-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chip-Seq သည် histone ပြုပြင်မွမ်းမံမှု၊ စာသားမှတ်တမ်းအချက်များနှင့် အခြား DNA-ဆက်စပ်ပရိုတိန်းများအတွက် DNA ပစ်မှတ်များ၏ ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ပရိုဖိုင်ကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။၎င်းသည် ပြန်လည်ရယူထားသော DNA ၏ မြင့်မားသော ဆင့်ကဲဆင့်ကဲလုပ်ဆောင်မှုအတွက် မျိုးဆက်သစ် စီစစ်ခြင်း (NGS) ၏ စွမ်းအားဖြင့် သီးခြားပရိုတင်း-DNA ရှုပ်ထွေးမှုများကို ပြန်လည်ရယူရန် chromatin immuno-precipitation (ChIP) ၏ ရွေးချယ်နိုင်စွမ်းကို ပေါင်းစပ်ထားသည်။ထို့အပြင်၊ ပရိုတိန်း-DNA ရှုပ်ထွေးမှုများကို သက်ရှိဆဲလ်များမှ ပြန်လည်ရရှိသောကြောင့်၊ ချိတ်ဆက်ထားသောနေရာများကို မတူညီသောဆဲလ်အမျိုးအစားများနှင့် တစ်ရှူးများတွင် သို့မဟုတ် မတူညီသောအခြေအနေများတွင် နှိုင်းယှဉ်နိုင်သည်။အပလီကေးရှင်းများသည် ကူးယူဖော်ပြခြင်းဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းများမှ ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုလမ်းကြောင်းများအထိ ရောဂါယန္တရားများအထိ နှင့် အခြားအရာများ ပါဝင်သည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
Metagenomic Sequencing -NGS
မက်တာဂျီနိုမီ ဆိုသည်မှာ သဘာဝပတ်ဝန်းကျင် ဇီဝမျိုးကွဲ၊ လူသား ဇီဝမျိုးကွဲ စသည်တို့ကဲ့သို့ ရောနှောထားသော သက်ရှိများ၏ မျိုးရိုးဗီဇ အစုအဝေးကို ရည်ညွှန်းသည်။ ၎င်းတွင် စိုက်ပျိုးနိုင်သော နှင့် မမွေးမြူနိုင်သော အဏုဇီဝမျိုးရိုးများ နှစ်မျိုးလုံး ပါရှိသည်။Metagenomic sequencing သည် မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှုနှင့် များပြားမှု၊ လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ၊ ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်ဆံရေး၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇများနှင့် ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆက်စပ်မှုကွန်ရက်တို့ရှိ အသေးစိတ်အချက်အလက်များကို ပေးဆောင်သည့် ရောစပ်မျိုးဗီဇပစ္စည်းများကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် အသုံးပြုသည့် မော်လီကျူးကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။
ပလပ်ဖောင်း-Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics သည် မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှုနှင့် ပေါများကြွယ်ဝမှု၊ လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ၊ ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်ဆံရေး၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇများနှင့် ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆက်နွယ်မှုကွန်ရက်စသည်တို့အတွက် အသေးစိတ်အချက်အလက်များကို ပံ့ပိုးပေးသည့် ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများမှ ထုတ်ယူထားသော ရောစပ်မျိုးဗီဇပစ္စည်းများကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် အသုံးပြုသည့် မော်လီကျူးကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။ Nanopore စီစစ်ခြင်းပလပ်ဖောင်းများကို မကြာသေးမီက မိတ်ဆက်ခဲ့သည်။ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလေ့လာမှုများ။ဖတ်ရှုမှုအလျားတွင် ၎င်း၏ထူးခြားသောစွမ်းဆောင်ရည်သည် အထူးသဖြင့် metagenome စည်းဝေးမှုတွင် အဓိကအားဖြင့် စီးဆင်းနေသော ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို မြှင့်တင်ပေးပါသည်။Read-length ၏ အားသာချက်များကိုယူပြီး၊ Nanopore-based metagenomic လေ့လာမှုသည် shot-gun metagenomics နှင့် နှိုင်းယှဉ်လျှင် ပိုမိုစဉ်ဆက်မပြတ် စုဝေးမှုကို ရရှိနိုင်သည်။Nanopore-based metagenomics သည် microbiomes များမှ ပြီးပြည့်စုံသော နှင့် ပိတ်ထားသော ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ်များ (Moss, EL, et. al.