Eukariotoen mRNA sekuentziazioa-NGS
Ezaugarriak
● Aukerako norabideko mRNA liburutegiaren prestaketa, kate espezifikoen sekuentziazio datuak lortzeko.
● BI analisi ezberdinek gure bezeroen behar guztiak estaltzen dituzte
Abantailak
●Esperientzia zabala600.000 lagin baino gehiago prozesatu ditugu, hainbat motatakoak barne, hala nola zelula-kulturak, ehunak eta gorputz-fluidoak. Esperientzia aberastasuna ekartzen diogu proiektu bakoitzari.
●Kalitate Kontrol ZorrotzaOinarrizko kontrol puntuak ezartzen ditugu etapa guztietan, laginen prestaketatik hasi eta liburutegiaren prestaketara, sekuentziaziora eta bioinformatikara arte. Gure jarraipen zorrotzak kalitate handiko emaitzak etengabe lortzen direla bermatzen du.
●Oharpen osoaHainbat datu-base erabiltzen ditugu Gene Diferentzialki Adieraziak (DEG) funtzionalki anotatzeko eta dagokien aberaste-analisiak egiteko. Ikuspegi integral honek transkriptomaren erantzunaren oinarrian dauden prozesu zelular eta molekularrei buruzko informazioa ematen du, zure esperimentuaren datuei buruzko informazio guztia lortuko duzula ziurtatuz.
●Salmenta osteko laguntzaBadakigu zein garrantzitsua den bertan egotea, horregatik gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzuarekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitate Kontrola |
| Poli A aberastua | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Laginaren eskakizunak:
Nukleotidoak:
Gutxieneko lagin-eskakizunak:
| Kontzentrazioa (ng/μl) | Kopurua (μg) | Garbitasuna | Osotasuna | |
| Liburutegi Estandarra | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Proteina edo DNA kutsadura mugatua edo batere ez da agertzen gelean. | Landareentzat: RIN≥4.0; Animalientzat: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; oinarrizko kota mugatua edo batere ez |
| Norabideko liburutegia | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Proteina edo DNA kutsadura mugatua edo batere ez da agertzen gelean. | Landareentzat: RIN≥4.0; Animalientzat: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; oinarrizko kota mugatua edo batere ez |
| Landareak | Animalia | Artropodoak | Odol osoa | Zelulak |
| Sustraia, zurtoina edo petaloa: 450 mg Hostoa edo hazia: 300 mg Fruta: 1,2 g | Bihotza edo hestea: 300 mg Erraiak edo garuna: 240 mg Giharra: 450 mg Hezurrak, ilea edo azala: 1g | Intsektuak: 6g Krustazeoak: 300 mg | Hodi 1 | 106 zelula |
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Etiketatze-lagina: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA mahaiko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Laginaren eskakizunak eta entrega
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
Erreferentziazko genoma eskuragarri duten laginetarako, BI analisia honako hau da:
ØDatu gordinaren kalitatearen kontrola
ØErreferentziazko genomaren lerrokatzea
ØTranskripzio-egituraren analisia
ØAdierazpen kuantifikazioa
ØAdierazpen diferentzialaren analisia
ØFuntzioen oharpena eta aberastea
Erreferentziazko genomarik gabeko laginetarako, aukera hau dago eskuragarri:
• Datu gordinaren kalitatearen kontrola
•Muntaketa egitura optimizatuz
•Adierazpen diferentzialaren analisia
•Funtzioen oharpena eta aberastea
Erreferentziako Genomaren Lerrokatzea
Datuen saturazioa
Laginen korrelazioa eta erreplika biologikoen ebaluazioa
Diferentzialki Adierazitako Geneak (DEGak)
DEGen funtzionalitate-anotazioa
DEGen aberaste funtzionala
Arakatu BMKGene-ren eukariotoen NGS mRNA sekuentziazio zerbitzuek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Huang, L. et al. (2023) 'Triklosanak eta triklokarbanak urre-arrainen usaimen-gaitasuna ahultzen dute usain-ezagutza mugatuz, usaimen-seinaleen transdukzioa etenez eta usaimen-informazioaren prozesamendua oztopatuz',Uraren Ikerketa, 233, 119736 or. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus-ek gizakien p11 bahitzen du onddoak dituzten fagosomak bide ez-degradatzailera birbideratzeko',Zelula ostalaria eta mikrobioa, 31(3), 373-388.e10 or. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'Ma banbuaren (Dendrocalamus latiflorus Munro) kimuen garapenean parte hartzen duten TCP transkripzio faktoreak',Landare Zientziaren Mugak, 13, 884443 or. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Chrysanthemum lavandulifolium-en genoma eta kapitulu mota desberdinen oinarrian dagoen mekanismo molekularra',Lorezaintza Ikerketa, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'Kaskada-nanoerreaktore bat koloneko eta ondesteko minbiziaren terapia sonodinamikoa hobetzeko ROS sinergikoen handitzearen eta autofagia blokeatzearen bidez',Nano Gaur, 49, or. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
