-
Хроматиндік иммунопреципитация реттілігі (ChIP-секв)
ChIP-Seq гистонды модификациялау, транскрипция факторлары және басқа ДНҚ-байланысты ақуыздар үшін ДНҚ нысандарының геномдық профилін қамтамасыз етеді.Ол қалпына келтірілген ДНҚ-ның жоғары өнімді секвенциясы үшін келесі ұрпақ секвенирлеуінің (NGS) күшімен ерекше ақуыз-ДНҚ кешендерін қалпына келтіру үшін хроматиндік иммундық-преципитацияның (ChIP) селективтілігін біріктіреді.Сонымен қатар, ақуыз-ДНҚ кешендері тірі жасушалардан қалпына келтірілетіндіктен, байланыстыру орындарын әртүрлі жасуша түрлері мен тіндерінде немесе әртүрлі жағдайларда салыстыруға болады.Қолданулар транскрипциялық реттеуден бастап даму жолдарына дейін ауру механизмдеріне дейін және одан тыс жерлерде.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Метагеномикалық реттілік -NGS
Метагеном организмдердің аралас қауымдастығының жалпы генетикалық материалдарының жиынтығын білдіреді, мысалы, қоршаған орта метагеномы, адам метагеномы және т.б. Онда өсірілетін және өсірілмейтін микроорганизмдердің геномдары бар.Метагеномдық секвенирлеу – түрлердің әртүрлілігі мен көптігі, популяция құрылымы, филогенетикалық байланысы, функционалды гендер және қоршаған орта факторларымен корреляциялық желісі туралы толық ақпарат беретін қоршаған орта үлгілерінен алынған аралас геномдық материалдарды талдау үшін қолданылатын молекулалық құрал.
Платформа:Illumina NovaSeq платформасы
-
Метагеномикалық реттілік-нанопора
Метагеномика – қоршаған орта үлгілерінен алынған аралас геномдық материалдарды талдау үшін қолданылатын молекулалық құрал, ол түрлердің әртүрлілігі мен көптігі, популяция құрылымы, филогенетикалық қарым-қатынас, функционалды гендер және қоршаған орта факторларымен корреляциялық желі және т.б. туралы толық ақпарат береді. Нанопораларды секвенирлеу платформалары жақында енгізілген. метагеномдық зерттеулерге.Оның оқу ұзақтығы бойынша тамаша өнімділігі төмен ағынды метагеномдық талдауды, әсіресе метагеномды құрастыруды едәуір жақсартты.Оқу ұзақтығының артықшылықтарын пайдалана отырып, нанопора негізіндегі метагеномикалық зерттеу атыс қаруының метагеномикасымен салыстырғанда үздіксіз жинақтауға қол жеткізе алады.Нанопора негізіндегі метагеномика микробиомалардан толық және жабық бактериялық геномдарды сәтті жасағаны жарияланды (Moss, EL, т.б.,Табиғат биотехнологиясы, 2020)
Платформа:Nanopore PromethION P48
-
Тұтас геномды бисульфит секвенциясы
Цитозиндегі (5-мС) бесінші позициядағы ДНҚ метилденуі ген экспрессиясы мен жасушалық белсенділікке түбегейлі әсер етеді.Қалыпты емес метилдену үлгілері қатерлі ісік сияқты бірнеше жағдайлармен және аурулармен байланысты болды.WGBS бір базалық рұқсатта геномдық метилденуді зерттеудің алтын стандартына айналды.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Жоғары өткізу қабілеттілігі бар Транспозаға қол жетімді хроматинді талдау (ATAC-seq)
ATAC-seq – ген экспрессиясын жаһандық эпигенетикалық бақылау үшін маңызды болып табылатын геномдық хроматиннің қолжетімділігін талдауға арналған жоғары өнімді секвенирлеу әдісі.Секвенирлеу адаптерлері ашық хроматин аймақтарына гиперактивті Tn5 транспозасы арқылы енгізіледі.ПТР күшейтуден кейін секвенирлеу кітапханасы құрастырылады.Барлық ашық хроматин аймақтарын транскрипция факторының немесе белгілі бір гистонның модификацияланған аймағының байланысу орындарымен шектеліп қана қоймай, нақты кеңістік-уақыт жағдайында алуға болады.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S және 18S рРНҚ-дағы жоғары сақталған және гипер-айнымалы аймақтарды қамтитын суббірлік прокариоттық және эукариоттық организмдерді сәйкестендіру үшін тамаша молекулалық саусақ ізі болып табылады.Секвенирлеудің артықшылығын пайдалана отырып, бұл ампликондар сақталған бөліктерге негізделуі мүмкін және гипер-айнымалы аймақтар микробтардың әртүрлілігін талдауды, таксономияны, филогенезді және т.б. қамтитын зерттеулерге ықпал ететін микробтық идентификация үшін толық сипатталуы мүмкін. Бір молекулалы нақты уақыт режимі (SMRT) ) PacBio платформасының реттілігі толық ұзындықтағы ампликондарды (шамамен 1,5 Кб) қамтуы мүмкін жоғары дәлдіктегі ұзақ оқуларды алуға мүмкіндік береді.Генетикалық өрісті кеңейту бактериялар немесе саңырауқұлақтар қауымдастығындағы түрлердің аннотациясының ажыратымдылығын айтарлықтай жақсартты.