သဘာဝဇီဝနည်းပညာ2020)
ပလပ်ဖောင်း-Nanopore PromethION P48
-
ဂျီနိုမ် ဘီဆာလ်ဖိုက်တစ်ခုလုံးကို စီစစ်ခြင်း။
cytosine (5-mC) တွင် ပဉ္စမမြောက် အနေအထားတွင် DNA methylation သည် မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ဆဲလ်များ၏လုပ်ဆောင်မှုအပေါ် အခြေခံသြဇာသက်ရောက်မှုရှိပါသည်။ပုံမှန်မဟုတ်သော methylation ပုံစံများသည် ကင်ဆာကဲ့သို့သော အခြေအနေများနှင့် ရောဂါများစွာနှင့် ဆက်စပ်နေပါသည်။WGBS သည် အခြေခံ resolution တစ်ခုတည်းတွင် genome-wide methylation ကိုလေ့လာရန်အတွက် ရွှေစံနှုန်းဖြစ်လာသည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
High Throughput Sequencing (ATAC-seq) ဖြင့် Transposase-Accessible Chromatin အတွက် စစ်ဆေးမှု
ATAC-seq သည် ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ခရိုမာတင် ဝင်ရောက်နိုင်မှုကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် မြင့်မားသော ဆင့်ကဲဆင့်ပွားနည်းလမ်းတစ်ခုဖြစ်ပြီး၊ ၎င်းသည် ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာ မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှု ထိန်းချုပ်မှုအတွက် အရေးကြီးသော ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ခရိုမာတင်သုံးစွဲနိုင်မှုကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန်ဖြစ်သည်။ဆက်တိုက်လုပ်ဆောင်နေသော အဒက်တာများကို hyperactive Tn5 transposase ဖြင့် ဖွင့်ထားသော chromatin ဧရိယာများတွင် ထည့်သွင်းထားသည်။PCR ချဲ့ထွင်ပြီးနောက်၊ အတွဲလိုက် စာကြည့်တိုက်တစ်ခုကို တည်ဆောက်သည်။ဖွင့်ထားသော chromatin ဒေသများအားလုံးကို သီးခြားနေရာ-အချိန်အခြေအနေတစ်ခုအောက်တွင် ရရှိနိုင်သည်၊ စာသားမှတ်တမ်းတစ်ခု၏ binding sites များ သို့မဟုတ် အချို့ histone ပြုပြင်ထားသော ဒေသကို ကန့်သတ်ထားရုံသာမက၊
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S နှင့် 18S rRNA ပေါ်ရှိ subunit သည် အလွန်ထိန်းသိမ်းထားသော နှင့် hyper-variable regions နှစ်ခုလုံးပါရှိသော subunit သည် prokaryotic နှင့် eukaryotic organisms ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းအတွက် ပြီးပြည့်စုံသော မော်လီကျူးလက်ဗွေတစ်ခုဖြစ်သည်။စီစစ်ခြင်း၏ အကျိုးကျေးဇူးကို အသုံးပြု၍ ထိန်းသိမ်းထားသော အစိတ်အပိုင်းများပေါ်တွင် အခြေခံ၍ ဤ amplicons များကို ပစ်မှတ်ထားနိုင်ပြီး အဏုဇီဝမျိုးကွဲများကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း၊ ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း၊ phylogeny စသည်ဖြင့် လေ့လာမှုများအတွက် ပံ့ပိုးပေးသည့် အဏုဇီဝမျိုးကွဲများဆိုင်ရာ ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းအတွက် အပြည့်အ၀ လက္ခဏာရပ်ပြနိုင်သည်။ တစ်ခုတည်း-မော်လီကျူးများ (SMRT ) PacBio ပလပ်ဖောင်းကို စီစစ်ခြင်းဖြင့် အရှည် amplicons (1.5 Kb ခန့်) လွှမ်းခြုံနိုင်သော အလွန်တိကျသော ရှည်လျားသော ဖတ်ရှုနိုင်မှုကို ရရှိစေပါသည်။မျိုးရိုးဗီဇနယ်ပယ်၏ ကျယ်ပြန့်သောအမြင်သည် ဘက်တီးရီးယား သို့မဟုတ် မှိုအသိုင်းအဝိုင်းရှိ မျိုးစိတ်ဖော်ပြချက်တွင် ပြတ်သားမှုကို ပိုမိုကောင်းမွန်စေသည်။
