-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq ہسٹون ترمیم، ٹرانسکرپشن عوامل، اور دیگر DNA سے وابستہ پروٹین کے لیے DNA اہداف کی جینوم وسیع پروفائلنگ فراہم کرتا ہے۔یہ مخصوص پروٹین-DNA کمپلیکس کو بحال کرنے کے لیے کرومیٹن امیونو-پریسیپیٹیشن (ChIP) کی سلیکٹیوٹی کو یکجا کرتا ہے، جس میں بازیافت شدہ DNA کی ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ کے لیے اگلی نسل کی ترتیب (NGS) کی طاقت ہوتی ہے۔مزید برآں، کیونکہ پروٹین-DNA کمپلیکسز زندہ خلیوں سے برآمد ہوتے ہیں، اس لیے بائنڈنگ سائٹس کا موازنہ سیل کی مختلف اقسام اور ٹشوز میں، یا مختلف حالات میں کیا جا سکتا ہے۔ایپلی کیشنز ٹرانسکرپشن ریگولیشن سے لے کر ترقی کے راستے سے بیماری کے طریقہ کار اور اس سے آگے تک ہوتی ہیں۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq پلیٹ فارم
-
میٹاجینومک سیکوینسنگ - این جی ایس
میٹاجینوم سے مراد حیاتیات کی مخلوط برادری کے کل جینیاتی مواد کا مجموعہ ہے، جیسے ماحولیاتی میٹاجینوم، ہیومن میٹاجینوم، وغیرہ۔ اس میں قابل کاشت اور ناقابل کاشت مائکروجنزم دونوں کے جینوم ہوتے ہیں۔میٹجینومک سیکوینسنگ ایک مالیکیولر ٹول ہے جو ماحولیاتی نمونوں سے اخذ کیے گئے مخلوط جینومک مواد کا تجزیہ کرنے کے لیے استعمال ہوتا ہے، جو انواع کے تنوع اور کثرت، آبادی کی ساخت، فائیلوجینیٹک تعلق، فنکشنل جینز اور ماحولیاتی عوامل کے ساتھ ارتباط کے نیٹ ورک میں تفصیلی معلومات فراہم کرتا ہے۔
پلیٹ فارم:Illumina NovaSeq پلیٹ فارم
-
میٹجینومک سیکوینسنگ-نانوپور
میٹاجینومکس ایک مالیکیولر ٹول ہے جو ماحولیاتی نمونوں سے اخذ کیے گئے مخلوط جینومک مواد کا تجزیہ کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے، جو انواع کے تنوع اور کثرت، آبادی کی ساخت، فائیلوجنیٹک تعلق، فنکشنل جینز اور ماحولیاتی عوامل کے ساتھ ارتباط کے نیٹ ورک وغیرہ کے بارے میں تفصیلی معلومات فراہم کرتا ہے۔ میٹجینومک مطالعہ کے لئے.پڑھنے کی لمبائی میں اس کی شاندار کارکردگی نے بڑے پیمانے پر ڈاون اسٹریم میٹجینومک تجزیہ، خاص طور پر میٹاجینوم اسمبلی میں اضافہ کیا۔پڑھنے کی لمبائی کا فائدہ اٹھاتے ہوئے، نانوپور پر مبنی میٹاجینومک مطالعہ شاٹ گن میٹاجینومکس کے مقابلے میں زیادہ مسلسل اسمبلی حاصل کرنے کے قابل ہے۔یہ شائع کیا گیا ہے کہ نانوپور پر مبنی میٹاجینومکس نے مائکرو بایومس (موس، ای ایل، وغیرہ سے مکمل اور بند بیکٹیریل جینوم کامیابی کے ساتھ تیار کیےنیچر بائیوٹیک، 2020)
پلیٹ فارم:نانوپور پرومیتھیون P48
-
مکمل جینوم بیسلفائٹ کی ترتیب
سائٹوسین (5-mC) میں پانچویں پوزیشن پر ڈی این اے میتھیلیشن کا جین کے اظہار اور سیلولر سرگرمی پر بنیادی اثر ہے۔غیر معمولی میتھیلیشن پیٹرن کئی حالات اور بیماریوں، جیسے کینسر کے ساتھ منسلک کیا گیا ہے.ڈبلیو جی بی ایس سنگل بیس ریزولوشن پر جینوم وسیع میتھیلیشن کا مطالعہ کرنے کے لیے سونے کا معیار بن گیا ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq پلیٹ فارم
-