Платформа:PacBio жалғасы II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS ампликонды секвенирлеу микробтар қауымдастығындағы филогенезді, таксономияны және түрлердің көптігін анықтауға бағытталған, оларда жоғары ауыспалы және гипервариативтік бөліктерді қамтитын шаруашылық генетикалық маркерлерінің ПТР өнімдерін зерттеу арқылы.Woeses және басқалары (1977) жасаған осы тамаша молекулалық саусақ ізін енгізу микробиомаларды оқшаулаусыз профильдеуге мүмкіндік береді.16S (бактериялар), 18S (саңырауқұлақтар) және ішкі транскрипцияланған аралық (ITS, саңырауқұлақтар) секвенциясы мол түрлерді де, сирек кездесетін және анықталмаған түрлерді де анықтауға мүмкіндік береді.Бұл технология адамның аузы, ішектері, нәжістері және т.
Платформа:Illumina NovaSeq платформасы
-
Бактериялық және саңырауқұлақтардың толық геномын қайта секвенирлеу
Бактериялар мен саңырауқұлақтардың тұтас геномын қайта секвенирлеу белгілі бактериялар мен саңырауқұлақтардың геномдарын аяқтау, сондай-ақ бірнеше геномдарды салыстыру немесе жаңа организмдердің геномдарын картаға түсіру үшін маңызды құрал болып табылады.Нақты анықтамалық геномдарды жасау, микробтық идентификацияны және басқа да салыстырмалы геномдық зерттеулерді жүргізу үшін бактериялар мен саңырауқұлақтардың бүкіл геномдарын ретке келтірудің үлкен маңызы бар.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
PacBio-толық ұзындықтағы 16S/18S/ITS ампликонды реттілік
Amplicon (16S/18S/ITS) платформасы стандартталған негізгі талдау мен жекелендірілген талдауды қамтитын микробтардың әртүрлілігін жобалық талдаудағы көп жылдық тәжірибесімен әзірленген: негізгі талдау ағымдағы микробтық зерттеулердің негізгі талдау мазмұнын қамтиды, талдау мазмұны бай және жан-жақты, және талдау нәтижелері жобалық есептер түрінде ұсынылады;Жекелендірілген талдаудың мазмұны әртүрлі.Жеке талаптарды жүзеге асыру үшін негізгі талдау есебіне және зерттеу мақсатына сәйкес үлгілерді таңдауға және параметрлерді икемді түрде орнатуға болады.Windows операциялық жүйесі, қарапайым және жылдам.
-
PacBio-толық ұзындықтағы транскриптом (анықтамалық емес)
Pacific Biosciences (PacBio) изоформды реттілік деректерін кіріс ретінде ала отырып, бұл қолданба толық ұзындықтағы транскрипт тізбегін (құрастырусыз) анықтай алады.Анықтамалық геномға қарсы толық ұзындықтағы тізбектерді салыстыру арқылы транскрипттерді белгілі гендер, транскрипттер, кодтау аймақтары және т.б. арқылы оңтайландыруға болады. Бұл жағдайда баламалы сплайсинг және т.б. сияқты мРНҚ құрылымдарын дәлірек анықтауға қол жеткізуге болады.NGS транскриптомды секвенирлеу деректерімен бірлескен талдау транскрипт деңгейінде өрнекте неғұрлым толық аннотацияға және дәлірек сандық анықтауға мүмкіндік береді, бұл негізінен төменгі ағындық дифференциалды өрнек пен функционалды талдауға пайда әкеледі.
-
Қысқартылған өкілдік бисульфит реттілігі (RRBS)
ДНҚ метилденуін зерттеу әрқашан ауруды зерттеуде өзекті тақырып болды және ген экспрессиясы мен фенотиптік белгілермен тығыз байланысты.RRBS - ДНҚ метилденуін зерттеудің дәл, тиімді және үнемді әдісі.Бисульфитті секвенирлеумен біріктірілген ферменттік ыдырау (Msp I) арқылы промотор және CpG аралдарының аймақтарын байыту жоғары ажыратымдылықтағы ДНҚ метилденуін анықтауды қамтамасыз етеді.
Платформа: Illumina NovaSeq платформасы
-
Прокариоттық мРНҚ секвенциясы
мРНҚ секвенциясы белгілі бір жағдайларда жасушалардағы барлық мРНҚ транскрипттерінің жан-жақты профилін жасауға мүмкіндік береді.Бұл озық технология күрделі ген экспрессия профильдерін, гендік құрылымдарды және әртүрлі биологиялық процестермен байланысты молекулалық механизмдерді ашатын күшті құрал ретінде қызмет етеді.Іргелі зерттеулерде, клиникалық диагностикада және препараттарды әзірлеуде кеңінен қабылданған мРНҚ секвенциясы жасушалық динамика мен генетикалық реттеудің қыр-сырына түсінік береді.Біздің прокариоттық мРНҚ үлгісін өңдеу прокариоттық транскриптомдарға арналған, рРНҚ-ның сарқылуын және бағытты кітапхананы дайындауды қамтиды.
Платформа: Illumina NovaSeq X