ပလပ်ဖောင်း-PacBio နောက်ဆက်တွဲ II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplicon sequencing သည် အလွန်အသုံးများပြီး ကွဲပြားနိုင်သော အစိတ်အပိုင်းများပါ၀င်သော အိမ်ထိန်းမျိုးရိုးဗီဇအမှတ်အသားများ၏ PCR ထုတ်ကုန်များကို စုံစမ်းစစ်ဆေးခြင်းဖြင့် ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ၊ အမျိုးအစားအလိုက် နှင့် မျိုးစိတ်များ ပေါကြွယ်ဝမှုကို ထုတ်ဖော်ပြသရန် ရည်ရွယ်ပါသည်။Woeses et al,(1977) မှ ပြီးပြည့်စုံသော မော်လီကျူးလက်ဗွေကို မိတ်ဆက်ခြင်းသည် အထီးကျန်ခြင်းကင်းသော မိုက်ခရိုဇီဝပရိုဖိုင်ကို အားကောင်းစေသည်။16S (ဘက်တီးရီးယား)၊ 18S (မှို) နှင့် Internal transcribed spacer (ITS၊ မှို) တို့ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် ပေါများသောမျိုးစိတ်များအပြင် ရှားပါးပြီး အမည်မသိမျိုးစိတ်နှစ်မျိုးလုံးကို ဖော်ထုတ်နိုင်မည်ဖြစ်သည်။ဤနည်းပညာသည် လူ့ပါးစပ်၊ အူလမ်းကြောင်း၊ မစင်စသည့် ပတ်ဝန်းကျင်အမျိုးမျိုးတွင် ကွဲပြားသော အဏုဇီဝဖွဲ့စည်းမှုကို ဖော်ထုတ်ရာတွင် တွင်ကျယ်စွာ အသုံးချပြီး အဓိကကိရိယာတစ်ခု ဖြစ်လာသည်။
ပလပ်ဖောင်း-Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
ဘက်တီးရီးယားနှင့် ဖန်းဂတ်စ် တကိုယ်လုံး ဂျီနိုမ် ပြန်လည် စီစစ်ခြင်း။
ဘက်တီးရီးယားနှင့် ဖန်းဂတ်စ် ဂျီနိုမ် တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည် စီစစ်ခြင်းသည် လူသိများသော ဘက်တီးရီးယားနှင့် မှိုများ၏ ဂျီနိုမ်များကို ပြီးမြောက်အောင် လုပ်ဆောင်ရန်အပြင် များစွာသော ဂျီနိုမ်များကို နှိုင်းယှဉ်ရန် သို့မဟုတ် သက်ရှိအသစ်များ၏ ဂျီနိုမ်များကို မြေပုံဆွဲရန် အရေးကြီးသော ကိရိယာတစ်ခု ဖြစ်သည်။တိကျသောရည်ညွှန်းသည့် ဂျီနိုမ်များထုတ်လုပ်ရန်၊ အဏုဇီဝခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် အခြားနှိုင်းယှဉ်ထားသော ဂျီနိုမ်လေ့လာမှုများပြုလုပ်ရန်အတွက် ဘက်တီးရီးယားနှင့်မှိုများ၏ ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို စီတန်းရန် အရေးကြီးပါသည်။
ပလပ်ဖောင်း-Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
PacBio-အရှည် 16S/18S/ITS အမ်ပလီကွန် စီစစ်ခြင်း
Amplicon (16S/18S/ITS) ပလပ်ဖောင်းသည် စံပြုအခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပါ၀င်သည့် အဏုဇီဝကွဲပြားမှုဆိုင်ရာ ပရောဂျက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် အတွေ့အကြုံနှစ်ပေါင်းများစွာဖြင့် တီထွင်ထားခြင်းဖြစ်သည်- အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် လက်ရှိအဏုဇီဝသုတေသန၏ ပင်မခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာကို အကျုံးဝင်သည်၊ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာသည် ကြွယ်ဝပြီး ပြည့်စုံသည်၊ နှင့် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုရလဒ်များကို စီမံကိန်းအစီရင်ခံစာပုံစံဖြင့် တင်ပြပါသည်။ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ အကြောင်းအရာသည် ကွဲပြားသည်။နမူနာများကို ရွေးချယ်နိုင်ပြီး ကန့်သတ်ချက်များကို အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်အစီရင်ခံစာနှင့် သုတေသနရည်ရွယ်ချက်အရ၊ ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်လိုအပ်ချက်များကို သိရှိနိုင်ရန် ဘောင်များကို လိုက်လျောညီထွေဖြစ်စေနိုင်သည်။Windows လည်ပတ်မှုစနစ်သည် ရိုးရှင်းပြီး မြန်ဆန်သည်။