ہائی تھرو پٹ سیکوینسنگ (ATAC-seq) کے ساتھ Transposase-Accessible Chromatin کے لیے پرکھ
ATAC-seq جینوم وسیع کرومیٹن کی رسائی کے تجزیہ کے لیے ایک اعلی تھرو پٹ ترتیب کا طریقہ ہے، جو جین کے اظہار کے عالمی ایپی جینیٹک کنٹرول کے لیے اہم ہے۔سیکوینسنگ اڈاپٹر کھلے کرومیٹن ریجنز میں ہائپر ایکٹیو Tn5 ٹرانسپوزیز کے ذریعے داخل کیے جاتے ہیں۔پی سی آر ایمپلیفیکیشن کے بعد، ایک ترتیب والی لائبریری بنائی جاتی ہے۔تمام کھلے کرومیٹن علاقے ایک مخصوص اسپیس ٹائم حالت کے تحت حاصل کیے جا سکتے ہیں، نہ صرف ٹرانسکرپشن فیکٹر کی بائنڈنگ سائٹس، یا کسی مخصوص ہسٹون میں ترمیم شدہ خطے تک محدود۔
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S اور 18S rRNA پر موجود ذیلی یونٹ جس میں انتہائی محفوظ اور ہائپر متغیر خطوں پر مشتمل ہے پروکیریٹک اور یوکرائیوٹک جانداروں کی شناخت کے لیے ایک بہترین مالیکیولر فنگر پرنٹ ہے۔ترتیب کا فائدہ اٹھاتے ہوئے، ان امپلیکونز کو محفوظ حصوں کی بنیاد پر نشانہ بنایا جا سکتا ہے اور ہائپر متغیر علاقوں کو مائکروبیل شناخت کے لیے مکمل طور پر خصوصیت دی جا سکتی ہے جو مائکروبیل تنوع کے تجزیہ، درجہ بندی، فائیلوجنی وغیرہ کا احاطہ کرنے والے مطالعات میں حصہ ڈالتے ہیں۔ سنگل مالیکیول ریئل ٹائم (SMRT) ) PacBio پلیٹ فارم کی ترتیب انتہائی درست لمبی ریڈز حاصل کرنے کے قابل بناتی ہے، جس میں مکمل لمبائی والے ایمپلی کون (تقریباً 1.5 Kb) کا احاطہ کیا جا سکتا ہے۔جینیاتی میدان کے وسیع نقطہ نظر نے بیکٹیریا یا فنگی کمیونٹی میں پرجاتیوں کی تشریح میں حل کو بہت بہتر بنایا۔
پلیٹ فارم:PacBio سیکوئل II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplicon کی ترتیب کا مقصد ایک مائکروبیل کمیونٹی میں فائیلوجنی، درجہ بندی، اور پرجاتیوں کی کثرت کو ظاہر کرنا ہے جس میں ہاؤس کیپنگ جینیاتی مارکروں کی PCR مصنوعات کی چھان بین کی جاتی ہے جس میں انتہائی بات چیت اور ہائپر ویری ایبل دونوں حصے ہوتے ہیں۔Woeses et al، (1977) کے ذریعہ ان کامل مالیکیولر فنگر پرنٹ کا تعارف تنہائی سے پاک مائکرو بایوم پروفائلنگ کو تقویت دیتا ہے۔16S (بیکٹیریا)، 18S (فنگ) اور انٹرنل ٹرانسکرائبڈ اسپیسر (ITS، فنگس) کی ترتیب سے وافر پرجاتیوں کے ساتھ ساتھ نایاب اور نامعلوم انواع دونوں کی شناخت کی اجازت ملتی ہے۔یہ ٹیکنالوجی مختلف ماحول، جیسے انسانی منہ، آنتیں، پاخانہ وغیرہ میں تفریق مائکروبیل مرکب کی شناخت کے لیے ایک وسیع پیمانے پر لاگو اور بڑا آلہ بنتی جا رہی ہے۔
پلیٹ فارم:Illumina NovaSeq پلیٹ فارم
-
بیکٹیریل اور فنگل مکمل جینوم کی دوبارہ ترتیب
بیکٹیریل اور فنگل پورے جینوم کی دوبارہ ترتیب معلوم بیکٹیریم اور فنگس کے جینوم کو مکمل کرنے کے ساتھ ساتھ ایک سے زیادہ جینوم کا موازنہ کرنے یا نئے جانداروں کے جینوم کا نقشہ بنانے کا ایک اہم ذریعہ ہے۔درست حوالہ جینوم تیار کرنے، مائکروبیل شناخت اور دیگر تقابلی جینوم مطالعہ کرنے کے لیے بیکٹیریم اور فنگس کے پورے جینوم کو ترتیب دینا بہت اہمیت کا حامل ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq پلیٹ فارم
