຍໄດ້ ແລະ ເສດເຫຼືອທີ່ບໍ່ແມ່ນພາດສະຕິກໃນເຂດເທິງ ແລະ ລຸ່ມຂອງປາກແມ່ນ້ຳ Haihe, ປະເທດຈີນ',ວິທະຍາສາດກ່ຽວກັບສິ່ງແວດລ້ອມທັງໝົດ, 887, ໜ້າ. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