-
PacBio-အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်း (အကိုးအကားမဟုတ်)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing data ကို ထည့်သွင်းခြင်းဖြင့်၊ ဤအက်ပ်သည် အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်းများ (စုပေါင်းခြင်းမရှိဘဲ) ကို ရှာဖွေဖော်ထုတ်နိုင်သည်။ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်နှင့် ပတ်သက်သည့် အစအဆုံး အစီအစဥ်များကို ပုံဖော်ခြင်းဖြင့်၊ မှတ်သားထားသော ဗီဇများ၊ စာသားမှတ်တမ်းများ၊ ကုဒ်နံပါတ်များ စသည်တို့ဖြင့် အကောင်းဆုံးဖြစ်အောင် ပြုလုပ်နိုင်ပါသည်။ ဤကိစ္စတွင်၊ အစားထိုးဆက်ကပ်ခြင်းကဲ့သို့သော mRNA ဖွဲ့စည်းပုံများကို ပိုမိုတိကျစွာ ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း စသည်တို့ကို အောင်မြင်နိုင်ပါသည်။NGS စာသားမှတ်တမ်း စီစစ်ခြင်းဒေတာနှင့်အတူ ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် ရေစုန်းခြားနားသောအသုံးအနှုန်းနှင့် လုပ်ငန်းဆိုင်ရာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ဖော်ပြချက်တွင် ပိုမိုပြည့်စုံသောမှတ်ချက်များနှင့် ပိုမိုတိကျသောအရေအတွက်ကို ထုတ်ပေးပါသည်။
-
လျှော့ချထားသော ကိုယ်စားပြု Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA methylation သုတေသနသည် ရောဂါ သုတေသနတွင် အမြဲတမ်း အရေးအကြီးဆုံး အကြောင်းအရာဖြစ်ပြီး မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ဖီနိုအမျိုးအစား စရိုက်များနှင့် နီးကပ်စွာ ဆက်စပ်နေသည်။RRBS သည် DNA methylation သုတေသနအတွက် တိကျသော၊ ထိရောက်ပြီး ချွေတာသောနည်းလမ်းဖြစ်သည်။Bisulfite sequencing နှင့် ပေါင်းစပ်ထားသော enzymatic cleavage (Msp I) ဖြင့် enzymatic cleavage (Msp I) ဖြင့် မြှင့်တင်ခြင်းနှင့် CpG ကျွန်းဒေသများကို ကြွယ်ဝစေခြင်းသည် မြင့်မားသော resolution DNA methylation detection ကို ပေးပါသည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
Prokaryotic mRNA စီစစ်ခြင်း။
mRNA sequencing သည် သီးခြားအခြေအနေများအောက်တွင် ဆဲလ်အတွင်းရှိ mRNA မှတ်တမ်းများအားလုံးကို ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်းကို အားကောင်းစေသည်။ဤခေတ်မီနည်းပညာသည် အစွမ်းထက်သောကိရိယာတစ်ခုဖြစ်ပြီး ရှုပ်ထွေးရှုပ်ထွေးသော ဗီဇဖော်ပြချက်ပရိုဖိုင်များ၊ မျိုးရိုးဗီဇဖွဲ့စည်းပုံများနှင့် ကွဲပြားသောဇီဝဖြစ်စဉ်များနှင့်ဆက်စပ်နေသော မော်လီကျူးယန္တရားများကို ထုတ်ဖော်ပြသပေးပါသည်။အခြေခံသုတေသန၊ လက်တွေ့ရောဂါရှာဖွေခြင်းနှင့် ဆေးဝါးဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် လက်ခံကျင့်သုံးသော mRNA သည် ဆယ်လူလာဒိုင်းနမစ်များနှင့် မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ စည်းမျဥ်းများဆိုင်ရာ ရှုပ်ထွေးနက်နဲသော ထိုးထွင်းဉာဏ်ကို ပေးပါသည်။ကျွန်ုပ်တို့၏ prokaryotic mRNAနမူနာလုပ်ဆောင်ခြင်းကို rRNA လျော့နည်းခြင်းနှင့် လမ်းညွှန်စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုတို့ပါ၀င်သော prokaryotic စာသားမှတ်တမ်းများအတွက် အံဝင်ခွင်ကျဖြစ်စေပါသည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq X