-
PacBio-مکمل لمبائی 16S/18S/ITS ایمپلی کون سیکوینسنگ
Amplicon (16S/18S/ITS) پلیٹ فارم مائکروبیل ڈائیورسٹی پروجیکٹ کے تجزیہ میں سالوں کے تجربے کے ساتھ تیار کیا گیا ہے، جس میں معیاری بنیادی تجزیہ اور ذاتی تجزیہ شامل ہے: بنیادی تجزیہ موجودہ مائکروبیل تحقیق کے مرکزی دھارے کے تجزیہ کے مواد کا احاطہ کرتا ہے، تجزیہ کا مواد بھرپور اور جامع ہے، اور تجزیہ کے نتائج پروجیکٹ رپورٹس کی شکل میں پیش کیے جاتے ہیں۔ذاتی تجزیہ کا مواد متنوع ہے۔نمونے منتخب کیے جا سکتے ہیں اور بنیادی تجزیہ رپورٹ اور تحقیقی مقصد کے مطابق پیرامیٹرز کو لچکدار طریقے سے ترتیب دیا جا سکتا ہے، تاکہ ذاتی ضروریات کو پورا کیا جا سکے۔ونڈوز آپریٹنگ سسٹم، سادہ اور تیز۔
-
PacBio-مکمل لمبائی ٹرانسکرپٹوم (غیر حوالہ)
پیسیفک بائیو سائنسز (PacBio) Isoform سیکوینسنگ ڈیٹا کو بطور ان پٹ لیتے ہوئے، یہ ایپ مکمل طوالت کے ٹرانسکرپٹ سیکوینس (اسمبلی کے بغیر) کی شناخت کرنے کے قابل ہے۔حوالہ جینوم کے خلاف مکمل طوالت کے سلسلے کی نقشہ سازی کر کے، ٹرانسکرپٹس کو معلوم جینز، ٹرانسکرپٹس، کوڈنگ ریجنز وغیرہ کے ذریعے بہتر بنایا جا سکتا ہے۔ اس صورت میں، mRNA ڈھانچے کی زیادہ درست شناخت، جیسے کہ متبادل سپلائینگ وغیرہ، حاصل کی جا سکتی ہیں۔NGS ٹرانسکرپٹوم سیکوینسنگ ڈیٹا کے ساتھ مشترکہ تجزیہ ٹرانسکرپٹ کی سطح پر اظہار میں زیادہ جامع تشریح اور زیادہ درست مقدار کو قابل بناتا ہے، جس سے بڑے پیمانے پر نیچے کی دھارے میں فرق کے اظہار اور فنکشنل تجزیہ کو فائدہ ہوتا ہے۔
-
کم نمائیندگی بیسلفائٹ سیکوینسنگ (RRBS)
ڈی این اے میتھیلیشن ریسرچ بیماری کی تحقیق میں ہمیشہ سے ایک گرما گرم موضوع رہا ہے، اور اس کا جین کے اظہار اور فینو ٹائپک خصلتوں سے گہرا تعلق ہے۔RRBS DNA میتھیلیشن ریسرچ کے لیے ایک درست، موثر اور اقتصادی طریقہ ہے۔پروموٹر اور CpG جزیرے کے علاقوں کی افزودگی اینزیمیٹک کلیویج (Msp I) کے ذریعے، Bisulfite کی ترتیب کے ساتھ مل کر، ہائی ریزولوشن DNA میتھیلیشن کا پتہ لگاتا ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq پلیٹ فارم
-
پروکیریٹک ایم آر این اے کی ترتیب
mRNA کی ترتیب مخصوص حالات کے تحت خلیوں کے اندر تمام mRNA ٹرانسکرپٹس کی جامع پروفائلنگ کو تقویت دیتی ہے۔یہ جدید ٹیکنالوجی ایک طاقتور ٹول کے طور پر کام کرتی ہے، پیچیدہ جین ایکسپریشن پروفائلز، جین ڈھانچے، اور متنوع حیاتیاتی عمل سے وابستہ مالیکیولر میکانزم کی نقاب کشائی کرتی ہے۔بنیادی تحقیق، طبی تشخیص، اور منشیات کی نشوونما میں وسیع پیمانے پر اپنایا گیا، mRNA کی ترتیب سیلولر ڈائنامکس اور جینیاتی ضابطے کی پیچیدگیوں کے بارے میں بصیرت پیش کرتی ہے۔ہماری پروکاریوٹک ایم آر این اے نمونہ پروسیسنگ پروکیریٹک ٹرانسکرپٹوم کے لیے تیار کی گئی ہے، جس میں آر آر این اے کی کمی اور دشاتمک لائبریری کی تیاری شامل ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq X
